HsaINT0185499 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000142065 | ZFP14
Description
zinc finger protein 14 homolog (mouse) [Source:HGNC Symbol;Acc:29312]
Coordinates
chr19:36825355-36851435:-
Coord C1 exon
chr19:36851337-36851435
Coord A exon
chr19:36832493-36851336
Coord C2 exon
chr19:36825355-36832492
Length
18844 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTGAGT
5' ss Score
10.1
3' ss Seq
GCTTTCTTGTTTTCTTTCAGATT
3' ss Score
12.35
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATTTGGAGTCCAGATACAGGACCAATACTTTATCTCCAGAAAAGGACATTTATGAAATATATTCATTTCAGTGGGATATAATGGAAAGAATTAAAAGCTATAGCCTTCAGGGTTCCATTTTTAGGAATGATTGGGAATGCAAAAGCAAGATTGAGGGGGAAAAGGAACAACAAGAGGGATATTTTGGGCAAGTGAAAATTACCTCTGAAAAAATGACCACTTACAAAAGGCACAATTTTCTTACTGAGTATCAGATCGTTCATAATGGAGAAAAGGTGTATGAGTGTAAGGAGTGTAGGAAGACCTTTATTCGTCGCTCAACACTTAGTCAACACCTGAGAATTCATACTGGTGAGAAACCTTATAAGTGTAAGGAATGTGGGCAGGCCTTTAGACAGCGTGCACATCTTATTCGACATCACAAACTTCACACCGGTGAGAAACCCTATGAATGTAAGGAGTGTGGGAAGGCCTTTACAGTGCTCCAAGAACTTACTCAACATCAGAGACTTCATACGGGTGAAAAACCCTATGAATGTAAGGAATGTGGAAAGGCCTTTAGAGTACATCAGCAACTGGCTCGACATCAGAGAATTCACACTGGTGAGAAACCCTATGAATGTAAGGACTGTGGAAAGACCTTTAGACAGTGTACACACCTTACACGCCATCAGAGACTTCATACTGCTGAAAAGCTCTATGAATGTAAGGAATGTGGGAAAGCCTTCGTATGTGGTCCAGACCTTAGAGTACATCAGAAAATTCATTTTGGTGAGAAACCCTATGAATGTAAGGAGTGTGGAAAGGCTTTTAGAATATGCCAACAACTTACTGTTCATCAGAGTATTCATACTGGTGAGAAACCCTACGAATGTAAGGAATGTGGGAAGACTTTTAGATTAAGACAACAACTAGTTCGCCATCAGAGAATACATACTCGTGAGAAACCCTATGAATGTATGGAATGTTGGAAGACCTTTAGTAGTTACTCACAGCTTATTTCACACCAGAGCATTCATATTGGTGAGAGACCCTATGAATGTGAAGAGTGTGGAAAGGCCTTTAGACTGCTCTCACAACTTACTCAGCATCAAAGTATTCACACTGGTGAGAAACCTTATGAATGTAAGGAATGTAGAAAACCTTTTAGACTGCTCTCACAACTTACCCAACATCAGAGTATTCACACTGGTGAGAAACCTTATGAATGTAAGGAATGTGGTAAGGCTTTTAGACTTTATTCATTTCTTACTCAACACCAGAGAATTCATACTGGTGAGAAGCCCTACAAGTGTAAGGAGTGTAAGAAGGCCTTTAGACAGCATTCACACCTTACTCAGCATCAGAAGATTCATAATGGAATTTAATAGAAGAAAGCCTTCAAATGTATATGATGTTACAGAACATCAGAAAATTCATTTTTGAGAAAATGTGTTTCATGCTCAATTCCAAGCATAATAAATTTTATATTAGAGAAAGAATATGTTGATTTAAAAGCCTTCCAACACCATTTAAACATGGTTTATCTTCAGCAAATTCCTATGAGAGAATAATGTAATGAATGTAGGAAAATCTTTAGCCTTATCTGTCATTATCTCCCTTTCTCCACTTGATTACCAGTTTGATTTATTGGACAAGATACTAAGCTTCTGTGCCTCATTTTGCTGACTTGTAAAATGGTAATAATAGTACTTATATGTATTAGTTATTTATTGCTGCGTAATAAATTACCACAGACTTAGTAGCATAAAATAACATATAATTATATCTTATAATTTGGATCAGGAGTATAGGCATGACTTAGTTGGGTCCTCTGCTTCAGGGTCTCTTGCAAGGCTACAGATTTCAGCCAGGGCTGAGGTCTCATCTGAAGGCTCAACTGGGGAAGGATCCACATCCAGACTAACATAGTTGTTACCCAATGTATTTCCGTGAGGCCTGTTGCATTGAGATTCTCAGTTTCTAGCTGGCTGTTGGCTGAACGCTGACTGCAGCTCCTGGCCACAATAGCCTCATCAACATGGCTGCTTGCTTCATCAAGGCATGCAAGCCAAAAGGGAGGACAGTCTGCTAGCAAGATGGAAGTTACCATCTTGTGTAATCTAATCATGGAAGTAACATTCCCTCACCTTCTACTGGTAGAAGTAAGTTACTAGGATAGTCCACACTCAAGAGAACGGGATGATACAAGAGTGTGAATAAGTCCTGGAGACAGGACCACTGGGGGGCCTGTTTAGAGTCAGCCTGCCACACTGTGGAATAGGATTGTTGCAAGGAGTAAGTAGTTAATACTTGGAGGAATCACAGTCATATAGCATGTATTCTGTAAATATTATCTGTAATTGTTATTATTGTCATTAGTATTAGTGAATTCACGTAAAAGGAAGATCTGTAGACATAATAAATGTAGAAATGCCTCCTGTCACCTCTCAGAAATTATTAAACATAATTTATTCTAGGTAAAATTTAGATTGTAGTGAATGTAGGAAGTTCTTCAGCACTTGAGCTGCATTAGAAATTTCATGCCAAAAATGAATTTCATGAATGTGAGGTCACTAGTAATACAGCTGTTGAAGAATTAGAGGGAAATAGGAAATGATTTTCCCATAATTCCAGAAAGCAAAAGGCTTACAATCCCTGTTGTCTGACCACAGTTTAAAATTAATTAGAAACTATCAAAAATGTGGCTTAAAAGAAATTAACCACCTAGGAATTTAATATTGTTGTGTATATTTATGTGTGTGTATAAAACTCCTGTGGGAAAGAAACAAAACATCATTCTATAAGTCAGTATACTTTTGGATGCTCAAAATGCCATATCTTCAACCAGTAGGAGTTGTTTCAAGTTGAGTTTTTGATGTGATCCCACCAATAATTTGATAGTTTACTTGATTGTGGCTGCATAATTTGGTAACCTATGAAAGATGCTAGAGCACCAATGTATAATTTTTTTGAGACAGGGTGTCACTTTGTCCCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTACAAGCACAGTTCACTGTACCCTGTTCCTCCTGGGCTCAAGTGATTCTTCCACCTAAATTTTTTTTTTTTTTTTAGAGAAAGGGTCTCACTATGTTGCCCAGGCTGGTCTTGAACTTCTGGGCTCAAGTGATCCTCCCTCCTTGGCCTCCAAAGGTGCTGGGGTTACAGGTATGAGCCACCACACCCAGCCCAACTCATTATTCTTGAAATCAATAAATCAGAGGAAAAATTGTCATTTAGTTTCCTTTTCCCATGTGAACCAAATTTCAGGGTCACCAGAAGTTCATCAAATTCAAATGAATTTGGCCTGGCACAGGGGTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGACAAGGTGGGTGGATCACTTGAGGCCAGGAGTTTGAGACCAACCTGGTTAACATGGTGAAACCCTGTCTGTACTAAAAATACAAAATTTAGCCAGGCATGGTGGCACACACCTGTAGTCCCAGGCTGAGGTGGGAGGATCACTTGAACCCAAGAGGCAGAGTTTGCAGTGAGCTGAGATCGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACCCTGTCTCAAAAAAAAAATTTGTTTTTTGAATGGGTTTTTCTTTTTTGAAGAAGTCTAATAAATCTAGAAGGAATTAGAGGATTAGAAAAATCACCATTTTCTAGACCTTAATGGAATAATGGGTCCAGAAAACATGATCTTCAATGGGTACTACAACTAATAGGTGAAATATTTTATAGCGAGATTTTTATGGTGGATCTATCAAACTGGCCACCTCTGAACCCTTTGATCTGTTTTAACCTTAATAAAAATGGGTCTATCAGACAACACACTTCCTGACGTAATGCAATAGGAAGTCCACACCACCATCTACAAAGCCTTATTGCTGGAATAATGAACTGAAAGCAGACAGGGACTAGATGAACAGTATATGGTCATCCCTTGGTATCCATGGGGAATTGGTTCCAGGATCCTCCACTGATGGTAAAATCTGAGGATGCTCAAGTCCCTTGTATAAAATGGCATAGTATGTATTTGCATATTACCTACTCACATCTTCCTGTATACTTTAAATTATCTTTAGATCACTTATACCTATCACAATGTAAATACTATGTAAATAGTTGTTATACTGTATTTTTCAATTTGCATTATTTTTATTGTATTTTATTTTTATTGTTTTTTTTTGAGTATTTTCTATTTGAGATTGGTTGAATCTGCACATATGGAGGGCTGGCTATAAAGGGCACCACAAGGAAGAAGCCAAACAGATCCAGAATGTGTGAAATTCTACAGAGCAAATTACCTGATTTCTTCAACTAACAGGTAGCATGAAAATACAAGGGGAAGGGCAACCATTAACAGATTAAAAGAGACTTAAAGAGACATATCAACTAAATTCAGTATGTTGGCATTACTTGGACCTGGTTTGAACAAAACATAAAAAGCCATTTTGGAGACAGTGAGGGAAGTGTGGACATGGACTAAATATTAAATGATATTTACATATATTAATTTGGTTAGGGATTATGTCAGTGTGATTATAAAAAATAAAAGATCGTATGATATGAGATACATACTATGAAATGAAGATAGACACATTTGGATTAAAATATTCTAGCAAAAGAAATAATTGGCAAAGAGAGCTGGAAACTAAATTGGCAACATGTTGATAATTTAAGTGGAGTGTTTTGTTCATGGAGACTTATTGTTCTAATATTTCTACTTTTGTATGTGTTTGAAATTTCAATAATAAAATGTTTAAAATCAAAACCAAAATTATAGACTATGTAGAAATGAATGACAGTGAGATGCCTGCACATCTAACCTTGTCAGATATAATCAAAGTTCTGTTCAGTGACAAATTAATGCCCTGTAATGTGGTAAGGAAATCTTATTTGTGGATACAGTCTTCATCTTCTTCACTTACCCACAGCAGCAACACCAGGCCTGTCACACAGATGAATGTGTTGAGGGAATGAATAAGTATTTCCGTCAAGAAAAAGGAAACAACAAAATAAAACCAACCCAAGTAAAGAACAGCCAAGTGGCCAGGTGCGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCATGGCAGGTGGATCACCTGAGGTCGGGATTTTGAGACCAGCCTGACCAACACTGAGAAACCCCATCTCTATTAAAGATACAAAATTAGCCAGGCATGGTGGTGCATGCCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTAAGGCAGGAGAATCACTTGAATCCAGGAGGCGGAGTTTGTGGTGAGTTGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTAACAGAGCAAGAGTCTGTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAACAGCCAAGTAACAGTAGAAAGTAGAAATTAAGAGAATGGAGAATATTAGACTTGATTCAATGTTAATAGTGATTAGATTTTGGCAGTTATAATCAAGGAAGAGAAAATGAAAGATAATACATTTAGAGTATTAATGATGATAAAAGAGACACAACTCTAGATTATATCAAGCAGATTTTTAAAATTATAAGGCAAAACTAGGCCGGGCACAGTGGCTCACACCTGTAACCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCACTTGAAGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGACCAACATAGCAAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCTGTCATGGTGGCGGGCACCTGTAATCTAAGCTACTGGGGAGCCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCGGTGAACCAAGATCACGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGTGAGAACCTGTCTCAAAAATAATAAACATAATATGGTAAAACTATACATGCACACATGCACAAACGTGTATATTCATTCCAGTACAAGTAAAAATGTAGGATTGCATTTTTCCCCCAAAAGGAATATGTTTTACAATTAACTCACCGTATAACCCAAATAGATTAACAAAAAATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAACTCCCTGTTTAAAAAATCTGATACTTATAAAAACTTTAAGGAATAGATAATCCTAAAGATTTTACCAATTAATTCTGCAAGGTAAAATAATCCTAATAAAAATTAGATGAAGATAGTTTCTGAAAGCAAATTCTAGACCACCTTCATTATGAAGATTCTATTTTTCACAATTCTAAATAAAGTTTATTTAGAATTTATTACAAAATCTATCTTTGCTAATAGGTCAGTGTTTCTTTTCCCAAGCACCAAATACCTCCAGAAAGCCTGTGTTTGACCCCTAAATTCAACATTCTCCAGAAGTTTGCTTCAAGGAATATTAATTCTCGATGGTATTTGAAAAAAAGATTTCTTGGGAAAATAGGCAAATGAAGCAAAACATAAAACATCTACTTTTGGCCAGGCACGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAACATTTTGGGAGGCCAAGGCGAGCAGATCACTTGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAATTAGCTGGGCGTGGTGGCTTGCACCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCAGGAAATGGAGATTGCAGTGAGCTGAGATTTTGCCATTGCACTCCAACCTGGGCAACAAGAGTGAAACTCAGTCTCAAATAAAATAAAATAAAAATCTACTTTTGAGGAATTCAAAGTATACATGATCAGTTTGCCAAAGATTTAGTAAAGACATTTTTATTTAACTGAGTGTATCTCAAATTTATTGTGGAATTCTCAGTCCGAATATCTGGAATAGGAACAGCTTTGTTAGATGCTACCATAACCACAATGAATGTCTTCAAGGGTGTAATTTTAGATATGGTGAGTGGTTGTGTTGGGGGCGGCATAAGTCAGGGCAATTTTTTGCAGCTCATATCATGCTCTGAAAGTAGCTACCTGCTTTAATGGATGGTTAGTGCTTTTCTATAGAATGGAAAAGATTCCAGCCCGATCCTTGATATGTTTGTGTTAAACATGCTTATATATTATATTAAACAATGATTAAGGACATAAATGAGTTTCTGTGGTAATAAAGATGCTATATTGAATATCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000142065-ZFP14:NM_020917:4
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.059 A=NA C2=0.020
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.7),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.7),PF097235=Zn-ribbon_8=WD(100=5.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.5),PF097235=Zn-ribbon_8=WD(100=5.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.7),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.7),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.5),PF097235=Zn-ribbon_8=WD(100=10.1),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.7),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.5)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)