Special

HsaINT0185508 @ hg38

Intron Retention

Gene
Description
ZFP2 zinc finger protein [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:26138]
Coordinates
chr5:178916565-178933212:+
Coord C1 exon
chr5:178916565-178916710
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr5:178931237-178933212
Length
14526 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAAGT
5' ss Score
9.66
3' ss Seq
GAATTTTTTTTTTTTTTCAGACT
3' ss Score
9.06
Exon sequences
Seq C1 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

5' UTR

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):

C1:
NA
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:
NA


Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains