HsaINT0185995 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000121741 | ZMYM2
Description
zinc finger, MYM-type 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:12989]
Coordinates
chr13:20580514-20593758:+
Coord C1 exon
chr13:20580514-20580726
Coord A exon
chr13:20580727-20593686
Coord C2 exon
chr13:20593687-20593758
Length
12960 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAATT
5' ss Score
8.55
3' ss Seq
CTTTTAAAATCTTTTTTTAGGTA
3' ss Score
10.77
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTCGCCATGAAGTCAGCTTTAAAAATATGACTCATAAGCTGTGCAGTGACCACTGCTTTAATAGATATAGAATGGCCAATGGTTTAATAATGAATTGCTGTGAACAGTGTGGAGAGTACTTGCCCAGTAAAGGTGCTGGAAATAATGTTCTGGTGATTGATGGTCAACAGAAAAGATTTTGCTGTCAAAGTTGTGTCAGTGAATACAAACAG
Seq A exon
GTAATTCATGTTCTAATCAAAATTGGGCATTCTTTAGAATGTTCTTGAAAGTGTTGTAATACTTTTACTCTAACAGTGTTTATTAACTGGCTTTATCTTAGAATTTCATTTAATTCCATTATTGTTGTCATATCATGGAGCATACTGAATGCATAGTGCTTTGTACCATTAAAGCTGAACCATCGTAAGTCAGGGACCATCTGTATTTATTCATTTGAGGTAGGTCATTTCCGTGATATAATGATGGAGTTAAGTCTGGGTAAACCCGTTGTAAGTTGGAAATGTCTTAGAATGCACCTTTGACCTAGGTATTTTCAACTTAGAATGGGTTTATCAGGATGTAACTCCATTCTTAGGGAACATCTGTGTATGTAGATTATTGGCAGTAAATTTAAGATTTTACATATAATGGTAAATGCTATCAGAATGATTCCTCTTTTGAATTTATTTCCTCTTTGGGAGTTGGAGAGGGGCTGCAAATATTTCAAACTTTTAAACCTCGGCTTGAAGTGGTCGTATTGTTTATATTTAAATTTTAAGGTTAATGTTGTTATCATTTTTTTTTTGAGACGGAGTTTTGCTCTTGTTTCCCAAGCTGGAGTGCGTTGGCGTGATCTCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCAGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGCGCCACCACACCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAAACGGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCCCAGGTGATCCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGGTGGGATTACAGGCGTGAACCACTGCACCCGTCCAGGTTAATGTTATTTTAAGGACTTTTTGATTTCTAGTTTTATTCCATTGCTCATTGGAAAGGTAGTCTGTGTGATTTCAATCTTCATAAATTTATTTATTAAATGTTTTATCAGAAATTATTATTGCTTTAAAGATCTTTTTGTTGTCTGTGGAGAAGGTTATATGAACTTTCTCCCTCTTTAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAGACAAGTTTCGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCATTGGCGTAATTTTGGCTCACTGCAACTTCCACCTCCTGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGTGCACCACCACGCTGAGCTAATTTTTGTGTTTTTACTAGAGATGGGGATTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCACACTCCTGAGCTCAAGTGGTCTCCGTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCTACCACACCTGGCCTTAGATTTATTAAGGTGTGAGTTATATAGTAGTCCTTTCTCACGCAAAGTTTTGTTTTTTGTGGTTTCAATTACTCACAGTCAGCTGCAGTTTCCAAATAGGTGAGCAGACTACAATAAGATAATTTCAGAAAGTAATTAATTATAGGTGAGTAGACTACAATTAAGATAATTTGAGAGAGATTAATTATAACTAACTATAATTGTTGTTGTTTTTTGTTTTGTTTTGAGACAGGGTCTTGCTCTGTTGCCCAAGCTGGAGTGCAGTGGTGCAATCTCAGCTCACTGCAGTCTACTTTTCCTGGGTTCAAATGATTCTCCTTGCTTCAGCCTCCTGAGTGGCTGGGATTACAGGCACATGCCACCATGCCCGACTAATTTTTGTATTTTTGGTAGCGATTGGGTTTCACCATGTTGTCCATGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAAGTGATTTGCCCACCTCGGCCTTCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCATCATTCCCGCCCAATTGTTGTTAATCTCTTGCTGTGGCTAATTAGAAATTAAACTTTATCATAGGTATGTGTCTATGGGAAACGACATAGTATCAAAGGTTTCAGGCATCCACTGGGAGCCTCAGAATGTATCTCTCAAGGATAAGAGGTGGCACTGCCATATTAGTAGATTTCCTAATCTATTGAGCCATCCTTGTATTCCTAGAATAAACTATGCCAGATAATTATTTTTTCAAAAATGTGCATACATTCTGATGGCTAATACTTTATTTGGTACTTTTGCATTGATATTTATAAGTAAGATTGGTCTGTAATGTCCTTTTTTTTTGTGCATTCTTTAAGGTATCAGTGTTACATTTGCTTTATAAAAATGTCCAGAGGAAAATTCATTTCCTCATATACTTAAAGCAGTAAAAATGAAAATAAATGAATTAAATAGTCAACTGAAAAACCTGGAAAAAGAAAAATAAACTGAAACAGAAGAAAGGAAATAAAGATAAAAGGATAAACTAATTAGGAATTTTAAAATAGTATTAACATTGTTCAGAATGTTGCCTCTTTGAAAAATCAGGTCTTCAAAAACCAGGGAAAAAATACCCAATTGTTAATCAGGAAAAGAGGTTTAAAAACAGAAATACGTAAAATAAGAAATGACAAGGTAGATATGAAGATCAAAACAAAAGAACTTGACAAAAATCAGTCATAAGAACCAGTTTATTTAGCCCTATATAAAAATGTTGAACCTAGATTAATTTCCTGTGAAAATATAATTTCCCCAACTGGACTTCAGCGCAGACAAAATTAAGTGGACAAATTTCTATAGATGAAATAGAGATAATTATTAAAGTACTACCCCACAACAAGGACTAGGCTCTGATGTTTTCATAGGGGAATTCCATCAAATTTAAACAAGAAAATCTCAGTGCTATTTAAACAATTCCAGAGCATAAAAAGGACGGAAAGTAACTCATAAGGTTTTTAAACATTGTGGTAGACTATATGTAACATAAAATTTGCAGTTTTAAGTATTTTTAAGTATATAAGTGAGTGGCATTAGTTACATTTACAGTGTTGTGCTACCGTTGACTCTATTTCTGAAACTTTTTCATCATGCCATACAAAAACTGACATTAGCCAATAACTCCCATTTTTTTCTATCCCAGTCCTTGGTAACTTAGTACTTTCTGTCTCTATGAATTCGTATATTCTAGATATTCATGTAAGTGAAATTATATAATATTTGTCTTTTTGCATCTGGGTTATTTTACCTGAAAGCTGAAACATAATGCTTTCAGTTTCATCCATAGTATAGCCACGATCAGAACATCATTACTTTTTATGGCTGAATAGTATTCATTATATGTATATGCCACATTCTGTTTATCGATTTGTTGTCCCTATGATAGATGTTGCTTTGTTGCCACCTTTGACTATTGTGAATAATGCTGCAGTGAATATTGGTGTATAAATTTGATATAAGTATCCTGGTTTTCCATTCTTTTGGATGAGTGTGGATTTGCTCAGTCATAGGGTAATTCTGTGTTTTACCTTTTGAAGAATTGTCAAACTATTTTACACAACCGTACCATTTTATGTTCTCAGCAGCAATGTACAAGGCTTCTGTTTTCTCTATATCTTTGCCAACACTTGTTATTTTCCATGTTTTAAGCTTTTGATTTTTCTTGTAGATATCTTAGTGCATGTGCGGTGGTATCTCATGGTTTTGATTTGCATTTCCCTAATGACTAATGACAATGAACAATTTTTCTTTGTTGTTGTTGTTTTTTTTATTTTTGAGACAGAGTCTCGCTCTGTTACCCAGGTTGGAGTGCAGGTGCACAATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCTTCCTGGGCTCAAGGGATTCTTCTGTCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACCACAGGCACGGGCCACTACGCCTGTCTAATTTTTTGTATTTTTTTGGAGACATAGGGTTTCATTCGCCATGTTGTTCAGGCCTGGTCTCGAACTCCTAAGCTCAAGCCATCTGCCTGCCTTGGCCTTCCAAAGTGCTAGGATTACAGTGTGAGCCACCGTACCTGGCCAGTGAGCAATTTTTCATTTGCTTGTTGGCCATTTGTGTATCATCTTTGGAGAAGTATCTATTCAAGTCCTGTCTCTGTTTTTGAATTGGGTTTTGTAGTTCAGTTCTTTTTTCTCTTTTTGTTTTTTGTTTGTCTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTGAGATGGAGTCTCCCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGCAGCGAGATCTTGGCTCACTGTAGCCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTAGGAGTACAGGTGCGTGCCACCACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAATAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGTGAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACATCGTAATCTGCCCGCCTCGGCCTCCCCAAGTGCTGGGATTATAGGCATGAGCCACTGCGCCTGGCCCTCTTTTATTTTTAGTTGATATGTAATACTTGTATATACGTAGGGGATACAGAGTGATGTTTTTATACATGTATAAAATGTGGAATGTTCAAATCAGGGTAATTAGGATAGCCATCACCCCAAAATTATTTTTTTATGTTGGGAACATTCGAAATTCTCTCTTTTAGCCTTTTGAATCTATCCAATAATAATTGTTAACTGTATTCATTCTATAGTGCTATGGAACAATAGAACTTACTCCTCCTATATAGCTATAATTTTGTATCCCTTCGTACTTTTGTTCCGGAGTTGAAGAAGTTCTTTATATCTTGTACAGTTTGAGTATCCCTTATCTGAAATGCTTGGGACCCAAAGTGTTTCAGATTTTAGGTTTTTCAAACTTTAGAATATTTACATTATACTTACATTCAAACAATCCACATCTGAAAAATCCAAAATGCAAAATGCTTCAATGAGCATTTCCTTTGAGCATCATGTTGGTAATTGAAAAGTTTTGGGTTTTAGAGCATTTCAGATTTTTTGCATTTGCGTTGCTCATTCTGTATATGTTTTGCAAATACTGTCTTCCATTATGTACGTTTTTGTTTTACTTTCTCAATAATGTCCTTTGATGTGCAGAAGTTTTTATTTTTTTGTTTTATTTTTTTT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Seq C2 exon
GTAGGTAGCCATCCAAGCTTCCTGAAGGAGGTTCGAGATCACATGCAGGACTCTTTCTTAATGCAGCCTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000121741-ZMYM2:NM_003453:7
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF064679=zf-FCS=PD(55.0=31.0),PF064679=zf-FCS=WD(100=62.0)
A:
NA
C2:
PF064679=zf-FCS=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)