RnoINT0169127 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000008734 | Zmym2
Description
zinc finger MYM-type containing 2 [Source:RGD Symbol;Acc:1593255]
Coordinates
chr15:37182107-37190967:+
Coord C1 exon
chr15:37182107-37182319
Coord A exon
chr15:37182320-37190895
Coord C2 exon
chr15:37190896-37190967
Length
8576 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAATT
5' ss Score
8.55
3' ss Seq
AGTCTTTCTGAATGTTTTAGGTA
3' ss Score
8.78
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTCGCCATGAAGTTAGTTTTAAAAACATGACTCATAAGCTGTGCAGTGACCACTGCTTTAACAGATACAGAATGGCCAATGGTCTGATAATGAATTGCTGTGAACAGTGTGGAGAATATTTGCCCAGTAAAGGTGCTGGAAATAATGTTTTGGTGATTGATGGTCAGCAGAAAAGATTTTGCTGTCAGAGTTGTGTCAGTGAATACAAACAG
Seq A exon
GTAATTTATGTGCTAAAAAACAAACCAGGTATTCTTTTGGGTGGATTTGGTAGCATTGTATGTATTGCTAATGTAGGAGGGTTTACTTAGATTTATCTTGGAATCCCATTTAATTTTGATTGTCTTCATATGAAGAGGGCCTACCTCAAATGAATTAGGAAAAAAAAATATATATATATATACACACACACACACACAAACACACACACACACACACACACACACACACACACACATAGTTGGAAATCAGCTAGTAATTATACATATAATAGTAAATGCTACTAGTGCAGTCTTGAATTTTCTTTGGGGCAGTTGGAGAGGGATTTTCAAACTTTTAGAGCTTGGGTTGAGAATGATTACCTTCATATTTAAGCTTTAAGATTAATTTCTAGTTTTAGGTCTCATTTGAGTTTGTAAATACATTTATTTAGAAGTAACATGTATTATAAGATGAGCTTTAGTTCAGCTGCTGTTTTGTTTTCTCCTTGACTCTTATGCATTATTTGTAAGTAGTACTTTTCAGTTTATAGTTTTTTGTTCCGTATTCCTTTTGAAAAATAAGGAAATAGCTAACTTCATTGTTAAGGTTCTTTAGTTTTAAACAGAAGTATGTATTGTTCTGTATGTCTCTTAACTCATTCGATATCAAAATCTGGATAGCTCCTTCTCATTCTTTATGATAGCATAGGGGCTGGAGAGAGACTGCTCTTCTGGAGGTTCCAAGTTTAATTCCCTGTAACCACACGGCAGCTCATAGCTGTCTGCAGCTCTAGTTCCAGGGAATCTGACACCTTCAAACACTATACACATAAAAATAATTATTTAAAAAAATACCAGAGCCTTTATGGTAGCATAGTCTATTTTATCATAATTTTATGAATCCATTATTAAAAATTAAATTGAAACATATAGATTAGTATTAATTAGTTCTTTAGAGCTGCTGTATACCATATACTGTAGACTCTGACGTAAACAATAGTGATTGGCATCTCTTAGTTCTGGAGAGTGAAGTCCAAGTAGTGGTCTCTGCTTCTGCCTCTTACCTACTTCCTGCTTCCTATAGCTGTTTCTTTTTGCCTTGTTAGTATATGACATTTCCCTCTTCTCATAAAGGAAATCAGTCCTATTGACTAGTATCCTACCCTCATGACCCTCTTTAATCTTAATTGCCTCTGAAAGATCCCATCTTCATATAACAATTACATTGGAGGTTAGAGTTTCAAAGTAGGAATTGGGTTGAAGGGAGCACACAGTTCAGTCTACAATTATAAAAGCAAAGATACTCTCACTACATTGTCTTATTTATTCTGTATTGTGACAGAACCTCTTTTGTAGCCCAGGCTGTCCTTGAACTTGAACTGCTGCCTTAGCCTCCCCAGTACTGTGTAGGCATACATCACCATTCCCGCACTGCTTATTGCATTTTATCTTTTCTCTGCGTGCTTGTAGGTTATTTGTATTCAGTATGTTTGTATGCTGGCAGCACAGTATGTACAATAGAGTACCTCTGTCTCTTCTCACTCCATGCTCAGTTCCATGCTAAGAACATAATTAGCCATAGCAGGAGTGTTAACCAATAAATCAAGATGTCTTCCTGTAATTCCTTCTATGGTGCTGGGAGATGACTATAGGATAGTCAATACAAGCCTGTATTGTAGTAGCTTTGTTGTTGATTGGCACTTAAGCTATGACCCGTCTTTTGCTCTTATAAAATAGTTAGTGAATGATGAATAACAGAGTATTCTGTTTCCCCCATAGTTGGGGATAATAGGTATCTATCTATAATCTCAGTAGTTGGGAGGTTAAAGCAGGAGGGTTGCTTATCTGAGGACTATCCATAGTAAGACACACCTCAAAAATAATTTGATGCTGGCTTTAGAATCATTTGGTCCAGGTTGACATAGGGCTCTACCCATTATTAAGTATGTTCCCTGTTGAAATTACTTGTGTGCCTTTTCTGTTTTTATTGTTTGCAGTAGGGAAAATGCTGACCTTTGTGCAAGAGCAAATGTGTACCTTATATTCTTGGGAACCTGCTTCCCTGCTTTGCTATTGCGTCTTTCTTGCCTATGTTTTCGTTTGCTTTGTTTTTGGTACTAAGTAAGTCAGGAAATAGTTTTGTTTGGCTACCCTCAATTCAGTTCTTGATTGTTTGGATATTTTGGGCCATTCTAATTTTATATGCATATGAGAAGCTGCTTTTCAAGTTCACAGAAATAGAACTTTGATATGGTGGCATAGAATCTACATCTTGACAGTATAAGGCCTTGTATTTATAAACGTGTGTTTGCATTTACTTAGGTCTGTGTCTTGAGCAGTCTCAGTTTTCACTGTGCAGGCCTTCATTGATTATTATCCCTCCATGTTCATCTTGGACTTGTTAGTTGGCACATTTATCTCATTTGGATGAGTTACTGTCCTTTGTGGTCCTCAGCTTTGCCGAGAGATTCATTACCTCTAATGTCTGCGAGCGTCTTGGGGTTTTTTCTGTAGTTTTAGTCATTCCATGTATCTGGAATTAGAGCTTTACTTATTTTCTAATATGGATGGATGCCTTATATGGTTTTTCTTTACCGATTGCCGTTGGCAGAACTTAATGTGTCATGTCTAATGGAATGATGAAAATGACCCCAGAGGGAGCTTGTTTTTCACCAGTTGGTAGCTCCTGTAGCTTAAGTGTATTGGGTCTTTTTATTATAAAAGGTTCTGTTGGAGTCAGCTTAATGCTGTTTCTGTTCCTTTGAGATAATTAAAAAATTTTTATTTAGCAGGTAGATTGATTTCCTCTTTATAGGGATAAAGCCCATTTGATCTTTACTACACATTTTTTTAAAAGATGTATTTAATTTAATTTATATGAGTACACTGTCACTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCGTCGGATGCCATTGCAGATGGTTGTGAGCCATGATGTGGTTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGCAGTCAATGCTCTTAACTACTGAGCCATCTCTCCAGCCCTTTACTACACATTTCTAACTAAGTTCTTGCCTACTCTGATTTTCTTCTGCTGTTATATATGTTTTGTTGTGAGGGTATTGCTGGCAGGTGGAAAGGTGGGTTAAAATGTTTCCTCCACTTTTTAGAAGAGATTGAGATCCCTGTTGTTTATAGAGTTTAGCAGTAAAACTGTCTATTCTTGGGCTTTGATGAAAACTTGCATTAGTCTTGAAGTAGAATCTTGTTATGTTCTCTGGGCTGGCCTCAGACTACTGTGTGTAGGATTACAGCTGTGTGTCATCATGCCAGTGGCGGGGAGTTTTCATGGATTAAGTCTCTTTACTTAATAGGAGTTTTTGTGTCTGTTTTGGGAAATTCTAGGTTGAACTTGTTTTGTACAACTTTTCATACCACTTTCTTGTACTCCTTTTTTCCCAAAACATTAATGTCATTTATGTATATTATGTTTTTTCTCTCCATTTTGGTGTATGTATATATGTGTGTATATGTGTATACATGTTTGGATATGGGTTCAAGTGTGCGTGTGTAAGCCATAAGTCAACCGAGGGTGTCTTTGTTTAGGTGTTTTCCACCTGGTATATATGTCTATACCTTTGTTTTGAAATATGATGTCTTATTGACATGGAGCTCACTAAATTTTATAGGTTGCTTGACCAGTGAGCAAGACCAGGGGAACTACTATGCTCTGTTACAAGTGTACCCAGCTTTTTATTGATTCATTTTTAATGTGGGTATTAGGGGTGGAACTCAATCTATCAGGTTTCTGTGTGGAGGAGTTTACTGCTTGAGTTATTTCCCCAGCCTTTGTGTATTTTGTTAATGTAGCAAAAGGGTCTTGTTTGTTTGTTTGTTTTATATTTCCCCCTCTTTCTGTACCTAGGGCCTCACACATGCTAAGCAGATGCTTTGCCACTGAGTTGTGGCCTCATCTCTCTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTTTCGGAGCTGGGGACCGAACCCAGGGCCTTGTGCTTGCTAGGCAAGCGCTTTACCACTGAGCTAAATCCCCAACCCCATCTCTCTTCTTTCTATATTTCCTTTTTTTTTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGCAGGGAATGGTATGAGCGGTTGTAGATGCAGGCGTGTTTACAGGTATATATATATGTATGGAGGCCACAGGTCACTCTTGAGTGTCATTCTTCTGTCATCCTGGTTTTTGAGGTAATGCATTGCCATGAGATCAGTGGCTCACAATTAAGTTAGACTGACTGGCCCAAGAATATCCATGTTTCCATCTCTCCAGCACTGTAATATAAGTGCATGCCACTATGCTTGGCTTTTTAGTGGGATGCTAGGGAGTATTCTTTTGTCCTCATAATTGCTGAAAACACTTTTTAAATTTTAACTTACTTAACAATTTTATGTATATGGTGTTTTACCTGTATGTATGGGTGTGCACAACACATTCTTCTGGTACACACAGAGGCTGTAGCCTCTGAAAGAGCAGCCTGTGCTCTATTTATTCATCTCCCCAACCTCCCCGACTCGTGCACGCACGCATTCAAATGAGACAGGTTCCCAGGTTTGCTTGGAATTTACTGTGTAGTCCAGAATGGCCTAAAACTCATAGCAACCTATCTGTTTTAGTCTCAGTAGCTGATATTATAGGCTTGTTACCTACAGGTCTGGCCTTTATCTTTTTGAATAATCAACTTCTGTTGATTTTTATTTTTTAAGTTTACTATTTTTTTTCTTTTTTCTGTTGTCAAGTTATAGCAGTGATTTGCTGGAGCTCAGTAGTAGAATATTTACTGCTTGCCTGTGTAAGAAAAGCCTTTGCTTCAATCTCCAACCCCTCCCCCCAGGGTTTCTCTGTGTATCCCTGTCTGTCGTAGAACTCACTCTGTAGATCTGCTTGTCTCTGCTTCCTGAGTGCTGTGACTTATGGTGTGTACCACCAC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Seq C2 exon
GTAGGTAGCCATCCAAGCTTCCTGAAGGAAGTTCGAGATCACATGCAGGATTCTTTCTTAATGCAGCCTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000008734:ENSRNOT00000011684:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF064679=zf-FCS=PD(55.0=31.0),PF064679=zf-FCS=WD(100=62.0)
A:
NA
C2:
PF064679=zf-FCS=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]