HsaINT0186194 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000125846 | ZNF133
Description
zinc finger protein 133 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:12917]
Coordinates
chr20:18288477-18298062:+
Coord C1 exon
chr20:18288477-18288604
Coord A exon
chr20:18288605-18297984
Coord C2 exon
chr20:18297985-18298062
Length
9380 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTGAGT
5' ss Score
10.1
3' ss Seq
TTTCTGTTTTCCTTACCCAGATC
3' ss Score
9.96
Exon sequences
Seq C1 exon
CGCCGAGCATCCTGGGAGGTGTGGTCCGGGCGCTGTGCCGAGGATTCGGGGTAGTGTAGTCCTGGCGCCCCGCTGGAGGAGCTCCCCAGCTGGTGGCTGGAGCGACCCCTTGTTCTTTGGTGGCGCTG
Seq A exon
GTGAGTGAGGCTCCCGCGGGACCCTTGCCGCAGCCGTACCCTTTTCTGCGCGAAAAGGAAGGTCCCGAAAGGCTGGACTATGGGCTGAATTTGGGGACCGTGCGGGTGGCGCGGGGGTGGTGATTGTGGTGGGAACGCGCTGGCGTGGCGCAGGCCGTCCTCTCCCAGATGTCTTATTTTGGGGGTGTGGGCGTGCATCTCCAGGGGAGTTGGGTGAAGCCCATCCGTGAAACTGGATGGTGATGAGTGGGGGATCGGGCTCTCTCTCCTAGGGTTCTTGTGGGTGGGGACAGGTTCGGCTTTGGCTGAAGTCGGGTATTGGGAAAGGGAGTCGCTGATGCCATAAGTCCCCGGTTTTGGGGGAGTTGAATAAATAAGCTTTTTGGGGGAATGGTATTTCCCAGGTGGTGGAATGGGAACCATCCCTGGGGCCATGTGTCCCCGAGGCATTGGTCGGTTGAGGGCTAGTCTCTTGGGGCCACACTATTCTTCGGCTTTGCTGGAGTGGAATGAGGAGCGGTCTGGCTTGACCAAACAAGCCAAGGTTAGACTGGATCTGGGGTGGCCATTTTGCCGCGATCTTAGGGTTTCACTTTGGTTGGTCACCCCCGGGTTCGGGCGTTGGAGGAGGAAGTCTGGCTGGGACGCACAGGACAGGTTTTTTCCAAAGGTCCCAGGGACCGTCATTGATCGCAAGAATTACGGATTCCCAGGCCCCTGGTGTGGCCAGGCTTTGGGATTTTACATTCCATTTAAGTTTTTATTGCGGAGAAATTTCAAACAGCCAGAAGTAGATAGAACTCTATAGACCAGATCTCCATCACCCAGATTCAACACTTAAAACCTTATGACCAATCTTGATTCATCTCAGAATGGACACAGAGAATCCTTGCAATCCAGAGTTCACCGTCACTGCCCTTACTGTGTAAGAGCACGGTCTCCACAGCCACATTTCCTCTAGGCTCTGTCACTTTATAGCTGTGTCACCTTGGGCAAGATGCTGACTTCACTGTACCTCAGTTTCCTCGATTTTATCCTAAAGAGGATAATAGCATCTATCGTATTGGGTTGTTGAAAGGATAGAATGAGGTGAAACTCCTACAGTGGCTGTAACAGTCTCTGGTGTATACTAAGTGTTCAGTGAATATTACCTTTCATTAATAACAGGCACAGAGAAGGTCGCTTCATGCTCAGCGTCAACAGCATATCAGGGCAGGTCGTGCTTTCAACCTGTACCCCAGCTGTGTTCCCAGGAAGCTGCCCGCAGTTCTTTTCTCCTTTTCTTCTGTGGCAGGTTCATTCCTGATGCTGTTAAGGAATAGGAGGTACTGCCCTGCTGGAGAGGATTTCCCTTGATTTTCTTGAACGCTTTTTGTTCTTGTTCTGCCTCCCTGTGGCTCCTGTCTGCCCAGAGAGGACTGCCTGCTGGGGAAAGGGGGTACTCCTGAGCTCCTGACAGCCCAGCTTCAGGTGGGTGCCACTTACCTTTTGCATTTCGAACCATGAGTGGGTTTCTTTTGCTCAGCTTTGACGTCTGTGTTCTACAATGTCCCATCCAGGGATCAGGGCCCCAGCTGGTTCCTTCAGGAAACTAGGCTTGTTTTAAGAGTGATCATTTTCACAGGGAATATTTTTCAGAGCTGATGCTCTCATTCATTACACCTATATTCTTCCCCTACATTCCTTCTTTCAGTATTTGTTCAGACTGCTCATTCCCAGGGCTTGTCAGGTCCTGTGAAGTTGTTAACATTCTGTTCTTCTGTCTTCCAATACTCTCACTTACTCTTTTCCCTGCTAGAGTTTTGGCAGCAAATCCCAGTTATATCATTTCACCTGGGAACACTTCAGGAGGCATCTCTAACACATAAGGACTTCTTTTTTTAACATAACCACAATTTCATTGTTATACAGTTACATTGTTACAATTATATTTTGTTATACCCAACAAAATTAATAACTTATTAATATCATTTAATATCTAGCCCATATTGTTTTCCCCCATTGTTAAAAAAAAAATCTTTTTTTTCCACCAGTCAGAACAGCCCTGGTCAGAGGCAGGAGAGGGAAAAGTATCTGGAAACAGCATCCCAGTTTTCCCTATCTCTGCCTCATTTCTCCTCCTATTTCTTCTGATCTTGCTGATCTGTGTTGACAGCCTTATAACTTGATATAAGCTGGACCTCTGAGTTTTCCTTGCATCCTTGTTTCCAAACTTACTTCCCATTAGAAGTTGTGTCCTCCTGGCCGGGCACAGTGGCTCACACCTGTAATCAGCACTTTGGGGGGCCAGAGCGGGCAGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCGTGGTGGCACACACCAATAATCCCAGCTATTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCTGTCGCCTGGGCAACAGAGCAAGACTCCACCTCAAAACAAAACAAAAGTTGTATCCTCCTATTCCACCTGTGCATTCTTCTCGATTCCTTTTCTTTCCCTTTGTCTCCATTTCTGCACTGCCCTAGCTTCCTGTCTCTTCTTCACCTTCTTGCCTTGTCTTTCCTCCCATTTAGAGCTGAACTCCTTGAAAGAATTATCTATGTTTGTTGTCTGCGTTGCTATCCTTCTGTTATGTTTCGAATATTTTAGTAAGGCTTTTTCAAGTGACACCAAAAAATATTCTTGTCAGGGTTACCAATGGTCTCCTTGACTAAAGGCCACAATCAGTTCTCAGCAACATTTGATGTAATTGTTTACATCCTCCTTCTTAATATATCCTTTCACACAGTTGCTCTTGGTACTAGGTCTTCCTGGTTTTCCTCCTAACTCATAGCCTGCTCCTCCTCTGTCTCCTTTACTGGCTCTTCCTTCCCTCCCAAATTTCCACCGTGGAAAAGGCCCTGCTTCAGTTCTTAGACCTCCTGTCTTCTTCAGCTATACTGTCTCCTTGGTTCTCCCGTTCATTCTCAAGGCTTTAAATGCCATCTGTCTGAGGCTCAGCCTAGAGCTCTGTGTGCAACTCACATCCTGGTCCCCTACTGTCTCCTTCTTCACATTTCCAGTTGGATTTTTTTTTTTTTTTTTAGTGAGACAGGAGTCTCGCTCTATCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACAATCTCGGCTTACTGCAACCTCCACTGCCCATCTTCAAGTGATTCTCATGCCTCAGCCTCCTGAGTATCTGGTCTACAGGTGTGTGCCACCCCACTTGGATATCTTATGGGCATCCCAAAACTAATGTGTGCAACAAGAAACTCTGATTACCTTCCCTGAACATGTTCCACCCCAGTGGTATATAGACCATCCTTTCAAGAGTTTATCTTGGAGCAGAAGCATTTCAGCTCTTTCCTTCAGATTGCTTGGAGTCATCAAGGAGTCATCCTTGATCCTGTCTTGCTCTTATACCCTCATCCACACTACGGAAATCTGGACTCCGACAGTTTCCATGCCCTGCTGTTTCCACCATGGTCCAGGCCACCGTCTCATCTGGACGATCATAGCCTTTCAGTGATCTCTTTGTTTCTGCCTATGTCCCGCTAAGGTACATGAATCAGTGGAGCAAATAGAAGGAGATTTTAAATGTAAATCGAATCATGTCATGTGTTTGCTCAAAATCTTCCAGTGGCTTCTCATCCTAACCAAAGTCAAAACCAGTATCCTACAAAGCTAGGTCTGATGTCCCTACATTTACTCTTGGCCTTCATCTGTACCACACTATCTCAGTCACTCCACACCAGCCACAGTGAACTGTCCGTCCCTTGGCCATGCCAGCCTGATTCTTCCTTGCATCAGGGCCTTTGCACTGACTGTTCTCTTGCCCTAGATGTTCTTTTCAAAGTTATTCCCTGGGCTCTTCACATCCTTGAGATTTTTACTCAGTCACCTCAGAGATGCCTTCCCAAATCACCCTATCTAAAATTCTAAAACCTCACCCCACTTCTGTGACTATCCTTTCTCCTTCCCTGCTTTATTTCTCTTCATGCCACTCATCACTTTCTGATACAGTGTGTATTTTATTTATTCATGTAATTGGCCCATCTTTCTCCTCTAGACTTTCATGTCAGTGAGGGTAGATTTTTGTCTTTGTTCACTTCTGTATCCCCAGGGTTTAAAATAGTGCCTATCACACAGTAGGAGCATAATAAATACTTGCCAAATGAAGGCATAATCCATAGGAGTAATGGATGAGGCAGACTAGGATGTTGGGAAATGGTCTACAGAGACTGGCAGGAGGCTTTTGCCATTGTCCTGGTGCTCCAACTGGTGTAGGGGTGGGGAGGAATTGAGAGAGTTGGCAGAGGTGGAATCCATTTGCCTTGATAATTGGTTTGATATGGAAGGTAGAGAGAAGTAGTCATGGGACTGAGTAAGTGCCATGGATGACAGGAAGATGCTTCTGTTATCAGGTAAGCTGAAAGAGAGAGGGCGCAGTATGTCAATAACCAGCAAGGGTTCTGGTTATTGACTGCTACACAACAAACCACTCTAAAACTGAGTGGCTTAGGAGAGCAACTATGTTTTAATCTCCCACAGTTCTTTGGGTTTACCCAAAGCGGATGTGATCAGCTGAGATGTGAGTGATGCATCTTGCTATGGCTGCAGTCATTTGGGGACTCATTTGGGTTGGAACATGCAAGATGGTTCCGTCACACATTTGACATATTTTCGTGGGTTCCATCACATATTTTCGTGGGTTGGCTGGAAGGCTGGGGTCAGCTGGGACAGCAGGCCTCACTCTCTCCAGGTAGTGTAAGGGCTTCCAGCAGGATTGAACTCGTTACGTGGTACGTTAGAGCTCCCAAGAGTGAAAGCTGTCTGGCCTTCTTAGGACTTAAGCCTGTAACTGGCACAGTGTCACTTGTGTCAAATTTATTGGTTAAAGCAGGAACAAGGCCAAAATGGAAGAGCTCCCAATGTTTAAAGCTGGAATAATTATAACAGC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Seq C2 exon
ATCTACCTTCTGAGATATCATCCTTCTTCAGGGAGATAAGGAAAAAAAGCCACAGGGTCCCGGAGAGCCAGGGGAATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000125846:ENST00000377671:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.486 A=NA C2=0.379
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains