HsaINT0186194 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000125846 | ZNF133
Description
zinc finger protein 133 [Source:HGNC Symbol;Acc:12917]
Coordinates
chr20:18269121-18278706:+
Coord C1 exon
chr20:18269121-18269248
Coord A exon
chr20:18269249-18278628
Coord C2 exon
chr20:18278629-18278706
Length
9380 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTGAGT
5' ss Score
10.1
3' ss Seq
TTTCTGTTTTCCTTACCCAGATC
3' ss Score
9.96
Exon sequences
Seq C1 exon
CGCCGAGCATCCTGGGAGGTGTGGTCCGGGCGCTGTGCCGAGGATTCGGGGTAGTGTAGTCCTGGCGCCCCGCTGGAGGAGCTCCCCAGCTGGTGGCTGGAGCGACCCCTTGTTCTTTGGTGGCGCTG
Seq A exon
GTGAGTGAGGCTCCCGCGGGACCCTTGCCGCAGCCGTACCCTTTTCTGCGCGAAAAGGAAGGTCCCGAAAGGCTGGACTATGGGCTGAATTTGGGGACCGTGCGGGTGGCGCGGGGGTGGTGATTGTGGTGGGAACGCGCTGGCGTGGCGCAGGCCGTCCTCTCCCAGATGTCTTATTTTGGGGGTGTGGGCGTGCATCTCCAGGGGAGTTGGGTGAAGCCCATCCGTGAAACTGGATGGTGATGAGTGGGGGATCGGGCTCTCTCTCCTAGGGTTCTTGTGGGTGGGGACAGGTTCGGCTTTGGCTGAAGTCGGGTATTGGGAAAGGGAGTCGCTGATGCCATAAGTCCCCGGTTTTGGGGGAGTTGAATAAATAAGCTTTTTGGGGGAATGGTATTTCCCAGGTGGTGGAATGGGAACCATCCCTGGGGCCATGTGTCCCCGAGGCATTGGTCGGTTGAGGGCTAGTCTCTTGGGGCCACACTATTCTTCGGCTTTGCTGGAGTGGAATGAGGAGCGGTCTGGCTTGACCAAACAAGCCAAGGTTAGACTGGATCTGGGGTGGCCATTTTGCCGCGATCTTAGGGTTTCACTTTGGTTGGTCACCCCCGGGTTCGGGCGTTGGAGGAGGAAGTCTGGCTGGGACGCACAGGACAGGTTTTTTCCAAAGGTCCCAGGGACCGTCATTGATCGCAAGAATTACGGATTCCCAGGCCCCTGGTGTGGCCAGGCTTTGGGATTTTACATTCCATTTAAGTTTTTATTGCGGAGAAATTTCAAACAGCCAGAAGTAGATAGAACTCTATAGACCAGATCTCCATCACCCAGATTCAACACTTAAAACCTTATGACCAATCTTGATTCATCTCAGAATGGACACAGAGAATCCTTGCAATCCAGAGTTCACCGTCACTGCCCTTACTGTGTAAGAGCACGGTCTCCACAGCCACATTTCCTCTAGGCTCTGTCACTTTATAGCTGTGTCACCTTGGGCAAGATGCTGACTTCACTGTACCTCAGTTTCCTCGATTTTATCCTAAAGAGGATAATAGCATCTATCGTATTGGGTTGTTGAAAGGATAGAATGAGGTGAAACTCCTACAGTGGCTGTAACAGTCTCTGGTGTATACTAAGTGTTCAGTGAATATTACCTTTCATTAATAACAGGCACAGAGAAGGTCGCTTCATGCTCAGCGTCAACAGCATATCAGGGCAGGTCGTGCTTTCAACCTGTACCCCAGCTGTGTTCCCAGGAAGCTGCCCGCAGTTCTTTTCTCCTTTTCTTCTGTGGCAGGTTCATTCCTGATGCTGTTAAGGAATAGGAGGTACTGCCCTGCTGGAGAGGATTTCCCTTGATTTTCTTGAACGCTTTTTGTTCTTGTTCTGCCTCCCTGTGGCTCCTGTCTGCCCAGAGAGGACTGCCTGCTGGGGAAAGGGGGTACTCCTGAGCTCCTGACAGCCCAGCTTCAGGTGGGTGCCACTTACCTTTTGCATTTCGAACCATGAGTGGGTTTCTTTTGCTCAGCTTTGACGTCTGTGTTCTACAATGTCCCATCCAGGGATCAGGGCCCCAGCTGGTTCCTTCAGGAAACTAGGCTTGTTTTAAGAGTGATCATTTTCACAGGGAATATTTTTCAGAGCTGATGCTCTCATTCATTACACCTATATTCTTCCCCTACATTCCTTCTTTCAGTATTTGTTCAGACTGCTCATTCCCAGGGCTTGTCAGGTCCTGTGAAGTTGTTAACATTCTGTTCTTCTGTCTTCCAATACTCTCACTTACTCTTTTCCCTGCTAGAGTTTTGGCAGCAAATCCCAGTTATATCATTTCACCTGGGAACACTTCAGGAGGCATCTCTAACACATAAGGACTTCTTTTTTTAACATAACCACAATTTCATTGTTATACAGTTACATTGTTACAATTATATTTTGTTATACCCAACAAAATTAATAACTTATTAATATCATTTAATATCTAGCCCATATTGTTTTCCCCCATTGTTAAAAAAAAAATCTTTTTTTTCCACCAGTCAGAACAGCCCTGGTCAGAGGCAGGAGAGGGAAAAGTATCTGGAAACAGCATCCCAGTTTTCCCTATCTCTGCCTCATTTCTCCTCCTATTTCTTCTGATCTTGCTGATCTGTGTTGACAGCCTTATAACTTGATATAAGCTGGACCTCTGAGTTTTCCTTGCATCCTTGTTTCCAAACTTACTTCCCATTAGAAGTTGTGTCCTCCTGGCCGGGCACAGTGGCTCACACCTGTAATCAGCACTTTGGGGGGCCAGAGCGGGCAGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCGTGGTGGCACACACCAATAATCCCAGCTATTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCTGTCGCCTGGGCAACAGAGCAAGACTCCACCTCAAAACAAAACAAAAGTTGTATCCTCCTATTCCACCTGTGCATTCTTCTCGATTCCTTTTCTTTCCCTTTGTCTCCATTTCTGCACTGCCCTAGCTTCCTGTCTCTTCTTCACCTTCTTGCCTTGTCTTTCCTCCCATTTAGAGCTGAACTCCTTGAAAGAATTATCTATGTTTGTTGTCTGCGTTGCTATCCTTCTGTTATGTTTCGAATATTTTAGTAAGGCTTTTTCAAGTGACACCAAAAAATATTCTTGTCAGGGTTACCAATGGTCTCCTTGACTAAAGGCCACAATCAGTTCTCAGCAACATTTGATGTAATTGTTTACATCCTCCTTCTTAATATATCCTTTCACACAGTTGCTCTTGGTACTAGGTCTTCCTGGTTTTCCTCCTAACTCATAGCCTGCTCCTCCTCTGTCTCCTTTACTGGCTCTTCCTTCCCTCCCAAATTTCCACCGTGGAAAAGGCCCTGCTTCAGTTCTTAGACCTCCTGTCTTCTTCAGCTATACTGTCTCCTTGGTTCTCCCGTTCATTCTCAAGGCTTTAAATGCCATCTGTCTGAGGCTCAGCCTAGAGCTCTGTGTGCAACTCACATCCTGGTCCCCTACTGTCTCCTTCTTCACATTTCCAGTTGGATTTTTTTTTTTTTTTTTAGTGAGACAGGAGTCTCGCTCTATCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACAATCTCGGCTTACTGCAACCTCCACTGCCCATCTTCAAGTGATTCTCATGCCTCAGCCTCCTGAGTATCTGGTCTACAGGTGTGTGCCACCCCACTTGGATATCTTATGGGCATCCCAAAACTAATGTGTGCAACAAGAAACTCTGATTACCTTCCCTGAACATGTTCCACCCCAGTGGTATATAGACCATCCTTTCAAGAGTTTATCTTGGAGCAGAAGCATTTCAGCTCTTTCCTTCAGATTGCTTGGAGTCATCAAGGAGTCATCCTTGATCCTGTCTTGCTCTTATACCCTCATCCACACTACGGAAATCTGGACTCCGACAGTTTCCATGCCCTGCTGTTTCCACCATGGTCCAGGCCACCGTCTCATCTGGACGATCATAGCCTTTCAGTGATCTCTTTGTTTCTGCCTATGTCCCGCTAAGGTACATGAATCAGTGGAGCAAATAGAAGGAGATTTTAAATGTAAATCGAATCATGTCATGTGTTTGCTCAAAATCTTCCAGTGGCTTCTCATCCTAACCAAAGTCAAAACCAGTATCCTACAAAGCTAGGTCTGATGTCCCTACATTTACTCTTGGCCTTCATCTGTACCACACTATCTCAGTCACTCCACACCAGCCACAGTGAACTGTCCGTCCCTTGGCCATGCCAGCCTGATTCTTCCTTGCATCAGGGCCTTTGCACTGACTGTTCTCTTGCCCTAGATGTTCTTTTCAAAGTTATTCCCTGGGCTCTTCACATCCTTGAGATTTTTACTCAGTCACCTCAGAGATGCCTTCCCAAATCACCCTATCTAAAATTCTAAAACCTCACCCCACTTCTGTGACTATCCTTTCTCCTTCCCTGCTTTATTTCTCTTCATGCCACTCATCACTTTCTGATACAGTGTGTATTTTATTTATTCATGTAATTGGCCCATCTTTCTCCTCTAGACTTTCATGTCAGTGAGGGTAGATTTTTGTCTTTGTTCACTTCTGTATCCCCAGGGTTTAAAATAGTGCCTATCACACAGTAGGAGCATAATAAATACTTGCCAAATGAAGGCATAATCCATAGGAGTAATGGATGAGGCAGACTAGGATGTTGGGAAATGGTCTACAGAGACTGGCAGGAGGCTTTTGCCATTGTCCTGGTGCTCCAACTGGTGTAGGGGTGGGGAGGAATTGAGAGAGTTGGCAGAGGTGGAATCCATTTGCCTTGATAATTGGTTTGATATGGAAGGTAGAGAGAAGTAGTCATGGGACTGAGTAAGTGCCATGGATGACAGGAAGATGCTTCTGTTATCAGGTAAGCTGAAAGAGAGAGGGCGCAGTATGTCAATAACCAGCAAGGGTTCTGGTTATTGACTGCTACACAACAAACCACTCTAAAACTGAGTGGCTTAGGAGAGCAACTATGTTTTAATCTCCCACAGTTCTTTGGGTTTACCCAAAGCGGATGTGATCAGCTGAGATGTGAGTGATGCATCTTGCTATGGCTGCAGTCATTTGGGGACTCATTTGGGTTGGAACATGCAAGATGGTTCCGTCACACATTTGACATATTTTCGTGGGTTCCATCACATATTTTCGTGGGTTGGCTGGAAGGCTGGGGTCAGCTGGGACAGCAGGCCTCACTCTCTCCAGGTAGTGTAAGGGCTTCCAGCAGGATTGAACTCGTTACGTGGTACGTTAGAGCTCCCAAGAGTGAAAGCTGTCTGGCCTTCTTAGGACTTAAGCCTGTAACTGGCACAGTGTCACTTGTGTCAAATTTATTGGTTAAAGCAGGAACAAGGCCAAAATGGAAGAGCTCCCAATGTTTAAAGCTGGAATAATTATAACAGC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Seq C2 exon
ATCTACCTTCTGAGATATCATCCTTCTTCAGGGAGATAAGGAAAAAAAGCCACAGGGTCCCGGAGAGCCAGGGGAATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000125846-ZNF133:NM_003434:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)