Special

HsaINT0186198 @ hg38

Intron Retention

Gene
ENSG00000125846 | ZNF133
Description
zinc finger protein 133 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:12917]
Coordinates
chr20:18306298-18316996:+
Coord C1 exon
chr20:18306298-18306393
Coord A exon
chr20:18306394-18315071
Coord C2 exon
chr20:18315072-18316996
Length
8678 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
CACTTTTCTCTCTGCAGCAGATC
3' ss Score
6.85
Exon sequences
Seq C1 exon
GAATTTCATTTTCTAAACCAGAACTCATCACCCAGCTGGAGCAAGGGAAAGAGACCTGGAGAGAGGAAAAAAAATGTTCACCGGCAACCTGTCCAG
Seq A exon
GTGAGTGGGAAAACACTGGACAAATGAGACATGAGCTCAGCAGCTCAGAGGACTGGGGGAGAGGAGGCGTTGCTCAGGTGCTGGGGAGGGAAGCTGTTCCCCTGACCTCCTGGGCTGCTGTTTAGATTGCCTGACACGGCCTCCCTTCCAGATCTCCATCTTCATTCGAGTATGGACGGGGCTTTCCTGGTGTCTCGTCTCCTTCCTCCACTAGGAAGCCTTTTTTCCTCCCAGTGGGTTTCTCCTCTCTAGCTCACTCAGTTCTCTTTCATATATATGGGCTTCTTTCTCTTGTTACTGTTTTTTAAAAAGATCATCAAGAATATGGAAACAACTGTGACCTACAGAAAGAAGGCAAGCCCAGTGGGAGGAAGAAATCTAAAAAGCCAATAGAGAAATTGAAATGGAATTCTAAAAAAAACTGTGAGCTATTCAAGAATGGCTTTTACATTTTATAATGTTATATAAATATCTATATAATATCCTTAATTTTGCCTCTTAACCATCAAAGCCTGAACTATTTACTATCTTTAAGAAAAAGTTTGCTGGCCCATGCTCTAAGGGAGTACAATACATAGCCTTAACTTTTTATATTCTATTAATACTTAATCTGGGTAAAATATAAAATGTAAGAGCATTGCAATTACACAGTTCCAATCACCCCCCCTCCCAACATCCTTTGTACTATAATTGTCATTTGTATTATACACTCCTTATTACAATGTTAAAATGTTTGTTTTAAATGTTCATCTGGATTTGTTTTCTACAATGTATTTTTTTAATTAAGAGAAAAAATAGTCTTTAACTTATCCAGATAATTTATCATTTTCTGTTCTTTTTGTTTGTTTGAAAATCCGAGTTTACCTTTGGTATTATTTTTCTTGAACCTTAAGGACTTCATTTGGCATTTCTTATGGTACAGGTGGCAGTGTATTCTCTATTGCTTCTGAAAGTGTCTTTATTTTACCTTCATTCTTGAAGTGTATCTTCGCTCGATGTAGAATTCTACATTGGTTATTTTTTCAGCACGTTAAAGATAGCATTCCATTGTTCTGCCTGCCATTGTTTCTGATGGAGAAGTCACCATGAACATAATTTAGCTTTATTTCCTTTGGCTACTTTTCTCCATACTTTTGGTATTCAGCAGTTTCACTGTGATGTGACTGCCTTAAGTACATTCTTCCTTTACATGTTTTTATCTGCCTGAATCTCTCTGTCCCCTTTTGGGACTATAGGCACATGTATATTAGTCCTTTTTATATAATCCCACAGGTTATAGATCCTTTCCATATTTTTAAATCTTTTTTTTCTCTCTGTTCTTTAGACTGGATGATTTCTGTTGGTCTGTCTTCAAGTTTACTGTCTCATTTGTCATTTCCAATGTGCTAAGCTCTGGCCAGTGAATCCTTCATTTCACTTATTTTTCAGTTCTGCAATTTCCATTCACTTTTACTACACTTTTCTTTGTGGTGAGATTTCCTATCTGTTCACTAATTATAATTAAATTTTACTTTATCTTCTTTAAATCAGACACTAAGTGGATAACTTATTAAGTGAAAAAGTTATAGGATTTTGTATACTATGCAGTTGAGTTTGTTGTTAAACAAAGAGAAGTGTATGAAAGAGTATATATCCATATGTTTATGTGAACATAGAAGTCTGTTGTTATTTACCATTACTAGTGGTTACCTCTGTGGGGATAGAATTGGGGAGGGTTGGACAAGGGGCTGCTGAGAATTTTTCATCCTACTTTGCATTATTTTTAAATGACAGACACATAGATAACTTTAAGAAATTATATATGTGCTTTAATTTTTAAAATTCTTTTGACAGTTTTATAAATGTTTGCACAGAAGTATATATTTTCTTTTTCTGGGTAAGAAATTTTCTCCTCTTGTTTTTATTAAATTGATTAATTCTGTCTTCAAATTGAGGGACCATAGCATACATAATATAAATTGTCGCTGTTTTTCAACTTGCTTGTATCCTTACTGTTCATCTGTTAGAAGGAATCCTAAAGCTCTCCACAGTCGTAATTTATATCAACTTCTCCATTTATTTCTAAGTTTTTGTGTTATATTTCACTTTATTGTTCTATTAGGTATAGAAAGGTTCAGGATATTTTTATCTTACTCATTAATGAAGTTTTTAATGCTGAAATTCTCTTAGTTCCATGAGCTATTGTTTCCTTTAACTTCCTCTTTATTTCTTTTTAGTCTTAGCACTGTACTTTCTGGTGCATCTTTTTGGTATTTTATTGTTCATCCTTTTATTTTAAAATAAAAACATTGTCATTTGGGTGTTTTGCTTTTAAGCAGCAGCATGTAGCTGGTGTTGCATTTGCTGTCAAACCAAGTGGTGTTAACTTTTAATAGTGACTTTACTTAATAACAGATAAATTTCATGAGACTTGCTCAGGGGTTGACTGAGGCAGATGAGTAGGTGTTTTACTACAGCAATAGGAAAGAAGGAAGGTCAGGGCAAAGGAAGTAAAGCATCTGTATTAGTCACCTTGGGCCGCCATGACAAAATACTGTGGACTAGCTGGCTTAAACAACAGAAATTCATTTAGTTATAGTTCTGGAAGCCAGAAGTTCAAGATCAAGTTGTCAGCAGGTTTGGTTGCTCTGAGTCCTCACTCCTGAACTTACAGATGGCCACCTTCCCCCTGTGTCTTCACATGGCCCTTTCTCAATGCTCACACATCTTTGTCGTCTCTTCCTCTTCTTAAAAGGACACCAGCCCCATTGGATTAGGGCCCACCCTTACGACCTTATTTAACCTTAATTACCTCTTTAAAGGCCCTGTCTCCAAATACAGTCACATTAGGGATTACAGCTTCAACATAAGAATTTGGGGGAAACACAACTCAGTCCATAACAGCATCCTTGTGAGAGCACCATAGTGATTTCATAGACTCTCCGCCGAATATATAGTTCCATAAAAGGTCAGTTGGATATGTAAGTCCATTGGATCTCAGTTGTATGAAGGAGTAAAGATGAGGGACTGGTGTATAAGCTGAAAGGTCATGGATTGGAGCCCCAAATAAGGTCAGGAACCAATGTGCCCATGGTGCTTGAGCAAAGTGAGTCAGAAGGTAGAAGAAAAGGCTGTGTCAGAGAAGGGAATGTGCACAGGAGAGAATGTGAAGATTGTGCAGTGTCTGTGAACAGCATTCACAGTGCAGGTGAGGTCAGTGTTGCTGAGAAGTTGGAGTCTTAGCCAGAGGCTCAGCCCTGTGGAGCACCCTGAGAGTGCTGACAGGTATTGGTGTGGAGAGGATGTGAGGCTGGTAGGTGATCAAATATTCAGGGCAGTGTGTGAAACCAGGAGACCTGTGGATGGTCCTAAAAAAAGTATGGTAGGTAATGGTGTGGAAGCCACATTACAAAACAAGGACATTCATCCCACTGTGTAATGCTTGAGATATGAAAGGAAGAAGCTGTCTATCTACTTGAGGGAATCTTACAAAAATCTTCCTCTCAAGGAACAAGAGAGGTGTCTAGCCAAGGACATGGAAGGAATGTTGGACAGAGAAGGAGAGGATGTAGGGGCATTATCTGACCTGTGTGTTCATTCTAGAATTGGCAGGTGGAGGCTGGGAAAATGCTATACACCCTGACCTTTGTACATTTACACAAATATGTGTTTTCTCAACCTGAAAAGTATAGAATTATCAAAACATTTATATTAATAACAAGCAGCTTACCTATCATTGTCTTAAAGCGAAACCTATCTTTTTTGTCTCGTTTTTAATCCTTGTTTTAATTTAAAGAAAAACAGCAGCTCTTACAATGATGTTGAGCACATTAAAAAGAATGCTGTACAATCCAAGGAGCAAGTCATTGTGGTTGCCCAGGAAGCTGTCTTGGAAACCCAAAATATATGTGTAACGGGAGGAAGACTGTTCTAGGTATAAAATACATCTTAACGGTTTCATTATTCTATATTTGGGACTTGGATTTAAGACAGGCAATATCAGAATCCTCAAAATAGGCTAGTTACAAGAAAAGTATTTAATTTTCTCGGCTGTTTCATTAATCAGAATGCTAATTCAATAAATGTAACGGAATCATTTGCAACAACATGGATGAACCTGGAGGATGTTATGTTAAGTGAAATGAGCCAGTCACAGAAAGACAAATACCACACAATCTTACTTATATGTGCAGTCTAAAAAGGTTGGACTCATAGAGAAAGAGAATACAATGGTGGTTACTAGGGGATGGGGGTGGTTGGGGAAGATGTTGGTCAAAGGATTTTCACATAGAAAGAATAAGTTCAAGAGATCTATTGTATAACATGATGACTACAGTTAATAACAATATATTGTATTCTTGAAAATCACTAAGAGTAGATTTTGGGTGTTCTCATCACAAAAAATGATAGGTATGTGAGGTGATGCAATATGTTAATTAGCTCAATTTAGCCATGTCACAATGTATATATATTTCAAAATGTACACAATGAATATATACATTTTTTGTCAATTTAAAAATTAATTAGTTTTTTAAAAGTAACAGGAGTTACCATAATTATGAAGAATTATATGCCCTCCTGAAGTGACTAATCCTTGTTATTTATATTGACTAAGAAGCCTGGTAAGAGGTAACACAGAAGCCTAAGAATGAGAACTAAAGCCAGGTGCTGTGGCTTGCACCTGTATTCCTAGCTACTCAGGAGGCTGAGACCAAGGCAGGAGGATCACTTGAGGCCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGGCAACATAGCGAGACTCTGTCTCTAAAAAAATTTTTATAATTAGCCAGGGTGAGGTGTTGTGTGCCTGTAGTCCCAGCTACTTAGGAAGCTGAGGAGGGAGGATTGCTCGAGCCCAGGAATTTGGGCTACGTGATCTATGATTGTACCACTGCACTTCAGCCTGGGCCACAGAGTGAGATCCTATCTGTAAGAAATTTAAAAAATAAAGAATGAGAAATTGGATATCTGGTGAGGTAAAAATAGAGCTTTTATTTCTAAGTTG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Seq C2 exon
ATCCAGAGCCAGAGCTCTACCTCGATCCTTTCTGCCCTCCGGGTTTCTCCAGTCAGAAATTCCCCATGCAGCATGTGCTGTGTAATCATCCCCCCTGGATCTTCACATGCTTGTGTGCAGAAGGTAACATCCAGCCTGGGGATCCGGGCCCAGGGGACCAGGAGAAGCAGCAACAAGCCTCTGAGGGGAGACCCTGGAGTGATCAAGCAGAAGGTCCTGAGGGAGAAGGTGCCATGCCTTTGTTTGGAAGAACCAAGAAAAGGACTCTGGGAGCGTTCTCCAGGCCACCCCAGAGGCAGCCAGTCAGCTCTCGGAACGGCCTCAGAGGGGTGGAGTTAGAAGCCAGCCCAGCTCAGTCAGGGAACCCTGAGGAAACAGACAAATTGTTGAAGAGGATAGAAGTCTTAGGATTTGGAACAGTCAACTGTGGAGAGTGTGGACTGAGCTTCAGCAAGATGACAAACCTGCTCAGTCACCAGCGGATACACTCAGGGGAGAAGCCCTACGTGTGTGGGGTATGTGAGAAGGGCTTCAGCCTAAAGAAGAGCCTCGCCAGACACCAGAAGGCACACTCGGGGGAGAAGCCAATTGTGTGCAGGGAGTGTGGACGAGGCTTTAACCGGAAGTCAACGCTAATCATACACGAACGGACACACTCCGGTGAGAAACCTTACATGTGCAGTGAGTGTGGGCGAGGCTTCAGCCAGAAGTCAAACCTCATCATACACCAGAGGACACACTCAGGGGAAAAGCCTTACGTGTGCCGGGAATGTGGCAAAGGCTTCAGCCAGAAGTCAGCTGTCGTGAGACACCAGAGGACACACTTGGAGGAGAAGACCATCGTGTGCAGTGACTGTGGCCTGGGCTTCAGCGACAGGTCAAACCTCATCTCCCACCAGAGGACGCACTCTGGGGAGAAGCCCTACGCCTGCAAGGAGTGTGGGCGATGCTTCAGGCAGAGGACCACCCTTGTCAACCACCAGAGGACACACTCAAAGGAGAAGCCCTATGTGTGCGGGGTGTGTGGGCACAGCTTCAGCCAGAATTCAACCCTCATCTCTCACAGGCGGACACACACTGGGGAGAAGCCGTATGTTTGTGGGGTGTGTGGGCGAGGCTTTAGTCTCAAGTCACACCTCAACAGACACCAGAACATACACTCAGGAGAGAAGCCCATTGTGTGCAAGGACTGTGGCCGGGGCTTCAGCCAGCAATCCAACCTCATCAGACACCAGAGGACGCACTCAGGCGAGAAGCCCATGGTGTGTGGGGAGTGCGGGCGAGGCTTCAGCCAGAAGTCAAACCTTGTTGCACACCAGAGGACGCACTCAGGGGAGAGGCCGTATGTGTGCCGAGAGTGCGGGCGAGGCTTTAGCCACCAGGCCGGTCTCATCAGGCACAAGCGGAAGCACTCGAGGGAGAAGCCCTACATGTGCAGGCAGTGTGGACTGGGCTTTGGCAATAAGTCAGCTCTAATTACACACAAGCGGGCTCACTCGGAAGAGAAGCCTTGTGTGTGCAGAGAGTGTGGCCAAGGCTTTCTCCAAAAGTCACACCTCACCTTACATCAAATGACACATACGGGGGAGAAGCCATATGTGTGCAAGACGTGTGGGCGGGGCTTCAGCCTCAAGTCTCACCTCAGCAGACACAGGAAGACCACGTCTGTCCACCACAGACTGCCAGTGCAGCCCGACCCTGAGCCGTGTGCAGGGCAACCTTCGGATTCCTTATACTCTCTCTGAAGGCAAAGATGGGGACAAGGACTAAGAGTCAGAATGTTGACACTTTGATGAAATGGAGTAGAGAAATGCATTCTGTAAGTGGTCAAAGGACATTTGACTGTTTACTTTCTCCACACTAAGTCTTCTCCATGTTTTGTGGCCTTCGGTTGTAATAAACTTGGCTTCTTTATACATCTGTAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000125846:ENST00000377671:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

Alternative protein isoforms

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.494 A=NA C2=0.268
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.1),PF0009621=zf-C2H2=WD(100=4.0),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.5)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains