HsaINT0186198 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000125846 | ZNF133
Description
zinc finger protein 133 [Source:HGNC Symbol;Acc:12917]
Coordinates
chr20:18286942-18297640:+
Coord C1 exon
chr20:18286942-18287037
Coord A exon
chr20:18287038-18295715
Coord C2 exon
chr20:18295716-18297640
Length
8678 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
CACTTTTCTCTCTGCAGCAGATC
3' ss Score
6.85
Exon sequences
Seq C1 exon
GAATTTCATTTTCTAAACCAGAACTCATCACCCAGCTGGAGCAAGGGAAAGAGACCTGGAGAGAGGAAAAAAAATGTTCACCGGCAACCTGTCCAG
Seq A exon
GTGAGTGGGAAAACACTGGACAAATGAGACATGAGCTCAGCAGCTCAGAGGACTGGGGGAGAGGAGGCGTTGCTCAGGTGCTGGGGAGGGAAGCTGTTCCCCTGACCTCCTGGGCTGCTGTTTAGATTGCCTGACACGGCCTCCCTTCCAGATCTCCATCTTCATTCGAGTATGGACGGGGCTTTCCTGGTGTCTCGTCTCCTTCCTCCACTAGGAAGCCTTTTTTCCTCCCAGTGGGTTTCTCCTCTCTAGCTCACTCAGTTCTCTTTCATATATATGGGCTTCTTTCTCTTGTTACTGTTTTTTAAAAAGATCATCAAGAATATGGAAACAACTGTGACCTACAGAAAGAAGGCAAGCCCAGTGGGAGGAAGAAATCTAAAAAGCCAATAGAGAAATTGAAATGGAATTCTAAAAAAAACTGTGAGCTATTCAAGAATGGCTTTTACATTTTATAATGTTATATAAATATCTATATAATATCCTTAATTTTGCCTCTTAACCATCAAAGCCTGAACTATTTACTATCTTTAAGAAAAAGTTTGCTGGCCCATGCTCTAAGGGAGTACAATACATAGCCTTAACTTTTTATATTCTATTAATACTTAATCTGGGTAAAATATAAAATGTAAGAGCATTGCAATTACACAGTTCCAATCACCCCCCCTCCCAACATCCTTTGTACTATAATTGTCATTTGTATTATACACTCCTTATTACAATGTTAAAATGTTTGTTTTAAATGTTCATCTGGATTTGTTTTCTACAATGTATTTTTTTAATTAAGAGAAAAAATAGTCTTTAACTTATCCAGATAATTTATCATTTTCTGTTCTTTTTGTTTGTTTGAAAATCCGAGTTTACCTTTGGTATTATTTTTCTTGAACCTTAAGGACTTCATTTGGCATTTCTTATGGTACAGGTGGCAGTGTATTCTCTATTGCTTCTGAAAGTGTCTTTATTTTACCTTCATTCTTGAAGTGTATCTTCGCTCGATGTAGAATTCTACATTGGTTATTTTTTCAGCACGTTAAAGATAGCATTCCATTGTTCTGCCTGCCATTGTTTCTGATGGAGAAGTCACCATGAACATAATTTAGCTTTATTTCCTTTGGCTACTTTTCTCCATACTTTTGGTATTCAGCAGTTTCACTGTGATGTGACTGCCTTAAGTACATTCTTCCTTTACATGTTTTTATCTGCCTGAATCTCTCTGTCCCCTTTTGGGACTATAGGCACATGTATATTAGTCCTTTTTATATAATCCCACAGGTTATAGATCCTTTCCATATTTTTAAATCTTTTTTTTCTCTCTGTTCTTTAGACTGGATGATTTCTGTTGGTCTGTCTTCAAGTTTACTGTCTCATTTGTCATTTCCAATGTGCTAAGCTCTGGCCAGTGAATCCTTCATTTCACTTATTTTTCAGTTCTGCAATTTCCATTCACTTTTACTACACTTTTCTTTGTGGTGAGATTTCCTATCTGTTCACTAATTATAATTAAATTTTACTTTATCTTCTTTAAATCAGACACTAAGTGGATAACTTATTAAGTGAAAAAGTTATAGGATTTTGTATACTATGCAGTTGAGTTTGTTGTTAAACAAAGAGAAGTGTATGAAAGAGTATATATCCATATGTTTATGTGAACATAGAAGTCTGTTGTTATTTACCATTACTAGTGGTTACCTCTGTGGGGATAGAATTGGGGAGGGTTGGACAAGGGGCTGCTGAGAATTTTTCATCCTACTTTGCATTATTTTTAAATGACAGACACATAGATAACTTTAAGAAATTATATATGTGCTTTAATTTTTAAAATTCTTTTGACAGTTTTATAAATGTTTGCACAGAAGTATATATTTTCTTTTTCTGGGTAAGAAATTTTCTCCTCTTGTTTTTATTAAATTGATTAATTCTGTCTTCAAATTGAGGGACCATAGCATACATAATATAAATTGTCGCTGTTTTTCAACTTGCTTGTATCCTTACTGTTCATCTGTTAGAAGGAATCCTAAAGCTCTCCACAGTCGTAATTTATATCAACTTCTCCATTTATTTCTAAGTTTTTGTGTTATATTTCACTTTATTGTTCTATTAGGTATAGAAAGGTTCAGGATATTTTTATCTTACTCATTAATGAAGTTTTTAATGCTGAAATTCTCTTAGTTCCATGAGCTATTGTTTCCTTTAACTTCCTCTTTATTTCTTTTTAGTCTTAGCACTGTACTTTCTGGTGCATCTTTTTGGTATTTTATTGTTCATCCTTTTATTTTAAAATAAAAACATTGTCATTTGGGTGTTTTGCTTTTAAGCAGCAGCATGTAGCTGGTGTTGCATTTGCTGTCAAACCAAGTGGTGTTAACTTTTAATAGTGACTTTACTTAATAACAGATAAATTTCATGAGACTTGCTCAGGGGTTGACTGAGGCAGATGAGTAGGTGTTTTACTACAGCAATAGGAAAGAAGGAAGGTCAGGGCAAAGGAAGTAAAGCATCTGTATTAGTCACCTTGGGCCGCCATGACAAAATACTGTGGACTAGCTGGCTTAAACAACAGAAATTCATTTAGTTATAGTTCTGGAAGCCAGAAGTTCAAGATCAAGTTGTCAGCAGGTTTGGTTGCTCTGAGTCCTCACTCCTGAACTTACAGATGGCCACCTTCCCCCTGTGTCTTCACATGGCCCTTTCTCAATGCTCACACATCTTTGTCGTCTCTTCCTCTTCTTAAAAGGACACCAGCCCCATTGGATTAGGGCCCACCCTTACGACCTTATTTAACCTTAATTACCTCTTTAAAGGCCCTGTCTCCAAATACAGTCACATTAGGGATTACAGCTTCAACATAAGAATTTGGGGGAAACACAACTCAGTCCATAACAGCATCCTTGTGAGAGCACCATAGTGATTTCATAGACTCTCCGCCGAATATATAGTTCCATAAAAGGTCAGTTGGATATGTAAGTCCATTGGATCTCAGTTGTATGAAGGAGTAAAGATGAGGGACTGGTGTATAAGCTGAAAGGTCATGGATTGGAGCCCCAAATAAGGTCAGGAACCAATGTGCCCATGGTGCTTGAGCAAAGTGAGTCAGAAGGTAGAAGAAAAGGCTGTGTCAGAGAAGGGAATGTGCACAGGAGAGAATGTGAAGATTGTGCAGTGTCTGTGAACAGCATTCACAGTGCAGGTGAGGTCAGTGTTGCTGAGAAGTTGGAGTCTTAGCCAGAGGCTCAGCCCTGTGGAGCACCCTGAGAGTGCTGACAGGTATTGGTGTGGAGAGGATGTGAGGCTGGTAGGTGATCAAATATTCAGGGCAGTGTGTGAAACCAGGAGACCTGTGGATGGTCCTAAAAAAAGTATGGTAGGTAATGGTGTGGAAGCCACATTACAAAACAAGGACATTCATCCCACTGTGTAATGCTTGAGATATGAAAGGAAGAAGCTGTCTATCTACTTGAGGGAATCTTACAAAAATCTTCCTCTCAAGGAACAAGAGAGGTGTCTAGCCAAGGACATGGAAGGAATGTTGGACAGAGAAGGAGAGGATGTAGGGGCATTATCTGACCTGTGTGTTCATTCTAGAATTGGCAGGTGGAGGCTGGGAAAATGCTATACACCCTGACCTTTGTACATTTACACAAATATGTGTTTTCTCAACCTGAAAAGTATAGAATTATCAAAACATTTATATTAATAACAAGCAGCTTACCTATCATTGTCTTAAAGCGAAACCTATCTTTTTTGTCTCGTTTTTAATCCTTGTTTTAATTTAAAGAAAAACAGCAGCTCTTACAATGATGTTGAGCACATTAAAAAGAATGCTGTACAATCCAAGGAGCAAGTCATTGTGGTTGCCCAGGAAGCTGTCTTGGAAACCCAAAATATATGTGTAACGGGAGGAAGACTGTTCTAGGTATAAAATACATCTTAACGGTTTCATTATTCTATATTTGGGACTTGGATTTAAGACAGGCAATATCAGAATCCTCAAAATAGGCTAGTTACAAGAAAAGTATTTAATTTTCTCGGCTGTTTCATTAATCAGAATGCTAATTCAATAAATGTAACGGAATCATTTGCAACAACATGGATGAACCTGGAGGATGTTATGTTAAGTGAAATGAGCCAGTCACAGAAAGACAAATACCACACAATCTTACTTATATGTGCAGTCTAAAAAGGTTGGACTCATAGAGAAAGAGAATACAATGGTGGTTACTAGGGGATGGGGGTGGTTGGGGAAGATGTTGGTCAAAGGATTTTCACATAGAAAGAATAAGTTCAAGAGATCTATTGTATAACATGATGACTACAGTTAATAACAATATATTGTATTCTTGAAAATCACTAAGAGTAGATTTTGGGTGTTCTCATCACAAAAAATGATAGGTATGTGAGGTGATGCAATATGTTAATTAGCTCAATTTAGCCATGTCACAATGTATATATATTTCAAAATGTACACAATGAATATATACATTTTTTGTCAATTTAAAAATTAATTAGTTTTTTAAAAGTAACAGGAGTTACCATAATTATGAAGAATTATATGCCCTCCTGAAGTGACTAATCCTTGTTATTTATATTGACTAAGAAGCCTGGTAAGAGGTAACACAGAAGCCTAAGAATGAGAACTAAAGCCAGGTGCTGTGGCTTGCACCTGTATTCCTAGCTACTCAGGAGGCTGAGACCAAGGCAGGAGGATCACTTGAGGCCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGGCAACATAGCGAGACTCTGTCTCTAAAAAAATTTTTATAATTAGCCAGGGTGAGGTGTTGTGTGCCTGTAGTCCCAGCTACTTAGGAAGCTGAGGAGGGAGGATTGCTCGAGCCCAGGAATTTGGGCTACGTGATCTATGATTGTACCACTGCACTTCAGCCTGGGCCACAGAGTGAGATCCTATCTGTAAGAAATTTAAAAAATAAAGAATGAGAAATTGGATATCTGGTGAGGTAAAAATAGAGCTTTTATTTCTAAGTTG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Seq C2 exon
ATCCAGAGCCAGAGCTCTACCTCGATCCTTTCTGCCCTCCGGGTTTCTCCAGTCAGAAATTCCCCATGCAGCATGTGCTGTGTAATCATCCCCCCTGGATCTTCACATGCTTGTGTGCAGAAGGTAACATCCAGCCTGGGGATCCGGGCCCAGGGGACCAGGAGAAGCAGCAACAAGCCTCTGAGGGGAGACCCTGGAGTGATCAAGCAGAAGGTCCTGAGGGAGAAGGTGCCATGCCTTTGTTTGGAAGAACCAAGAAAAGGACTCTGGGAGCGTTCTCCAGGCCACCCCAGAGGCAGCCAGTCAGCTCTCGGAACGGCCTCAGAGGGGTGGAGTTAGAAGCCAGCCCAGCTCAGTCAGGGAACCCTGAGGAAACAGACAAATTGTTGAAGAGGATAGAAGTCTTAGGATTTGGAACAGTCAACTGTGGAGAGTGTGGACTGAGCTTCAGCAAGATGACAAACCTGCTCAGTCACCAGCGGATACACTCAGGGGAGAAGCCCTACGTGTGTGGGGTATGTGAGAAGGGCTTCAGCCTAAAGAAGAGCCTCGCCAGACACCAGAAGGCACACTCGGGGGAGAAGCCAATTGTGTGCAGGGAGTGTGGACGAGGCTTTAACCGGAAGTCAACGCTAATCATACACGAACGGACACACTCCGGTGAGAAACCTTACATGTGCAGTGAGTGTGGGCGAGGCTTCAGCCAGAAGTCAAACCTCATCATACACCAGAGGACACACTCAGGGGAAAAGCCTTACGTGTGCCGGGAATGTGGCAAAGGCTTCAGCCAGAAGTCAGCTGTCGTGAGACACCAGAGGACACACTTGGAGGAGAAGACCATCGTGTGCAGTGACTGTGGCCTGGGCTTCAGCGACAGGTCAAACCTCATCTCCCACCAGAGGACGCACTCTGGGGAGAAGCCCTACGCCTGCAAGGAGTGTGGGCGATGCTTCAGGCAGAGGACCACCCTTGTCAACCACCAGAGGACACACTCAAAGGAGAAGCCCTATGTGTGCGGGGTGTGTGGGCACAGCTTCAGCCAGAATTCAACCCTCATCTCTCACAGGCGGACACACACTGGGGAGAAGCCGTATGTTTGTGGGGTGTGTGGGCGAGGCTTTAGTCTCAAGTCACACCTCAACAGACACCAGAACATACACTCAGGAGAGAAGCCCATTGTGTGCAAGGACTGTGGCCGGGGCTTCAGCCAGCAATCCAACCTCATCAGACACCAGAGGACGCACTCAGGCGAGAAGCCCATGGTGTGTGGGGAGTGCGGGCGAGGCTTCAGCCAGAAGTCAAACCTTGTTGCACACCAGAGGACGCACTCAGGGGAGAGGCCGTATGTGTGCCGAGAGTGCGGGCGAGGCTTTAGCCACCAGGCCGGTCTCATCAGGCACAAGCGGAAGCACTCGAGGGAGAAGCCCTACATGTGCAGGCAGTGTGGACTGGGCTTTGGCAATAAGTCAGCTCTAATTACACACAAGCGGGCTCACTCGGAAGAGAAGCCTTGTGTGTGCAGAGAGTGTGGCCAAGGCTTTCTCCAAAAGTCACACCTCACCTTACATCAAATGACACATACGGGGGAGAAGCCATATGTGTGCAAGACGTGTGGGCGGGGCTTCAGCCTCAAGTCTCACCTCAGCAGACACAGGAAGACCACGTCTGTCCACCACAGACTGCCAGTGCAGCCCGACCCTGAGCCGTGTGCAGGGCAACCTTCGGATTCCTTATACTCTCTCTGAAGGCAAAGATGGGGACAAGGACTAAGAGTCAGAATGTTGACACTTTGATGAAATGGAGTAGAGAAATGCATTCTGTAAGTGGTCAAAGGACATTTGACTGTTTACTTTCTCCACACTAAGTCTTCTCCATGTTTTGTGGCCTTCGGTTGTAATAAACTTGGCTTCTTTATACATCTGTAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000125846-ZNF133:NM_003434:6
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.424 A=NA C2=0.267
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.1),PF0009621=zf-C2H2=WD(100=4.0),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)