HsaINT0186256 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000163848 | ZNF148
Description
zinc finger protein 148 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:12933]
Coordinates
chr3:125331158-125375354:-
Coord C1 exon
chr3:125375102-125375354
Coord A exon
chr3:125331239-125375101
Coord C2 exon
chr3:125331158-125331238
Length
43863 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCGGTAAAG
5' ss Score
5.69
3' ss Seq
GTATTTGTGTACTTTTGTAGGAT
3' ss Score
8.96
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCGACCGCGGCGGCGCTCTAGCTGCGGCATGTCTGCGTCTCTACTGCTCTGGGAGGAGGAAGAGAAGGAGGAAGAGGAGGAGGAGGAGGAGGGGGAGGAAGAGGAGAAAGGCGCAGGGGTGGGAGCTGTTGCCGAAGCTGCCACAGCAAAAGTTCTCCCCCCTCCCCCCTTCCCCTCCTCTCAAGGCCCCTAGAAAGGTTGGAGCTGCCGCCGCCTGCAGTCGGTGACCGCGCGACTCGGCGCCCGCCCGCG
Seq A exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
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Average complexity
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Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
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Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains