MmuINT0178643 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000022811 | Zfp148
Description
zinc finger protein 148 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1332234]
Coordinates
chr16:33380861-33421488:+
Coord C1 exon
chr16:33380861-33381113
Coord A exon
chr16:33381114-33421406
Coord C2 exon
chr16:33421407-33421488
Length
40293 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCGGTAAAC
5' ss Score
4.42
3' ss Seq
GTATTTTCATACTTTTACAGGAT
3' ss Score
9.96
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GATAGAAGAGAAGAATCAGTGGTTTGGAAATTTAGCCAAGTGATCTGGCGGGATGGGCTTATACCTGACACATTTTATAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000022811-Zfp148:NM_011749:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: