HsaINT0186534 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000263002 | ZNF234
Description
zinc finger protein 234 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13027]
Coordinates
chr19:44150413-44160309:+
Coord C1 exon
chr19:44150413-44150505
Coord A exon
chr19:44150506-44156251
Coord C2 exon
chr19:44156252-44160309
Length
5746 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
TGAATTCTCTGTCCTTACAGCAG
3' ss Score
8.95
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCATCACCCCTTCAAACATGATGTATTCCTTTTAGAAAAGGAAAAAAAGCTTGATATAATGAAGACAGCAACTCAAAGAAAAGGGAAATCAG
Seq A exon
GTAAGAACCAAGCAGCTAAGAGTCCTTGTACGTGATTGTCCATCTGTTGTACTTCTCTCCCCTGCTCTTGCTGCCATCGGGTCCAAATTGCCAAACCTCTGTCCTGGATGATTGCAACAGCCTTCGTACTGGGCGCACTGCATCCACCCTCAATAGTATAAAGTATGTTCTCCTACAGGCGTTCTCCATATCATAGCTAAAGTGATCCTTTGGAAATGTAAGTCAGATTGCCATTCCTCTACTTAAGACCTTGTACAGGGCTGGGCACAGTGGCTCATGCCTGTAATCCAGCACTTTGGGGGCCAAAGCAGGAGGATCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCTAACATGGCAAAACCTCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCGTGGTGGCCAGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGAAGCTTAGACAGGAGAATCGCTTGAACCCAAGAGGCAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCGCACCGCTACACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCGACACTCCATCTTAAAAAAAAAAAAAATACTCTGAATGGCTTCTTATTTTTCTTAAAGTTGAAGTCTCTTAAAGGAGCTTATAGAGTCCTGCGTGGTCTGCTGTTCATCCTCCTCTGCGTCTCTGACTACATCTCCTGTATTCTACCTCTTGCTCCATCTTTTCCAGCCACATCATCCTCCCTGCTATTTCCCAGACCTGGTAAGGACATTGCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTATAGTGGTGCAATCTCAGCTCACTGCCACCTCCGCCTCCCAGGTTCAAGCGATTCTTCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGTGCCTGTAACCACGTCCGGCGGATTTTTGTATTTTTTATAGAGACAGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCCTGACCTCAAGTGACCCGCCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGTGCCCGACCTGGACACTGCATTTCTTACTGCTGCTGTAACATATTACCCCAAACTGAGTGGATTAAATGATAAAAATGTATTGTCTTTCAGTTCTTTGTTTGAAGTCCAACATGGGTCTCACTACGCTGAAATCAAGCTGTCAGCCCGTCCCTGTTTCTTCCCGGAGGCTCTAGGGAAGGAGAATCTGTATCGTTCCCTTATCAGTGTGTAGGGGCTGCCAAATTTCATAGCTTGTGGCCCTCTTCACAGCCAGCAACAGTGCTTCTCTGATCATTCTTCTATAGTTGCATTTCCCTTTTATTCTCTCTTCATCCTTTTTCCACTTTATAAGGACCCTCTAATTGCACTGGGCCCACTTGGATAATGTAGAATTGCCTTCTATTTTTAGTTCAGCTGATTTGCAACCTTAATTCCCTCTGCAACCTTAATTACCCTTTGTCATAACCTGACATATTCTTAGGATGAGAATTAGAACGTGGATTCTTTGGGGGTTGATTATTCTGCCAACTACAGATACTTCTGCCTCAAAGCCCTTATTTGCCCTTGTCTTTGCCTGGAAAAACTCACCTACAATCCTCTCGGCCCCTCTCTTACTTCATCCTGGTCTCTGCTCAGTTTTAATTTCACAGTGGTGGCCTTTTCTGACATCCTTACTGGAAATGCCATCCTTTACTCTCTGCCCTACCTTCTCTTGTGTCTCATAGACTTTGGTTTACTTGCTTGTCCCCTCTCTCTCCCCACTGGAATATAATCTCCAAGAGTGGAGGAATTTTTTTGTTTGTTTGTTTATTACTCTATCATCAGTGCCTAAATAGTCCTGTTACATGGCAGATATCTGTTAATATAAATATCTGTTGGCATAATGAAGGCATTAATGGATGGATGTGACCTCACTCTAGGGGTCTTGCAGCTAGGACAGGTCATACACAAACCAAAATGAATGAAGGGGGTTGCAGAACGTTATTTGTTTTCTGATGGCTGCACATCCAGTTTCTTCTGCCTTAGGTGCCCTTCACGTGAATGTTTGTGTGTGCACTTGAACCTCATACCATGAAAACTTACAAGCATCGTGGTTGTGACCACACTTTGAGTAACAAGCCTTCCCAGTGGCTTTCCTGGAGGCTTCCATCATATGGAACACATTCATTTCTGGGAAGGAATAATTTTTGAATGAAGATTCTGATGTCTACTTCTGAGATAGCTCCCCCCACAAGAAGATAACTATTTCCTAAGGTGTCAGATAGTAACTAGGTTGCAAACTGCTTTCCTTTCAGCACACTGCCCATCTGAACCTCATTTGCTTCTTCCAAAGTGCCCATCCGTATCACTGCCCCCAGGTTTTGCCTCCCCTGTGCCAGAGGTGGAAGATTTAAGATTTGAGTGGCAAAAGTGACACAGCTGAATGTTGCCTGACTCTCTGGTTCAAAAATATGCTGTGCTTTTATTTTCTACAAATGTAGTAGCCATTAAGCATATATTAAAGAATATAGATGTCATACAATTTTTCCTTTATTTTTATAAAGACCTGGCTTTTATGTTCAACTAGTTGACATTATAACCTGGGAAAAATGAAGAAACTTCTTGCTCAAAATTGTCACATCATCATAGAGACTTGTCCTCCTCAAAAAAACTACAATTTTTAAGGGTCAGTTTGTTAAATCTAATCATGTATTCATCATATATATATATATATATATATATATGCGCCAAGAGTTACATACTCTCCTATGAATATTTTCCCAAGGTGTCACGGTTGGAAATTGTCTTTCCATTTGAAGCAGTTTGTTTAATTAAGGACCAGGTAACTTCTAGAACCAAAGTTTTTGAGCTCTTTTGAGCATGAGCCATAGCAAGAAACGCATTTTTCATTGAAATTAGAACAATGAAACAAACATTTCATGTCTGTATAGATTGATATTATAGCTTTAGTAAGCATTTCAGAAGGACCCCTTTCCTGCTGGTGGTAGTACTCTGATAGTTTCTATCCTGGTTCTTTTATTCTGAATGCTTATTACAAGCTTTTAAATTTATTTCACAGCTCACTAAAGGGCTACAGTTTTTAATTTGAAAAACTGTTGTGAAAGGCCCAACTTACCTACACTGAGAGCTTCAGAAGGAACCAGTGTATAGGGCTTCCTGCTTTCTTTTTATCCCAAGTGATTCTTGCCACCTTCAAATTTTCTTATTAGCCTCACCCTGGATATACCTGTCTCTTGTACAACTTTTCAGCTTCTCTGCAAAATTACAATTTTCTGTTCTTTTCCTATTTCAAATAACATTTGGAAAAGATGCTTTTCTCCTAGGACTTGGCTTAAATTCTCACACAAAAAAAGTCAAGTTGGGGTTCATTTATTCATTTGACATGCATTTATTGAGCATTCACTGTGACAGGCACAGTTCTGGACAATGGTTATAAAGTAGGAAAGTGTAAAACGAGTATTATGTCAAAATTAGAAAATGCTTCCCTCATTGATGCTGCATTGTGGTGGGAAGGACATACATTAAACAACCAGTAATTTAGTGTGTCCAGTGGTTAAAAGTGCTGTGAAGAACATAGACAAATTCAAGTTGCTAGAGGTGAATTGGGTGAAGACAGGATTCATTATTTTTCAATGAGTAATAAAGCAGCCCTCATTGGTGAGCTGACATTGAGCAGAGACCCACAAGACGTGAGGAACCATCCATCTCGCTATCTGGGAAGAGTTCCTCCCTGAATATAACTCCTGCTGTGGGGGTGGCTTTCAAAGTTTACACTGTGACATCTTTTTCTTCTCCCTGTCTCCATCTCAATTGTGAAAGATTGGAGTCTACTTCTTTTTCACTTTTTTTTTTTTCTGGAGGTCTAAATTACTGTCAGCTTTTAGAATAATACATGTTATCAGTTCAACTTTCTTTCCCTTTAGTCCTCATGTAGGAAACTTGCTGACAGAAGCTAAAGTTTCACCATCTGCTTATCTGCTAATATTTTAGTCAGTATGTGGTTAGGTACTTGCTCCCAGCCTGCAAGTCATGTTAACCATTCCAGTCACCTGGATATTGAAGTAACTTTCCAATAAAATGACTCAGGGCAGAGTTATATAGACACCATTTAACAAATGTCTACTGATACAAAGGAGGAGGTAGATTTTTTTCTCTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAAAGTCTCACTGTGTCCCTCAGGCTGAAGTGCAGTGATAAAATCATGGTTCACTGCAGCTTCTAACTCCTGAGTTCAAGCGATCCTCCATCTCAGCCTCCCAAATAGTGTTAACTACGGGTGCGTGCCACCACATCTGGCCAATTTTTTTAAAAGTTTTTTTGTAGGGCCAGAGTCTTGCTATGTTGCCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCGGCTTCAGCCTCCCAACATGCTTGGATTACAGATGTGAGCCACTGCACCCTGCCAAGAGGCAGCTTTTAAATGACTATTCCTGCAGGAGGGGAGTAAGTTTTTCCTCTGTAAAAATTTCCTTAGAGGTACGTCTTTCTGCTAAACTTTTGTGGAAGAGTTCATTTAAAAAATAATTTCCAAATATTTATATCTCTTTATACAAGATTAAACATTTTGGAATATTATTAAGGATAAACCTTTCAGAAGGGTTTAAACATTTTAAATCTAAGTTATATTAGAAGTGGTCAAGAGTTTATAATAGTTGTCAGCTCATTTAATGTCTGTCAACACAGAAAAATAAGATTAAGTGTATATGTTATGCAGAATATTCAAGAATATGGTTGATCCTTGAACAACTTGGGGGTTAGGGACACCAACTCCCCTCACAGTAAAAAATCCAAGTATAACTTTTGACTCCCCTCTAAAACTTTACTCATGGCCTACTTTGACTGAAAGACCTACTGATAACATAGTCAATTAACACATATTTTGTATGTTATAATGTATTGTATACTATATTCTTACAATAAAGGAAGAATTCTTTATTCTTACAATAAAGAGAAGAGAAAATGTTATTAAGAAA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Seq C2 exon
CAGACAAGATCCAAAGTGAGGTGGAGACTGTTCCAGAAGCAGGACGACATGAAGAGCTTTACTGGGGGCAAATCTGGAAACAGATTGCAAGTGATTTAATCAAGTATGAAGACTCTATGATAAGTATTTCTCGGTTCCCCAGACAAGGTGATTTGTCCTGCCAGGTTAGGGCAGGACTATATACAACTCACACAGGACAGAAATTTTACCAATGTGATGAGTACAAAAAATCCTTCACTGATGTCTTCAACTTTGATCTTCATCAACAGTTACACTCAGGAGAGAAGTCTCATACATGTGATGAGTGTGGAAAAAGCTTCTGTTACATCTCAGCCCTTCATATTCATCAAAGAGTCCACATGGGAGAGAAATGCTATAAGTGTGACGTGTGTGGTAAGGAATTTAGTCAGAGCTCACATCTTCAAACTCATCAGAGAGTCCACACTGTAGAGAAACCATTCAAATGTGTGGAATGTGGGAAAGGCTTCAGTCGTAGATCAACACTTACTGTACATTGCAAATTACACTCAGGAGAGAAACCTTACAATTGTGAGGAATGTGGAAGGGCCTTCATACATGCTTCCCATCTTCAGGAACATCAGAGAATTCATACTGGGGAGAAACCATTCAAATGTGATACATGTGGTAAGAACTTCCGTCGTAGATCAGCACTTAATAATCATTGCATGGTCCACACAGGAGAGAAACCATACAAATGTGAGGACTGTGGTAAGTGTTTCACTTGTAGCTCAAACCTTCGTATCCATCAAAGGGTCCACACAGGAGAGAAACCTTACAAGTGTGAAGAATGTGGTAAGTGCTTTATTCAGCCTTCACAATTTCAGGCCCATCGGAGAATCCACACTGGAGAGAAACCATACGTATGTAAAGTGTGTGGTAAGGGTTTCATTTACAGTTCAAGTTTTCAGGCCCATCAGGGAGTCCACACTGGAGAGAAGCCATACAAATGCAATGAGTGTGGGAAGAGCTTCAGAATGAAAATTCATTATCAAGTGCATCTGGTAGTCCACACAGGGGAAAAACCCTATAAATGTGAAGTATGTGGTAAAGCCTTCCGTCAGAGTTCATATCTTAAAATCCATCTGAAAGCACATAGTGTACAGAAACCTTTTAAGTGTGAAGAGTGTGGGCAGGGCTTCAATCAGAGCTCACGACTTCAGATTCACCAGCTGATCCATACCGGTGAGAAACCATACAAATGTGAAGAGTGCGGAAAGGGATTTAGTCGTAGAGCAGATCTTAAAATTCATTGTAGGATCCACACAGGGGAGAAACCATATAATTGTGAGGAGTGTGGGAAGGTCTTCAGTCAGGCCTCGCATCTTCTAACCCATCAGAGAGTTCACAGTGGGGAAAAACCATTTAAATGTGAAGAGTGTGGGAAGAGCTTCAGTCGGAGTGCACACCTTCAAGCCCATCAAAAAGTCCACACTGGAGAAAAGCCATACAAATGTGGGGAGTGTGGAAAGGGCTTCAAGTGGAGCTTGAACCTTGACATGCATCAGAGGGTGCACACAGGAGAAAAACCCTATACATGTGGGGAGTGTGGGAAGCACTTCAGTCAGGCCTCAAGTCTCCAACTTCATCAGAGTGTCCACACAGGAGAGAAACCATACAAATGTGATGTATGTGGTAAAGTCTTCAGTCGGTCTTCACAATTACAGTATCATAGGCGAGTTCACACTGGGGAAAAACCTTACAAATGTGAGATATGTGGTAAGAGGTTCAGCTGGCGATCAAATCTTGTAAGTCATCACAAAATTCATGCTGCTGGTACATTTTATGAAAATGATGAGAATAGTAAGAACATCAGAGAGTTGTCAGAGGGAGGAAGTTCTACAAGGTGATTAAAAAAAAAAAAACAGAACTCATGTACAACCTGAATGCTTGTAATTAGATTTCATAGGAGGGAAAAATTTTCTTTATCAACCTCTTTGAATTTATTTGATTTGTAACGCTCCACATTTCCACCTAGACTTTTTTTTGTTTTTTATTTTTTGTTTTGAAACAGAATCTCGCTCTGTTGCCCATGCTGGATGCAGTGGTGCTATCTCAGCTCACTGTAACCTCCACTTCCCGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGTGGATTACAGGTGCACACCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGAGTTTCACCATACTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCATGTGATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCGCCCCTGGCCTCCATCTAGACTTTGAAATGATTGCCTTCTAATTACAGTAGCATTCTCTTATTTAAAATATTTGTTTTATTTAAGTCAGTGTTTAAGCAATAGCTCAGCATATCCCAGTGGTCCAGTGACCACACAGCTGAGAACCCTTGTTAAGTGGTACAGTAAAGCATTCTGTCAAAACTTTGACATTTATGACATGTTACCTAGGAAATAGGACTTAGAAAATGAGTTTGACCTGGGCTTTAAAAAAGTATACTGATGAAGGTGCCAGAATTGATGTCCATTAGACTGTAAGCTCCATGGGGGCAGGAACTTTGCTACCGAATCTATACAACCTTAACATTGACTAGTGCTTGTAGGTGTGCTCAATACTTGTTTGTTAACTGAATCAAAAGGAGTAAATGCACAATATTTGAACATTGTATCCAAAGGAAGAAACCTGCGAAATAAAATTATTTGCAGAAATGAACATTTGTTGAAATGCAGAAAACCACTGGATACTGCAGCCTACAATATTAATATGATATTACTCTTTTACAGTTGACACCTGTCCTCTCTGTAGTCTCTTCTCTCAAATTTGGTTCTTATTGAGAGCCTGTCTAGTTTCCCAAAGGTTTTATAAAACATAAGTTGAAGTACCTTTATTTTTAATTTTATTTTTGAGACAGGACCTCGCTCTGTCACCGAGGCTGGAGTGCAGTGGCATAATCATGGCTCACTGCAGCCTCGTCCTCCCAGGCTCCATCCATCTGCCCATCTCTCCCTCTGAGTAGCTGGGACCACGGGCACGTGCCACCACACCCAGCTAATTTTTGTATGTTTGGTAGAGAAAGGGTTTCACCACATTGCCCAGGCTGGTCTTGAACACCTGAGCTCAAGCAATCCAACCTCCTTGGCCTCCCAGTGTTAAATTACAGGCGTAAGCCACCACACCCGGCCAAGTTGAAGTATATTTTGTGATTTTTCTGACAGTGCAGACTGAAAAAAATTTAATTAACCTGACAAGAGTTTACTGAATATCACACAATTGAGTTTTTAATCCATTAATGTTAAGGCAGGGGTTTACTCTAACACTTTTAAAGTGTCAGAAGTAGTTGCCAATGCCAAATTTTTATCAGCCCCCTTGAATTTATTTGATTTCTGACTTTCCACATTTCCATCCAGACTTTGACATGATTGCCGTCTAATAACTGTAGCATTCTCTTATTAAAACTTCTGGCTGGGTGTGGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGCACTTTAGGAGGCCAAGGCAGGTGAATCACCTGAGGTCAGGACTTAGAGACCAGCCTGACCAACATGGTGAAACCCCATCTCTACTAAATACAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGCAGGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGGATTGCTTGAACCCGGGAGGCGGAAGTTGCAGTGAGCCGAGACTGCGCCATTGCACTCCAGCTTGGGTGACAGAGCAAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAACTTCTGAGGTAGGGGCTGTACCATATTTTTGCCCCACACCCATTAAGCGAATACCAAAAACAACTTGTGGAAATTTGATAATTTTATCAAATTTATTATTTGGGCAGGATTGGCATTTACCATGCTTTTCCCTATTGCTGGCAGTAAAACATGGGTTTAAGGAAGAGTGTTTTTCAGAATTTACACTGTATATCTCTGATTTGGAAGTTATATAATTGGAATTTATGATTATGAGATTAAAATACCAAAAAGACTAAGTAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000263002:ENST00000426739:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.094 A=NA C2=0.053
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains