HsaINT0186539 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000159917 | ZNF235
Description
zinc finger protein 235 [Source:HGNC Symbol;Acc:12866]
Coordinates
chr19:44790501-44803056:-
Coord C1 exon
chr19:44802961-44803056
Coord A exon
chr19:44793350-44802960
Coord C2 exon
chr19:44790501-44793349
Length
9611 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
TATTCTCTCTATCCTTTCAGGAG
3' ss Score
10.88
Exon sequences
Seq C1 exon
GACATCAGTCCTTCAAACCAGATATGATATCCCAGTTGGAGAGGGAAGAAAAGCTTTGGATGAAGGAGCTTCAAACCCAAAGAGGTAAGCATTCAG
Seq A exon
GTGAGTACTGTGCAGCCGGAATCGTAGTTAACAGCTGTTATTTTTCCTTTATTCAGGATAATTTCTTCTCCACTCAGCTACCTGAGAGACTTTTTTAAAAAACATCTGTCATGGTTGGGCGCGATGGCTCAAGCCTCTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCTGGCAGGTGGATCACTTGAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGGGTCTTTAACATAGCAAAACCCTGTCTCTACAAAATGTAAAAAAATTAGCTAGATGTAGGTGTGCCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGATGGGGGGATTGCTTGAACCTGGGAGGCGTGGGTTGCAGTGAGCTGAGATCTGCTACTGCATTGCAACCTGGGTGATAGAGCGAGACTCTGTCTCAGGAAAAAAAAAAAAAGAATGAAAACATCTGTCACATCATGTCACTCTCTGCTTCAGATCCTCCACTGGCTTCCCATTTCATGAGTAAAATCCAGTGTATTTAAGGAGCTTGTAAGGCTGTATAATGTTTGCCTATTCACCTAGCTTTACCATTCTGTTTTTCCCCCTCCCTTTGTCTCTGCCACCCTCACTTGTTCCTCAGATATGACATCTGCATCACAGCCTTTTACTTTCTATTCTCTGGCTGGAATGCTGTTTTTTCTTAAACCTTTGTCTTTCTGATTGATTGATTGATTGAGATAGGGTCTCACTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTACAATGACACAGTCTCGGCTCACTGCAGTCTCCACCTCCTGTGCTCAAGCAATCCTCCCACCTCAGCCTTCTGAGTAGCTGGAACTACAGGTGTGCACCACCACACCCAGCTAATTTTTATATTTTTTGTACAGACGAGGTTTCCCCATGTTGCCCAGGCTGCTCTTGAACTCCTGGACTCAAGCAATCTGCCCACCTCAGCCTCCCCAAAATGCTGGGATTATAGATGTGAGCCACTGCGCCCAGCCCCTCTTCCTTATTTCATTCATGCTTCTGCTCAGAAATCATTTCATGAGAGGCTTTCTTAAAATACCATCTTCCAGCTGGGCGCGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGACAAGGTGGGCGGATCACCTGAGGTCGGGAGTTCGAGACCAGCCTGACCAACATGGAGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAATTAGCTGGGCGTGGTGGCACATGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCGAAATCGCACCATTGCACTCCAGCCTGGACAACAAAAGCGAAACTCTGTCTCAAAAAAAAAGGTTAGATTCCTTTCTTCTGTCAGTATTGGGTTTAATTTGGTTTTGTTTTTTGCTTTTCACATTTTTATTGGGAGCCACTGGGGAGGGTCCTCCTCCCTGTCAGTGGAGATGCTCACAGTTTCTTCAGCCACTCCAGGGTTGGGCCCTAGGAGTCCTGGGGGTGGCTGGACACATAAGGCATGCTCCCATCATCTCAGACAGGCATTGGGTAATTGTAGGGTGTGGCCTGGTTGATCATGATGGCATACTTGGTGTAGGGGCTGAGTGGGGGCAGAATTATAGCATGGCCTGCAATGGTGAAGGACACAGCCAGCACTGGCTGCTTGGCCCAGGCATTCCTGAAGAAGGCAGCAAGTCTTGCAGCCATCTTGGTCTTGGTAATGGCGATGGCTTGTTACTTTTTTCATTTCCTTAAGGTATAAGGTTATGATGTTGATTTGAGACCTTTTTCCTTTTCATTGTAACCATTTATAGCTATAGATTTCCCCCTTAGCACTGTTTTTGCAGTGGATTCGTTTTCATTTATCCCAAGATATTTTCTAGTTTCCCCTGTGATTTCTTCTTTGATCTATTGGTTGTATGTGTATTGTTGAATTTTCACATATTTATGGAATTTTCAGGTTTTATTCTGCTATTCATTGCTAGTTTCATTTCATTTTGATCAGCAGAGATACTTTGTGTGATTTTAATATTTTTATATTTATTAAGGCTTTTTTGTAGTTTAACATATGGTGTATCCTAGAAAATGTTCTGTATGTACTTCAGAAAAATGTGTATTCTGCTGTTATTGGGTGGAGTGTTCTGTATAATCATAGTCTACGTGTATATATTTGTTAGGTCCATATACTTCAAAAATGTATAAAACATAGAAAATTGATTAATTCTAAAATTGCTTATGTCCTTTGTTAAGATATCATCTAATCCACCAAACTGAGGGAGATATGTGACAAAAATGACTTAGTAGGATGCCATTTGTAATCCCACCATTCAGTTCAGTTTTAACATTCATTTTACATCTTTTTCTGTTAATGAAAATTGACTGATAGTTTAAATGGATAATTTCTGCTTCTCCACCCTTCCCCCAACATACACATAATTTGGATGACCTATTTGTTTTCCTATGACTTTAAACTTTTTATTTTGAAAACTTAAAAAACATAGAAAAGTAAATAATGCCATAGACTCTGTATATCCATACTGTCTTAGCAGTTATCAACTTTCTGCTGTTCCTGTTTTATCTTTCCCTTTTATTTTTTGCTGGAGAATGTCATATCACCCATAGATTTATCAGTGTCTATCTACAACAGTAACTCCTTATTGTCACTTACTATCCATTTTATAATCAGTATGGGCTCATATGTATTTATTTATACTTCGTGTTATAATCCAGTATTGCATTGTTTATTTTGTTACCAAGTTATTTCTACTTTGACCACTTGGAGCTTTTTCAGGTTGCCTCCTGTGGTTGAAATCACCAGTGATTTCTAGAAATGCAAATTAAAACAATGGTGAGATATCATCTTATACCAGCCAGAATGGCTATTATTAGAATCTGTTATGGATCTCTGGAGATCTCAGGTAATGAACTCAAGATGGATTAAATAGCACCATTTATTCAATAGGATGTCCTTTCCCCAGTGTATGTTTTTTTCGACTTTATCAAAGATCAGTTGGCTGTAGGTATGTGACTTATTTCTGGGTTCTCTTTTCTATTCCATTGATCTGTGTATCTATTTTTATATCAGTACGATGCTGTTTTGGTTACTATAGCCATGTAGTGTAATTTGAAGTCAGGTAATGTAATGCCTCCAGCTTTGTTATTTGCTTAGGATTGCTTTGTCTATTCAGGCTCTTTTTTGGTTCCATATGAATTTTAGAATTGTTTTTCCTCATTCTGCAAAAAATGACATTAGTATTTAGATAGCCATTGCATTGAATTTGTAGATTGCTTTGGGCAGTATGGTCTTTTTAACAATATTGATTCTGCCGATCCATGAACATGGGATGTTTTTCCATTTTTTTTATGTCATCTACAACTTCTTTCATTATTGTTTCATAATTTTCCTTGGTTAGATCTTTCCCTTCCTTGGTTAAATACATTCCTAGGTATTTTAATTTTTTTGTAGATACTATAAATTGGATTGTGTTCTTGATTTGGTTTTTAGCCTGATCATTATTGTCGTATAGAAATGCTACTGACTTTTGTATATTGATTTTTTTTAATCCTGAAACTTTATTGAAGTCATTTGTCAAATCTAGGATTCTTTTGGAGGAGTCTTTAGGGATTTGTAGGTATAAGATCAGATTGTCAGAAAACAGAGATATTAAATGACTTACTCTTTTCCAATTTAGATTGGTTTTCTGTCTTTCTCTTGCCTGATTACTTTGGCTAGGACTTCCAGTGGTACGTGAAATAGGAGTGGTGAAAGTGGGCAATCCTTGTTTTATTCCAGTTCTTAGGGGGAATGCTTTCAGCTTTTCCCCATTCAGTATGTTACCTATGGGTTGTCATATATGGCTTTTATTATTTTGAAATATGTTTCTTCTGTGCCTAGTTTGTCAAAGGTTTTTATCATGAGAGGATGCTGAATTTTGTCAAATGGTTTTTATATATCTGTTGAGATGATCATGTGGTTTTTGTTTTTAATTCTGTTTATAGGCTGAATCACATTTATTGGTTTGTGTATGTTGAACCATTCTCGCATCCTTGGAATAAAACCCACTCGATCATGGTGGCTTATCTTTTTGATGTGCTATTAGATTTGGTTTGGGGGGTTTTGTGGGGGGATTTGTGTTTGTTTTTGGAGGATTTTTGCATCTACATTCATCAGGGATATTGCTCTGTAGTTTTCTTTTTTTGTTGTGTCTTTATCTGACTTTGGTATCAGAGCAAGAGTGGCTTTCTAGAATGAGTTAGGGAGGATTCTCTCCTCTTAGATTTTTTGAAAGAGTTTTAGTAGAATTGGTACCAGTTCTTTGTACCTTTTGTGGAATTCCAGTGTACCTTTGTCTGGTCCTGGGCTTTTTTGTTCTTGGGAGGTTTTGCATTGCTGATTCAATCTCACTGCTCATTACTGGTCTGTTTAGGATTTCTGTTTCCTCCTGGCTCAATCTTGGGAGCCAGATGGGCTCAATCTTGGGAGGTTGTATGTTTCCAGGAATTCATTTTCTCTAGAATTTCTAGTTTTCAAGTGTATTGTTCATAAGAGTGTCTGATCATGTTTTTTATTTCTATGGTATTAGTTGTAATGTCTCATTCATTTCTGATTATGTTTATTTGGATCTTCTCTTTTCTTGGCTAGTCTTACTGGCAGTCTATCAATTTTATCTTTTCAGAGATAAAAACGAGCTTTTCGTTTCATTGATCCTTTGTATGGTTCCATGGTTCTCTATTTTATTTAGTTCTGCTGTGGTCTTTGTTATATCTTTCTTCTGCTGACTTTGGGTTTGGATTTTTCCTGTTTTTCTAGTTCCTGGAGGTGAGACACAGGTTGTTAATTTTTTATCTTTTTTTTTTTTTAGTGTAGACATTTAACACTATAAACTTCCCTCTTAGCACTGCTTTTGCTTTATCCCAGAGGTTTTGGTATATTGTATTTTCGTTTTCATTCATTTCAAGAAATTTTAAAATTTGTCTTGTCATTAACCCAAAGATTGTTTAGGATCATGTTTAATTTTCATGTATTTGTATAGTTTCTAGAGTTCTTCTTGGAATTGATTTCTAGTTTTATTCTGCTGAGGTGTGAGAAGATACTTGGTGTGATTTTGGTTTTTAAAAATGTATTGAGACTTTTTTTGTGACCTAACATATGTTCTATCTTGGAGAATGCTCCATGCACTAATCAGAAGAGTGTATATTCTGATGTTGGATAGAATGTTCTGTAAATGTCTGTTAGCTCCATTTGACCTAAAATTTAATTTAAGTCCAGTGTTTCTTTGTTGATTTTCTGTCTCAGTCTATCTAGTGGTGTCTGTGGGGTGTTGAGGTCCCCCACTGTTATTGTATTGCTGTGTATTTTTTTAGGTCTAATAATATTTGTTTTATGAATTTGGGTGCCCTGATGTTTGGTGTGTATATACTTAGGATTGTTATCTTATTTGTTTATTGATCACTTTATCATTATGTAATGACTTTGTCTTTTTTTACTGCTGTTGATTTAAAGTCTTTTTTTATCTGATATAAAAATAGCTACTCCTGCTCGTTTCTGGTTTCCATTTGCATGGAATATCTTTTTCTACCGCTTTACCTTCAGTCTGTGTCTTTATCGGTAAGATGAGTTATGTTGCCATTTGACTTATCTTCTTTCTTTGTGTAATTATTTTATAAGGCCTGCAAGTTTTATACTTTTGTGTCTTTTATCATGGCAAGTATCAACCTTTTGTTTTCATGGTTAGAACTCACTTGAGCATTCCCTGTAGACCTGGTCTAGTGGTGACAAACTCCCTAAGTATTTGTTTATTTGGGGAAGGCTTATTTTTCCTTCATTTATAGAGCTTATTCTAGTAGGATACAAATTTTTTTGTTTTTTGAAGCAACTTGAAAATAGAATCCAATCTCTTCTGGCTTGTAAGGTTTCTACAAGTTGAATTGTGTGATGGAGCTTCCTTTATAGGTGACTAAACACTTTTCTCTTGCTGATTTTAGGATTTTATCCTTCATATAAACCTTAGTCTGATGACTGTATGCTGTGGTGAGTTCCATCTTGCAATGTATTTTCGTGGAGTTCATTAGATCTCTTTTATCTGGATATCTAAAGCTCTTGCTAGATTAAGGAAGTTTTCCTCAATTATTTCCTTAACTAGGTTTCCAAACTTTTTACTTTTTCTTCTCCCTCAGGAATACCTATGATTCATAGGTTTGGTTGCTTTATGTAGTTTCATACTTCTTAGAAGCTTTGTTTTTTCTTCCTTATTCTTTTTTCTTTACTTTCGTCTGACTAGATTAATTCAAAAGACCTGTCTTGAAGTACCGAGATGCTTTCTTCTGCTTGTCTAGTCTATTGTAAAAGCTTTCAACTGTATTTTGTAATTTCTTCAATGATTTTTTCATTTCCAGAAGTTTTTATTTGTTTGGCTTTTTAAAAAAAAGATACCTATCTCTTTCTCTTTGGTAAATTTCTCATTCATATCCTGAATTGATTTTTTGTATTGCTTTTCAAATTTCTTTTGTATCTCATTGAGCTTCCTTAAAATCAGTATTTCAAATTATTTATCTGGCTCATTTTTTCCTTTATGATCTTTATTTCTTTTATGTTGTTTTTTTCCTGTCTTACTGCACTGACTAGAACTTCAGTAATGTTGAATAAAGGTTGTGAGAGTGGATATACTTGCCTTGTTCCTGATTTTCTGAGGGAAGCATTTAGGTCTAATTTTAGAATACTAAATCAGCCTTGCATTCTTGAGATAATCACTACTTTGTCTTGATTTATCCTTTTTATACATTGTTAGATTTGATTTGATCACATTTTGTTAAGAATTTTATAAATATGTTCATTAGGAATGTTAGTCTGTAGTTGCCTTTTCTTGGAATGTCATTGTCTTATTTTGGTGTTAGAATAATGCTGGCTTCCTAAAATGTGTTGAGAAGTATTTACACCTTTTCATTTTTCTGGAAGAGTTTGTCTAGCATTGGTATTGTTTCTTCCTTATATGTTTGGTAAAATTCATGGATGAAGCCCTATAAGCCTGAACTTTTGTTTGTGGAAATATTTGTAAGTATGAATTCTGTTTCTTTGGTAGATAAGGGCTATTCAGATTATCTGTATGTTCTCAAGTAAACTTATTTTGTGTCTTTCAAGAAATTTGTCCAGTTCATCTGCATTGTTGCATTTATTGCCATAAAGTTCATAAGTCCCTTATCCTTTTAATAATATATACAGGATCTATAGTGATGTCACCTCTCATCCTGATATTTGTAATTTGTATCTTCTTTCTGTTTTTATCATGAGTGCTAGAGTTTATTAATTTTATTGTTCTTTCCAAAGAACTAGCTATTTGTTTTCTTATTTTCTATTTATGCTTACTTTGTGTTTAATTTGTTCTTGTGTTTTTAGTTTCTATGACACATTTCTGCTTTATAAATTTTGCTCTAAGTAGAAATTTTGATATATTGGTTTTTTATTTTCACTCAATTTATAAAGTCTGTTTTGAATTATTTTTGATCCACAGTTTATTTAGAAGTATGTTATTTATTCTCTGAATATTTGAAGATTTTGCAGAGATGTTTCTGTTCATAATTTCTGATTTAAATCAGTTGTGGTTAGAATACCCTTTGTATGACTTGACTCCTTTTGCATCTGTTAGAACTTGTTTTATGGCCTAGAATATGGTCTGTCTTGGAGTATGTTCCATGTGCACCTGAAAATAACATTTTCTGCTCTTACTGGATAGAGTGTCCTAGAAAGACCAAGTAGTCAACTTGGTTGATAATATTGCTTCAAGCCTGTATCTTCACTTATTACCTACTTGTTTTTTGTTGTGTTTTGCTTTATTTTTTATATAATTTATTGTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTCTGACTGCTGATGCTGCTGCAGCTAAGACCTTTTTTGTTTCTTCAGCTTTTGCACATTCTGGAAAACCTGAATTCACAGAGCCTTCTTAGTCAGAAGCGACGGTCAGTGGGCTGTTTGGTAATTCAGAGGGGAAAGGTGTCTTCAGTCCCCAGTTCCCTGCATGTCTTCCCAGAGTTGTCATAATAGGTTTTGTGGAGGTTTTTGAGCATCTTTTTCCTCTGGTTGATGCTTATCAGCAGATAGCATTTGTGGGCTTTGTCCTTTCAATATGTCAGCATGTGTTTTTCATAACTGCAGATCTTGGCCAGGTGCAGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCATTTTGGGAGGCTGAGGTGGGAGGATCGCTTGAACCCAGGAGGTGGGAGAATCGCTTGAACCCAGGAGGCGGGGGTTGCAGTGAGCCGAGAACATGCCACTATACTCCAGCCTGAGTGGCAGAGCAAAACTCCATTTCAAAAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACTGTGGGCCTTGATGTTCAAGTCGATAATTCCAGCCTCTGTGGAGCTGGTGTCCTCAGGGCTTGCCATGTCCTTTTTTATCAACTATTCTGGCTTAATTTTTGGCTTCTCCTGGTTGGCCATTTCCAAAGACAAGTGTCTTTTCCCAATGTCATCAACCCTCTCAATCCTGGGAAAGTTCTGGTAGTCTTTGAGCAGCGTATAAGGGGACAGGTCATCATCTTGGCTGGGCTGGACTGGTTTCTGGATGGCATATCCACAGGTGGCCTGGAGGAAGAAACTTGGAGGATACCAGCACCACTGGTTGGAAGGAAGCCTGGTGCTCCCTCCTTTTGGCTTCTCAAAAACTGGAGCTTGGGTCTCAGTGGAACTTAGCACCTTTCACACAGCCCTTGGCATGGTGACTTCTGACCCCCAAGGGGCCAGGGCAGCTGTCCCTTTCACAGCACGGACTCAGTTACATGAGTGCCACCACATATCTTCCTACTTGGTTTACTAGCTGTTGGAAAGGGGTATTGAAATCTCCAGCTATAAATATGGATTTGTCTATCAGTTATTTTGAGCATGTTTCTAGATGTGCAGGTTGTATAATGAGAGCCTATAATTGAGGCATATATTTTGCCTGATTTATGTAGTTGCTACTTACGATTCAGTTGCTGTAGCCAAAGAAGAGGTGACTTTTAATTTACCATTCTTATAGGCAAAGAAGTCAATTTTTCCTTTCTAAGTACTTACTGAGATATCATTTTGTTGTTCTGCAGTTGGCTGGTTTCTACCTCTTGTCCTATTCTTAGATCTGTAGTTCTGTGTTTCGAGAGGCAAATAAAATCCAGGAAAATCTGTGATGGTAAAGATAAGCTGAAAGTTTCCATCATGAACTAAAGCCTGATACCGAAGGAACTATGTGTAAAATTTGGAAACATCTGGACAAAGCATTCACTTTGGAGTTGTGTATACTGGAGAATACACACAGGCAGCAAGACTCATACTCAGAAAAGACCCAAGATACACCTTAACCATACCCTGGGCTGATCTCAAATTTTCTATCTTAAATATGGCTTTTTAAAACATTTGGTGTTCTCTTGGTTGCAGCTGCTTTTCAGAGTTCCTATAAATTTATTTCAGCCAGTCTAGTTGTTTTTTTGACGTTTCCATGGGGAAAATGAGAGCTTAGATCTTAATTCTCTACTTTGCTAATGTCAGTCTCTTGGTCCTTTATTCCTTATTCTCTCTATCCTTTCAG
Seq C2 exon
GAGACAGGAATCAAAATGAGATGGCAACTCTTCACAAAGCAGGATTAAGGTGCTTTTCACTGGGAGAGCTTTCATGCTGGCAAATCAAGAGACACATTGCGAGCAAATTAGCCAGAAGTCAAGACTCCATGATAAATATTGAAGGAAAGAGCTCTCAGTTCCCCAAGCACCATGATTCCCCCTGTCAAGTGGGAGCAGGAGAATCTATTCAAGCTTCTGTGGATGACAACTGTCTAGTGAATCACATAGGGGATCATTCCAGTATCATTGAAAATCAAGAATTTCCAACTGGGAAAGTTCCGAATTCTTGGAGTAAAATATATCTGAATGAGACACAGAATTATCAGAGAAGTTGTAAGCAGACTCAGATGAAAAACAAACTATGTATATTTGCTCCATATGTTGACATTTTCAGTTGTATTTCACACCACCATGATGATAATATAGTGCACAAAAGAGATAAAGTTCATAGCAATAGTGATTGTGGTAAAGATACCCTAAAGGTATCACCTCTTACCCAGCGTAGTATTCACACAGGACAGAAAACCTACCAGGGTAATGAATGTGAAGAAGCCTTCAATGATAGCTCCAGTCTTGAACTTCATAAACAGGTACACTTGGGAAAGAAGTCTCCAGCGTGTAGTACACATGAGAAGGACACCAGTTATAGCTCAGGTATTCCTGTTCAACAAAGTGTTCGTACTGGGAAAAAACGCTATTGGTGTCATGAATGTGGTAAAGGTTTCAGTCAGAGCTCAAATCTGCAAACTCATCAGAGAGTCCACACAGGGGAGAAACCCTATACATGCCACGAGTGTGGTAAGAGCTTTAATCAGAGCTCACATCTTTATGCTCATTTGCCTATTCACACAGGAGAGAAGCCCTATAGATGTGACAGTTGTGGGAAGGGCTTCAGTCGTAGCACAGATCTTAACATTCATTGCAGAGTTCACACTGGAGAGAAACCTTATAAATGTGAGGTGTGTGGGAAGGGCTTCACTCAGAGATCACATCTTCAGGCCCATGAAAGAATTCACACTGGAGAGAAACCATATAAATGTGGGGATTGTGGTAAACGCTTTAGTTGTAGCTCAAATCTTCATACCCATCAGAGAGTCCACACTGAAGAAAAACCATACAAATGTGATGAGTGTGGTAAGTGCTTTAGTTTGAGCTTTAATCTTCATAGTCATCAACGAGTCCACACAGGAGAAAAACCATATAAATGTGAAGAGTGTGGTAAGGGTTTTAGTTCAGCCTCAAGTTTCCAGAGCCATCAGAGGGTCCATACAGGAGAGAAACCATTTCGATGCAACGTGTGTGGGAAAGGCTTCAGTCAGAGTTCATACTTTCAAGCACATCAGAGAGTCCACACTGGAGAAAAACCATACAAATGTGAAGTGTGTGGGAAGCGCTTCAATTGGAGCTTGAATCTTCACAATCATCAGAGAGTCCACACCGGAGAGAAACCCTACAAATGTGAAGAGTGTGGTAAGGGTTTCAGTCAGGCTTCAAATCTTCAAGCCCATCAGAGCGTCCACACTGGGGAAAAACCATTCAAGTGTGATGCATGTCAGAAGCGATTCAGTCAGGCCTCACACCTTCAAGCCCATCAGAGAGTCCACACCGGAGAGAAACCATATAAATGTGACACTTGTGGTAAGGCCTTCAGCCAGAGGTCAAATCTTCAAGTCCATCAGATAATTCACACTGGAGAGAAACCATTTAAATGTGAGGAATGTGGGAAAGAATTCAGTTGGAGTGCTGGTCTCAGTGCCCATCAGAGGGTCCACACAGGAGAGAAACCCTATACGTGTCAGCAGTGTGGGAAGGGCTTCAGTCAGGCCTCACATTTTCACACACACCAGAGAGTCCACACTGGAGAGAGGCCTTACATATGTGATGTCTGTTGTAAGGGCTTCAGTCAGAGGTCACATCTCATCTACCATCAGAGAGTCCACACTGGAGGGAATCTGTAGAAATGAGAGGTGTGGTTCAGCCTTCAGTTAGAGCTCACATCTTTGTCTCCGTTGGGAAGTCCATGCTGATGATTGTGAAAAGTTCCTTTAAAACTAGAAGCTTCAAAGAATCTTGACAGGAAAGAAGTCTCTCAAATGCTGTGTTTTAGACTTGGTTAGGACATGAATTCTTTACAAACGTCATATTTCACAGATGCGAGAAAACTTTGTTCTGTAAATATGATCAGTGTTTATATCAGAGTACCAGGTGTCCCGGTTCTCAAGATGTAACACAGCAGAAAAGTCTTGTCGGAGTCTGCACAGGAGAGAGGCCTTCCTTTAACAAAAGTATGATTGACAGAAAAAATGGATGTCAACTAAAATGTAACCTCTATGTAAGGAGGTGTTTTTCACCACTCTATCTCTACCATGTAGAATTGTGCTTGGCTCATAATAGGGCCCAGCAATTACTGAAGAAAGTGAAGAAAATACCTATAATTAGGACAAATACTTGAAAATTCTAGTCTGTTTTCTACTCTAAATTTATATTAATTTATATTCAAAAGGAATCCTGCAAGTAGCCTTAATAACGTTAGTTTCAGTAAGTACTGAAAAGTATATAATACTGCCATCCATACTAACACAAATTTGGAAAAAAGACATGAATGGCTCCCATCCTTCAGCCTTAGTTCTTTGTACAGTGTATCATCAGTTGTGTACAGTATGATTTTTAGTGTCAGTTTATAGACTGAACAATACTGTTTTTATCTAATGTGACCCTGCAATTTACATGATTAGAATTTTTGGACACTAAGCTGTACTGTAACTCTGAAAGTGTTAAAAGTAGTTACTGATGACAAAAAGTTTCTTAGTAAACTTGAATTGTTAATA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000159917-ZNF235:NM_004234:4
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.379 A=NA C2=0.116
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF143691=zf-RING_3=WD(100=6.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.8),PF134511=zf-trcl=WD(100=3.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)