HsaINT0186539 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000159917 | ZNF235
Description
zinc finger protein 235 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:12866]
Coordinates
chr19:44286350-44298903:-
Coord C1 exon
chr19:44298808-44298903
Coord A exon
chr19:44289197-44298807
Coord C2 exon
chr19:44286350-44289196
Length
9611 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
TATTCTCTCTATCCTTTCAGGAG
3' ss Score
10.88
Exon sequences
Seq C1 exon
GACATCAGTCCTTCAAACCAGATATGATATCCCAGTTGGAGAGGGAAGAAAAGCTTTGGATGAAGGAGCTTCAAACCCAAAGAGGTAAGCATTCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GAGACAGGAATCAAAATGAGATGGCAACTCTTCACAAAGCAGGATTAAGGTGCTTTTCACTGGGAGAGCTTTCATGCTGGCAAATCAAGAGACACATTGCGAGCAAATTAGCCAGAAGTCAAGACTCCATGATAAATATTGAAGGAAAGAGCTCTCAGTTCCCCAAGCACCATGATTCCCCCTGTCAAGTGGGAGCAGGAGAATCTATTCAAGCTTCTGTGGATGACAACTGTCTAGTGAATCACATAGGGGATCATTCCAGTATCATTGAAAATCAAGAATTTCCAACTGGGAAAGTTCCGAATTCTTGGAGTAAAATATATCTGAATGAGACACAGAATTATCAGAGAAGTTGTAAGCAGACTCAGATGAAAAACAAACTATGTATATTTGCTCCATATGTTGACATTTTCAGTTGTATTTCACACCACCATGATGATAATATAGTGCACAAAAGAGATAAAGTTCATAGCAATAGTGATTGTGGTAAAGATACCCTAAAGGTATCACCTCTTACCCAGCGTAGTATTCACACAGGACAGAAAACCTACCAGGGTAATGAATGTGAAGAAGCCTTCAATGATAGCTCCAGTCTTGAACTTCATAAACAGGTACACTTGGGAAAGAAGTCTCCAGCGTGTAGTACACATGAGAAGGACACCAGTTATAGCTCAGGTATTCCTGTTCAACAAAGTGTTCGTACTGGGAAAAAACGCTATTGGTGTCATGAATGTGGTAAAGGTTTCAGTCAGAGCTCAAATCTGCAAACTCATCAGAGAGTCCACACAGGGGAGAAACCCTATACATGCCACGAGTGTGGTAAGAGCTTTAATCAGAGCTCACATCTTTATGCTCATTTGCCTATTCACACAGGAGAGAAGCCCTATAGATGTGACAGTTGTGGGAAGGGCTTCAGTCGTAGCACAGATCTTAACATTCATTGCAGAGTTCACACTGGAGAGAAACCTTATAAATGTGAGGTGTGTGGGAAGGGCTTCACTCAGAGATCACATCTTCAGGCCCATGAAAGAATTCACACTGGAGAGAAACCATATAAATGTGGGGATTGTGGTAAACGCTTTAGTTGTAGCTCAAATCTTCATACCCATCAGAGAGTCCACACTGAAGAAAAACCATACAAATGTGATGAGTGTGGTAAGTGCTTTAGTTTGAGCTTTAATCTTCATAGTCATCAACGAGTCCACACAGGAGAAAAACCATATAAATGTGAAGAGTGTGGTAAGGGTTTTAGTTCAGCCTCAAGTTTCCAGAGCCATCAGAGGGTCCATACAGGAGAGAAACCATTTCGATGCAACGTGTGTGGGAAAGGCTTCAGTCAGAGTTCATACTTTCAAGCACATCAGAGAGTCCACACTGGAGAAAAACCATACAAATGTGAAGTGTGTGGGAAGCGCTTCAATTGGAGCTTGAATCTTCACAATCATCAGAGAGTCCACACCGGAGAGAAACCCTACAAATGTGAAGAGTGTGGTAAGGGTTTCAGTCAGGCTTCAAATCTTCAAGCCCATCAGAGCGTCCACACTGGGGAAAAACCATTCAAGTGTGATGCATGTCAGAAGCGATTCAGTCAGGCCTCACACCTTCAAGCCCATCAGAGAGTCCACACCGGAGAGAAACCATATAAATGTGACACTTGTGGTAAGGCCTTCAGCCAGAGGTCAAATCTTCAAGTCCATCAGATAATTCACACTGGAGAGAAACCATTTAAATGTGAGGAATGTGGGAAAGAATTCAGTTGGAGTGCTGGTCTCAGTGCCCATCAGAGGGTCCACACAGGAGAGAAACCCTATACGTGTCAGCAGTGTGGGAAGGGCTTCAGTCAGGCCTCACATTTTCACACACACCAGAGAGTCCACACTGGAGAGAGGCCTTACATATGTGATGTCTGTTGTAAGGGCTTCAGTCAGAGGTCACATCTCATCTACCATCAGAGAGTCCACACTGGAGGGAATCTGTAGAAATGAGAGGTGTGGTTCAGCCTTCAGTTAGAGCTCACATCTTTGTCTCCGTTGGGAAGTCCATGCTGATGATTGTGAAAAGTTCCTTTAAAACTAGAAGCTTCAAAGAATCTTGACAGGAAAGAAGTCTCTCAAATGCTGTGTTTTAGACTTGGTTAGGACATGAATTCTTTACAAACGTCATATTTCACAGATGCGAGAAAACTTTGTTCTGTAAATATGATCAGTGTTTATATCAGAGTACCAGGTGTCCCGGTTCTCAAGATGTAACACAGCAGAAAAGTCTTGTCGGAGTCTGCACAGGAGAGAGGCCTTCCTTTAACAAAAGTATGATTGACAGAAAAAATGGATGTCAACTAAAATGTAACCTCTATGTAAGGAGGTGTTTTTCACCACTCTATCTCTACCATGTAGAATTGTGCTTGGCTCATAATAGGGCCCAGCAATTACTGAAGAAAGTGAAGAAAATACCTATAATTAGGACAAATACTTGAAAATTCTAGTCTGTTTTCTACTCTAAATTTATATTAATTTATATTCAAAAGGAATCCTGCAAGTAGCCTTAATAACGTTAGTTTCAGTAAGTACTGAAAAGTATATAATACTGCCATCCATACTAACACAAATTTGGAAAAAAGACATGAATGGCTCCCATCCTTCAGCCTTAGTTCTTTGTACAGTGTATCATCAGTTGTGTACAGTATGATTTTTAGTGTCAGTTTATAGACTGAACAATACTGTTTTTATCTAATGTGACCCTGCAATTTACATGATTAGAATTTTTGGACACTAAGCTGTACTGTAACTCTGAAAGTGTTAAAAGTAGTTACTGATGACAAAAAGTTTCTTAGTAAACTTGAATTGTTAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000159917:ENST00000291182:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.197 A=NA C2=0.124
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains