HsaINT0186581 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000198105 | ZNF248
Description
zinc finger protein 248 [Source:HGNC Symbol;Acc:13041]
Coordinates
chr10:38117899-38126640:-
Coord C1 exon
chr10:38126545-38126640
Coord A exon
chr10:38122045-38126544
Coord C2 exon
chr10:38117899-38122044
Length
4500 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
GTTATTTTTCTCATTTCTAGAAA
3' ss Score
9.24
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTATTGCATTACTAAACCAGAAGTGATCTTTAAGATCGAGCAAGGAGAAGAGCCCTGGATATTAGAAAAAGGATTCCCAAGCCAGTGCCACCCAG
Seq A exon
GTGAGTTAGTGATTTCTGGCAGATGAAAGCCAGAGGAAATTAGAACTTAGGTAATTGGTTTAGGATTTGTCACCTTTGGAATATTTTTCACAAATGTCTCTTTTTAGCCCCAGACCTTTGGAAATGATCAAAAACAATTGGCCCACATCCCTGTTACCTTAATCACTCCTCCATATGTTATTCTCACTCATAAATGCTTTTCTTGGCTGGGTGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGCGGATGACGAGGTCAAGAGATCGAGACTGTTCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATATGAAAAATTAGCTGGATGTGGTGGTAGCTGCCTGTAGTCCCAGCTGCTTGGGAGGCTGAGACAGGAGAACCATGTGAACCTGGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATTGTGCCACTGTACTCCAGCCTGGTGACAGAGTGAGACTCAGTCTCAAAACAAACAAACAAACAAAAAAAAACAAACACTTTTTTTTTTTTTTACATTTTAAAGTATTTTACTTATACCTATAATCCAAACCAGTTGGCTTCATTTTAGATATGTTTTCTTGGTTAGTTTGTCTTTATCTTTTAAAATTGTTTGCCTTCCTTCCGTTGTCTTAGACACCTTTTGTTAGCTGACAGGTATTCATGCAATCCTTCTATATATTCATTTAACAACATATGATGAGCACTCACTATGTCTGTTATGTTTTAGGTAATTAACAGAATAATGTCCCTGGTATCTTAGTGTGTGTATTAAAATAAAGGACAAAAAAATGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACATGTCTGTGTGTTTGTATATATGTACACACCCATGTGCATATGTGTGTGTATATAGGTACACACACACTGTGTTGGGTCATGGTAAGTGCTGTGAAGAGAATTCACACAGGAAAGGAGGACGAAGAATGACGGTATAGTCTGTTTGGCAGTAGGTTAGAGAAAACCTTTTTGAGGAGTTCCCACATTAGAGATGAGGCTTTAATATGAAAGTGTGAGCTATGTGGATTCAGTGTAGTCCAGGCAGAGAGAACATCAGGTACCAAACCTCTTAGACAGGTGTGTTCTTAGAATGTTTGAACAGTGTCAGGGAAATCACTGTGGTTGGAAGCTAGCGGGCATGGTGGAGACTGGTAGGAGATAATGTCAGGAGAAGAAACATGAGCTATGGTAGATACATAAATTTTACTTTTGGTGCTATGAGAAACTGTTTTGAGTAAATGTAAATCAGCTTAAGTCATCAGATTTGATTTACAGTTTAAAAGGATCTCTCTGACATCTATGCAGTGTATATACTGTGGTGGGTGGTTGTGGGTGGTATGAGTAGGGATAGGGTACCATTATGTGCTTCAGAGGAGAGAGGATAGTGGCTGAGACTGTTGGAAGTGCCAGAGGTACTGAGAAGTGGTAGGTTTGTACAAATATTTTGAAGATGGAGCCAAGAACATTTGCTTTCAGATTGGGTATGAGAGAAGGGAGAATCAAGTGTGATCCCAATAATTTGTCTCAAGCAGCTAGATAGATTAGGTTATCATTTACTGAGACAGAGAAAAATTAGAGAGGAGACATATAAGGGAGTTATCACAGATTTAATTTTGAACACCAGAAGTTGGAGATAACTCTTATAATCGAGTCTGTTTTTGACTAAGAGATTGGATATGTGTAAGTACATGGTTGAGGTCAGAACTAGAAGTATCCATTTGAAAGGCATCAACTTAAGATGATGTTAAAGGAATGAGGCAGAATGAGATCTTCAAGAGCAGAAGTCAACAGACTTTTTTTGTAAATGACCAGATAGTAAATGTTTGAGGCTTGGCAGGCCACATATGGTCGTGGTTGCAGCTGCTCCTCCTCATCTTCTTTCTTTTCCTTATTCCTTCTCGTTCTCCTCTTGCTCTTTCTCTCTCCTCTCTTTTCCTCTTCCCTCTTCTGTACTGCCTCATCCAGCTTTTTCCCTTCAAAAACTTAAAAAACATACTTAGCTCAAGGGCCATTGCCGTGCAGTTATATGCCAACCCCTTTTCTAGAGTGTGATTGTATGTAGGTGAGAGTAGTCTTGGGACAATAATGCTTTTAGTAAGTATTAAATTCATCCCTTAGAGGATATTGAGGAATAACAATCTGAGCTACACAAAAACCAGAGAGCCTGGTTTCCTGTAGTCAAATGAGGTACATTCTTCCATGTTACTGCTATCTTGAATGGCAACCATGGCATCACCGTACTAATAAACCTGTTAATATTTCCCACCAGTCTCTTTGTTCCTATTGTTATTTTTCATTTAAAGCTATCTTCTACATACCTTTATATTCTCACTTTTCACTGATATAACTCAAAAGCAAAACTATGTGTTCTCATTCCTGACTCAGTCTAATTGTTAGTTGTCTAATTTCTAATTCCTAGTTGGTTCTTTTCTCTTTTTTTTTAGCCTAAATTATTCAATTTATCTTCCTTTAGCTTAACAAACTAACCTAAAGTTGCTGCTTATTAATAAATTAAATTTCCCTTTCTTTTCTTTTCTTTTTTTAGTTTTAAACCTTTGTGTCAAGGGCTGACTTTCAATAGATTGCAGCAAGGGAGCTGCTCAGTAAATTTCCCTTTCAATGACTATAATAGTGTAGCCCTTGCTACCTGTCTTAAATTTCTTTGTTTCTGCTCCCTAAAATTTATGTCAAATCCCGTCCTATTCTATATCTTAAATTTTATTTGCAAATGTTTTCTCATTTACTGGAAAACTTCCGTTCTTGTTTGCCTTGCCTTTTTTCAGGTAATTCATACTGTGTTTGTAAAGTGTTTAGAAATTGAATAGTAATGGCTTATTATTTCACTTGTTTTAAGTTAGAACTTGATTTTTTGCTGAAACTTAAATAGCCCAGATTTTATGACATTAACTCACCAGTGGCTGTATGCCAAAAACTTAGACCTGTTCATATGGCTTAGGGTTGCTTAGGGTTTCTTTTTGCATTGAGATTTTTGTTCTCCAAAAGAGAAGGGCCTCTCTTACTAATTTGGGTATTTTGATAATTACTTTGTTGATTATCTGTGTAGCCAGATTTAGGAGAGATCATTCATTTTCATACATTCTGAAAGTATTCTATGATACTCTTCCTAAATACATATTCCCATATTTTGTCTTCGTGTATTATAGCTGATCAGGTGCAGGTTGGAAATAATTCAGTGCACGTTGCTTTATAAGAATAATGTACAGTTACATTATAGTAACACCTGCCAAGTTCTGGACTCTGGTCACAATAGGGGCGATAGCATTGAGCAAGGGATTTATTTTATGTTACAATGAATTATATAAACAGTAACTTCTAAAAGATGGAGCAAGTGGAGCCTTAAAATGGTAGAGATGTTATAGAGATTTTTGCTATCATTATTTTATTATTATTACTATTATTAGTTTTTGTTTTTAAGTTAAAGTAGCAGTTCACTGAGGGATATCCAGGATCTAAGGAGAGATAAGGATAAAATGTTTCTAGTTGAGTGGAAGGTATGTTATTAGGGATGAGCAATTTCTGAGAGTCTAATCTCTAGCCAAACTGCACAGAAATATTTTCAATAGATTTGCATGATGTTGAGAAGATGAGGGTGTAAACCATGCTTTACCTCTGCCAAACCTAATTCTTATGTTTCTCACTACCACTCACTCTATTTCCTTTTTAAAAAAACAACTCCCTTGAACTCATTCTCTGTGCATTTCCTGCTCTTTGAAAGAACAGCTCTCAGAATATCTCCATCTCCTGTTTATCATGTCTTGAGTTTATTTCACCTTCCCTAGTATGCTTTTCCTACAGCATTAAAAAAAACTATTTCTTCTCAATAAAACTTAAAGAAAACACTGGCTCTTGGGCTATATAGGACTGTTCTTTTGAATCCAAGGAAGTTGATGTTTTCAGAATGTTAATTTTCTTGCTGATTCAAAGATAGAAAGAAGCATGTACTCTGGTGGGAATTCTACCCCAGTAAACTGTGTGTGAGGGGATTAGGACCAAGCTCTGTTTTGTCTCCACCAAACCTAATGCATCCTCTGAAACCCCTTGTCTGCTAATCTTCACCATCACTTTATTCAGTGTTCATTGTCTCTGTTGGGTTCACCCCATTTTCTCCGAGTTTTTCTATTTCTGAATCAGCCACTCTGGTTCCCTGTGCTGTGAATTTTATTTCACCTTTTCTTTTCAGTTTTGAAGGTTATATTTATAAAGTGTTAAATATCATTGCCAATTTCTTCTCCCTGTTTCCACTGAAGCATGTTTTATGTTTTCCACCTAAACCTTGGAGGGTAAAGAAAATGTACACTTGAACTCAGTTCACACCAGGAAACTGAATTTAAAACAAAAGAATTGACTGTATGATAGTGCATTTGTGTAAAAGTCTGATTCCATCAGAAATGTATTAAGGTTCATAAGATGTGGTTATTTTTCTCATTTCTAG
Seq C2 exon
AAAGGAAATGGAAAGTTGATGACGTGTTAGAGAGCAGCCAGGAAAATGAAGATGACCATTTTTGGGAGCTTCTATTCCACAACAACAAAACAGTAAGTGTAGAAAATGGAGATAGAGGAAGCAAAACTTTCAATTTGGGCACAGACCCTGTTTCTTTAAGAAATTATCCCTATAAAATATGTGACTCATGTGAAATGAATTTGAAAAATATTTCGGGCTTAATTATTAGTAAAAAGAACTGTTCCAGAAAGAAGCCTGATGAGTTTAATGTATGTGAGAAATTGCTCCTTGATATTAGGCATGAGAAAATCCCTATTGGAGAGAAGTCTTATAAATATGATCAAAAAAGGAATGCCATTAATTATCACCAGGATCTCAGTCAGCCAAGTTTTGGCCAATCTTTTGAGTATAGTAAAAATGGACAAGGCTTCCATGATGAGGCAGCATTTTTTACAAATAAGAGATCTCAGATAGGAGAGACAGTCTGTAAATATAACGAATGTGGAAGAACCTTCATTGAAAGTTTAAAGCTGAATATATCTCAAAGACCTCATTTGGAAATGGAGCCGTATGGATGCAGTATTTGCGGGAAGTCCTTCTGCATGAATTTAAGGTTTGGACATCAGAGAGCTCTTACAAAGGACAATCCTTATGAATATAATGAATATGGGGAAATCTTCTGTGACAATTCAGCTTTCATTATCCATCAGGGAGCTTACACAAGAAAGATTCTCCGTGAATATAAAGTGAGTGACAAAACCTGGGAAAAGTCAGCTCTCTTAAAACATCAAATAGTACACATGGGGGGAAAGTCTTATGATTACAATGAAAATGGGAGTAATTTCAGCAAGAAGTCACATCTTACCCAGCTTCGGAGAGCTCACACAGGAGAAAAAACCTTTGAATGTGGTGAATGTGGGAAAACCTTCTGGGAGAAGTCAAACCTCACTCAACATCAGAGAACACACACAGGAGAGAAGCCCTATGAATGTACTGAATGTGGGAAAGCCTTTTGCCAGAAACCACACCTGACCAACCATCAGCGAACACATACAGGAGAAAAACCCTATGAATGTAAGCAATGTGGAAAAACATTCTGTGTGAAGTCAAACCTCACTGAACATCAGAGAACACACACAGGGGAGAAGCCCTATGAATGTAATGCATGTGGGAAATCCTTCTGCCACAGATCAGCCCTCACTGTGCATCAGAGAACACACACAGGGGAGAAACCGTTTATATGTAATGAATGTGGAAAATCCTTCTGTGTGAAGTCAAACCTCATTGTACATCAAAGAACTCACACTGGGGAGAAACCATATAAGTGTAATGAATGTGGGAAAACCTTCTGTGAAAAATCAGCTCTCACTAAACATCAGAGGACTCACACAGGGGAGAAGCCGTATGAGTGTAATGCATGTGGGAAGACCTTTAGTCAGAGGTCAGTGCTCACCAAACATCAGAGAATTCACACAAGGGTGAAAGCTCTTTCAACATCCTGAATGTTAGAAGCCTTCATACACTTGTGAAATTGGTTATACAGTTTCAAAAAAGGAGATCAGAGAAAGCCAAAGAATGTCAGAAATTTGTAGAAAATGACTTCTTGTTTGAATATGTAAAAGCTTTCAAGAAAAATTAAAACTTTTCATTAGAAAATTTGTACTGAGGGGAATTCTATTCATCTAAGTAATATGGTGAAAATATTTATCTGGAATTTATGTTGTTTAGTGTTATATTCCAGACGTGATACCAAAATTTTGTTGCAAATATAATGGACAATATTTATTTATACCCATATTCACAGTGGAATCTGAAGCTTATAAAAGTTGAATGACAGCAGCATTAAACATATATGTGAAGAGTCCCCGATGTTTGTAGACCTTATGTGAGTATGCAAATATATAAATTTGAGTATGCTTGATTTGTATATTGGAACTCAACATGATCATAAGGAGAAGATACGTACCCTTAATTGAGTAACTACTATGGTATTTGTTAATATTTTCTACACTAAATACCATTGGTGTCTTTATAGGTTGACATAATTATATATGTGTATGTACATATGTTTGTGTGTATATGTAAATATATTTCTACACACATACTTAAATATAGTGATGTGCTAGTATAACCTCATACTGACTTAAAAGTTCTGATTGTTAAATTTTAAGGAATTTTGTGAGCCAGTTATTAAAAGCAGTCATTATTTAAAATATGTAAACTTACAGTTAAAAACAAAGGTAATAAATACTCAGCACTCATCACTTCCTAATTATTTTGCTACATTTCACTATTACCTTTGCTGTTTTACTTATTTAATCTGTATGATGAAAATACTGTATAATAGTGTGCACTGCACATCTGTCTCTTCCCAGCTCCACATTCAGTGCTGTCTTGGTAGCTTGGACTTAGTGGGAGTGTTTACACCATGGAAATTGACAAACTATAAATCAGGGTTTTAATTTTCTCAGAGAACCTGCTGTCAAATATTTACAGCACATCACTGTGTATATATGAAAACGTATTTGGCAATACAAACCACATACCCCTTCTATTTCCTGACATAAATAAATGGCTATGGCCATTTACAGCTGAACCACGTCTTCAAGAAAGAAGCCAAAAATATTTCCGTGAGGTTTTTAACTACCTCTGAATCTGTCCTACTCTAAATACTACCGGAGTCTCTTTGTAGGTTGGCCAGTATATGTTTTTAGTGAAATATTATTTCACAAAGAACTATATCACGTACCTTTCCTCTGACTGTTTCCTGGCATATATGCATGAATATGGCCATTATTGAACTATCACTTCAGTAAAGAAGTTAAACAGTACTTTTCTGAGGTTTTTCAGCTACCTCTGGGTCATTCTGTAATGTAAATGTTGTTAATAAGAATGGTTTTTACATAAATTATGCAAAGGTTAACAAGCAGTAACACTGCACTCCTCAAAAAGTGGCGGTATGTAATGAAAGGCCCTTTTGATATCCTTGATTTTTCATTGTGTATCTGTTTGGGCACGGTCTATGTAACACTAGTTCTGCGTATTAGTATTTTAGAGTATCTCTGCCTCCCTTGTCCTGTTGTTTCTTTTGCCCCCTTGGAACACATTGGTCAGCAGTTCTAAGAGACACTGCCCACATGATGGCCATTCCCTACTTCATCCTTGCTGAGCTAAATTTTATATTTTTGTGCATCCTTCTCCCAGATGACTTAGGTGGTAAGTCCAGATTAGTCAAAGCTAATCATGGAAGTTCCATTTTAATGATTCTGTTGGGGTGAACTTGGGAGCAATGAGATGTTTGGGAAGTATTGTGTAGTACTTCTGGGAAAGATCTCCTTGATACAACATTGTCATGACATGAGAAGAGACTCTGCTGGGCTTTTTCATGTCTGTAACATGGTATTGGCTTATCGTTTTTATCTCTGAAGGGCAGTAGCCTGAAGATAACAGTGCACAAGGTGGGAAAAGCCAGCTCAGAGGTGACGTTGCCGAGCTACTCTGCTCTCTATACCTGTTCTCTACTGGGACTTTTTATAACCCTCAATAACTGTTTTTTATTTGGTCTTAGGGCTGTCTGATACTTAGAGCTGAAGGCATTCCAGCTGACACAGAGGAATATTTTTCTAAGTGTTAATGTTCTATATGGTAATTAGGGGGAAGAATTATTTCTTTTCACAAGTTAATATAGGGATGGCTGTTTGTATCAGCCATGGTTCTTTCTGGTGGAAAACAGAATTCTCCAACTAAAAATATTTTAATGGCAGACTGATTACAGTGGTGTGGGCCAGAAACAAGGGACAGTGAAACACCCAGAGACTTGTATCAGCAGGAAGCCATTGCCATTCTGAGCCTTGAAGGGCAAGGAGGGAAACAGTGTTACCAGAGCCCAGTAAGAACTGCTGTCATGAAGGAGGGGCCACCTTGTAAGAGACATCATTACTACCAGAACTGTGGTGCCAAATTGCTGGTGTCTCTCTTTGGAGAAACCAACCAGATACATCTGCTGGAGAGCCCAGGTGGGCACAGAGAAGGGTGGAGAGAGAATCTGGGAAGAGAAATGGAGAATAAGCAGCACAGTGTTATTCATTTCTGTAAATTCCTATGTAGAAGGCTCAGTGTTAGAAATAAAGTTATTCTACTAGTTGC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000198105-ZNF248:NM_021045:5
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.053
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.8),PF079757=C1_4=WD(100=8.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)