HsaINT0186738 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000137871 | ZNF280D
Description
zinc finger protein 280D [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:25953]
Coordinates
chr15:56654385-56658486:-
Coord C1 exon
chr15:56658424-56658486
Coord A exon
chr15:56654504-56658423
Coord C2 exon
chr15:56654385-56654503
Length
3920 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTAACT
5' ss Score
6.39
3' ss Seq
TTTAATGCTTTTTTTTTTAGGGG
3' ss Score
10.13
Exon sequences
Seq C1 exon
CTTTCATAGTAACCGTCCAAGCAAAAGGTTTTGTATTTTTAAGAAGCATTCAGAAAATCTCCG
Seq A exon
GTAACTAGTTGATCTTTTTTTACTCTTTCTATTGAAAAATTGTAATGACTTAAATTTTTTTTAACACAACAGCTTTATTGAGGTAGAATTAGCATACCATACAATTTATGTGTTTATAGGTTTTAGGATATTCACAGAGTTGTGCAGCAATCACCAGTTAGTTTTGGTACATTTTTATCACTCCAGAAAGAAACCCTGTACCCATTAGTGGTCATTCCCATTTCTCTCCAGCTCTTCCCATCCCTGAACAACAACTAGTCTACTTTCTGTCTGTGTAATATTTGCCCATTCTGGACATTTCATATAAAAAATGATACATGATGTGGTCCTCTGTGGCTTCTTTCATTTAGCATAATGTTTTCAAAATTCATCTATGTTGTAGCATGTATCAATATTTCATTGTTAAAAATTGCTGCAAAACCCATTGTAAAGGTACATCATAGTTTATTTATTTAGATTGTTTTCATTTTGAGGCCCTTATGAATAATACTACTGTGAACATGTGTGTGCATGTTTTTGTATGGACATGTATTTTTATTTCTCTTTAGTATATACTTATGATTGGAATTGCTGGTCTGTTTGATAACTCCATGCTGAGCGTTTGAGGAAGCACCAGACTGTTTTCCAAAGTAGCTCCACTATTTTACATTCCCACCAGCAGTGTTTGAGGGTTCCAATTTCTCCACATATTTGCCAACACTTTTTATTATCTCTTTTTGATTATAGTCACCCTAATGGGTATAAAGTGGTATCTCATTGTGGTTTGCTATAACTTTTTTTAAACCTGATATTAGGGTACCTAATTTGAAAATATAAATGATTGCTACTGGACATTAGAGAGTTGTGTTCATTGTATTCTTAGACCAGAAGTATGATTAGCCATTGTTCTCTTGCTGAATTTATTTCAGTGGAAAGGTGGTGTCCAGAGGAAACCTTGATGCGTTTGCATTGTAAAATGAGAACAAAAATAAGGCTCGCCAACAATATTTGAATATTAAAAAGATAGCTAAGCTATCTCTTAAAGGAATGAACACTTTTTTAGTTTTGAAGTAAATTTCCTTTAACCACTGGAATTCTTGAAATCAGTATATGATTTTTATAATTCTAATATTTTCTTTTGAAAATAAAGAGAATTATACAATTTTACTATACTGAAAGAACTGTTGATAAAATTTTCTAAAGGCATTGATAGTTATCTTTGGTTATACCACACACTTAGAATCCACTGAGCGCTATTGTTTCATATTCTTCTGATTTCTTGAACTTTCTTTGTTTATTTTATGTTGCCATTGCTCCTTGAAATGTCAGTGTCTTTGTTCCACCAAGCTGATCTGTAGAGATAAGTTTAGCGAATACTTATTTTGATGCTTTTGATTAGTGGAAAATGTAGAAGAGGGGATGGTATGTCTCAAGACCTTTGCATTTATTATTTCCTATGCCTAGTTTGCTTTCCCCCAGATATTGTATGGTTAGCTCTTTTGTCTCCTTTAGGCCTCTACTTTGATTGAGTGAGTCTTTCCTTGACTACAAAATTTAAAACTGTATCCTCTTCCCTTTGCTTTATCCCAGCATTCCCTATCTCCTGTTTATGTTTTACTTTTCTCTAGATCATCTAACATACTTTTATTTTACTTGCTTATTGCCTATGTTCTCTCACTATATTGTGTGTGGTTTGGTTTTTTTGTCTGTGCCTGGCACATAGTAGGCACTCAGTAAATATTTGTTGAATAAATTAATGTATATATTGAAAATGATGTACGTGGAAAATAGGTCCCATCTGTGATGTTAGACTAGTAGCTCACAGGGAGAGAAAATATCATTCAATTTTTAAAATGTTAGTACTACTTTTAAAATATTTACTGAATCTAGGGAAATAATTAAGCTACATTAGATGTTACCTTTACTAAAAACAGTTACAAGAGTGAATATGGTTTTATTGCATTCTAAGAATGAGAGTTTAATTCAATTTTTACCTCATTGTGGTCAAGCTCAGTTGTGTGTTTAGTTTCTCAATGAACTATGTGGTTTTAAAGATCTGGGATGTTTTTTCACTAAACCTGGCTAGTCTCAAATTGAAAATTGTTCAATTTCTGTGAATAGAGCTTAGCATAGTTATAATTCTATATGACAATGATTAATGTAATTATTCTTATTGAAATAGACTATTCATTCCGTAACTATTTATTACGTATCTGTCTTGCACATAAAGTAGCAGGTCCTGTAAAGATGACAGTGATGAAGCAGTGTTGGAACCAGCCTTCAGGGAATGTACAGTACAGTTTATTGGGTGGGAGTTAAGGTGTGAACATAAATAACTATGCGTTTTAATAAGTGCAATGAGACTTATTTCAGAGAGGAAAAATATTACAGTTCTTGTAGTGATCTGGATAGGTATTAGGCCTACTTGGCTTTAAAGGATGGGTATTGTTTCTACTGGTAGAAGAGGCACGGGGCATTCTAGTTCAATAGACTAAATTTTTTTCAAGAGTTCTGTTTACAATTCAAATTACTTTAGGCAACTTAACATCATTTGTACATTTAATATAATTGATTTTCTTTTAAATAGCACTTCAAATGCTTGGTGTAACCAACTCCCAAGTGCTTAACTCTTATAAGAAATTAAATATATAGTGGCTAAGTTATCTGAAGCATTTTAGTATTTTTACAGGCTTAATATTTTAAAACACCTTTCAGCTAAAAATCACACAAGTCTAAATGCATTTTAAGTTAGAATCTTAATGTACTTTATGTCAAGTGTATTCAAATACTTCAAATAGCAAATGCTAAACAGTTAGATCCAGTGAGGACAAAAACTCTTCCTGTACTCAAAAATAAAGTATTGATAACTAGGGAATTGTTTCCTAACCTCTTTAAACATTTATAATAATTACACATTTCATTTAAGAACTACAGCACTCAGGCCGGGCGCAGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTGGGAGGCCGAGGTGGGGCTGATCACAAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGACCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTAGTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGTGTGGTAGCATGAGCCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGGGCCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCAGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATCACGCCACTGCACTCCCGCCTGGGTGACAGAGTGAGACTCCCTAGTTCACAGTGCTGAGATGATGAGGAACTCAAGTTTGCAGATTTTAGTATTTTATTAACTACTTTAGCTAGTTCAGTGTTAAGTAAGAATAATACCAACCTTGATGGTTGTAGTGAGAATCAGATGAAATAATAAATGGGAAAACTCTTGACACATAATGTACAATCGATGGTGGCTAAAACGTGATCTGTTTTTAAAGCCTTCCCATTTTTCTTCTGATTTTATCTCCAACTGAATAAAACACCAGATTCTAAGTAAGCTCCATTCGAGCATAGACAGTACTATTTCTTGTTCACCATTATATTCACAATACCTAGTAGTACAGTATATATAAAAATAGCTCCAGTAAATATCAAGTGAATGAATACGCTATGTTCACTTTGCAGATGCGTGGGAGGACAAATAGAATGTGACTTGCCTAAGTTACACAAGTTGGTTGTGGAGCCAAGACTGACTCTAGGTCTTCTGACTCCTAACTTTTAACAATTGGTATGACAGGTAAAAGTGTAAAATAAATACTTTCTGTAAATAAATGGTAGCATAATTTGGACATGGCTATGTCATTTACCAGAGAATAATGTCAGTTTATGTCAAATTTATATAACAAAAATGGGAAGTTATAGTTATGTATGGCACAAAAAGCAAATTATGGAAAAATAATCATCAAACTTATAAGTGGATTTTCATAAAAGATAAAAATCTTTTTTTAATGCTTTTTTTTTTAG
Seq C2 exon
GGGCATTACTCTAGTGTGCCTTAATTGTGATTTCCTAAGTGATGTTTCTGGCTTAGATAATATGGCTACACACTTAAGTCAACATAAAACTCATACTTGCCAAGTTGTAATGCAGAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000137871:ENST00000559237:16
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.010
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains