HsaINT0186741 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000137871 | ZNF280D
Description
zinc finger protein 280D [Source:HGNC Symbol;Acc:25953]
Coordinates
chr15:56927393-56935195:-
Coord C1 exon
chr15:56935150-56935195
Coord A exon
chr15:56927449-56935149
Coord C2 exon
chr15:56927393-56927448
Length
7701 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAG
5' ss Score
9.06
3' ss Seq
AGTATTATTAATTATTTCAGGAA
3' ss Score
5.04
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTAAAAAAAGAAGCTCCCGCAAAGGAACAAGAACCTGTGTCTAAG
Seq A exon
GTAAAGTTTGTTTTACTTTATACCTTAAAGGTTTATACATTTGAAAGTATTATTGGTATGATATAAAATTTTTTTTCAATTTCAGCATGCATACATCAACAATATTTGGGATGTTGTGAGGAAGAAAAAAAATCGAGATTTAAAATTTTTCATTACATATAAAAATATCTAGCCCTAAGTAAAATTTTAAGGTATTCTTGTTTTGACAAAGACATCTTATATTTCACTTGCCTGTTATTTAGTTCAACTAGTGAGTAATGGAGATAAATTTATGAATTAAAAATCCCCAAATCAGTAAAACCTCAATCATTTGGCACACTGGAAAAATTAATCTTTCCAGGTTTAATTTTCTGGGATATTTTAACTGTCAAAAGGTTAAACTAATTTTTAAAATAGAAATATTTTGGATGTATCTTAAATATGTTTTAAACAAGTACTCTGAATGCAGAACTCAGAATTATCATATAAATGTTATTTACCGGACAGTCTAATAGATGACTGTAGAAATAGTTTTGCTCAACTACTTGCTTTCTTGATGTCAATTTATGTTGATATTACTTAATGATTGTTTGCCTCTTTTTGAGTGTAATGAAGTGAGGTAGATTTGACATTTATCTTTTGAATACTTTGTCTTGAATGGCGCATAATATAAGTGAAATCCAGGCAGAAGTATCAGCCTTCTTCCAAGCAGCTTTCTTTTGTACCATAGAAAGTTTTCTTTTGTTTAAAAGTTTTTCAACTACAAATTTCTTTAACAGATGCAGGTTTTTAAATTTTTTAATCTATTTCTTCTTGAGGGAGTTTTGGTAGTTTGTAGTTTTTTTGAGGAATGGGTTCATTTTACCTAATATGTTGAACTCGAATCTTATGTATATTGAGAAAGTTGCTTATAGTATCCCTTATTGTCTTTGTAATCTTTGGAATCTGCAGTGATATCCCCTCTCATTCATGATATTGACAGTTTGTGTGCTTTTTCTATTCTTATTATATATTTTAATTTTAAACATGTTGTAAATACACAGAATGCAGTATTACAGTTTTTACTTTAGACAGTTTTTTTAGGGCAATTAAAAACTTTAAAATTAGCTTTATATTTACCTTTATTTTTACCATTTCCTATACTCTTCATTTCTTTATGTAGTCTTCATTTCTGTTTATCGCATTTACATTAAAAATTCTGGCCAGGGATATAATGGAGCAAATGTTTCCGGTTTATACAGGGGTATACAAGCCACTGTTTGCCCCTAAAATAATTATGCCTAATTTGTTCCTTGTTTAACTCATCATAATTTAACAGAAGAAAATGCTGCATTCTGTGAATTTAAATATGATCAACTTTTTTAGTATTGTACAAAGGATATATAGTTTAGGGGTAGGGGAATTCAGTGAGCAAACAGGATATTCTTGTCTGGTCTAAAAACGACATTAAAATCACATATAGTTACATTATGGGCATCAAGATAAATGCAGTTGAGACACTTTGCACACAAATTAAAGATGATTATCAAATATTAAAAGATATAATATCAAATGACAAAATACATTATGCTGAAATTGAAAGCATATTGGTATGAATAGATTACAAAGTGTTATGCAGATTATCTGTATGGATATTTTGAGCCAAGTGGAAGAAGCTAAAGCTTTACAGTCAGTAAACATGACTAATATAAAGCTACACACTTAATAAAAGGCCTATCCCTTTGCTTACAACAATTGAAGGTAATTTTGAAAGTGTATTTGATGAACATAAAACTTGAGCAAGAGATATGCATATTCTTCTCAAATTTTAAAATAAATGAAAAAAGTAAACAAATGAGAAATGCATGAGTCACTGGGTGAAGAGTATTGATAATTATGAGGGCAGTGCTTATTAAATAGAAATTAAGATTATAAATGCCCTAATTTCATATTTTGTATAGAGATATAAAAAATTCAGTGAAATGTTTTCAGATTTTGAATTTCTAAACTGGAGAAAAATTGTTTTGTATAAATACATCTGATTTACAAAGACGAGCCACTAAGTTTGCACTTAAATATTCTGACGATTTAAATTCTATAGAAATTCTATATGAAATAGTTTAAAGCAGCATTTGATATCAATAACATACAATCAAGTTTGTGTTTGGGTCTTCTAAACCTTCTTAACATATTTTGCTTAGTGCAGTCTTAAACAGATTTGGAAATGGTATTCAAAAATTTTAAACAATTCCAGCCACAGTGGAATCCTGCAAATGAAGCTTACTGTAAACTGAAGTTAATATAACATTTTTTTATGATTGTCACTTGTTCAAGAGAAATTGTACATGACAGTTTGCTCATTTGAAAACAAAATAAGAAAAGAATTAGATTTGAAAATGTACTGTTGATGCATTTGCTTCCATTAGCCAGGAGAATAAAATAATACTGTTTTTGGCATAAATAAAATCTTTAAGTTTAAGCTAATGTGAGTTTAATTCTCCTACTTTTAAATTTTTCAATATTTTTCTGACTAACATTCTAGAAAAAAAATTTTTTAAATACACAGAAACAGGCTGGGCACAATGGCACACACCTGTAATCCCATCACTTTGGAGACAGAGCTGGGAGGATTGCTTAAGTCTAGGAGTTAGAGACCAGCCTGGGAAACAAAGTGAGACCCTGTTGCTAAAAACAAAAAACAAAACAAAAACACACCACACACAAAGCAAAACTTATAGGGGCATTCATTTTTTCTTTTGCCTCAGGCTTCAATATGGCTTGGTATAGCACTGATTGCAGAATAGTTACATCAAAATTTTTGAGACTGTTATGCTGAGCCAGAAAGTACCCCATGATTTCTTTTCCTTTTCTGTACCTTATGTTATTTTTCTGGAGTTAAAAATATGTATCTTTTTTACTCGTTTGTTTAGTTTTCTGTGCACCTAATGCTGTATTTTTTTCTAACGTTGCAATTTCTCTCTCAAATATTTGGAAATAGTTTTTCCAGTGTTCACACACATAAAAAAAAAATCGCTGGGGAGTGAAGGGGTCTGAAGATCTCCTCCCAGACTCCCCGCCTCAACTTAAACTAGTTGCTCCCTAAGCCTGTGCTTAGTTTTGTTATGTCAAGATTATCCTTTGCCACTCCCTTGTATTGGATGTCCTGTTTGCTGAACCATGAATTATTCCTCATTTCTTGGCTTACTCATCATTTTGATGAATTGTGTCCTCTACTAGCTTCCTGAGAAGGTGTGCATCTTTTTTCAGTTTTTGCATATCTAAAAATATATTTATGCGAATGATAGTTTGGCTGAAGTACATAAAAATAATTCCCATGCAGTTTTTAAAATGTTGTTTTTACTATCTTCTTATATCCAGTATTTGTATTAAGTCTGATGCATGTCTTGCTCCAGTTTCTTGGTATTTAGGTTACTTTTTTTCTTTTTGGAAACTTTAGTGATTATCTCTGTCACTGGTGTTTTGAAATCGCATGATATGTTCACCCATCCTTTTTTCATTCATTGTATTAGGCATCTGACAAACCTTTGGAGTTTGGAGATTTCTGTTTGGGAGAAGTTTTCTTGTTTCATTTCTGTGGTAAATGCTCACTTTTATTTTCTGTGTTCTCCTTTTTTTAAGAAACTCCTATTGTTCTGACATTGTTCTGACACTGAGCCTCCTGCATCAACTCCTTTTTTTTTTTTAGCTCATTTAATTGTATGTTATTTTCTTTCTGGCCTTTCATCTTTTTGTTTTTTTGTTTCAATCTTTTTAAATAATTTTCTAAACTTAATTACTTATTTTAGTTGCCATATTTGTAATTTTGAAGAGCTCTGTAACTTTTTATTTGTTCTTTAATTCTCTTTTTTACAGTTTTTGTTACTGTTTAATGGATATAATAACATATACCTCTTTGGAGATATTAAATATTGTATATATACTTTTTTCTTTTGTTCCCAGCAATGTATCTGATGTCTCCAAGCCCCTTTCTTTATTCCTTTTTGTTTTTTTTGGTATTTTTCATGTTAAGGTATGTCTTTTGTTATGTGGTGATCCTTACCCGCCCATACATAATTAAAGAATGAGGCTAAAATAATCATTGAAAACCGTATGTGTTTGAATGGAGACAGGGCTGTCTTGCATAGCCATTCAGGTTGAACACTGCAGAACTCCTGCGGATACTATTTAAATATATCCTTTGTAGTCTCAAAAATTACTAATGTTTACCATATTAGAAATTGAAATAATGATATTTTAAAACTATTGTCAAAAATAAAAATAATAAATATATGTTAACATAAATCACATTTTTTTTCTGAAAAATAACTATTTTCCAAAGCAACAGAAATTTAGTGAGAAAGAATGGCTTGATTTTACACTTTTGCATATTTCTTTAATGTCAAGCTTAGTAGAAAAAAATTGGATTCTCATGTTTCTGAATCCAATCTGTTGTGATACATTCTTTTGGTTGAAATGTATGAAGAATACCCAGCCTCACCCAGTACTTCAATAATCTTTTCCAATAATTGTGATTATTCTCCTTTGATACTGCACCAAAAGTGGAAGTTTTCTTGCTTGTTGCACTGTGGAATCTAGCTCCGTATCACTGACTTTTTTTGCTTTGTTACATCAAAATCTGTTTGTCTGTTTTATATTTTGAATGGATCTTTTATCCATGCCTAATTTTGTAATATCATGCATTGGTCATTTGGAACTTATTGGCCCCTTAAGTGCCCTGGATCTTCCAAATGTTGAAATATTTCATTATATAATATCAAGCACTCACAGTAAATATTAGCATTAATCTAATCAGTGGTGGGTAGGAGTTTTTGCTTGATTTTATTACTGGAAACGAATACTGTCAGTTGTTTTCCTTGATATGACAGGCTCACTTTGTTAATTTTTCAAAAAGAAAAAGTCTACTGAAACTCTAGTCTAGATATTCATAGTTTGACAGTCATTCTTTAAAATAAAAATGATCCTGTTCTATGAAAAAAATGTGGTTAAGTACAACTCACAACTCAATCACAGACCCAAATATT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Seq C2 exon
GAAATTGCAAGACCTAACATGGCTGAAAGAGAAACAGAAACATCAAATTCTGAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000137871-ZNF280D:NM_001002843:19
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.938 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)