MmuINT0178910 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000038535 | Zfp280d
Description
zinc finger protein 280D [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2384583]
Coordinates
chr9:72199332-72208148:+
Coord C1 exon
chr9:72199332-72199377
Coord A exon
chr9:72199378-72208092
Coord C2 exon
chr9:72208093-72208148
Length
8715 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAG
5' ss Score
9.06
3' ss Seq
TAAAAATGTTATTGTTTCAGGAA
3' ss Score
9.01
Exon sequences
Seq C1 exon
AATAAAAACTGAAGCTCCCACTAAGGGACAAGAACCTGTGTCTAAG
Seq A exon
GTAAAGTTTGTTTTATTTCATAACTTCATAAATTTTTTTCATTTGAAAGAATTGTTGCCACAATTTTGCAAAAATTTCAGTTGCAAATGAATGTCAGTAACAATTATTGTTGTATATAGTATGAAAATAATTGAGACTACAAATGTCTCATTTTAAAGTAAAATTGTCAGGTGTTTTTGTTTTGACAAAGAGATCATATATTTTGATTTGTCTGTTGCTTAGTTAAACTATTGAGTGATGGTAAATTTGTGAGTTAAATTCCAACCTCAGTAAAACGTCAGGCATTTAACACAGTAAAACTTAGTACTTCCACTTGGCCTAATATTTTAGGACATTTAAATCGGCAAAGAATATAACAAAGTTTTAGAATAAAAGGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGATTTTCAGTATGACTTTCAGTATGTCAGTGTAGAATCACCATGTAAACACCACTCGCTAGACGGTCTAGTAGGTCTTCCTGATCATCTAAAAGTAGTTGTGAGCTTCCCTTTGCTTTTTTAAGGTGGTTTGTTTTTAATCCTTTAATTTTTTGGCCACTTAGTAGAATGAAGAGAGTCAGATTGAGCGTTTGTTTTGTTTTGTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTATCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTTAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCCCGAGTACTAGAATTAAAGGCGTGCACCACCCCGCCTGGCAGATTGAGCATTTTTTAAACACCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAACCATAGAAATTGATCTTTGGGGGCCGGTGAGATAGCTTAGCAGTTAAGAGCACTGACTGCCTTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTAGCTCACAACCATCTGTACAGCTACAGTGTACTCGTATACATAAAATAAATAAATAAATCTTTAAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGTGGTCTTTGGTTTAAAAGGTTTTTAGCTACAAATAATTGTCTTTTGGATGTTGCATTTTCAGATTGGTTTCTTCGTGAATGAGTTTCATTGGTTGTGGTTTTTTAGGAATCTGTCCATGTTTACCTAGGATGCTGAATTATGTTGAATATAGTGTTGCTTGTGCTGTGTCTGATTGTCCTTTTAAATACTTGTGGGATGTACAGTGATGTCTCTTCTTTTGCTCTTGATAGTGACAATGTATCCCCACACATACACTGTTCTTGTTTTACATTGTTATACTCTATAATAAAGACAGAGAATGTAATTTTGTGCTTTATGTGGTTAATCTTTTAGAGTTATTGAAAACGTAAAAGTTGATTATATGTTTTTATTTTACAATTTTTAATGATTTTTATTTCTTATTAAAACGTTTTGCTTTTCTCTTTGATTTAAAGACCTTTCATTATATCTCATGTTATACAGCTTTTTGTTATTGTTTTTATTTTAAAATGTTTTCTTTTTGGAAGATACTTCTGTTGGATATAGATTTCTGGTTGGAGAGTTATCATTTTCTTCAGTTGTTTCGAGTTCTTGACAAGATGTCTGATCATCATTTCTCTATTTATACTAGGACATTTTTCTTGGGTTTTCCCTCAAGATTTTATTGTCATTTGTGACCTGTTAGGACTTGATGTGCCTAAGTCAGATGCTTTTGCTCATTTATATGCTAATCTAGTGGTGTCTTTTTTATATTTATGGTAATTGATAATTTCAACTGTCTGTTATCTGCTAGTTTTCAGTTTACATCTATTAAAGCAACTTGATGTTAGCCTTTGTAAGCCTTGTGCTGGTTTCCAGTACCCAACTCATTCATTCTTCTAATTTTCATTTTCTTTGTTTTTTAGTTTGGATATTCTCTGTGTCCTGACCACCCAAATTGTGCAACTGGGTTTTCAGTTGTGCCAGTATACTGACAAGCCCATCCATGAGTGCACGTTTAGCTTTAAAGCTTAGTGTTTGATCTTTTTTCTGATTATCACTTAGTATTCACTTCCGAAATTTACATATTGCCCATGCATGCTGCTCTTTCTCCCCCCTCCCCCCCCCCCAGTTAAAGCATTTAACCAATCAATGTAATTTAAACTTTTTGGGCTGGAGAGATGTCTCAGCTCTTCTTAAGAGCTGCTCTTGGAAAGAACTGAGGTTCAATTCCCAGAAGCCACATATTGTCTTAAAACCCTCTGTAACTCCAGTTTAAGGAAATCTGATGTCCTCTTCCAGCCTTCATGGGTATTAGGCATGCACATGGTACACAGACATACAATCAGACAAAACACCCATACACTTAAGTATTTAAAAAGTTTTAAGGGGGTGGGTGGGTAGATAGATGGCATACAGACACTTACTTGTTCTTGTAGAGGACCTGGGTTTGGGTTCCAGCACCCACCTGGCAGGTCACAACCACCTGTAACTCTAATTCCAGGGTATGCAACCCCCTTTTCTGACCTCTGAATACCACACATACATGTGGTATACATACATATATACAAACAAAACATTAATGCATATAAATAATCAATCTTGAATTAACGTATTTTTCTGTCTGAAGTACTTGGAATATAGCTCAGCTGGTAGTGTTTGTCAGGCATGCATGAGGTTTAGAGTTCAATCCCCATCAGCCACATAAAGAGCCAGTTGTCATAGCACACACTTCAAATCTCATCTGGAGGTAGGCAGAGACAGGTGGATCTCTGGAACTTGATTTGAGCCTCATCAGTAAACTCCAGGTCCCAAAGAAAGAGCCTGTTTCAAAAAATAAGGTAGAGAACATTTGAGGACAATATTCTATGCTGACTCTAGCCTCCACACACATGCTCATATATTTATACCTTCATCCATGAACATGCACAGGCACAAAAGTAAAATTTGTCCCTCTGATAATTCCTCTATCTGGATTGTGCTTGGTCTAGTTCTTTGTCATCTAACAGTATGCCTCCTGCCCCCCTTGCTTTTCAGTTAAATATTTGGTTGGAAGACATTATGTGTAATACATACCTTCTTTTGTTTTAGGGCATTCACAAGGGGCTTGGGACTGTCTAATCAGGCACTGAATTCAAGTTGAGTTTTCTCATTCTAATGGGCATCCCGCGAGAAACAGGGTCTTTCTATGGGACTTCGGGTTTACTGATGAGGCTCAAGTCCAATACCAATAGCATCTCCCCTTTATTCTTTCCTGTTAGCATTTATATTTAGCTGGAATAAATCATCAAACATTTATTTAATTACCCTGCTTTTGGTGTAAGGGAAGCCACTTTTTCAATATACAAATCAGATTTCTTAAGTATATATAAATATATGTATATTGAACCTTTTGTTGCATTTTATTTTACTCGTGTGTATTTGTGTCTGTGTGTACCTGTGTGTTCAGGTACGCAAAGAGGCCAGGAGGCAGCATCAGATACCCTGGAACTAGTTATAAGCATTTAAGAACCATCTACTGTGGGTGCTGGATCAGAACTCTAGTCCTCTGTAAGATCAGCAAGCACTCATAACTGCCAAGCAATCGCTCCCGTTCCTCTTGCCCCATACTTTTCATTTATTGTATATTTTGACACTGTGACAACTGTTATGGTAATTAAAATTTTACTTATTTAGACCACCTCCTCTGTCATCTGTTCCTCTATACCCATCATTCCACAGGGATAGAATTAGAGCAAGCCAAATGAGGCCTTCACATCTGGGCCACAAGTGAAGAGATGAAGTCTCTTAAATTAAGTACTCCTTTAATTCACTATTTTAAAGCATCACACTAAGTGCAGAATAATTCACAATGAGCATAATCTGAAATTTTTAAAGATGGAATCTTGTTTTGTTTTTATATTTCCTGCCTCTGTAGGGCAGATAATGAAAGAGACCCACTTGCATTTGACATTTTCCTCTGATGCTCCTTGTTGAGTCATGAGAGAAGCTGGCAGGTTGTTCTCATTGATCATAGCTTCAATCTGTAGTTGTGCTATGCAAACAGAAACATTCATTTAATTTACAAATCTTTGTTGAATTTTAATACAGTTAGTAAGTGTAGGTAGTAGTTATATAGTATAAATGCAATTTTATTTATTAATATAATTGACATGTCACAAATGTCACAAATGAAACTTTAAAAAATGTTAAATAATTTTTGAAAAGTTACTTTCTTAGTAGGAAAATTGACCGTTTCTCTGTTTACAGCAGTGATTACAGCCATATGTGAGATGGTTCAAAACAGGCAGTGTCCCCATCCCTCCAGCCTGGCTTTCCCATACAAAGACAGGGTCTTTTACTCCATCTGGGGTTTTCTCTACTATAAATTCATTGAATACATTTCTGGGTGTTGTTTATTTCTTGGTTACTTCTAACCTATGGATTCTTGGCTTTGGTCTTTTTCATCATGTCCCAGAGCTACCTAGATTTTTGATAAAACTTGGTTATTGCTTTTCGTTTGTTTTCTCTTTTAATGATATCTGAATGCAATATGTCCTTAGCATTGTTCTCTATCCCTACTGCTCTGTTCTCTGCTTCATCTAGTTTGTTTGTGATAAGTTGCATTGTGCTTATTATTTTATTATATTTTTCATTTCTACAGTTGCCTTGCTTTTTAACCTTTCTTGTGTTTCTGAGTTGTGGCTTATGTGTCCATTGGGATGAATATCTTTCCCAGTTTACTTAGAAGTAGGCAGCCTTCTCTCTGAGGCCTCAGTCTATAGTACTACTCCAAGAATTAATAGGCAACAAAACAAGGCATGGAAATAGAATTCAAATCAATTAAAGCCAGTGACTAATAGAAAATAAAATGGCACAGGCCAGCAAGGTGGCTATCAGGTAAAGGCATGTGCCACCAAGCCCATAGACAGACTCCTACAAATTGTCTTCTTATCTCAGCACATGCACATGATAAACACGTGTGCATGTACATACAAACAAATAAAATAGTGAGTGGTGTTGAGTAGGACATAAAGTTAGAAATTACAGTCAGTTAGTAAGAATAAACATGAAA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Seq C2 exon
GAAACAGCAAGACATAGTAGAGCTGAAGGAGAGCCAGGAGCATCACATTCTGGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000038535-Zfp280d:NM_146224:20
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.708 A=NA C2=0.615
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: