HsaINT0186741 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000137871 | ZNF280D
Description
zinc finger protein 280D [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:25953]
Coordinates
chr15:56635195-56642997:-
Coord C1 exon
chr15:56642952-56642997
Coord A exon
chr15:56635251-56642951
Coord C2 exon
chr15:56635195-56635250
Length
7701 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAG
5' ss Score
9.06
3' ss Seq
AGTATTATTAATTATTTCAGGAA
3' ss Score
5.04
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTAAAAAAAGAAGCTCCCGCAAAGGAACAAGAACCTGTGTCTAAG
Seq A exon
GTAAAGTTTGTTTTACTTTATACCTTAAAGGTTTATACATTTGAAAGTATTATTGGTATGATATAAAATTTTTTTTCAATTTCAGCATGCATACATCAACAATATTTGGGATGTTGTGAGGAAGAAAAAAAATCGAGATTTAAAATTTTTCATTACATATAAAAATATCTAGCCCTAAGTAAAATTTTAAGGTATTCTTGTTTTGACAAAGACATCTTATATTTCACTTGCCTGTTATTTAGTTCAACTAGTGAGTAATGGAGATAAATTTATGAATTAAAAATCCCCAAATCAGTAAAACCTCAATCATTTGGCACACTGGAAAAATTAATCTTTCCAGGTTTAATTTTCTGGGATATTTTAACTGTCAAAAGGTTAAACTAATTTTTAAAATAGAAATATTTTGGATGTATCTTAAATATGTTTTAAACAAGTACTCTGAATGCAGAACTCAGAATTATCATATAAATGTTATTTACCGGACAGTCTAATAGATGACTGTAGAAATAGTTTTGCTCAACTACTTGCTTTCTTGATGTCAATTTATGTTGATATTACTTAATGATTGTTTGCCTCTTTTTGAGTGTAATGAAGTGAGGTAGATTTGACATTTATCTTTTGAATACTTTGTCTTGAATGGCGCATAATATAAGTGAAATCCAGGCAGAAGTATCAGCCTTCTTCCAAGCAGCTTTCTTTTGTACCATAGAAAGTTTTCTTTTGTTTAAAAGTTTTTCAACTACAAATTTCTTTAACAGATGCAGGTTTTTAAATTTTTTAATCTATTTCTTCTTGAGGGAGTTTTGGTAGTTTGTAGTTTTTTTGAGGAATGGGTTCATTTTACCTAATATGTTGAACTCGAATCTTATGTATATTGAGAAAGTTGCTTATAGTATCCCTTATTGTCTTTGTAATCTTTGGAATCTGCAGTGATATCCCCTCTCATTCATGATATTGACAGTTTGTGTGCTTTTTCTATTCTTATTATATATTTTAATTTTAAACATGTTGTAAATACACAGAATGCAGTATTACAGTTTTTACTTTAGACAGTTTTTTTAGGGCAATTAAAAACTTTAAAATTAGCTTTATATTTACCTTTATTTTTACCATTTCCTATACTCTTCATTTCTTTATGTAGTCTTCATTTCTGTTTATCGCATTTACATTAAAAATTCTGGCCAGGGATATAATGGAGCAAATGTTTCCGGTTTATACAGGGGTATACAAGCCACTGTTTGCCCCTAAAATAATTATGCCTAATTTGTTCCTTGTTTAACTCATCATAATTTAACAGAAGAAAATGCTGCATTCTGTGAATTTAAATATGATCAACTTTTTTAGTATTGTACAAAGGATATATAGTTTAGGGGTAGGGGAATTCAGTGAGCAAACAGGATATTCTTGTCTGGTCTAAAAACGACATTAAAATCACATATAGTTACATTATGGGCATCAAGATAAATGCAGTTGAGACACTTTGCACACAAATTAAAGATGATTATCAAATATTAAAAGATATAATATCAAATGACAAAATACATTATGCTGAAATTGAAAGCATATTGGTATGAATAGATTACAAAGTGTTATGCAGATTATCTGTATGGATATTTTGAGCCAAGTGGAAGAAGCTAAAGCTTTACAGTCAGTAAACATGACTAATATAAAGCTACACACTTAATAAAAGGCCTATCCCTTTGCTTACAACAATTGAAGGTAATTTTGAAAGTGTATTTGATGAACATAAAACTTGAGCAAGAGATATGCATATTCTTCTCAAATTTTAAAATAAATGAAAAAAGTAAACAAATGAGAAATGCATGAGTCACTGGGTGAAGAGTATTGATAATTATGAGGGCAGTGCTTATTAAATAGAAATTAAGATTATAAATGCCCTAATTTCATATTTTGTATAGAGATATAAAAAATTCAGTGAAATGTTTTCAGATTTTGAATTTCTAAACTGGAGAAAAATTGTTTTGTATAAATACATCTGATTTACAAAGACGAGCCACTAAGTTTGCACTTAAATATTCTGACGATTTAAATTCTATAGAAATTCTATATGAAATAGTTTAAAGCAGCATTTGATATCAATAACATACAATCAAGTTTGTGTTTGGGTCTTCTAAACCTTCTTAACATATTTTGCTTAGTGCAGTCTTAAACAGATTTGGAAATGGTATTCAAAAATTTTAAACAATTCCAGCCACAGTGGAATCCTGCAAATGAAGCTTACTGTAAACTGAAGTTAATATAACATTTTTTTATGATTGTCACTTGTTCAAGAGAAATTGTACATGACAGTTTGCTCATTTGAAAACAAAATAAGAAAAGAATTAGATTTGAAAATGTACTGTTGATGCATTTGCTTCCATTAGCCAGGAGAATAAAATAATACTGTTTTTGGCATAAATAAAATCTTTAAGTTTAAGCTAATGTGAGTTTAATTCTCCTACTTTTAAATTTTTCAATATTTTTCTGACTAACATTCTAGAAAAAAAATTTTTTAAATACACAGAAACAGGCTGGGCACAATGGCACACACCTGTAATCCCATCACTTTGGAGACAGAGCTGGGAGGATTGCTTAAGTCTAGGAGTTAGAGACCAGCCTGGGAAACAAAGTGAGACCCTGTTGCTAAAAACAAAAAACAAAACAAAAACACACCACACACAAAGCAAAACTTATAGGGGCATTCATTTTTTCTTTTGCCTCAGGCTTCAATATGGCTTGGTATAGCACTGATTGCAGAATAGTTACATCAAAATTTTTGAGACTGTTATGCTGAGCCAGAAAGTACCCCATGATTTCTTTTCCTTTTCTGTACCTTATGTTATTTTTCTGGAGTTAAAAATATGTATCTTTTTTACTCGTTTGTTTAGTTTTCTGTGCACCTAATGCTGTATTTTTTTCTAACGTTGCAATTTCTCTCTCAAATATTTGGAAATAGTTTTTCCAGTGTTCACACACATAAAAAAAAAATCGCTGGGGAGTGAAGGGGTCTGAAGATCTCCTCCCAGACTCCCCGCCTCAACTTAAACTAGTTGCTCCCTAAGCCTGTGCTTAGTTTTGTTATGTCAAGATTATCCTTTGCCACTCCCTTGTATTGGATGTCCTGTTTGCTGAACCATGAATTATTCCTCATTTCTTGGCTTACTCATCATTTTGATGAATTGTGTCCTCTACTAGCTTCCTGAGAAGGTGTGCATCTTTTTTCAGTTTTTGCATATCTAAAAATATATTTATGCGAATGATAGTTTGGCTGAAGTACATAAAAATAATTCCCATGCAGTTTTTAAAATGTTGTTTTTACTATCTTCTTATATCCAGTATTTGTATTAAGTCTGATGCATGTCTTGCTCCAGTTTCTTGGTATTTAGGTTACTTTTTTTCTTTTTGGAAACTTTAGTGATTATCTCTGTCACTGGTGTTTTGAAATCGCATGATATGTTCACCCATCCTTTTTTCATTCATTGTATTAGGCATCTGACAAACCTTTGGAGTTTGGAGATTTCTGTTTGGGAGAAGTTTTCTTGTTTCATTTCTGTGGTAAATGCTCACTTTTATTTTCTGTGTTCTCCTTTTTTTAAGAAACTCCTATTGTTCTGACATTGTTCTGACACTGAGCCTCCTGCATCAACTCCTTTTTTTTTTTTAGCTCATTTAATTGTATGTTATTTTCTTTCTGGCCTTTCATCTTTTTGTTTTTTTGTTTCAATCTTTTTAAATAATTTTCTAAACTTAATTACTTATTTTAGTTGCCATATTTGTAATTTTGAAGAGCTCTGTAACTTTTTATTTGTTCTTTAATTCTCTTTTTTACAGTTTTTGTTACTGTTTAATGGATATAATAACATATACCTCTTTGGAGATATTAAATATTGTATATATACTTTTTTCTTTTGTTCCCAGCAATGTATCTGATGTCTCCAAGCCCCTTTCTTTATTCCTTTTTGTTTTTTTTGGTATTTTTCATGTTAAGGTATGTCTTTTGTTATGTGGTGATCCTTACCCGCCCATACATAATTAAAGAATGAGGCTAAAATAATCATTGAAAACCGTATGTGTTTGAATGGAGACAGGGCTGTCTTGCATAGCCATTCAGGTTGAACACTGCAGAACTCCTGCGGATACTATTTAAATATATCCTTTGTAGTCTCAAAAATTACTAATGTTTACCATATTAGAAATTGAAATAATGATATTTTAAAACTATTGTCAAAAATAAAAATAATAAATATATGTTAACATAAATCACATTTTTTTTCTGAAAAATAACTATTTTCCAAAGCAACAGAAATTTAGTGAGAAAGAATGGCTTGATTTTACACTTTTGCATATTTCTTTAATGTCAAGCTTAGTAGAAAAAAATTGGATTCTCATGTTTCTGAATCCAATCTGTTGTGATACATTCTTTTGGTTGAAATGTATGAAGAATACCCAGCCTCACCCAGTACTTCAATAATCTTTTCCAATAATTGTGATTATTCTCCTTTGATACTGCACCAAAAGTGGAAGTTTTCTTGCTTGTTGCACTGTGGAATCTAGCTCCGTATCACTGACTTTTTTTGCTTTGTTACATCAAAATCTGTTTGTCTGTTTTATATTTTGAATGGATCTTTTATCCATGCCTAATTTTGTAATATCATGCATTGGTCATTTGGAACTTATTGGCCCCTTAAGTGCCCTGGATCTTCCAAATGTTGAAATATTTCATTATATAATATCAAGCACTCACAGTAAATATTAGCATTAATCTAATCAGTGGTGGGTAGGAGTTTTTGCTTGATTTTATTACTGGAAACGAATACTGTCAGTTGTTTTCCTTGATATGACAGGCTCACTTTGTTAATTTTTCAAAAAGAAAAAGTCTACTGAAACTCTAGTCTAGATATTCATAGTTTGACAGTCATTCTTTAAAATAAAAATGATCCTGTTCTATGAAAAAAATGTGGTTAAGTACAACTCACAACTCAATCACAGACCCAAATATT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Seq C2 exon
GAAATTGCAAGACCTAACATGGCTGAAAGAGAAACAGAAACATCAAATTCTGAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000137871:ENST00000559237:19
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.922 A=NA C2=0.919
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains