RnoINT0167983 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000055631 | Zfp280d
Description
zinc finger protein 280D [Source:RGD Symbol;Acc:1560796]
Coordinates
chr8:78938376-78945994:+
Coord C1 exon
chr8:78938376-78938421
Coord A exon
chr8:78938422-78945938
Coord C2 exon
chr8:78945939-78945994
Length
7517 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAG
5' ss Score
9.06
3' ss Seq
TAAAAGTGTTATTGTTTCAGGAA
3' ss Score
7.2
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTAAAAACTGAAGCTCCCACTAAGGGACAAGAATCTGTGTCTAAG
Seq A exon
GTAAAGTTTGTTTATTTCATAACTTCATAATTTTTTTTATTTGAAAGAATTGTTGCCACAATTTTTCAAAAATTTCAATTGCAAATGAATGTCAGTAACAATTATTGCTGTTTGTAGTATGAAAAAAATTCAGACTGAAGAAGTCTCATTTAAAGTAAAATTGTCAGGTTTTTGTTTTGATAAAGAAATCACATATTTTGATTTGTCTATTGCTTAGTTAAACGGTTGAGTGATGATAAATTTGTGAGTTAAATTCCAACCTCAGTAAAACCTTACACATTAGTACTTCCACTTGGCTTAATATCTTGGGACATTTAAATTAGCAAAGAATATAACAAACAGAATACAAGTATTTAGTGTATGTGTTATTTTCAGTATGACTAGAAACCTAGAATCGTCATGTAAGCATCACTTGCTAGACAGCCTGGTAGATCTTCCTGGCCATCTAGAGTAGGTTTGAGCTTCCCTCTGCTTTCTTAATAGTGGTTTGTTTTTAATCCTTTAATTTTTTGGCCACTTAGTCATTAGAGTGAAGAGAGTCAGATTGAACATTTGTTTTAACACCATTTTTTTTTTAACCATAGAAAGTGTTTTTTAGTTTAAAAGGTTTTTAATTTAAGTACAAATGTGCTTCTTTATTGGATGTTGGATTTTCAAATTGGTTTCTTCTTGAATGAATTTCATTGGTTGAGGTTTTTTAAGAAATCTGCCCATTTTTAACCTAAGATGCTGAACTATTTTGAATATAATGTTGCTGTGGTGTTTCTGTTTGTCCTTTTAAATCCCTGGGGGATGCACAGTGATGTCTCTTCTTTTGCTCTTGAAGTGAAAATGTACCCCTCTCGTTCTTGTTTTATATTTTTATACTTTATAAAGACAGAGAATGCAATTTTGTGCTTTATGTGGTTAATCTTTTAGAGTTAATGAAAATGTAGAAGTTGATTGTATGTTTTTATTTTGCTATTTTTAATGCTTTTTATTTTTAAAGCTTTTTGTTTTTCTCTTTGAATTAAAGAGAAAACTCATGTTATGCAGCTTTTTGTTGTTTTTATTTAAAAATGTGTTCATTTTGGAAGATAGTTATGTTGGATATAGATTTCTGGAAGGAGAGTTTTATCATTTTCTTCAGTTGTTTAAAGTTCTTGACAAGATGTCTGATCATCATCTCTGTATTTCTACTTGGATATTTTTCTTTGGTTTCCCCTCAAGATTTCATCTTCATTTGTGACCTGTTAGAACTTGATGTTCTTAAGTCAGAAGATGCTTTTTCTTATTTGTGTGTTGATCTATTGGTATCTTCAGTTATTTTTATACTTATGATAATTGGTATTTTTCAACTGACTCTTTCTTATCTGCTAGCTTTCGGTTTTATTTCTCTTAAAGCAATTGATGTCAGCCCTTTTAAGCCTTGTGCTTGTTTCCAGTACCCAACTCATTCATTCTTCTAATTTTTATTTTCTTTGTTTTTCAGTTTGGATATTCTCTGTCCTGACCACTCAAATGGTGCAACTGGGCTTTCAGTTTTGCCAGTATACTGACAAGCCCATCAATGAATGCACTTTTAGCTATAAAAGCTTTAGTGTTTAAATTGTTTTCTGATTATCACTTTTGATTCACTACTGAAATTTACATTCTGCTCATGCATGCTAAAGTATTTAACCAATTAATTGTAGTAATTTAATAACCTTTTTGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCTCTTCTTAAGAAATGCTCTTGGAAAGACCTGAGGTTCAATTTCTAGCAGACACATGTTGTCTTATAGCCATCTGTAGCTCCAGTTTAAGGGAATCTGATGTCCTCTTCTGGCCTCTGTGGATACCAGACATGCACATGGTACATAGACATACAATCAGGCAAAACACCCATACACATATATTAAATATTCAAAAAATTTTAAGATGGTGGGTGGGTAAAGAGATGGCTCAGCACTTAAAGACACTTACTTGTTCTTATAGAGGACCTGGGTTTGGGTCCTAGCACCTACCTGGCAGCTCACAACCATCTGTAACTCTAGTTCCAGGATATGCAACCCCCTTTTTTGACCTCTGTGAATACTGCACATGCATGTGGTGCACATACATAAATGCAGGCAAAATATTCACACATATAAAAAGTAACCTCGAATTAATATATTTTTCTGTCTCAAGCACTTGGAAGATAGCTCAGCTGGTGGTGTTTGTCAGGCATGCATGAGGTTTAGAGTTCAGTTCCCAGCAGCTACATAAAGAGCCAGTCGTGGTAACACACATTTCCAATCTCAGCATGAGGGAGACATCCCTGGGACTTGATTTGAGCCTCATCAGTAAACTCCAGGTCCCATATAAGACCCTGTTTCAAAAAATAAGGTAGAGAGTATCTGAGGAAAACACTTGATGTTGGCACCTGCCTCCACACACATGCTCATACATCTAAACCTTCATCCATGAATGTGCACAGGCCCAAAAGTAAACTTTGTCCCTCTGATAATCCCTGTTTCTGTATTGTGCTGAGTCTAGCTCTTTGTCATCTAACAGTATGCACCCTGCCCTTCTTGTTTTTCAGTTAAGTATTTGGTTGGAAGATATTTTGTGTAGGTCTGAAGAGAACAGTATGTCTAATGCATATCTTTTTCTGGTTTAGGCCATTCACATGGAACTTGGGTCTGTCTAGTCAGGGACTGAATTCAGTTTGGGTTTTCTCATAGCTAATGAGAAATCCTGAGAGAAACAGGTTCTTTCTATGGGACTTCGGGTTTACTGATGAGGCTCAAATCCAATACCAATAGCATCTCCCCTTTATTCTTTCCTGTTAACATTATTAGCTAGAATAAATCATCAAAGTCATATTTATTTGATTTCCCTGCTTTTGGTGTCAGGGAAGCCACTTTTTAAATACACAAATCAGATTTCTTAAGTATACTTAAACGTTATATGCATATTGAACCTTTTGTTACGTTTTATGTTGTTTGTGTTTGTGCCTGTGTGCACCTGTGTGTGCAGGTACCCATAGAGACCAGGAGGCAGCGTCAGATATCCTGAAGTTAGTTGTAAGTGTGTTTAAGAGCCACCTGCTGTGGGTGCTGAGATCAGAACTCCAGTCCTGCAAGAGCAGCAAACAGTTGCAACTGCCAAGCAATTTCTCCCATTCCTCGTGCTCCATACTTTTCATTTACTGTGTATTTTGATAGGTATATTATGACACTGTGACTAACTGTTACGGTAATTAAATTTCTACTTACTTAGACCACCTCCTCTGTCTTCTGTTCCTCTATGCCCATCATTCCACAGGAATAAAATTAGAGTAAGCCAAATGAGGCCTTCACCTCTGGGCTACAAAATTAAAGAGGTGAAGTCTCAAAATTTTAATAAGTTAAATTTACTATTTTAGTTCAGTATTTTAAAGCATCAACAGTAAATGCAGAATAATTCATGATGAACATAATCTGAAAGTTTTAAAGATGGAATCTTGTTTAATCTTGTATTTCCTGCCTTTGTGGGGCAGATAATGAAAGACCCCCACTTACATTTGACATTCTCCTCTGATGCTCCTTGTTCAGTCATGAGAGAAGAGAGGCTGGCAGGCTGTTCTCCTTAATCTTAGCTTCAATCCGTAGTAGTGCTACTCAAGCAGAAACGTTCATGTAACTACAAATCTTTGTTGAGTTTTAATATAGTAAGTGTAGATAGTAGTTATATAATAAATGCAATTTTTATTTATTAATATAATTGACCTGTTACAAATGAAACTTGAAAAAGATGTTAAATAATTTTTGAAGAATTATTTTCTTACTAGGAAAATTGACAGTTTCTCTGTGTAAAGCAATGATAGCAGCCATGTGAGATAGCTCAGAGCAGATGCAGTGTTTGGGCATCCCTCCAGCCCAGCATTCCACCCTCAGTGTGACACAAGACAAGATCTTTTGCTCCATTTGGGGGTTTCTCTGCTATAAATTCACTGAATAGGTTTCTGGATCTTGTTTATTTCTCAGTTACTTCTAACCTATGGATTCTTGGGTTTGGTCTCTTCATCATGTCCCAGAGTTAAAGTTTGGTTATTGTTTTTGTTTGCATTCTCTTTTATTGACATCTGATTGCGATATTTCCTCAGTCTTGTTCTGTCCCTGCTGTCCTTTTCTCTACTTCATCTAGTCTATTTGTGATAAGCTGCACTGTGCTTCTTGTTTTATCCTATTTTCATTTCTAAAGTTGCCTTGCTCTTTAACTTCTCTTGTGTTTCTGAGTTGTAGCTTATGTGTCCTAGTTTACTTAGAAGTAGGCAGCCTTCTCTCTGAGGGCTCAGTCTATAGTACTACAGAATAAACAAACTGCCTTAGTAGGCAACAAAACAAGACATGGAAATAGAATTTAAAACAATTAAAGCCAATGACTATCCCACCAGTAACTAATAGAAAATAAAATGGCACAGGCTAGCAAGGTGGCTAGCAGGTAAGGGCACTTGGCACCAAGCCTATAGGACAAACTTCTGCAAAATGTCCTCTGATCTCAACATATGGTGCATGTGTGTTCTGCCCTGGGCTCCGTGTCTCCTAGTGCTAAATTTTCTTTGTGTACTAGGAATCGCTGTTAGCCACATCTTGGTTCTGTGGACTGAAGGTTAGACAGGTTCTTACTTGCTCCCAATACCTTTCAGTTTGTATGCCTTTGAGGATAAGCATTCAAATTGAAGAATTTTCTCAAGGGCATCAAAGAGTAGCGGAAAAAAACTAATCTATGCCAAAGAGATCTGAGGGAACCAAACAGTTTCAGAGCCTGCCTAGCAGTGGATCACCCTGGAGATAGGAAGGAGGAGGCTTAAGTTTCTCATTCTTGCTAGCATCAGATCTCACATTGCAAGGAGGCCTCTCCAGAGTCTGAGCTATCTGCCAACTTCAGGCTGAGGGCTGTCATCTATCTCCCCCCAGTGATCCTAAGTCCCCAAATTGTCATACAAGTGGTCACTGACCATTGGACCTTCCTATCATGAATTACCTGCTGCCTAAACTGC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Seq C2 exon
GAAACAGCAAGACATAGTACAGCTGAAAGAGAACCAGGAGCATCACATTCTGAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000055631:ENSRNOT00000089335:20
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]