Special

HsaINT0187122 @ hg19

Intron Retention

Gene
ENSG00000197024 | ZNF398
Description
zinc finger protein 398 [Source:HGNC Symbol;Acc:18373]
Coordinates
chr7:148825915-148851432:+
Coord C1 exon
chr7:148825915-148826036
Coord A exon
chr7:148826037-148851036
Coord C2 exon
chr7:148851037-148851432
Length
25000 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGT
5' ss Score
9.8
3' ss Seq
CATCTTTCCACTGCATGCAGACA
3' ss Score
5.95
Exon sequences
Seq C1 exon
ACGTAGTCTTGCTCTGTTGCCTAGGCTGGAGTAGAGTGGTGTGATCTTGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCAGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGTTGGGATTACAG
Seq A exon
GTATGTGCCACCACATTGGGCTAATTTTTGTATTCTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTAGTCTTCAACTCTTGACCTCGTGATCCACCTACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGTGCCTGGCCCTATATTTTCATATAAATATATAATATATACTGCAAAGAAGCATATTTGGGGATAAAATATTTTGATTTCCTTCTTTGTCATGCAATGTTATGCCAGAGTCAGGTTGGAAACTAAGCGGTTATATAGGGTTAAATAAAACCCTTCTGGTGAGATTTTTATAGTTTGTAGGGCATGATTTCCTATGTCCCTTAGTTAGAAATTTGGACAAGAAAGGAAAAAAGGTCACAATTTAGTTGGTATCCATATCATTGTGTGTGAAAACAGTTTATTTTATTTATTTTTTATTGTTATTTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTTGCCCAGGCTAGAGTGCAGTGGCTCGATCTTGGCTCACTGCAACCTCCACCTCCCAGGTTCAAATGATTCTCCTGTTTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGTGCATCCCACCACACCCAGGTAATTTTTATATTTCTAGTAGACACAGGGTTTCACCATATTGGTCAGGCTGTTCTCCAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAGCGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCGCCTGGCCTACAACAGTTTTATTTTAATTGCTGATAGTATTCCATGTTATGATATACTGAAGAGTATTTATCCATTGAAGGATATTTGTATTTTTTCCGTTTTATTATTTTTTATACTTATTTGTTTATTTATTTATTTATTTTTTGAGATGGAGTTTTGCTCTTGTTGCCCAGTCTGGAGTGCAATGGAGTAATCTCAGCTCACCGCAACCTCCGCCTCCCAGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCTAGTAACTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCTGGCTATTTTGTATTTTTGGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCCAACCTCAGGTGATCTGCCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTACTGAGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCGGCCTATTTATTTATTTTTGAGATGGAGTCTCACTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCACCTCTGGGGTTCAAGCGACTCCCCCACCTCAGCCTCCTGAGTAGGTGGGATTACAGGTGCACACCACCCCACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGAAGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTTTCAAACTCCTAACCTCAAGTGATCCGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATGACAGGAATGAGCAACTGTGCCCAGCCTTTTCCAAGTTTTGGAATTCTGAATAGAGCTGCTATAAACATTTGCATACAGGTTTTTGTGTGAAAATAAATTTTTATTTCTTTAAGGTAGATACCCAGGAGTGGGACTGCTGAGTCACGGTAAATATGTATATTTAATTTTACAAGGAACTAGCAAACCATTTTTAAGAGTGACTGTACTATTATGTGTTCCCCTTGTGAACGCATGAGAGTTCAGTTGGCCCACGTTCTTTATTTGGTATTTTTAGCATTTAAAAAAACCGTTAGACATTCTAATCAATGGTGGTGTTGCTGAAACACCAGGGGTTTGGTCTAGGTGCTGCTGTTTGTGGCTCAGAAAGCCAATCATGACAACAACAAGTGTTGCCAACGAAGAAGGCTTTAATTGGGTGTTACTGCTGAGGAGATGGGAGATGGGAGATGGGAGATCAGTCTCAAATCCATCTCCCTGACAGGCTAAAATGAGCGGCTTCTATTGCTGGGAGGAAATGTAACCATATGTGGAAAAACATGAATTGGTTAGGGGTAAGGAAGAGGGTTTGGTCAACAGGAAGCAGGTGGTGGGTTAGGCAATCATGATGGGTGAGGGGTCTGACTTTCATTGTCCAAATTCAGTGATCCTGTGAGTTTCAACTGGTTAATACTATCTGGGAGGCCTGATGGTTGCTTTCCTGAGAAAGGAACTCAGATAAGACAAATGTAACTGTCTCAAGTTTTAAGACTAAAAGGATCAGTTACTGTGTTTATTCAAAGAAACCATAAACATCAGTTCTATAGGGCAATTGGGTCTGTTTCAGTGTAGGGGTATCTCAATGTAGTTTTTATTTGGATTTCCCTAGTTGCTAATGATACAAAAAATTCTTATTACGTGCTAAATTGCCAACTTCTAGTTAAGTTTTTGTTCTTGCTCCTTGTCCATTTTTCAATTGCATTTTTCTCAGGTTGATAAATATGGACTTTTTATTAAGGAAAGATTTTACTATGGGCAATTCTTTTAACATATTAGAACAGGCTGGGTGTGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCAATTTGGGAGGCAGAGGCTGATGGATCACGAGATCAGGAGATTGAGACAATCCTGGCCAATACGGTGAAACCCCATCTCTACTACAAATACAGAAATTAGCTGGGTGTGGTGGCGGACGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTAAACCTTGGAGGCGTTGGTTGCAGTGAGCCAAGATCGGGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGTGAGACTCTGCCTCAAAAACAAAACAAAACAAACAAACAAAAAACATATGCAGAACAATGTAATAAGCCCCAGCCATAATCCAGCTTTGGAAACATTTAAAAATATATATTTTACTTAGCATTTCTATTGAATTTGAAGTAGCGGGGAGGGTTTCCTGTTTTAGCTTAGTCTATTATCCTAGTGGAAAATTCTTTGCTTTTGACACTTTTAAACAGTTTTAGACATTTTAAATATGTTCACACCTTCTTTGATAGCTACGCAGCATACCAATTTACCACAATTTATTCATCCAGTCCTCTACTAGACGTTTTGTTTATAGTCAAATTTTAGTTTATAGTCAAAAAGCATCAAGTATTGCTTTTGATGAATCTTACATTTGCAAATATATTTATAGAATACGTTCCTAGAAAAATATTGCTTGATCAAAAGGTCTACTTATTTATAATCGATACACTACTAAGTTGCTCAGAAGAGGTTATATCAATTTATTACTCCACCGACTTCCTTATATTCTCTCTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTTGCTCTGTCCCCCAGGCTGTAGTGCAATGCTGTGATCTTGGCTCACTGCAACCTCCACCTCCCAGGTTCAACTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGAGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCCTGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGATATGGGGTTTCTCCATGTTTGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCATGTGATCTGCCCACTTCAGCCTCCCAAAGCGCTGGGAATACAGGCATTAGCCACCCCGCCCGGCCTAGAGAACAGCTTTCTCTCTTTCGAGAGAGAGAGGCACCCGTATGGGACCTCTAGACCTCAGTGGAGTGCACCGGATTTTATAGGCAGGCTTGAGGAGGCGGTGTCTGATTTACCAGGGGCCCAGAGATGGGTTGGACCAGGTGGGACGTCTACATAGCATGAGAGGAAGCTGGCCACCCACCCTAATCTACTTAATGCAAATGAGCTTTCCACTGGGCCAGTGCCATGTTGTGTGCTCCCTACTGCACAAGTGGTTGGAAAGAAAAACAGAAGATGGAAAGAAAAACAGAAGATGGAGCCGCCATTTTAAACACACCTAGTCTCTGGTAGCCTTTTCTGATTGACACAACTGCCAGCATTCACCTGTGCAAGCTTCCGCTTGCTTGTGTATGTCTGCAGCTCATTTTTACAGGCTCCTTGTTAGAAAGTAAAATGATTTTGGGGCTGCTTTTTATTAAAAGGAAAGCTTTACCGATGACTTCCTTACCCTCACTATCTGCCTAAATAATTTCTTTTTAACTCCTATATCAGCGGTGAGGACAACCAGAGGTCACTCTGATTGCCATCTTGGTTTTGGTAGGTTTTAGGCTGGCTTCTTTAGTGCAACCTGTTTTATCAGTAAGGCTTTTTTTTTTTTTCTTGATAGAGTTTCACCCTGTAGCCCAGGGTGGAGTGCAGTGGCACAATCTTGGATCACTGCAACTTCCGCCTCATTGGTTCAGGCGATTCTCCTGCCTTAGCCTTCCAAGTAGCTGGGATTATAGGCTTGCCACCACACCCAGATAACTTTTGTATTTTTAGTAGAGATAGGGTTTCACCATGTTGGCTAGGCTGGTCTGGAACTCCAGGGCTCAAGTGATCTGCCCACCCCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAGGCATGAGCCACTGTGCCAGGCCATCAGCATGGTCTTTATGACCTGTATGTTGTGCTGACTTCCTATCTCTTCCTGTGATTTAGAATGCCTTAACCATCTGGGAATGCAGCCCAGCCTCATTTTACCCAGCCCCTATTCAAGATGAAGTTGCTACAGTTCAAAGGCTTTTGACAAAGTGATCTGCCTGCCCCAGCTTCCCAAAGTTCTGGGATTACAGGGGTGAGCCACTGCACCTGGCTTTTGGTTATTTTTGTGTTTTTTAAATATATATATATATATATATATATACATATATATGTGTGTATATATATATACACACATATATATGTATATATATATTTGTTTTTTGTGACCTTCAGATTTTTTTTTTTTGTTTTTTTGAGACGGAGTTTTGCCCTTGTGCAAGCTGGAGTACAATGGTATGATCTCGGCTCACCGCAACCTCTGCCTCCTGCGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCATGCGCCACTGTGCCCGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGAGT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
Seq C2 exon
ACATCTGAATGGGACTCCGAGTGCCTTACATCCCTGCAGCCCCTTCCTCTTCCTACACCCCCAGCAGCAAATGAGGCACACCTGCAGACAGCAGCTATCTCTCTGTGGACAGTGGTGGCCGCCGTGCAGGCTATAGAGAGGAAGGTGGAGATCCACAGCCGGCGACTCCTACACCTGGAAGGTCGGACAGGGACAGCAGAGAAGAAACTAGCCAGCTGTGAAAAGACAGTTACCGAGCTTGGGAACCAGCTGGAGGGCAAGTGGGCCGTGCTGGGAACCCTGCTGCAGGAGTACGGGCTGCTGCAGAGGCGGCTGGAGAACTTGGAGAACCTGCTGCGCAACAGGAACTTCTGGATCCTGCGGCTCCCTCCAGGTATTAAGGGAGATATCCCAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000197024-ZNF398:NM_020781:2
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

5' UTR

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=NA A=NA C2=0.102
Domain overlap (PFAM):

C1:
NA
A:
NA
C2:
PF124173=DUF3669=WD(100=60.6)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:
NA


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains