HsaINT0187122 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000197024 | ZNF398
Description
zinc finger protein 398 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:18373]
Coordinates
chr7:149128823-149154340:+
Coord C1 exon
chr7:149128823-149128944
Coord A exon
chr7:149128945-149153944
Coord C2 exon
chr7:149153945-149154340
Length
25000 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGT
5' ss Score
9.8
3' ss Seq
CATCTTTCCACTGCATGCAGACA
3' ss Score
5.95
Exon sequences
Seq C1 exon
ACGTAGTCTTGCTCTGTTGCCTAGGCTGGAGTAGAGTGGTGTGATCTTGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCAGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGTTGGGATTACAG
Seq A exon
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
Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000197024:ENST00000426851:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.129
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF124173=DUF3669=WD(100=60.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains