HsaINT0187369 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000198464 | ZNF480
Description
zinc finger protein 480 [Source:HGNC Symbol;Acc:23305]
Coordinates
chr19:52803647-52817532:+
Coord C1 exon
chr19:52803647-52803737
Coord A exon
chr19:52803738-52817405
Coord C2 exon
chr19:52817406-52817532
Length
13668 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGA
5' ss Score
9.22
3' ss Seq
AAATGTGGTTTTCATTTTAGGGA
3' ss Score
9.04
Exon sequences
Seq C1 exon
GATTGACTTCTAAAGAGTCATGCTGTGTGATGAAAAAGCCCAGAAGAGAAGGAAGAGGAAAGCAAAGGAGTCAGGGATGGCTCTTCCTCAG
Seq A exon
GTGAGATGATATTCTCGGTGGATTGTTCTGTCTCCTTTCTTTCAGAAACGCTGGGCCTTCGAGTTGGGAGTCTTCTCTGAGTCTGAAGTGTCCTGCCTGACAGGTTTGCTCACGCTTACCTATGCCTTCCCTCAGTGCCGAGACCAGCTTGGTCGTGGGGACCCTAACCTAGTGGCACTAGAGGAATTAAAGACACAGACACAAGAATAGAGTGTAAAGTGGGATCAGGGGCCAACAGCCTTCAGAGCTGAGAGCTGCGAACAGGGTTTGACCCACATATTTATTGACAGCAAGCCATTGATAAGCATTGTTTCTATAGATTATAGATTAACTAAAAGCATTCCTTATGGGAAACAAAACATTCTTAGCAAGGAGTAGAGAAACAGTCTTTGGCTAATTATCTGCAGCAAAAACGTGTTAAGGCACAGGCCACTCATGCTATTGTTTGTGGTTTGAGCAGTTTTCCACTCCGGGCAGGCCAGGTGTTCCTTGTCCTGCTCCAGTAAGCCAACAGCTTCTAGCAGTGTGTGTCATAGCCATCACAAGCACGTTTCATTGCTGCAAAAATCCTGCTTATGGCCAATTTCTTTAAAGCCTGTTGCCAGCATGTTCCCCTTTCTGTTTTTGCAAAGTGACAAAGGCAAAGGCTGCTTTGTCACGGTGGGCTACTTCTCACAGGATTCGGGATTCGGGATTTGGATCTGCATGCTACACAAAGACAAACAACACAGATTAAAAGCACAATCATCATTGAAATCAGGGAGCCTCCAATTGTCTTGATCCATTTTAACGGGTTAATAGCTGCTAATCTGTCTGCAGCTCCTTCAAGCTCTTTAGTTCCTGGCATTAGCATCAGATGTGCCTGAGAGGCTTGGAATACTTGTTCCTTCAGTTTTGTAATATCTAAAGATAAATTTCCAGTATGACCCTTTAAATGTCTCTTAACTCTTTCCTACTCATGCTCTGTTTCATTATACAGATGAGGAGTAATGCAAAAATCAGAAGTATTCCAATCACATTGTATCTGCATTCTATATTCTAGACTAACTACTTGATCTCCTAGCCGCATTACAGTTTATCGGAGATCATTGATTTGATTAGCTAGTTTTCAGTCTGTGTTAGTTTGGGAATTCCACTGCAAAGTAGAATTTTTCTGCCAATTATTTACGTAGTCTGCTCTTTGTACTGTGGAATGCAAAGTAACTCCAGCTACCGTGGCAGTAGCTGTGACAGCAATCAATCCCATAATGATTAAAATTAAAGTGGCAATGAAACACCGAGAGTACCTCAAACTCTTTTGAAGAATTTCAGTAATGTATGCACAGAAGGAGAGGCTTCCCAAGGACAGGAAAGCTTTACAGGTATCCATACTCCTTCTCAGGCTCTTACCACTAAAATAGAATGATGAGTATTATACAGGGAAGAATTCAAGAAAACAATGTACATTCTTGACAAGTCACATGATGATTAGGGAGATCAAGTTTTAAATCACTTACTCCAAACAGAAAAGGAGGCCTTATTGTCAGTCTCGACATGGCTGCAACTGGGGGGTCCTCGGGTTCCTCCCAAAATCTCTTCCTCAGCATCTGGCTCATGATAAGGTTTCAGGTGTCTTAATGGTATCCAAATCGGCTGCTGGTTTTGGCCTGGAGATACACAAGCATAACTTCTACCCCAAGTTATTATTTTACCTATTTCCCAACTTTTTGTTATGGGATCTCTCCACCAAACCAGTTCTGCTTCTGTCTTTGCCGCTGATTTCTGTAAATGCTGTTCAGCTGCTGATAGCATTTGGCCTTTAGGCAGGCTCAAAAAATTTAAAGTCAATAATGCTAGATTCAGTTGCATAATTGCAGTTCCATAATCACTGTTCCCCCCTTTGTGTTTTTGTAATTGCTGTTTTAGGGAGAGATTCATTCTTTCCACAATGGCTTGTCCTTGTGAATTATATGGGATGCCAGTAATGTGTTTAATACTCTATATAGAGAAAAATGTAGCTAGAGCTTGGCTAGTACGGCCTTGGGTGTTATCTGTTTTAATAAAAGCTGGAATGCCCATCACTGCGAAGCATTGCAGAAAATGCCATTTAACACAGGCAGAAGAGTCCCTCGTTTGACAGGTAGCCTAAACAAAGTGAGAAAAGGTATCTACACATACATGCACATAAGCCAGTTTACCAAAAGAAGGAACATAAATGACATCCATTTGCCAAACAGAATTAGGTTCCAATCCTCGAGGATTAACTCCTCCTGTAAAAGATGAGGAATGCACCAATTGGCAAGTTGCGCATTGCTGGATAATAGATTTAGCTTCTTTCCAGGTAATGCTGTATCTATGTTTTAGACCAGAGGCATTAACATGGGTTAAATTGTGAAAGTGTCTGGCATTAGATATTGCAGTAGCAACTAGGCGATCAGCCATTTGATTCCCTGCAGTTAAAGGTCCTGGAAAGGGTGTATGAGCTCTAATATGAGTAATGAAAAAGGGTGCATTCTATTCCTAACTGTGGTTTGTAACTGGGTAAATAAAGTCATTAGCTGTTCATCTGTTGAAATCATAACTGAGCATTTTTAATTGTGTGGAATGGACTACATATGAAGAATTAGAAATTACATTGACAGGCATCTTAAAAGCAGTCAGTACCTTAATTACAGCTACAAGCTCCGATTTTTGAGCTGAAGTATAGGGCGTGTGGAAGACTTTAGTTTTTGATCCAGAGTAAGAAGCTTTACTGTTACTAGACCCATCTGTAAAAACATTTTCAGCACTTTTAATTGGTTTAAATTTAGTCATTCTAGGGAGCATCTAGTTAGTTTTAAAAATTGAAATAATTTTGTTTTTGGAAAGTGATTATTAAGCACTCCCACGAAATCAGCTAAGTGGTTTTGCTAAGTAAGATGATTTATAAAGGATTGTTGTATTTGTGCCTTTGTAAGAGGGACAATAATTTTTTCAGGGTCATATCCATGCAGTTTAACAATTCAAATTCTCCCATTCCCTATCAGAGTAGCAATTTGATCCAAATAATGAATTAGAATCCATGAATTCATATGTGGAAGAAAAAGCCATTCTACCAAGTCTGCTTTTGGACAGTAACACCAGTAGGTGAATGCTAAGTTGGAAAAATCAATAAATCTAAAGCCTTTTCTGGATCTATTCTATTTATTTGAGGTTTTATGTACTTGTTTTTCAATGAGTTGTAACTCTGCCTCAGCCTCCTTTGTTAATTGCTGAGGGCTAGTGAGACTAGGATCTCCTTTAAGGATAGAAAATAGATTACTCATGTCATAGGTAGGAATGCCTAGAGCAGGTTGTATCCAATTAATGTCCCTTAGTAATTTTTGAAAGTCATTCAGTGTTTTCAATTGATCCTTATGGTTACTTTCTGTGGCACTACTGTAGTGTCATTTACTAAGGTCCCTAAGTAGGAGTAAGGAGTAGTGGTCTGAATTTTTGTCAGGAGCTATAATTAAACTGGCATGAGAAATCGAATTTTTTAAGTGATCATAATATTGGAGTAATATTTCCTGAGTGGGGGCAGCACAAAGAATATCGTCCATATAATGAATAATATAACACTGAAAATTTTTTATGAGTAGGTTCAATTGCTTGTTCTACATAAGTCTGACAAATTGTTGGACAGTTTAACATGCCTTGTGGCAACACTTTCCAATGAAAACGCTTAGCAGGCTGCAGGTTGTTTACCGCAGGAATTATAAATGCAAACCGTTCACAGCCTTGCTCAGCTAAGGGGATAGTAAAGAAACAGTCTTTTAAATCTATGACTATTAAAGGCCAATTTTTTAGAATCAGCAGGAAAAGGCAGTCCTGGCTGCAATGTCCCCATAGGTTGTATAACTGAATTAATGGCTCTAAGATCTGTCAACATGCTCCATTTATGTGATTTTTTTCTTAATAACAAAGACTGGAGAATTCCAGGGGGAAAATGTTGGAGCTGTGTGTCCTTTTTCTAATTGTTCAGTAACTAAGTCCTCTAAAGCCTCCAGTTTCTCTTTACTTAGCGGCCATTGTTTTATCCAAGTTGGTTTATTTGTTAACCATTTTAAAGGTATAGGTTCTGGAGGCTTAACAATGGCTGCCATGAAAAATTATATCCTAAACCCTGGTGGGAATTTTGTCCTTCTGCTTGAAGTGGTTTCTTTAACCCTTTTAAATTTTTTTCTAATCCCATGCCAGGCACATACCCCATCTCTTGCATCGTATGCTGACTTTGAGGGCTATATAATTGTTCTGGAATGAACGCTTGTGCTCCCCATTGCTGTAATAAATCTCTTCCCCATAAATTTATAGGTACAGCAGTTACAATTGGTTGGCTGGGTGTGGTGGCTCAAGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGTGGGTTGATCACGAGGTCAGGAGTTTGAGACCATCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAATTAGCCGGGCATGGTGGTGGGCACCTGTGGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCTGGGAGGCAGAGCTTGCAGTGAGCTGAGATCACGCCACTGCACTCCAGCCTAGGGGATGGAGCCAGACTCTGTCTCAAAAAAACAAAAAACAAAAAACAGAAGTTACAATTGGTTGAATAGTCCCAGATTGTTCATTGGGTCCTTCACAATGCAATATATAACTGCTTTGATATACTTTAGGGGCTATGCCAACTCCAACTGTGTTAAATCGAGTGGGTTGAATTGGCCACACGGACAGCCAGTGCTGTAGAGAAATGATTGAAATGTCCTCTCCTGTATCTACCAATCCTTTAAATTTTTTTCCTTAATAGTTATTTCACAGGTAGGATGTTTATTAGTAATTTGATTCACCCAGTAAGCTGCTTTGCCTTGTTTATTCGAGCTTCCAAATCCTCCTGTTCATTTAGTTCATAGCACAGGAGCTTCCAAATCCTCTTGTTCGTAGCACAGGAGCTGTGCTA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Seq C2 exon
GGACACTTAACATTCAGGGACGTGGCCATAGAATTCTCTCAGGCGGAGTGGAAATGCCTGGACCCTGCACAGAGGGCTTTATACAAGGATGTGATGTTGGAGAACTACAGGAACCTGGTCTCCCTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000198464-ZNF480:NM_144684:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.474 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=WD(100=95.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)