HsaINT0187703 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000180479 | ZNF571
Description
zinc finger protein 571 [Source:HGNC Symbol;Acc:25000]
Coordinates
chr19:38055155-38074998:-
Coord C1 exon
chr19:38074872-38074998
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Length
17678 bp
Sequences
Splice sites
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TGGGTAAGA
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Exon sequences
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Seq C2 exon
ACTTGGAATCCAGTTGTGTGACCAAAAAGTTATCTCCAGAAAAGGAAATTTATGAAATGGAATCACTCCAGTGGGAGAATATGGGGAAACGTATCAACCATCACCTTCAATACAATGGTCTTGGAGACAATATGGAGTGCAAAGGCAACTTAGAGGGTCAAGAAGCAAGTCAGGAAGGGCTTTACATGTGTGTCAAAATTACCTGTGAAGAAAAGGCCACTGAAAGTCATTCAACCTCTTCTACTTTTCATCGGATAATTCCTACCAAGGAAAAATTGTACAAATGTAAGGAATGCAGACAAGGTTTCAGCTACCTGTCATGCCTTATTCAACATGAGGAAAATCATAATATAGAAAAATGCTCTGAAGTTAAGAAACACAGGAATACCTTTAGCAAAAAGCCAAGCTATATTCAACATCAGAGAATTCAGACTGGTGAGAAACCTTATGAGTGTATGGAATGTGGAAAGGCCTTTGGTCGTACTTCTGATCTCATTCAACATCAGAAAATTCATACTAATGAAAAACCTTATCAGTGTAACGCATGTGGGAAAGCTTTTATTCGTGGTTCACAGCTCACTGAACATCAGAGAGTTCATACAGGAGAGAAACCATATGAATGTAAGAAATGTGGAAAAGCCTTTAGTTATTGTTCACAATATACTCTTCATCAGAGAATTCATAGTGGTGAAAAACCCTATGAATGTAAGGATTGTGGGAAGGCCTTTATTCTTGGCTCTCAACTTACTTACCATCAGAGAATTCATAGTGGTGAGAAACCTTATGAGTGTAAGGAATGTGGAAAGGCCTTTATTCTTGGTTCACACCTTACATACCATCAGAGAGTTCATACTGGTGAAAAGCCTTACATATGTAAAGAATGTGGGAAAGCCTTTTTATGTGCCTCCCAACTGAATGAACATCAGAGAATTCATACAGGAGAGAAACCCTATGAATGTAAAGAATGCGGGAAGACCTTTTTTCGTGGCTCACAACTTACTTACCACCTGAGAGTTCATTCAGGTGAGAGACCTTATAAATGCAAAGAATGTGGGAAAGCCTTTATTTCTAATTCTAATCTTATTCAACATCAAAGAATTCATACCGGAGAGAAGCCCTACAAATGTAAGGAATGTGGAAAGGCCTTTATTTGTGGCAAACAACTTAGTGAACATCAGAGAATTCATACAGGTGAGAAACCCTTTGAATGTAAGGAATGTGGAAAGGCCTTTATTCGTGTTGCATATCTTACTCAACATGAGAAAATTCATGGTGAGAAACATTATGAATGTAAGGAATGTGGGAAGACCTTTGTACGTGCTACACAACTTACATATCATCAAAGAATTCATACAGGTGAAAAGCCCTACAAATGTAAGGAATGTGACAAGGCCTTTATTTATGGCTCACAACTTAGTGAACATCAGAGAATTCACAGAGGTGAAAAACCTTATGAATGTAAACAGTGTGGGAAGGCTTTTATTCGTGGCTCACACCTTACTGAACATCTGAGAACTCATACTGGAGAGAAACCCTATGAATGTAAGGAATGTGGGAGGGCCTTTAGTCGTGGCTCAGAACTTACTCTGCATCAAAGGATCCATACTGGTGAGAAACCCTATACATGTGTCCAGTGTGGTAAAGACTTTAGATGTCCTTCACAACTTACTCAACATACAAGGCTTCATAATTGAGAAAGCCTTGAATGTGATTAAATTTAAGAAAATCTTCATCTATTTCATATCTATAATGAATGTAGAACATCTTGCTTCTGCTCAGAATCTGCTCATTCTTAGAAGGCCTACATTAACATGGATGCAGAATAATTTCAGAAACCCCTTAAATAATTCCTTAACATCTCTATAAACGCTAGAATATAATGCTGAATTATATCCTTTATTAAGCATCATCTCCATTTCACCATATCCTAACTGAAATCCTATATATTTCTTGTGTGTTCTTTTCTATTTGTAAAATACTGTAATTGTATTACAATGACTAAATTATAATTAAATACATATAATTCCCTTTCGATAGCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000180479-ZNF571:NM_016536:3
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.035
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=WD(100=95.3)
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)