Special

HsaINT0187703 @ hg38

Intron Retention

Gene
ENSG00000180479 | ZNF571
Description
zinc finger protein 571 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:25000]
Coordinates
chr19:37564264-37584097:-
Coord C1 exon
chr19:37583971-37584097
Coord A exon
chr19:37566292-37583970
Coord C2 exon
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Length
17679 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTAAGA
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3' ss Seq
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3' ss Score
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ACTTGGAATCCAGTTGTGTGACCAAAAAGTTATCTCCAGAAAAGGAAATTTATGAAATGGAATCACTCCAGTGGGAGAATATGGGGAAACGTATCAACCATCACCTTCAATACAATGGTCTTGGAGACAATATGGAGTGCAAAGGCAACTTAGAGGGTCAAGAAGCAAGTCAGGAAGGGCTTTACATGTGTGTCAAAATTACCTGTGAAGAAAAGGCCACTGAAAGTCATTCAACCTCTTCTACTTTTCATCGGATAATTCCTACCAAGGAAAAATTGTACAAATGTAAGGAATGCAGACAAGGTTTCAGCTACCTGTCATGCCTTATTCAACATGAGGAAAATCATAATATAGAAAAATGCTCTGAAGTTAAGAAACACAGGAATACCTTTAGCAAAAAGCCAAGCTATATTCAACATCAGAGAATTCAGACTGGTGAGAAACCTTATGAGTGTATGGAATGTGGAAAGGCCTTTGGTCGTACTTCTGATCTCATTCAACATCAGAAAATTCATACTAATGAAAAACCTTATCAGTGTAACGCATGTGGGAAAGCTTTTATTCGTGGTTCACAGCTCACTGAACATCAGAGAGTTCATACAGGAGAGAAACCATATGAATGTAAGAAATGTGGAAAAGCCTTTAGTTATTGTTCACAATATACTCTTCATCAGAGAATTCATAGTGGTGAAAAACCCTATGAATGTAAGGATTGTGGGAAGGCCTTTATTCTTGGCTCTCAACTTACTTACCATCAGAGAATTCATAGTGGTGAGAAACCTTATGAGTGTAAGGAATGTGGAAAGGCCTTTATTCTTGGTTCACACCTTACATACCATCAGAGAGTTCATACTGGTGAAAAGCCTTACATATGTAAAGAATGTGGGAAAGCCTTTTTATGTGCCTCCCAACTGAATGAACATCAGAGAATTCATACAGGAGAGAAACCCTATGAATGTAAAGAATGCGGGAAGACCTTTTTTCGTGGCTCACAACTTACTTACCACCTGAGAGTTCATTCAGGTGAGAGACCTTATAAATGCAAAGAATGTGGGAAAGCCTTTATTTCTAATTCTAATCTTATTCAACATCAAAGAATTCATACCGGAGAGAAGCCCTACAAATGTAAGGAATGTGGAAAGGCCTTTATTTGTGGCAAACAACTTAGTGAACATCAGAGAATTCATACAGGTGAGAAACCCTTTGAATGTAAGGAATGTGGAAAGGCCTTTATTCGTGTTGCATATCTTACTCAACATGAGAAAATTCATGGTGAGAAACATTATGAATGTAAGGAATGTGGGAAGACCTTTGTACGTGCTACACAACTTACATATCATCAAAGAATTCATACAGGTGAAAAGCCCTACAAATGTAAGGAATGTGACAAGGCCTTTATTTATGGCTCACAACTTAGTGAACATCAGAGAATTCACAGAGGTGAAAAACCTTATGAATGTAAACAGTGTGGGAAGGCTTTTATTCGTGGCTCACACCTTACTGAACATCTGAGAACTCATACTGGAGAGAAACCCTATGAATGTAAGGAATGTGGGAGGGCCTTTAGTCGTGGCTCAGAACTTACTCTGCATCAAAGGATCCATACTGGTGAGAAACCCTATACATGTGTCCAGTGTGGTAAAGACTTTAGATGTCCTTCACAACTTACTCAACATACAAGGCTTCATAATTGAGAAAGCCTTGAATGTGATTAAATTTAAGAAAATCTTCATCTATTTCATATCTATAATGAATGTAGAACATCTTGCTTCTGCTCAGAATCTGCTCATTCTTAGAAGGCCTACATTAACATGGATGCAGAATAATTTCAGAAACCCCTTAAATAATTCCTTAACATCTCTATAAACGCTAGAATATAATGCTGAATTATATCCTTTATTAAGCATCATCTCCATTTCACCATATCCTAACTGAAATCCTATATATTTCTTGTGTGTTCTTTTCTATTTGTAAAATACTGTAATTGTATTACAATGACTAAATTATAATTAAATACATATAATTCCC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000180479:ENST00000451802:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

Alternative protein isoforms

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.000 A=NA C2=0.037
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0135222=KRAB=WD(100=95.3)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
Zebrafish
(danRer10)
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains