HsaINT1047558 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000267470 | ZNF571-AS1
Description
ZNF571 antisense RNA 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:44324]
Coordinates
chr19:37569850-37583834:+
Coord C1 exon
chr19:37569850-37569996
Coord A exon
chr19:37569997-37583482
Coord C2 exon
chr19:37583483-37583834
Length
13486 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTAAGA
5' ss Score
8.24
3' ss Seq
TGCTCTCCCTATGTCTCAAGCCT
3' ss Score
4.51
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCTCACCTGAAACTTCATGTACCATTGCACTTCCTGAGAAGCTGTCCCCAATCCCAGGCTCCTAGCAATGCTGTTCCAGTAATCTCTCTTCTGTAAGACAGCCACTCCACCCACTGCAGTCTACAAGGAAAGCCTCCATAGCTGTG
Seq A exon
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Seq C2 exon
CCTTCTTTCCACAGGCCTTTGAAGAGAGCTTCAGGCACACACCTCAAAGTGCTGCCACCTACGGATCAGCTGTATTATTAGCAATAGCTGACACTGTGACCAGCCTTTATTCACCTGAGCTCTGTCTTTATGTCATGGTTCTCATCAGCATCCAGGGCTCCTTTCCTTGCTCCAGTAAGGAAAGTATATTTGGCTTAGGGACTGCACATACAGCTTAAAAGAAAGGAAATGGTGCATGGTCATGCTAGGGGATTCCCAGATTCAAATCTAGTCCATTGGCATCAAAGAAGGGAGACACTGACAGGAAGTGACAGAGAAAGATGTGACAGTCTAAAGGATAAGAGATAAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000267470:ENST00000585578:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NonCoding
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains