HsaINT0187812 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000196458 | ZNF605
Description
zinc finger protein 605 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:28068]
Coordinates
chr12:132918308-132933155:-
Coord C1 exon
chr12:132933035-132933155
Coord A exon
chr12:132927163-132933034
Coord C2 exon
chr12:132918308-132927162
Length
5872 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTAAGA
5' ss Score
8.91
3' ss Seq
TCATTTTTTTCTCTTTTTAGAAG
3' ss Score
10.47
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000196458:ENST00000360187:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.023
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=WD(100=100.0)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains