HsaINT0187819 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000166704 | ZNF606
Description
zinc finger protein 606 [Source:HGNC Symbol;Acc:25879]
Coordinates
chr19:58499963-58511264:-
Coord C1 exon
chr19:58511176-58511264
Coord A exon
chr19:58500090-58511175
Coord C2 exon
chr19:58499963-58500089
Length
11086 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGA
5' ss Score
9.22
3' ss Seq
GAACGTTTGTGTTCTTTTAGGAA
3' ss Score
9.87
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCTGTGTCCTCAGTATCCTGCCTGGCACGTGGAGGGAAGCCTGGAGGAGGGGAGGAGGGCCACTGGGCTCCCAGCAGCCCAGGTTCAG
Seq A exon
GTGAGATGGGGCTGTCCTGTTCCCAGAGGATGATGTCCAGGTTATCCCTGGTCATCCCAGTTGATGCGGCTCTCCAGTTTACAACAGTTGGAGTTTGGGTAGGGAAGGAAGCAACTGGAAGTTAATCCTTCCTGAGAGCAGGTAGGGAGAATTAGGCCGTTTTTAGTGATTCGGAGCCTTAGTGTCAACCAGTCTGTCCACAGTACTGAGCTCCAACTCTCCCTGGCTTGTTGTGGGGCATGAAGGGCAGCCCTTTTGGCTGGCAGCCCCACTTCTCTATTGCCACCTTCACTCATGTCTTTAGCACCCGATTTAGGCTGATGCTGTGCAGTGCCTGCTGTGCCTGCTGTGAAGGGAACAAGGACAGGTGTGAGCCTTCACCCTGAGGAGCTCCCAGACCCTTTTCCAGGGTTATTCACTCAGCTAAGGAGATCTCACGGCCTACCTGGAGCCACACGTGCAGTGTGGGACAGGAGAAACCTGAGACGGGTAGGGTAGGCCTGCAGGAGCACAGTCACCTGATGAGTCGGGAGATGGGACAGAGTCTGTGTGGAGCTCAGCTTTTACTGTGGAGGGGAAGGCTGCTTCGTAGACCTGGGCCAAGAGGTGAAAAGAATGCATCAGCCAGTTGGGCACAGCCTGGTGAGTGGGGGTCTGGCCTCCTGCAGCACCACAGGGGTCAGGGGTGGCAGGCAGCACACTGTGTGACCAGTGTTTGAGTGAGACTGACTCCAGTTAGATTTTAGGCTGGAGAGGCCAGGCCCTGAATGCTTGCTGCAGAACCTCAGAAGTCTTGGGATCAGGCGGCACCAGGGTCCAAAATGTGGTGATGGGTGTGGAAAGAAGAGGGCTGTGGGAAGCAGGCTGGTGTTTCAGGCTTCAGTCTGACCAGGGCCTTGGAGCTATGGAGGAGAGGTATAAGGAAATCAAAGCAGGGGCCTTTGTGATTATGGGGACAGGGTGGCTCCTGAGAGAAATAGGACAATGGAGTTACTTAGGAAAGGTGTCATCTCTCTGCCGTCCTCCTGCCCAGCCTCCTCACCAGATGCAGCCACTTAAAAAAATTTTTATAATAGCTTTATTGAGATGGTACTGACATATTATAAAGTTTATCCTTTTAAAGTGTGTAATTCAGTGGTTTCTCGTATAGTCACAGAATTGTGCAACAATCACCAGTATCTAATTCTAGAACATTTTCATCACCCTAAAAAGAAATCCTGTACCCATTAGTAGTCACTCCCTGTTTCCCCTACTCCCTCCCAACCACTAGTGTACTTTCTGTCTCTATGAATTTGCCTAGTCTGGACATTTCATAAAAATGGAATCATAATATGGCACAGCCTTTTTTGTCTGGCTTTTTTCACTTAGCATAATGTTTGCCTTCTCAAGAGTTACCCATATTGTAGCATTGTGTCAATATTTCTTTTAATGTAATGTAATTACAATGTAAATGTAATAAGTGTAATTACAATGTAATTACATTGTAAAAAATGACTGAGGCAGCCATTTTTAACTTCCTGTTTTCAGTTTTTTAGAGTTGTCTCTGTATTTCTAAATGGGAGATTTTTTAAATTGGTTTTTTCCTAATTCATTAAAGTTATATTTACTCTGTTAACTCCCTGCTATGAAAGATGAAGAAAAAGAGTTTCATTACTTATTTTTAGGTCTTTTATTTTTAAGTTAAGATAATGAATCAAGCAGATGTGAGATACTTGGATATAAAACAAGATTTAAAAATGATGTCTCTACTTTGTGCCTCCCCCTCAAATTAAAAAATATTATTGAAACCGCCCACAGTTTCAAATCTGGTGGGTGAAGTCCATCATAAGTATGCTGTTCCCACTTGGCAGTGTTGCTATCCCTGGTCCAGGTGAGATGGGAAGCAGAAGGGCCTGAACCATATGATGCAAGGTGATTGTTGCCTGGCATCAGAACTTGGGCAACTATGAGGTTTGCTGCTCTTACAATGTACAGTCATTATTAAATCCTAAGACAGAATAATCAGTAGTGAAGCTAGACTAGCCTGAAAGATGGCCCCTGAATCAGACTCTGAGGAGTAGAAGTTAGCTGTAATAAAACACTGCGAAGAAGCCCTGTTAACCACCATGCTACACTCTGCTGTTAATTTATGCTAGGCTTTCTGAGAATTATCTAAGTTAATGCTGAGAAAATAAAACAGAATTAAAAATAACAACACCCTCCAATGTCTGAAGAGTTGTGATTTCTGATAACATGCTCCTGGCTGGCCCCCCTCCCCACACTCTGGATTTTTTCCTGTGGGAAACTCGGATTTGACTGCTGTGTGTTTTTAACTAAGTGAGATCTTCAGGAATGCAAAAGAACCCTGTGTCCCTTTATTGTTCCCTCCAAGTTAAGTATTTATTGAAATAAAGCATTTATCTGGTGAAAACATCAAATGCTGTCATCCCTCATTATCTGAATAGTCCATTCATGGAAGTATGTTGAATAGTGAGGTTTTAACTACAGAAGCCCAGATCCCGTTATTTCTAGGAATAGGGGAAAATAATAATTGTAATGATAATATCTCATTTCATCTAAAAAACCCCAACCAGCCTTTCCAAATACGGAAGCATTCAAACCCCTCTGTTAACAGTCCACCTAGGATATCTGCATAACAAACATTATGTACATAAAACACCAATAATAGTCTGCACCCATGCTTGGTCAGACTTGAGGATGTGCACAATCTATTTATGTTTTCCTTCTCTGCAATGAAATCTACCACAGAAGCCATCTGAATTGCCCCAGGTTCCTTGAAGGGGGAGCAGTTGGGCAAGATCTGTCAGCAAACATCTGAGACCCAGCTCAGCACCTTTGGTCTCTCCTTCAGACTCTCAAAGGGTTTAAATGTGTGGCTGGTTTGTTAGCAGATTCCATGAAGTGCTTAGAATGCCTAGATAAATGCTTATATGTGTGTACAAAGTGATGTGTGCAAGAATGTTTATGAGAATTTGGGTGAAACACTTTTGCAAGTCATCCTAGGATGTGATTGGAAAATACAAATGCAGCTCATGAGGGTGACCTGTGGACCAGAAGGGTTTGCTCCTCCCTGTAGCAGTACTCTTCTCTCTTTAGCACCCTTTCCCCTTAGCATCAGGCAACAGTGAAACCTGCATTTCCTCTCCTACCCTTGAAGGGTCCCTCTCATCTCCACAGCCTGTGAGACTAGGTTCCTGTCTTCCACCATCTCTTCCTTCTGGCCTTTTGGTTTTGCATTTTCCTTTGCAATTCTAGGCTGAAGGTGTTTACTGTGTCCCCTTACCAGCCATTTATTTATTTTTATTTTTGAGGCAGAGTCTCATTGCGTTGTCCATACTGGAGTGCAGTGGGACGATCTTGGCTTGATGCAGCCTCCCCTCCCGGGTTCAAGGGATTCTCATGCCTCAACCTCCCGAGTAGCTGAGATTACAGGTGTGTGCCACCACACTGGCTAATTTTTGTATTTTTAATCGAGACAGGGTTTCACCATGTTGGTCAGACTGGCCTCAAACTTCTGACCTCAGGTGATTTGCCTGCCTTGCCCTCTCAAAATGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCATTGTGCCCAGTCCCCTTACCATCCTTGAGGTGAGGCCTCCATGATTTGTGGGCCCAGACATGGTTACATATTCAGCTGGGGGCAGCTCTTTTTTTCTTCCTGTTTTTTAGCCCATGGGGCTTACAGTTTGAAAATGTCCCCTTTTTCATTTCTAAATTTTTAAAAATTTATTTTAGTTTTAATTTTGGCACATTTCATAATTACAGAGAAGTGTAAAAAGGAAGCAAATGGCATCACCATCAGTGAACAATATTACTGTTTTGTCGTATTTGTTGTTTTTCTTCTTTTACTCTTTGTCTTTCCACCATTTCTCAGGCAACCACTCATGGATTCAGTTTGTACACAGCTAATTCATTTTCATATGCATACATAGATGATAAACTATATAGACATAGACAGTCTTTTTCTTTTTTTTGAGACAGTCACACTGCATTGCCCATACTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCAGCTCACTGCAGTCTCCGCCTCCCGGGTTCAAAGGATTCTTGTGCTTCAGCCTCCCAAGTAGCTAGGATTGCAGGCGTGTGCCACCATATCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGGTGGGGTTTTGTCATATTGGGCAGGCTAGTCTCAAACTCCTGTCCTCAGTGATCTGCCTGCCTCAAAGTGCTGGGATTATAGGTGTGAGCCACTGCACCCAGCCCAACAATCTATTTTTTTTCCCAATGATTTTTTTCTATATGTAGTTTTCCTATAGTTTTCTTTTTTCAACTTTGAGGTCCATCCATGTTGATAGATACAGAGAAGTCAGGCTTGTTCCTTTTGCGCTGCCGAGTGTATCCATTAGAGAAGTGCACCTCTGTGTTCATAGTTTCTTTTATGGGCAGGTTTATAAGTTCCTCTTTCCCCCATTGTTTTTGCTGCTCCAGTGAAAGCTGTGTGAACATTCCTGTGACTTCACTTTGTGCACGTGTTTATGTAGTTTTTATCTAGGCATACCCCTAGAAGCAGAATTGTACCTGGTTTTAGGTATGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGTCAGAGTCTCATTCTGTTGCCCAGGCTGCAGTGCAGTGGTGCCATCTCAGCTCACTGCAACCTTGCCTCGCGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGAGTACAGGTGCATGCCACCACGCCCAGCTAATTTTTTTATTTTTAGTAGAGGCAGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGATGGTCTCAATGGTCTCCATCTCTTGACCTCGTGATTCACCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGAGATTACAGGCATGAGCCACCATGCCCGGCTAGGTATATACTTTCAGTGTTACTAGTGCTGCCGCATGTCTCTACAAGGGGGCGAAGCTACTTGTCAGTCTCCCCACTCTGGGAGAAAATACCCC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Seq C2 exon
GAACCAGTGACCTTCAAGGACGTGGCCGTGGACTTCACCCAAGAAGAGTGGGGGCAGCTGGACCTTGTTCAGAGGACCCTGTACCGTGATGTGATGCTGGAGACCTATGGTCACCTGCTCTCTGTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000166704-ZNF606:NM_025027:4
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.200 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=WD(100=95.3)
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)