HsaINT0187819 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000166704 | ZNF606
Description
zinc finger protein 606 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:25879]
Coordinates
chr19:57988595-57999896:-
Coord C1 exon
chr19:57999808-57999896
Coord A exon
chr19:57988722-57999807
Coord C2 exon
chr19:57988595-57988721
Length
11086 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGA
5' ss Score
9.22
3' ss Seq
GAACGTTTGTGTTCTTTTAGGAA
3' ss Score
9.87
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCTGTGTCCTCAGTATCCTGCCTGGCACGTGGAGGGAAGCCTGGAGGAGGGGAGGAGGGCCACTGGGCTCCCAGCAGCCCAGGTTCAG
Seq A exon
GTGAGATGGGGCTGTCCTGTTCCCAGAGGATGATGTCCAGGTTATCCCTGGTCATCCCAGTTGATGCGGCTCTCCAGTTTACAACAGTTGGAGTTTGGGTAGGGAAGGAAGCAACTGGAAGTTAATCCTTCCTGAGAGCAGGTAGGGAGAATTAGGCCGTTTTTAGTGATTCGGAGCCTTAGTGTCAACCAGTCTGTCCACAGTACTGAGCTCCAACTCTCCCTGGCTTGTTGTGGGGCATGAAGGGCAGCCCTTTTGGCTGGCAGCCCCACTTCTCTATTGCCACCTTCACTCATGTCTTTAGCACCCGATTTAGGCTGATGCTGTGCAGTGCCTGCTGTGCCTGCTGTGAAGGGAACAAGGACAGGTGTGAGCCTTCACCCTGAGGAGCTCCCAGACCCTTTTCCAGGGTTATTCACTCAGCTAAGGAGATCTCACGGCCTACCTGGAGCCACACGTGCAGTGTGGGACAGGAGAAACCTGAGACGGGTAGGGTAGGCCTGCAGGAGCACAGTCACCTGATGAGTCGGGAGATGGGACAGAGTCTGTGTGGAGCTCAGCTTTTACTGTGGAGGGGAAGGCTGCTTCGTAGACCTGGGCCAAGAGGTGAAAAGAATGCATCAGCCAGTTGGGCACAGCCTGGTGAGTGGGGGTCTGGCCTCCTGCAGCACCACAGGGGTCAGGGGTGGCAGGCAGCACACTGTGTGACCAGTGTTTGAGTGAGACTGACTCCAGTTAGATTTTAGGCTGGAGAGGCCAGGCCCTGAATGCTTGCTGCAGAACCTCAGAAGTCTTGGGATCAGGCGGCACCAGGGTCCAAAATGTGGTGATGGGTGTGGAAAGAAGAGGGCTGTGGGAAGCAGGCTGGTGTTTCAGGCTTCAGTCTGACCAGGGCCTTGGAGCTATGGAGGAGAGGTATAAGGAAATCAAAGCAGGGGCCTTTGTGATTATGGGGACAGGGTGGCTCCTGAGAGAAATAGGACAATGGAGTTACTTAGGAAAGGTGTCATCTCTCTGCCGTCCTCCTGCCCAGCCTCCTCACCAGATGCAGCCACTTAAAAAAATTTTTATAATAGCTTTATTGAGATGGTACTGACATATTATAAAGTTTATCCTTTTAAAGTGTGTAATTCAGTGGTTTCTCGTATAGTCACAGAATTGTGCAACAATCACCAGTATCTAATTCTAGAACATTTTCATCACCCTAAAAAGAAATCCTGTACCCATTAGTAGTCACTCCCTGTTTCCCCTACTCCCTCCCAACCACTAGTGTACTTTCTGTCTCTATGAATTTGCCTAGTCTGGACATTTCATAAAAATGGAATCATAATATGGCACAGCCTTTTTTGTCTGGCTTTTTTCACTTAGCATAATGTTTGCCTTCTCAAGAGTTACCCATATTGTAGCATTGTGTCAATATTTCTTTTAATGTAATGTAATTACAATGTAAATGTAATAAGTGTAATTACAATGTAATTACATTGTAAAAAATGACTGAGGCAGCCATTTTTAACTTCCTGTTTTCAGTTTTTTAGAGTTGTCTCTGTATTTCTAAATGGGAGATTTTTTAAATTGGTTTTTTCCTAATTCATTAAAGTTATATTTACTCTGTTAACTCCCTGCTATGAAAGATGAAGAAAAAGAGTTTCATTACTTATTTTTAGGTCTTTTATTTTTAAGTTAAGATAATGAATCAAGCAGATGTGAGATACTTGGATATAAAACAAGATTTAAAAATGATGTCTCTACTTTGTGCCTCCCCCTCAAATTAAAAAATATTATTGAAACCGCCCACAGTTTCAAATCTGGTGGGTGAAGTCCATCATAAGTATGCTGTTCCCACTTGGCAGTGTTGCTATCCCTGGTCCAGGTGAGATGGGAAGCAGAAGGGCCTGAACCATATGATGCAAGGTGATTGTTGCCTGGCATCAGAACTTGGGCAACTATGAGGTTTGCTGCTCTTACAATGTACAGTCATTATTAAATCCTAAGACAGAATAATCAGTAGTGAAGCTAGACTAGCCTGAAAGATGGCCCCTGAATCAGACTCTGAGGAGTAGAAGTTAGCTGTAATAAAACACTGCGAAGAAGCCCTGTTAACCACCATGCTACACTCTGCTGTTAATTTATGCTAGGCTTTCTGAGAATTATCTAAGTTAATGCTGAGAAAATAAAACAGAATTAAAAATAACAACACCCTCCAATGTCTGAAGAGTTGTGATTTCTGATAACATGCTCCTGGCTGGCCCCCCTCCCCACACTCTGGATTTTTTCCTGTGGGAAACTCGGATTTGACTGCTGTGTGTTTTTAACTAAGTGAGATCTTCAGGAATGCAAAAGAACCCTGTGTCCCTTTATTGTTCCCTCCAAGTTAAGTATTTATTGAAATAAAGCATTTATCTGGTGAAAACATCAAATGCTGTCATCCCTCATTATCTGAATAGTCCATTCATGGAAGTATGTTGAATAGTGAGGTTTTAACTACAGAAGCCCAGATCCCGTTATTTCTAGGAATAGGGGAAAATAATAATTGTAATGATAATATCTCATTTCATCTAAAAAACCCCAACCAGCCTTTCCAAATACGGAAGCATTCAAACCCCTCTGTTAACAGTCCACCTAGGATATCTGCATAACAAACATTATGTACATAAAACACCAATAATAGTCTGCACCCATGCTTGGTCAGACTTGAGGATGTGCACAATCTATTTATGTTTTCCTTCTCTGCAATGAAATCTACCACAGAAGCCATCTGAATTGCCCCAGGTTCCTTGAAGGGGGAGCAGTTGGGCAAGATCTGTCAGCAAACATCTGAGACCCAGCTCAGCACCTTTGGTCTCTCCTTCAGACTCTCAAAGGGTTTAAATGTGTGGCTGGTTTGTTAGCAGATTCCATGAAGTGCTTAGAATGCCTAGATAAATGCTTATATGTGTGTACAAAGTGATGTGTGCAAGAATGTTTATGAGAATTTGGGTGAAACACTTTTGCAAGTCATCCTAGGATGTGATTGGAAAATACAAATGCAGCTCATGAGGGTGACCTGTGGACCAGAAGGGTTTGCTCCTCCCTGTAGCAGTACTCTTCTCTCTTTAGCACCCTTTCCCCTTAGCATCAGGCAACAGTGAAACCTGCATTTCCTCTCCTACCCTTGAAGGGTCCCTCTCATCTCCACAGCCTGTGAGACTAGGTTCCTGTCTTCCACCATCTCTTCCTTCTGGCCTTTTGGTTTTGCATTTTCCTTTGCAATTCTAGGCTGAAGGTGTTTACTGTGTCCCCTTACCAGCCATTTATTTATTTTTATTTTTGAGGCAGAGTCTCATTGCGTTGTCCATACTGGAGTGCAGTGGGACGATCTTGGCTTGATGCAGCCTCCCCTCCCGGGTTCAAGGGATTCTCATGCCTCAACCTCCCGAGTAGCTGAGATTACAGGTGTGTGCCACCACACTGGCTAATTTTTGTATTTTTAATCGAGACAGGGTTTCACCATGTTGGTCAGACTGGCCTCAAACTTCTGACCTCAGGTGATTTGCCTGCCTTGCCCTCTCAAAATGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCATTGTGCCCAGTCCCCTTACCATCCTTGAGGTGAGGCCTCCATGATTTGTGGGCCCAGACATGGTTACATATTCAGCTGGGGGCAGCTCTTTTTTTCTTCCTGTTTTTTAGCCCATGGGGCTTACAGTTTGAAAATGTCCCCTTTTTCATTTCTAAATTTTTAAAAATTTATTTTAGTTTTAATTTTGGCACATTTCATAATTACAGAGAAGTGTAAAAAGGAAGCAAATGGCATCACCATCAGTGAACAATATTACTGTTTTGTCGTATTTGTTGTTTTTCTTCTTTTACTCTTTGTCTTTCCACCATTTCTCAGGCAACCACTCATGGATTCAGTTTGTACACAGCTAATTCATTTTCATATGCATACATAGATGATAAACTATATAGACATAGACAGTCTTTTTCTTTTTTTTGAGACAGTCACACTGCATTGCCCATACTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCAGCTCACTGCAGTCTCCGCCTCCCGGGTTCAAAGGATTCTTGTGCTTCAGCCTCCCAAGTAGCTAGGATTGCAGGCGTGTGCCACCATATCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGGTGGGGTTTTGTCATATTGGGCAGGCTAGTCTCAAACTCCTGTCCTCAGTGATCTGCCTGCCTCAAAGTGCTGGGATTATAGGTGTGAGCCACTGCACCCAGCCCAACAATCTATTTTTTTTCCCAATGATTTTTTTCTATATGTAGTTTTCCTATAGTTTTCTTTTTTCAACTTTGAGGTCCATCCATGTTGATAGATACAGAGAAGTCAGGCTTGTTCCTTTTGCGCTGCCGAGTGTATCCATTAGAGAAGTGCACCTCTGTGTTCATAGTTTCTTTTATGGGCAGGTTTATAAGTTCCTCTTTCCCCCATTGTTTTTGCTGCTCCAGTGAAAGCTGTGTGAACATTCCTGTGACTTCACTTTGTGCACGTGTTTATGTAGTTTTTATCTAGGCATACCCCTAGAAGCAGAATTGTACCTGGTTTTAGGTATGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGTCAGAGTCTCATTCTGTTGCCCAGGCTGCAGTGCAGTGGTGCCATCTCAGCTCACTGCAACCTTGCCTCGCGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGAGTACAGGTGCATGCCACCACGCCCAGCTAATTTTTTTATTTTTAGTAGAGGCAGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGATGGTCTCAATGGTCTCCATCTCTTGACCTCGTGATTCACCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGAGATTACAGGCATGAGCCACCATGCCCGGCTAGGTATATACTTTCAGTGTTACTAGTGCTGCCGCATGTCTCTACAAGGGGGCGAAGCTACTTGTCAGTCTCCCCACTCTGGGAGAAAATACCCC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Seq C2 exon
GAACCAGTGACCTTCAAGGACGTGGCCGTGGACTTCACCCAAGAAGAGTGGGGGCAGCTGGACCTTGTTCAGAGGACCCTGTACCGTGATGTGATGCTGGAGACCTATGGTCACCTGCTCTCTGTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000166704:ENST00000341164:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.114 A=NA C2=0.243
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=WD(100=95.3)
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains