HsaINT0187822 @ hg38
Intron Retention
Gene
NA
Description
NA
Coordinates
chr19:37707914-37719188:-
Coord C1 exon
chr19:37719015-37719188
Coord A exon
chr19:37708010-37719014
Coord C2 exon
chr19:37707914-37708009
Length
11005 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGA
5' ss Score
9.11
3' ss Seq
CTTCTTTTCTTTGTAAGCAGGAC
3' ss Score
7.23
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTGACCCTTGGCTCCAGGTTCCCTGCTGCTTCCTGTGCCTTCCTCAGCCTAGTACGACTACAACAGAGAAATGGTCCCAATGGGAAATCAGATACTGAGTCTTAGATGAAGATTTCCAGTGAGAAGAAACAGATAGGATGAGAAGCTTAGAAGAGTAATTGCCCTTAAGAAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GACATTCCGTATCTAAGCCAGATTTAATCACCTTATTGGAGCAAGGAAAAGAGCCATGGATGATTGTGAGGGAAGAAACAAGAGGAGAGTGTACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000267552:ENST00000585547:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NA
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
Main Skipping Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
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F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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INCLUSION PATTERN[edit]
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- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains