HsaINT0187919 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000197566 | ZNF624
Description
zinc finger protein 624 [Source:HGNC Symbol;Acc:29254]
Coordinates
chr17:16524048-16537271:-
Coord C1 exon
chr17:16537176-16537271
Coord A exon
chr17:16527824-16537175
Coord C2 exon
chr17:16524048-16527823
Length
9352 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTGAGT
5' ss Score
10.1
3' ss Seq
TTTTCTCTTTTTTGCCCCAGACA
3' ss Score
10.09
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCTTGCAGTTTCCAAACCAGACATGATATCTCATTTGGAGAATGGGAAAGGACCATGGGTGACGGTGAGAGAAATTTCAAGAATTCCCTATCCTG
Seq A exon
GTGAGTTAAACAGAACCAAGAAGATGGGATTTATTTGAAGTAACAGACTATAGGGGGATGTTCACCAGAACATCTGAAATAATTTTGAAGATATATTTGTTCAACGCTGTCTCAGAGGAAGAGATCCCCCATCTCACTGCCTGTCCCTCTCACCCCCATCTTCTCTCTCCCTCTCTCTCTGTCCTCCACTTTTGGGAAACATCTCATCCTATTCTGCTTTCCTGGGGACGTGCTTTTCGTAATTATTATTTTATTTCTTCTTCATTCAAACTTGCATAAAATATCCCTTTCAGGTCTGTCTTCTCCAGTTAACTTCATGTTTCTCATTTGTTTCATTATCTGACATTTCTTCCCTCATTTACCTGAAAATGCTTCCATAAGGGTCCCCACTGATTTCTCTTAAGGCAAACTTATTTACTCATTATTTAGTTTTCTTCACCTGCAAGGCTACAGAAACTTTGGAGGAACCCACCACCTCTCCTCCAGGTTTTTAACTAATTGCTAATACAAACAAGGAAGCAGTTGAGAATCAAAATATAGTATTGATGTATTTAATCAATATTATACATCTATATACTGTGAACTGGCTTAGGTACAAGGGCTATAGCAGCTAATAAAATGGACCAGGTCCCTGCCTTCATGAAGATTAAATTTTGAGAAATAGATAATTTGGCAAACAAATAAAAACAAACTAAAATGGTGGTTGCCATACCTCCCAGCTATGAGATAAATTGGAGGATAAGAAAGAGTAACTGGGGTGGGATGAGGACACCTGCTTCAAACAGGGTGGTCAGGGGAGCTTCTGAAGAGGTGACATTTAAGCCGAGACCTGAAGGGTCAGAAGAAGAAAACAGTAAGGGGAAGAGGAAAAGAGAAGTATTCCAGGCTAAGGGAACAACAATGCAAAGGATCTGATACAGCAGAGAATGCCATGTGTTCTGGAAATCAAAAGGAAGCTGCTGTGACTAAAGTGAGGGGAAACTGGTACAGAATAAGATTAGAGATGTAGCAGCCTGCCTGTGCAGGGCTTTGTAGATGATCTAAGTGAGTTCCAAAGCATGGAGAGATTCTACTGCAGGGTTTTTAGAAAATAACCCTGTTTATAGAGATTGAACTTGAGGCATAAAGCAGGCAGTAAGTTAAAAGGTTGTTACAATAGTCTATCCAGGAGATGATAGTAACTTTGATTAGGGTGATGGTAGTGGAGATGGAAAGAAATAGATTCTGGTTCATTTAAGCATTCATTTTATTATGATGCCATGAACAATCCACACATGAATTACGTATTTTTATATATCAGATATTATTTATACTTAAAAGAGTGAGTGAAAAGTAGACATTAGAGATAGTTTTAGATAACTTTTTAGAGAGGGATTTTTTTTCCCCTACGAAGAGGGAAAGAGAAATGGAGCAGTGGCTAAAGGAAAGAATGGAGTCAAGAAAAAATACTTGTTTTATTTTTGAAATGGGAGCTGCTATGACATGTTTGAGTGCTGATAGGATTGCCTTAATGGAGAGAGAGACATTGATGTTGCAAGACAAAGACGAAGGACTAAAGTGTTTGACAGGGTTAAAGGAGATAAAATCTAGAAAGGAAAGGGGGATTTACCTTGAATAGGTACAGAGGTCACCTCCTGTGTTGTAATACTGAGAAAGGTGGAGAAGATGGGTGCACCTGCATGTCAGTTGAGGGCAGGAAGATTGAGGCCACTATTATGATAGCTGCCATAGTTTCTAAAATGTGAGGCAAGATCATTAGCTTATGGTGAGGGAAGAAAAAATTGTGAGAGAGGGAAAGTTATTTTTTATGGTAGTGGAATTCACCAGGGAAGCCATCTTGGCCTGAAGCTTTTATTGGGAAAAGTGTTTAATTATAGCCTCTATGCCTTTAGTACTTAGGACTGTTCATATTTCCTTTTTCTTTTTGTTTCAGTTTAGCAAATTATGTTTAGGGATTGTTCCGTTTAATCTAATTTTAAAATTTATTGGCATACTATCGGTTTATCATTTAAATGTTTGTATGGATCTGAAGTGATGTGCCACTTCTTATTCCTGATACTGGTTTTTTGTGTTTTCTTTATTTTGTCTTACTCAGTCTTGCTAGAGTTTATCAATCTTACTTGACTCTTTTTTTTCTTTGAGACAGGGTCTCATTCTATCACCCAGGCTGGAATGCAGTGGTGTGATCATAGCTCACTGCAGTCTCAAACTCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCTGCCTCATCCTCCTACATAGCTGGGAGTAGAGGCACACACCACCACACCTAAGATTTTTATTTTTTGTAGAGGAAGGGGTCTCACTATGTTGACCAAGCTGTTCTCGAACTCCTGGGCTCAAGCTATCCTCCCACCTCGTCCTCCCAAATTGCTGGGATTTCAGGTGTGAGTCACCATGCCTGACATTACTTGGCTTTTAAAAACATTACTGTTTTTAGTCCTTTTTCTTGTATGTTTGAGTTTTATTACTTTCTGTTCTTTATTATTTTATTCCATTCTTAGAGCTTAATTTGTGGATCTTTTCTAACCTCTTGAATTAGGTACTTAGATCGTTGATTTTCAGCTGTTCTTCTTTTCTAATTGTTTAGGGCTATCAGAACTATATCACACTTTTTTATGTAGCATCTTCATAATTTTTGAGTGGAAAATATTTTATAATTTCTATTGTGATATCTTTTATCCTTGGGTTATTTTTAAATGTTTTTCTTAATTTTGTGCCATTTGGGAATTTTCTAGCAATCTTGTTGACTTTAATTCTACTATGGTCAGACAGGATGCTCTGAATTATGTCAGTCTTTGCAGAATTTTGTAAACATTTTGTGCTCTTGAAAAAATGTACAGCCTATAGGTAGGTATTGAGTATTGAGTACAATTTCTAGATGTGTCAGGAGATTAAGTTTGTTAATTATGTTAAAATCTGTATACTTACAGCTTATTCTATCAATTGAGAAAGATTTTTTAAAGTCTGCTAGTGAGACTATACATTTGCTTCCTATTTAGTTCATTTAATTTTTTTCTTTCTGTATTTGAAGCTGTGTTATTATGTAAATACAAAGTTATAATTGTTATCTGTATGGTAAATTGGCTTTTGTCGTTATGAAGTATCTCATTTCTTAAAAGTTTTTGCCTTAAAATCTGTTTTGTCTGATACTAATATTACTACAGCATCTTTCTTTTGGTTGTTATTTGTATAGTATATCTTTTTTCATCTGCTAACTTTCACTTTCTGTGTATTCTTGTACTTTTTGTCTTTATTTTTAAGGTAGTATATTGTTAATTTTTTATTTTTTTGAGACTGAGTTTCACTCTCGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGTGATCTCGGCTCACTGCAAACTCTGCCTCCCAGGTTCAAGCGATTCTACTCGCTCAGCCTCTTCAGTAGCTGGGATTACAGGCATGCACCACCATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTCAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCTAGGTTGGTCTGGATCTCTTGATCTCAGGTGATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAGCGCTGGGATTACAAGCAATAGCCACCACGCACAGCCTCTTCTCTTTTTTTTTTCTAAAAATATCTTCATTTGGCCTTCATTTTGGGAGGATATTTTTGGTAAGTTTGAAATTTTAGATTGGCAGTTATATTCTTTCAACATTTCAAAGGTATCATTTATTGTTTTCTGTCTTATGTACAATCTGTGGAGAAGTGAACCATCTGTCTAAACTTTTCTATAAAAGGCAGGGCAGCAATATTTTTGGCTTTGTTGGATCATAAGGACTCTCTGCTGTGACTACTCCACTCTGCCATTGTAGCACCAAGGAATCCATAGGCAACATATTAACCAAGTAATGTGGTTGTGCTCCACTAAAACTTCACTTATGGACTCTGAAATTTGAATTTCATACATTTTTAATGTCTCACATTCTTTTAATATATTTTTCAACCATTTTAAATGTAAAAATTGGCCAGGCGTGGTGACTCATGCTTGTAATCCCAGCACTTTGGTAGGCCAAGGCAGGCACTGGAGGCCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGGCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAATTTTAGCTAGGCATGGTGGCACTGGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGAAGGCAGAGGCACAAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCGGAGGTTGCAATGAGCTGAGATTGCCCACTGCACTCCAGCCTGGGTAACAGAGTGAGACTCGGTCTCAAAATAAGTAAGTAAGTAAGTAAATAAATAAATAAAAATAAATATAAAAATCATTCTTATCTTGCTGGCTATACAGAAACAGATGATGGGCCAAATTGGTTATAATTTGTAACCTCTGATCTAATTGTTGCTCATTAAAGGACATCTATCTGTCTTTGGCCAGGTGTTGGGAGGCTGAGGTGGGTGGATCATTTGGGGTCAGGCGTTCAAGACCAGCATGGGAAACATGGCAAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTTGTGGCACAGACTTGTAATCCAATCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCAAGACACTGTTTAAAAAAAAAAAGAGAGAGAGACAGATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGACGTGATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGGTTTCAGGTAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGCGACTACAGGCACCTGCCACCACGCTCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTCTCGCCACATTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCTGACCTCAGGGGATCTGCCCATCTTGGCTTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGTGCCCTTCCCTGTCTCTCTTTTTTTGGCTGCTTTTAAGAGTTTAGTTTTCAACGGTTTTACTAC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Seq C2 exon
ACATGGAGCCCAAACCTGCAACCAAGAAGGCTACACGAACAAAGGCTATTTCTGAAGATTTATCACAGGAGGCCATACTAGAGAAACTTACAGAGAATGGTCTGTGGGATTCCAGAATGGAAGGGTTATGGAAATGGAATGATAGGATATTGAGATTACAAAATAATCAGGAGAATCATTTGAGTCAAAGAATAATTCCACTCAAGAAGACTCCCACTAGTCAAAGAGGCTTTAGATTTGAATCTATTCTTATTCCAGAACCAGGCATTGCCACAGAAGAGCTTCACAGCAGATGCCAAACACAAGAGGAAAATTTCACAGAGAATTTAAATTTGATTACAGATACCCATTTGGGGAAGATAATTTGCAAGGAGATGAAAGGCAGCAAAGCCATAAGGCAGACTTCAGAACTAACTTTGGGGAAAAAATCCAATAATAAGGAAAAACCCTACAAATGTAGTACATGCGAAAAGGCCTTTCATTATAGATCATTGCTCATTCAACATCAAAGAACTCATACTAAAGAAAAACCTTATGAATGTAATGAATGTGGGAAAACATTCAGCCAGCCTTCATATCTCAGTCAGCACAAAAAAATCCACACTGGAGAAAAACCCTATAAATGTAATGAATGTGGAAAGGCCTTCATTGCTTCTTCATCACTTATGGTACATCAGAGAATTCACACTAAAGAGAAACCTTATCAGTGTAATGTGTGTGGGAAATCTTTTAGCCAGTGTGCCCGTCTTAATCAGCACCAGAGAATTCAAACTGGAGAGAAACCCTATAAATGTAGTGAATGCGGGAAAGCTTTTAGTGATAAATCAAAACTTGCAAGACATCAGGAAACTCACAATGGTGAGAAACCCTACAAATGTGATGATTGTGGGAAAGCCTTTAGGAACAAGTCATATCTTAGTGTACATCAGAAGACCCACACTGAAGAGAAACCATATCAGTGCAACGAGTGTGGGAAGTCTTTTAAGAATACCACAATTTTTAATGTGCATCAGAGGATTCATACTGGAGAGAAACCTTTTAGATGTAACGAATGTGGAAAAGCCTATAGAAGTAATTCAAGCCTTATCGTACATATAAGAACTCACACTGGGGAAAAACCCTATGAATGTAATGAATGTGGGAAAGCATTCAACCGCATCGCAAATTTCACAGAACATCAGCGAATTCACACAGGAGAAAAACCCTATAAATGTAATGAATGTGGGAAAGCATTCATTAATTATTCATGCCTTACTGTACACCACAGAATGCATACAGGAGAGAAACCTTATAAATGTACTGAATGTGGAAAGGCCTTCATGCGTTCTTCTTCTCTAATTATACATCAGCGTATTCATACTGAAGAGAAACCTTATCTGTGCAATGAATGTGGGGAGTCTTTCAGAATAAAATCACACTTAACTGTACATCAGAGAATTCACACTGGAGAGAAACCATATAAATGTACTGACTGCGAGAGGGCATTCACCAAAATGGTAAATCTCAAGGAGCATCAGAAAATTCATACTGGAGTGAAACCCTATAAATGTTATGACTGTGGAAAGTCCTTTAGGACTAAATCATACCTTATTGTACATCAGAGGACCCATACTGGAGAAAAACCATATAAATGTAATGAATGTGAGAAAGCCTTCACTAATACATCACAGCTTACCGTGCACCAACGAAGGCATACTGGAGAGAAGCCCTATAAATGCAATGAATGTGGAAAGGTTTTCACAAGTAACTCAGGCTTTAATACACATCAAAGAACACATACTGGAGAGAAACCATTTAAATGTAATGACTGTGGGAAAGCATTTAGCCAGATGGTACATGTCACAGAACATCAGAAAATCCATAGTGGAGAGAAGCCCTATAAGTGTGATGTCTGTGGAAAAGCCTTCAGGAGGGGTTCTTACCTTACAGTGCATTGGAGAACACACACTGGAGAAAAACCCTACACCTGTAAGGAATGTGGAAAGGGTTGTATTACTCTATCACAGCTAACCCTACATCAGAGAATTCATACTGGGGAGAGGCCCTATAAATGTGAAGAATGTGGAAAAGCCTTCAGAACTAACTCAGACTTTACTGTACACTTGAGGATGCATACTGGAGAAAAACCCTATAAATGTAATGAATGTGGAAAAGCCTTCAGGAGTAGTTCGAGCCTTACTGTACATCAAAGAATACATCAAAGAGAAACTCAGTTAATATAAAGAACAATAAGTCATTCACCTAGATGTCAACTCCACAAGATGAATCTTATAAACTATATTTTATGAATATAGGAAAATCTTCATTAGGAATTTATCAGAAAGTATACAGAGAAACTATAAGCAATTATGTGGGAAATCATTTAATAATATTAAATCTTAGAAGTTATAAGGAAACTCTCACTAGAGGAAAATAATGAACAAATGAAAGTGTTCATCCAGATTTCATACTTTACTCATTTAACAAATTATCTTTAGTTAATTGCCTATATATGTATTTGCCTATTTTTCTATTCATTTATCTGTCTTTTCTTATAAACCTGGAGGTGCTTTTTATATATTTTTGATATTAATCCTTTGTCATTATGTAGCAGATGTTTTTCTTAATCTAGCATTTGTCTTTATACTTTATAGTAATGCACAACATTTTTATAGGAAAATATTTGTATCATTTCCTTTTTAGATTTTTTATTTTACTCATTTTACTTAAAAGAGATCTCCTTAATCCCTAGGTTATACGTAGTATCCTAAATGTGTTTTTAAGATTTTTATGATTTTATTTTTTACACTTAAGTCTTTAATCCCTCTGGACTGGATGGTTCTTCATAGGAGAGCAACTGTAGGTGATCATTATCCTGTGAAAATATTTTGAACCTAAAAAGCACTCAGGGAAATGCAAATTGAAATGCTCAGTGAGATGAAACTTCCCCTTCATGGATCTGGCAAAAATTAAGAGATCTTTTGCTAGCTATTGGGGTTTGGGAAACCATGTACTATTACTTAAAGGTTGTGTAACATACTTCCACCAGCAGTCCAACAATATATGTTTAAAAATTTAAAACATATATACTCTTAGACCCAGCAGTCTCACTTTTGGAATCTGTCCGTTAGAAATAAAAGCAGCATCAATGCATAAGAATGTAAATAAACATGTTTGTTGAAGTACTGTTTGTAGAGGGGGGCAAAGCCCCAACTGCAAACAAAGTGAATGCCCATTAATAGGGAACTGGTTAGATAAATTGTGACATACCCATATTATGGAACAGTGTGAGAGTAATTTTAAAAACGACTTATATCTATGCTAGCTGATTTCAATGTATTTCCACAATGTATTGATAAATAATTGCTTTATAACAAATGTATATATACAATATATCATTTTTGTTAAAATAATCACACCCATTTATTTTGTGTTTATGTGTGTGTGTGTGGTTAGATGCACATGGAGACAGGTATGGAAGAATATACACCAGGCTGTTAATATTGATTACCTTGAGGGGAGTGAGAAAAGGAGAAGTAGAGATAAGGGAAGGGGAGACTGTAAAAACAGAAAAATGTAAATGCTGCCTTTATGGTATAAAACTGTAAATGTAATATTATGTAATTATGTGAACTTTTGAGAGAGATGAAAGGATGGTCTCCAAAAAATTAATGATGGTTATTTCTGTTTTAGTGGTTCATCAATTTTTTGTTTTTTACTTTCTTTTCTGTGTTTTTAAGTTAATTTTTTCCTTGCAATGAACCTGTAATATTTACATTAAAAGGAAAAATATTTTC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000197566-ZNF624:NM_020787:5
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.147 A=NA C2=0.082
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF0062824=PHD=WD(100=6.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.5),PF0013017=C1_1=WD(100=8.1),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.5),PF097235=Zn-ribbon_8=WD(100=5.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.1),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.5),PF097235=Zn-ribbon_8=WD(100=5.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.5),PF0013017=C1_1=WD(100=6.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.5),PF097235=Zn-ribbon_8=WD(100=5.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)