HsaINT0188044 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000198046 | ZNF667
Description
zinc finger protein 667 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:28854]
Coordinates
chr19:56462338-56477374:-
Coord C1 exon
chr19:56477272-56477374
Coord A exon
chr19:56462430-56477271
Coord C2 exon
chr19:56462338-56462429
Length
14842 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGG
5' ss Score
10.28
3' ss Seq
GACCTGTCTTCTCCCCACAGCCC
3' ss Score
11.89
Exon sequences
Seq C1 exon
GCAGCGCGCGGTCCCGGGGTCCCGGAGGGGAGTGCGCAGGCGCTGAGTCCCTGCTCGGCTGTCTCGGTGGTCGCCGCCGGGGTCTGAGCCCGGGAAGACCGAG
Seq A exon
GTAAGGGGGCTGGCGAGAGTGTGGGTGTGTCTGAGGGCGTGGGCGGCGCGCCCGCCACTGCGTGGACGTTCCTGCCAAGGCGCGCGTGGGTTTGCGCATCCACGATGGCGTGGGCGTCTGCGCGGGTGCTTGCGTGGGCGGTGGGCTCGCGCCTGCGTGGGTTCTCGGCCCGCCACGGCGTGGGGTTTGCGCCCTTCGCTGCTGTGGTTCTCGGGGCTTGTGCGCCCAAGTGTGAAGTTGGCGCCGCGTGTGAGGCGAGCCGTGTGTGCCTGTGTGTGAGGGAGCTATGTCGGGACCGCGGATGTGTATCGCTGCGTGACCCACGCGAAGGAAACAATGGAGCCATTGGGAAGCCGGGAGTGGGTGTGTGACGCTGACTGTGAAGATTTGTGTTTCTGGAGTGTGTGCGTGTGTCAGTGTCAGGCTGATGTGGGCGTTTATTGTAGCCTTGGGTTACTGTGTGACTTGCCTGGGCGTCTGTCTGCCACTTAGCGTCAGTGGCTTTGCGGTTATGAGTGTGTGACTGTGCCTTTCTGGTGTATATCTCACTGTAACCATGGAAATGGAGGCCCACAGGGGAAGAATTCTTAGCAGCTCTAAGATGTGATGGGCTGCCCTGGAAATCTGTGGAACTGTTTAATTGTGCATGACTTTCCTCCTTGGTAAAATAGCATATTAATAGCACCTGCCTGGGTGTTATTGGGAAGATTAAATGGGATGACGTAGCTGAAACACCCTGCACAGAGCTTGTCACATACTAATCACCGTGTTTAGGTGTTGGTTATGGTGCTGGTGGTCGTTTTTCTTTGACCCTATACAGAGGCAGAGGTAGTGGTGAATACTGGAGGACTTTGCATCTCTGAGCTTCGGACTGGGCTATCTTTGTCCACATACCAGGGCATCTGACCATCTCCAGTTGAGCAGTGGTGCGCTGCCCCCGCCAACCACCTGCGTCGTCAGTTTTCTGCATGTGTACATTTGAGTGGAGGACAGAGCCCTCCACTGACGCTAAGTATGGTTGTGTCCCCTTCCTACCAAGGTAGCTTGGAAAAATAAGAGCATGGACTGTGGCGCCCCGCTGTCTGGTGTTGACTCCTGGTTTCACCACTGGCTGGCTGTGTGACTGAGAGAGCTTACTTAAGTCCACCACTCCTCGGTTCACTTGTAAAACAGTAGTAATAACAGAACCAACCTCAGGTTTATGGTGAGCATAAGTAGAACTTGGCACAAGGAAGTGCCACATCAATGATCATCGTTTTATTATTAGCATAATAACCGCAGGCGTCCCACACCTGGAGAATAAAATCCATAGGTAGAAATGCAAAAGGATGAGCCCCAGAGTAAGGGTTGCAGGTCCAGAGGTAAAATAACTTGGACGTCTAGATCAGGGCTTAGGTTCAGAATTGTGTAGGCAGGGTCCTGGGAGGGCAGCATTAGGGTAGAGGAGGTGGGGTCAGGAACAAAGGATCTTCCTGATGGAGATGTCCCTAGGGAGCCCATGGGGTCAAGAACAGAACTTTGAAGTGTCAGGGACTAAGGGATGTTTCCATATAACACATGGGTCTGGAAATGTTTCTGTCCAGACCAGTGTTTCACAGCCTTGGCACTGTGACATTTGGGGCCAGATAGTTTTTTGTTGGGAGGTGGGAGGGGCTGCTATTCTATGTATTATAGGATGTTGTGCAGCAACCCTGGGCTCTATTTACCAGGCCAGTAGCACACCGCGCCTCCCTCTGGGTTGTGACAAGCGAAAAAAAAATGTCTCCAGACACTGTCAGATGTCCCCTGCAGGGGCAAAATCACTCTGATTGAGAGGACCGTGATGCAAGCGCATGGACAGACCGAAGGCATGATGACAGGGAGAAGAGTAAGGGAGCTGGGGAAGGCGGGGCACGGAGAGATGATAAAAGGATAGTGTTCTGAGATGAGAAGAAACGGCCTGCAGCCCGGGTAAGCTCCGAGATGCATTCATTCATTCAGCCAGTGAGTGCCTACCATGGATTGGGCACTGTGCTAGTCTCTCAACAAAACAGGCAAGGTTTTTACTCAGCTGGAACTTGCATTTAGTAGGAGAGACAAAAATAAAGTCTATAATAGGTGCTGATAGGTACTTTGAAAAGTAAAGCAGGGTAAAGGGATTACAGGGTGTTTGGCAGGTGTTCTTTTTGGAGTCAACATCCAGGTCTCCCATGGGCATTTTGGTCAACTCCAGAGCCAGGAAGGACCACCAGCAGTGACCCTTTGGTATCACTTGATTGGGGAATCTAAGAGTTTGACTTTGATCTTAACCAAAGACTTTTCTCTTCACTGAGGTCTGGACTTCAACAGAAAGAGGTCAGATCTCTAGCCCTGTCCTTGAGACTCTGAGACTCGAACGTTATTCTAAACGATGCCTTCAATGTTACTCTCACCTTGGAATGCTTTATTTAAAAAAAGAAAAAAAAGGGCGGGTCAGACTCAATCCCCAGAGATTCTGATTTAATTGGTCTGGCATAGTGAACTGCCATCAGCTGTGACTATTTATTAGAAAGCTCCCAAGAGACTAATGTACGCACAGGGTTAAGAGCTACAGCTCTGAGTGCCTGCAGCTCAGGCTCCTTTGGGGCCTCTGGGAATGAGATAAATTGATTTGGAGGAGTCAGGGGGAGGATGCAAGTGACCTCTGCTTGGCTATCTTATCAAAAACAGTCCTCACAGCTGCACTTCCCTGCAGTAGGGGTATTCCTAGCCCCATCCTGCAAGTGAGGTAACCTAATGTGTTCCCGGGCAAAGTGGGGAAATGGCAGGCTAGACATGCATATGCATAGCCTGTGTTCTTCCTGTGACAGCTGTGCTGACGTCTTTGGAGAAATTGCCTACGTATGTCCCTGGCCTCTGGGGCTGGCAGGTTCAGGCCAGGAGTGATTTTTGAATATTTGACAGCTGGTACAGCAAAAGCTGACTGGCCCAAAGGAGGCAATGAGGCTGTGGCAGTGCATTTAATGGCTGGTTTTCAGTATATCAGGACCCTCCCCCAATTCAATACCCAGCACAGCCCCCAAGGCTCAAAGGGGTGCCAGGGCAGGAGGGGAAGGCCCCTCAGTTATTTGCCTCAGAAGGGAGGCACAACCACGGTTCAGTAACTCTTTGAAGCATGTTCCCATCCAGGTTCCAGCCGTCCTCACCTCAGGAGGACATAGCTTTGTGCCTTTCAAAGCCCTTTCTCATCTATCATCAGGGACTCGGAAGACGAGCCAGGTTTACAGCCCTGCCTTGATGTGGTATGTGCGATCCAGCCTTCTTTTATTTCATTTGTTGTTTTGAAGATGTAATTATACGTTCATGACACAAAATGCCAAAGCGGGTTTTGGATTTTTCCATACTCACACATATAACCTGGTTCCTTTCTTCAGGGACAGTCACTGCTACAAACTTTTTGTTTATCTTTCCAGAGCCTTTTCAAAGTCATGTATTTGTATACTATATTTTGTTTTTTTCTAAATGACTTTTCTATGTTTTTGCCCTTATAATACCATTTTATCTTGGAGGTTTTTCAGCCTTGGCGCAGTTGATGTTTTGAACCAGATCCTTCTCTGCTCTGGAGGGCTGTCCTGTGCATTGCAGGATGGTGAGCAGCATCCCTGGCCTCCACTCACTAGATGCCAGGGGCACCCCTACTCCCAGATGTGACAACCAAAAATAGCCTCAGACATTGCAGTTTTCCCATAGGGGGCAAAATTACCCCCAGTTAGGAATCACTACTATGGTTCTACTTTGTTTCTTTTAATATGTGGTGTCTCATTATATGCATGTAATATTCACTTAGCCATTCTCCTATTGATGGGCTGTTAGGTTGTTTCCAATCTCCTGATGGTGGTAGTAATAATGAAAATCTTAGCATTGGCCCTGCTTCCTGGCACCACTCTAAATGTGTTACGTATTTTGACTCATTTGATCTTCACCACAACCCTGTGAAGTCATTACTGTGTTTTGTCTCATCTTACATATGAGGAAGCTCAGGCCGGGAGAGGACACATAGAGTGTCTAAGTCCACACAGATAGCGGACGGCAGAGTTAAATACTGAACATAGACAGCCTGCTGCAGGCCCACCCCTTACCCAAGGAAATGTACTGCCCCTTTCTATAAACTCTGCCATTGTGAATACCTTTGTGTGTCTCTCATTGTGCACATGTGCAAAGATGTCTGAAGACATGTACAGGAAATAAGGTTGCTGGATTAAAGAGTACAACAGGGGTAAATAACGTGTATCTTCGGTCTTAAAGACATTGCCAAATTGCCCTCCATTGAATTTACACCAATTTATCTCCTCCAGCACTGGATAAGAATTCTAATCTCAGCCTTTTTAGTGGGTCTCAGTCTTCGTTGGTCTCTTGGATGCTTGGTATGTGGTTGACCCTTGAACAGTGCAGGGGTTAGTGGTACCAACCCCCTGTACTGTAGAAAATCCACATAGAGTTTTCACTCCCCAAAGACTTAAGTACTAATAGTCTACTGGTCACCTTACTGACACCTAAGCAATAACCTACACAGTCTATTAACACATATTTTGTGTGTTACATGTATTGCATACTCTATTCTTACAATAAGCTAGAGAGAAGAAAATGTTATTAAGAAAATCATAAGGAAAATATATTTACTGTTCATGAAGTAGAGTGGTTTTCATCGTCATGGCCTTCAAGTTGAGTAGGCTGAGGAGGAAGAGGAGGAGCTGGTCTTACTGTCTCAGAGGTGGAAGAGGTGGAGGAGCCGGAAGGGGGAGGCCGGAGAGGTAGGCACACTCAGTGTAACTTCTATTGAAAAAAATCTGCATATAAGTGGACCCTCACAATTCAAACTAACATGGCTCAAGGGTCAACTGTATTGTGAGTTGAAAAGGAAAAGGAAGGCAAGCAATGACCATGTTCCAGTTACCGAAGACATCACATGTAAATATCCTAACAGCAGAGGTGAGGTAGGTTTTCTTTACCCCATTGTATAGATGAGCAAACAGGCTTTGTGT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Seq C2 exon
CCCTGCCTTACCAGCTCTCTGCCCATCTCTCAGTGTGGACCCTAAAGGGGGAGGAAAGGATGCCTTCTGCACGGGGGAAATCCAAATCCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000198046:ENST00000292069:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.545
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains