HsaINT0188106 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000197124 | ZNF682
Description
zinc finger protein 682 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:28857]
Coordinates
chr19:20024250-20039506:-
Coord C1 exon
chr19:20039343-20039506
Coord A exon
chr19:20024377-20039342
Coord C2 exon
chr19:20024250-20024376
Length
14966 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTGAGT
5' ss Score
10.13
3' ss Seq
TGTTTTGTTTTGTTTTTCAGGAA
3' ss Score
12.57
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCCTTTGTCTCGCTCCAGCCAGAGCTCAGGGTCCATCTTCATTGCTTAGTATCCTCTGCTCTAGTAGTTCCCGGTGACTGTCGCAGCCTCTGTTGCCCTCTGACTTGCAGATGCTGTGAGATCCAGAGCTAAGACTCCACGACATCCCGGAAGCCGAAAAATG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GAACTGTTGACATTCAGGGATGTGACCATAGAATTCTCTCTGGAGGAGTGGGAGTTTCTGAACCCTGCTCAGCAGAGTTTGTATAGGAAAGTGATGCTAGAGAACTACAGAAACCTGGTCTCTCTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000197124:ENST00000397165:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.143 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=PU(88.9=94.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains