HsaINT0188458 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000197779 | ZNF81
Description
zinc finger protein 81 [Source:HGNC Symbol;Acc:13156]
Coordinates
chrX:47755244-47781655:+
Coord C1 exon
chrX:47755244-47755339
Coord A exon
chrX:47755340-47774322
Coord C2 exon
chrX:47774323-47781655
Length
18983 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
CTTTTTCTTTCTCTTTTTAGATG
3' ss Score
13.21
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTTCGAAGTTCCTAAACCAGAGGTCATCTTCAAGTTGGAGCAAGGAGAGGGGCCATGGACATTGGAAGGGGAAGCCCCACATCAGAGCTGTTCAG
Seq A exon
GTGAGTGGGTGTGACCCAGGCAGATGGGGACACGAAGTAATTTTTTTTTTCCCTAAGGAAGACCGATGCCTTTAAAATGCTGTTATTGCTTAAAGGTTGGAAACTTTATAAATTGCTTGAGGATAGGTAGCATTGGCCTCTCGGGTGCCAAATTGTTCTCTCCTTTTATTTCTCTTACTGTTATCACCTGTCTTCTTTGCTTGGCTTTCTTCCAGGAGAATTGCCCCAATTCCTATACTCTGGATTACATGCCAGTCTTCCTCACTAGCGGTCTTGCTTTCTTGGATATTCTTTCCTTCCTTCAGTCCCATTTTTATGTGTAATTCCTTAAACCACACCCCAGAGTCTTAGATTCTTATCACATACATTTCAGTTTTACTGGATTTGACTTTTTGAAAATCCGTTGGTTGCCTCACTTCTGTTCTTCCTAGCACTCTTGCACTTTATTCTTTCTTTTGTTCTCACCTTCTCACTCTAAGGTACCAACAAACTCTCATCTACAACCAGCCTCACCTCCTGTTGCCTTTGTAAGTATCACCTTCAGATTCCTCACTCCTCTCCACCTTCCCATGGCCTAGTACCTCTCTCCCATCTTCTGACTTTATGGTCACTATCACTTAGCATTTCTTCTTTTAAAATCCATTTTATTAAGGTAGAATTTACACAAAATGAAATGTATTTATTTTAAGTGGACAGTTTGATGAGTTTTGATAAAGATATACACCAGTGTAACCACCACCCCTATTGTGATATATACCATTCCTTCACACAGAATGCTCCCTCATGCCCCTTGCAGTCAGTACACACAGCCCCAGGCAACCACTGACATGCTTTTTGTCACTCTAGATTAGATCTATCTTTATTAGGGTTTTATATAAATGGAATAATACCTTACATACTCTTTTGGGTCTGGCTTCATTTGTTCAGCATAATCATTTTGCAATTCATCCATGTTATTAAGTATATCTCTGGTTTATTCCTTTTGAATGACAAATAGTATTTCATGGAATGAATATATTACTATTCATTAATCTCTACACCTATTGATGGATAGGTGGTTAATATTTGGTTATTATGAATGAAGCTGCAGTGAACATTCTCGTATGTCTTTGTGTGAACATACGTTTACATTTTTCTTGGGTAAATACCTAAGATTGGAACTGCTAGGTCATGTAATAAGTGTATACTTACCTTTGTAAGAAATTGCCAAACTGTATTCCAAATTGGCTGTACCACTTTACATTCCCAGCAGCAATACATAAGGATTCCTCTTGCTCTACATCCTCGTCAACACTTGTTATCATCAAACTCTTTTATTTTTGCTATTGTAGCGGATATTATAATTTAAAGTTGCATTTCTCTTATGAGAATAATGATGTTAAGCATCTTTTTATGTGCTTATTGACCATTTGTACATTTTTTGGTGTGAAATATCTACTCAGATATCTTTCTCATTTTTTAATCAGGTTGTTTGTCTTCTTATTAGTGAGTTTTAATATATTTACTGGATACAACTCCTTTGCCAGATATATGTATTGCTAATATTTTGTTCCAATCTGTGGCTTGAAATTTCATTTTCTTTTTGGTGCCCATCAAAGAGCAAACATTTTAATTTGATGAAGTCCAATTTATCATCTGTTTTATTGTTAGTACCTTTTGCGATCTGTTTAAGAAATCTTTGCCTACCACAAGGCACAAAGATTTTCTCATACTTTCTTCTATAAGTTTTATCATTTTAACTTTTTCAGTTAGGTCTGTGATTCATTTTTCAATACTGATATCTAATTGTTCCAGAAACATTTGTTGAAGGGGCTTTCTTTTTCCTATTGAATTTCCTTGGTATGTTTATCAAAATCAATTGACTTTATGTGTATGAGCCTGTATCTGGTCTCTCATTTCTGTTCAATTAATCTATTTGTCTGTCTGCTTTAAAAGATAGGTTTTATTATTATTTAGGTTCGATGAAGCCAACAGATCAGGAGACAACTGCCATTGGAAAGACAGTTTGTTATAATTCCCAAGAGGCGGGGGTATACCACACCATACAGGGCCATGCATACCACACATGTGGAAGCACCAAGGTCAGTTGGGATCTAGAAGGAGTGAGGGGAAAGCATAGGCCAGAGCCTTTATTTAGGTTTTGTGGGAAGGAATGGACTAGGCAAGGTCAGAAGGCTAGGCAGATTTAAGATTGGCTAGTTTGGATAATTCCACTGGGCTCTAGGGTATAGGGACTCTCCCCAGTTGCTTGGTACCTGGCCCTGGGGTGATTAGAGCAGGGGGATAGTGGCTCAACCTGTGAGAGCTCAATAAAAGAGGCAGTTGTGGGTATGGGCTGTGTATTGGCTGCTTTGCATATGAAAGGCATCCTCAAGGTCAAGTTATTTCCTAATCTCTAGAATTAGCTATCACTGGGAGTGGGCAGTCTCTCCAGGATCAGTTAAGCCCCAGATGCCAGAACATCAAGGGTACAGAAAATAAGAAAATATAGTTAATACGTTATCCTTTTAGCAAACCCATACTATCTTTATTACTGTAGTTTTTACAGTAAATCTTCAATCAGGGAGTATAAGTCCTTCAACTTTGCTTTTTAAAAATTACTTTGCTCTTCTAGGTCATTTGCATTTTCATATACATTTTATAATCAGTTTGTACTTTTTACAAAAAAGCCTACTGGGATTTTGTTTGGAGTTCAGTTAACTCTGTAGATCAATTTTAGGAGAATTGACATCTTAACAATATTGAGCCTTCTAACCCATGAAAATGGCATATTTCTGCAATTATTTAGTTCTTTAATTTCATTTAGCAGAATTGTATAGTTTTCAGCATAGAGGTCATAGGAAACCTTCATTAAGTTTATCCCTAAGTACTTGATGCTTTTGATTCTGTTTTACATGGCATTGTTTTAGTTTTATTTTTTGATTTTCATTGCTAATATAAAGTTTTTTAAATTTTATTTTTAGATTGTTTATTGCTAGTATAAGTTGCTAGTGATTGATTTTTGTGCATTAACTTTGTATCCTGAGGCACTGCTAAATCTACCTATTAGTTTTCTTGTAAGTTCCTCAGGATTTTTCATATAAGTAATCATTATCACCTAAAAATAGGGACACTTTTACATCTTCCTTTCCAAACTCATGTTTTAATTTCTTTTCATTATTTTACTGTCTAAGACTTTCAGTTCAGTGTTGAATGGAAGGGGTGAGTGTGGGCATGTTTGTCTTGGTTCTGATATTGTGGGCAAAAACTTCAGTCTTTCACCATTAAGTTATGATATTAGCTGTAGGTTTTCTGTACCTGCCCTTTAACAGGCTGTGTAAGTTCCTTTCTAATCCTAGCTTGTTTCATAGTTTTTTTTTTTAAATCATGATTGAGTGTTGAATTTTGTCAAATGCTTTTTCTGCATCTATTGGAGAGATATTATATATATCAGCATTTTTTGTTCTGTTATTATGGTGAATTCATTGATTTTTAAATGTTGAATTAACCTTGTATTTCTGAGATAAATACTAGTTGATTATGACGTATTAGCTTTATTATATATTGTTGGACTCTACTTACTGATATTTGACTTAAAAGTTTGCGTTTTTCATGAGTGATTTGGTTCATGGTTTTCTTTTTTTTCAATGTCTTTGTCATGTTTTGATATTATGGTTATACTGGCTACTAAAATGAGTTATGAAGTGTTCCCTTCTCTATTTTCTGAAATACTTTGTGTGAGATTATTATTTCTTTTAATGTTTCATGGAATTAACCAAGAAAGCCATTTGGACCTAGAATTTTCTTGACAGGAAGGATTTAATGACAAACTTAATATTTTAAATAGATGTAGAGCTATTCAGATTTTTTGTTTCATCTTTTGCCAGACATAGTAAGTTGTACTTTTCAAGGAATTTTGTCTATTTCCTCTATGTTGTCCAATTTAATCCTGTTGTGGTCTGAGAGCATACTCTTTATGATTTCAGCATATGGTCTACCTAGGGGAATGTTTTGTGTGTCCCTGCAAAGAATGTATGTTCAGTTGTTGATGGGTACAGTGTTCTATAATCTATAACTCAGGTTGGTTCCATGTTGTTGAAATCTTCTAATGCCTTACTAATTTGTCTTCTACTTGTTCATTCAATTATTTGTAATTTGGGGGGGTTAAAACTGTCAAAGAGATTTAAAAATTTATATGGATATGCAAAAGACCTAGAATGACCAACACAGTCTTGAGGAAGAAGAAAAAGTACGGAGGATTGACACTACCAAATGTTAAGATTTACTTTAAAGCTATAGCAATCTGGACAGTATGTTATTGGTGTAAAGACACACTAATATATAAATGGAACAGAAGGGAAAGACTAAAAATAGACCCATTAATATATAGACAACTGATTTTTGACAAAGGTGCCAATGTAATTTGAAGGGAGAAATGAAAGTCTTTTCAAATTGTGCTGGAACAAATGGATGTCAGTATTGGGGGAAAAATTCATACTTTGACCCATACTTCACATCCTATACAAAAATTAACTCAAGTTCTAGTATTATAGAATTGTTTATATTGAAATAACCTGCCAGACAGATAAAAAATTGTTAACCCTGGAAAGCATATTTTTAAAACTAGCTACTGAAGATGCTGGAAAGTGATCAAAAGAACATTTTTCTGCTCCATCATATTTTGAGTAATTTGGATTGCGTCCTGAACATTATCAATGTTTATGGTAACATGGTATTCTGTTATATTGTTCTGAAGAATGTCAGTGTTCTTATCACAGCAGGCAATTAACTAGGTTAGATTGACACTGGAAATGCTGTCTCACCTAAGGCGAGTGGCAACTCAGGTGCACTTCAGCCCTGCTTTAATTTTGCTCTACCCATGCAAAGTTGAGGGGTCAGCCAGAGACTTAGGCAGATTTTATACACAGAATTAGGAATTTGCTTTTTTTGATTCTTTCTTTTTGAGTTGCCCCCTTAATCTCTAGTGGCCCCGGGTACCCAGGCCTTCTTCCCCTGATTCC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Seq C2 exon
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GGTCTGTTGTTGTCTTCTCTTGCTCTTTTGCATCTAATAATTTTTGGCTGAATGTCACAGATGTTGTATGTAGGACAGTAGAAACTGAGGTAAATAGTAATTATTCCTGGAAACAGCCATGGTTGCCCTTTTGATAGGCCATTAGCATGGGGAGATTGAATCCATCTAATCAGGAGTTGGGCTGAGTTTGTGTTTCTTTGTTGCCAGTGTTACCTTTGCTGTACCATAGACTTAAAATTCCTCTATTGTTATCTTATGCTTGAGGTAGGCACTGGTTTGCCCAGAGAATTTTTATTTTTCCCAGACCACACTTGCCTTTAGGCCTGTAGGCCTTTCCTGTGTGCCTGCATCTCAGGGAGGGTCTCTCTCCATGTTGTTGCCTCTATGTTAGTAGTAGACAACTGTTATTACTTGGTTCTTGCTGACCTGGTGAGTTGGGGGGCAGGGGTTGTCTTGGGCCAGCCTCAGTTTTTGTCAGGCCATGAATCCCTGGGTCTTGAGGGTGGGATTTTTTAGTGATCCTGCCCTCTTCCACTGGTAGAAGGCCTTTAATGATCTGGGCCCAGGATGATTTCCTGCCCTTTTATCATGGGTGGAATTTTTTTTTCCATTTCCCTCACTCTAGTCACAGTGAATCTTTAACTGTGTCCTGAGGGCAACAGGGTTTGCTGCACTTCTTTTAGTGGCTTAAGGATTTTGTTCTGTAGGGGAGTAGGGTTTCATTGGAGCTTTGTGCCATTTCTATGTTAACAGCAGCCCCCTTGCAGGCCTACCCCATGGAGGTAGGCTTTCTCCAGTCTTCTTCCTTGTCCCCGTGTTTCTTGAGAGCACTCAGTGGATGACTATGGAGAAGAGCCTGCAAGCAGAGACCAACTACCCTTAGGTCTACAGCTCTCATGAGTCTCCCGCACTCAGCCTTTAGCAATTCATTAAAAATTCTTGTTGAATTCTTACTGCTTGTATAGTGGCCTCATCTTCCTTCCTGCTGTACCACAGATGGCCCAGGAGAGGCACTTGTCTTTTATTATATTTCAAGCTAGTTGGTTGCTCTGTAATCTTAGCTCTCTGATGGGTTCGAGAAAACTTATGTTTTTGCAGATTACCCAGCTTTGTTCTTGTTATAAAGATGGGAGCAGTGTTCTTTCCAGATGTCTACATGCTAGGCAGAAACTAGAAGTCTGGACAGTCTCCATGGTCTCCTACTATCAGAATATGTGCCCTTTTCAGTGTGACTTTGCCACTTCACCCATCAAGAGGTAGAATCTATTTCTTCAACCCCTGCAACTGAGCTTGGCTATTTTGTTGGCCAATGGGACATTAACAAGTATGATACAAGCAGAGGCTTGAGAAGTGCCTGCACAATGAGGCTTGCCCACTTTTGCAGCTCTTTGGAATCCTGAACCCATGTGTGGAAAAGCCTGAACTGTGCTGTTGGAAAATGAGAGCGATCACATGGAGCAGTAATGGAGCAAAGACCAGCCATCCCAGTTGAGATACCCTACACCAACCAGATTTTCAACTGCTGGACATATGAATGAAGCTATCCTAGGCATGCAGTCTTGGTCAAGGCAACTTTGGCTGGCAGTCTCTGAGATGACCCTGAATGATCCCCACCTCCTGGTATTCTCACTCTTATATAATCCCCTCCTCTTGAGTTTGGACTGGAATTAGTGACTTGGTTCTAGTGAATAGAATGAGGCAGAGGTAATGGGATGTCATGTTCAAGATTGGTTACAAAAAGACTGTGGCTTCCATTTTGGGTGCTTGCTTACTCTCTCAGATGGCTCATCATAGGGGAAACCTGCTGCTACATCATGAGATAGCCCTGTGGAAAGGTCCACATGAGTGAACTTTGAAGCATATCCTCCCCCAGTTTAGCCTTTAGATGAGGACCACAGCCAAATAGCTTGACTGTAAGCCAGATAGCTTGACTCATGAGGGACCTTCAGCCAGAGGCATCTTTTGAGCCATACGAATTCCTGACCCATAGAAACTGCAAGACAATAAATGTTGTTTTAAGTTGCTAAATTTTAGGGTAATTTGTTACACAGTAATAGGTTAATAATACACTGGCCCAGATTAGGAAGGTTCTGCCATCCATCCCAGCCATCCCAAACAACTACCAGAATAATGGATTAAAACGTTAACTGTTTTAAGTCACTAAGTTTTGGGCAGCATGATAACAACCCAGCAAAAAGCTAACTGATACATTGATTATTTATTGCATTTCTTCCTCCACTATTCTTCTCTAACAGATGACCAATACTAATAAACTACTGTGAACACTTTCATGTTTTAATCTCTGCTCTGTGCTCATAATCATATATAGACAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000197779-ZNF81:NM_007137:4
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.314 A=NA C2=0.102
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0),PF0306610=Nucleoplasmin=FE(33.0=100)
A:
NA
C2:
PF0306610=Nucleoplasmin=PD(53.6=9.1),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)