Special

HsaINT0188458 @ hg38

Intron Retention

Gene
Description
zinc finger protein 81 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13156]
Coordinates
chrX:47895845-47922211:+
Coord C1 exon
chrX:47895845-47895940
Coord A exon
chrX:47895941-47914923
Coord C2 exon
chrX:47914924-47922211
Length
18983 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
CTTTTTCTTTCTCTTTTTAGATG
3' ss Score
13.21
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTTCGAAGTTCCTAAACCAGAGGTCATCTTCAAGTTGGAGCAAGGAGAGGGGCCATGGACATTGGAAGGGGAAGCCCCACATCAGAGCTGTTCAG
Seq A exon
GTGAGTGGGTGTGACCCAGGCAGATGGGGACACGAAGTAATTTTTTTTTTCCCTAAGGAAGACCGATGCCTTTAAAATGCTGTTATTGCTTAAAGGTTGGAAACTTTATAAATTGCTTGAGGATAGGTAGCATTGGCCTCTCGGGTGCCAAATTGTTCTCTCCTTTTATTTCTCTTACTGTTATCACCTGTCTTCTTTGCTTGGCTTTCTTCCAGGAGAATTGCCCCAATTCCTATACTCTGGATTACATGCCAGTCTTCCTCACTAGCGGTCTTGCTTTCTTGGATATTCTTTCCTTCCTTCAGTCCCATTTTTATGTGTAATTCCTTAAACCACACCCCAGAGTCTTAGATTCTTATCACATACATTTCAGTTTTACTGGATTTGACTTTTTGAAAATCCGTTGGTTGCCTCACTTCTGTTCTTCCTAGCACTCTTGCACTTTATTCTTTCTTTTGTTCTCACCTTCTCACTCTAAGGTACCAACAAACTCTCATCTACAACCAGCCTCACCTCCTGTTGCCTTTGTAAGTATCACCTTCAGATTCCTCACTCCTCTCCACCTTCCCATGGCCTAGTACCTCTCTCCCATCTTCTGACTTTATGGTCACTATCACTTAGCATTTCTTCTTTTAAAATCCATTTTATTAAGGTAGAATTTACACAAAATGAAATGTATTTATTTTAAGTGGACAGTTTGATGAGTTTTGATAAAGATATACACCAGTGTAACCACCACCCCTATTGTGATATATACCATTCCTTCACACAGAATGCTCCCTCATGCCCCTTGCAGTCAGTACACACAGCCCCAGGCAACCACTGACATGCTTTTTGTCACTCTAGATTAGATCTATCTTTATTAGGGTTTTATATAAATGGAATAATACCTTACATACTCTTTTGGGTCTGGCTTCATTTGTTCAGCATAATCATTTTGCAATTCATCCATGTTATTAAGTATATCTCTGGTTTATTCCTTTTGAATGACAAATAGTATTTCATGGAATGAATATATTACTATTCATTAATCTCTACACCTATTGATGGATAGGTGGTTAATATTTGGTTATTATGAATGAAGCTGCAGTGAACATTCTCGTATGTCTTTGTGTGAACATACGTTTACATTTTTCTTGGGTAAATACCTAAGATTGGAACTGCTAGGTCATGTAATAAGTGTATACTTACCTTTGTAAGAAATTGCCAAACTGTATTCCAAATTGGCTGTACCACTTTACATTCCCAGCAGCAATACATAAGGATTCCTCTTGCTCTACATCCTCGTCAACACTTGTTATCATCAAACTCTTTTATTTTTGCTATTGTAGCGGATATTATAATTTAAAGTTGCATTTCTCTTATGAGAATAATGATGTTAAGCATCTTTTTATGTGCTTATTGACCATTTGTACATTTTTTGGTGTGAAATATCTACTCAGATATCTTTCTCATTTTTTAATCAGGTTGTTTGTCTTCTTATTAGTGAGTTTTAATATATTTACTGGATACAACTCCTTTGCCAGATATATGTATTGCTAATATTTTGTTCCAATCTGTGGCTTGAAATTTCATTTTCTTTTTGGTGCCCATCAAAGAGCAAACATTTTAATTTGATGAAGTCCAATTTATCATCTGTTTTATTGTTAGTACCTTTTGCGATCTGTTTAAGAAATCTTTGCCTACCACAAGGCACAAAGATTTTCTCATACTTTCTTCTATAAGTTTTATCATTTTAACTTTTTCAGTTAGGTCTGTGATTCATTTTTCAATACTGATATCTAATTGTTCCAGAAACATTTGTTGAAGGGGCTTTCTTTTTCCTATTGAATTTCCTTGGTATGTTTATCAAAATCAATTGACTTTATGTGTATGAGCCTGTATCTGGTCTCTCATTTCTGTTCAATTAATCTATTTGTCTGTCTGCTTTAAAAGATAGGTTTTATTATTATTTAGGTTCGATGAAGCCAACAGATCAGGAGACAACTGCCATTGGAAAGACAGTTTGTTATAATTCCCAAGAGGCGGGGGTATACCACACCATACAGGGCCATGCATACCACACATGTGGAAGCACCAAGGTCAGTTGGGATCTAGAAGGAGTGAGGGGAAAGCATAGGCCAGAGCCTTTATTTAGGTTTTGTGGGAAGGAATGGACTAGGCAAGGTCAGAAGGCTAGGCAGATTTAAGATTGGCTAGTTTGGATAATTCCACTGGGCTCTAGGGTATAGGGACTCTCCCCAGTTGCTTGGTACCTGGCCCTGGGGTGATTAGAGCAGGGGGATAGTGGCTCAACCTGTGAGAGCTCAATAAAAGAGGCAGTTGTGGGTATGGGCTGTGTATTGGCTGCTTTGCATATGAAAGGCATCCTCAAGGTCAAGTTATTTCCTAATCTCTAGAATTAGCTATCACTGGGAGTGGGCAGTCTCTCCAGGATCAGTTAAGCCCCAGATGCCAGAACATCAAGGGTACAGAAAATAAGAAAATATAGTTAATACGTTATCCTTTTAGCAAACCCATACTATCTTTATTACTGTAGTTTTTACAGTAAATCTTCAATCAGGGAGTATAAGTCCTTCAACTTTGCTTTTTAAAAATTACTTTGCTCTTCTAGGTCATTTGCATTTTCATATACATTTTATAATCAGTTTGTACTTTTTACAAAAAAGCCTACTGGGATTTTGTTTGGAGTTCAGTTAACTCTGTAGATCAATTTTAGGAGAATTGACATCTTAACAATATTGAGCCTTCTAACCCATGAAAATGGCATATTTCTGCAATTATTTAGTTCTTTAATTTCATTTAGCAGAATTGTATAGTTTTCAGCATAGAGGTCATAGGAAACCTTCATTAAGTTTATCCCTAAGTACTTGATGCTTTTGATTCTGTTTTACATGGCATTGTTTTAGTTTTATTTTTTGATTTTCATTGCTAATATAAAGTTTTTTAAATTTTATTTTTAGATTGTTTATTGCTAGTATAAGTTGCTAGTGATTGATTTTTGTGCATTAACTTTGTATCCTGAGGCACTGCTAAATCTACCTATTAGTTTTCTTGTAAGTTCCTCAGGATTTTTCATATAAGTAATCATTATCACCTAAAAATAGGGACACTTTTACATCTTCCTTTCCAAACTCATGTTTTAATTTCTTTTCATTATTTTACTGTCTAAGACTTTCAGTTCAGTGTTGAATGGAAGGGGTGAGTGTGGGCATGTTTGTCTTGGTTCTGATATTGTGGGCAAAAACTTCAGTCTTTCACCATTAAGTTATGATATTAGCTGTAGGTTTTCTGTACCTGCCCTTTAACAGGCTGTGTAAGTTCCTTTCTAATCCTAGCTTGTTTCATAGTTTTTTTTTTTAAATCATGATTGAGTGTTGAATTTTGTCAAATGCTTTTTCTGCATCTATTGGAGAGATATTATATATATCAGCATTTTTTGTTCTGTTATTATGGTGAATTCATTGATTTTTAAATGTTGAATTAACCTTGTATTTCTGAGATAAATACTAGTTGATTATGACGTATTAGCTTTATTATATATTGTTGGACTCTACTTACTGATATTTGACTTAAAAGTTTGCGTTTTTCATGAGTGATTTGGTTCATGGTTTTCTTTTTTTTCAATGTCTTTGTCATGTTTTGATATTATGGTTATACTGGCTACTAAAATGAGTTATGAAGTGTTCCCTTCTCTATTTTCTGAAATACTTTGTGTGAGATTATTATTTCTTTTAATGTTTCATGGAATTAACCAAGAAAGCCATTTGGACCTAGAATTTTCTTGACAGGAAGGATTTAATGACAAACTTAATATTTTAAATAGATGTAGAGCTATTCAGATTTTTTGTTTCATCTTTTGCCAGACATAGTAAGTTGTACTTTTCAAGGAATTTTGTCTATTTCCTCTATGTTGTCCAATTTAATCCTGTTGTGGTCTGAGAGCATACTCTTTATGATTTCAGCATATGGTCTACCTAGGGGAATGTTTTGTGTGTCCCTGCAAAGAATGTATGTTCAGTTGTTGATGGGTACAGTGTTCTATAATCTATAACTCAGGTTGGTTCCATGTTGTTGAAATCTTCTAATGCCTTACTAATTTGTCTTCTACTTGTTCATTCAATTATTTGTAATTTGGGGGGGTTAAAACTGTCAAAGAGATTTAAAAATTTATATGGATATGCAAAAGACCTAGAATGACCAACACAGTCTTGAGGAAGAAGAAAAAGTACGGAGGATTGACACTACCAAATGTTAAGATTTACTTTAAAGCTATAGCAATCTGGACAGTATGTTATTGGTGTAAAGACACACTAATATATAAATGGAACAGAAGGGAAAGACTAAAAATAGACCCATTAATATATAGACAACTGATTTTTGACAAAGGTGCCAATGTAATTTGAAGGGAGAAATGAAAGTCTTTTCAAATTGTGCTGGAACAAATGGATGTCAGTATTGGGGGAAAAATTCATACTTTGACCCATACTTCACATCCTATACAAAAATTAACTCAAGTTCTAGTATTATAGAATTGTTTATATTGAAATAACCTGCCAGACAGATAAAAAATTGTTAACCCTGGAAAGCATATTTTTAAAACTAGCTACTGAAGATGCTGGAAAGTGATCAAAAGAACATTTTTCTGCTCCATCATATTTTGAGTAATTTGGATTGCGTCCTGAACATTATCAATGTTTATGGTAACATGGTATTCTGTTATATTGTTCTGAAGAATGTCAGTGTTCTTATCACAGCAGGCAATTAACTAGGTTAGATTGACACTGGAAATGCTGTCTCACCTAAGGCGAGTGGCAACTCAGGTGCACTTCAGCCCTGCTTTAATTTTGCTCTACCCATGCAAAGTTGAGGGGTCAGCCAGAGACTTAGGCAGATTTTATACACAGAATTAGGAATTTGCTTTTTTTGATTCTTTCTTTTTGAGTTGCCCCCTTAATCTCTAGTGGCCCCGGGTACCCAGGCCTTCTTCCCCTGATTCC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Seq C2 exon
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GGTCTGTTGTTGTCTTCTCTTGCTCTTTTGCATCTAATAATTTTTGGCTGAATGTCACAGATGTTGTATGTAGGACAGTAGAAACTGAGGTAAATAGTAATTATTCCTGGAAACAGCCATGGTTGCCCTTTTGATAGGCCATTAGCATGGGGAGATTGAATCCATCTAATCAGGAGTTGGGCTGAGTTTGTGTTTCTTTGTTGCCAGTGTTACCTTTGCTGTACCATAGACTTAAAATTCCTCTATTGTTATCTTATGCTTGAGGTAGGCACTGGTTTGCCCAGAGAATTTTTATTTTTCCCAGACCACACTTGCCTTTAGGCCTGTAGGCCTTTCCTGTGTGCCTGCATCTCAGGGAGGGTCTCTCTCCATGTTGTTGCCTCTATGTTAGTAGTAGACAACTGTTATTACTTGGTTCTTGCTGACCTGGTGAGTTGGGGGGCAGGGGTTGTCTTGGGCCAGCCTCAGTTTTTGTCAGGCCATGAATCCCTGGGTCTTGAGGGTGGGATTTTTTAGTGATCCTGCCCTCTTCCACTGGTAGAAGGCCTTTAATGATCTGGGCCCAGGATGATTTCCTGCCCTTTTATCATGGGTGGAATTTTTTTTTCCATTTCCCTCACTCTAGTCACAGTGAATCTTTAACTGTGTCCTGAGGGCAACAGGGTTTGCTGCACTTCTTTTAGTGGCTTAAGGATTTTGTTCTGTAGGGGAGTAGGGTTTCATTGGAGCTTTGTGCCATTTCTATGTTAACAGCAGCCCCCTTGCAGGCCTACCCCATGGAGGTAGGCTTTCTCCAGTCTTCTTCCTTGTCCCCGTGTTTCTTGAGAGCACTCAGTGGATGACTATGGAGAAGAGCCTGCAAGCAGAGACCAACTACCCTTAGGTCTACAGCTCTCATGAGTCTCCCGCACTCAGCCTTTAGCAATTCATTAAAAATTCTTGTTGAATTCTTACTGCTTGTATAGTGGCCTCATCTTCCTTCCTGCTGTACCACAGATGGCCCAGGAGAGGCACTTGTCTTTTATTATATTTCAAGCTAGTTGGTTGCTCTGTAATCTTAGCTCTCTGATGGGTTCGAGAAAACTTATGTTTTTGCAGATTACCCAGCTTTGTTCTTGTTATAAAGATGGGAGCAGTGTTCTTTCCAGATGTCTACATGCTAGGCAGAAACTAGAAGTCTGGACAGTCTCCATGGTCTCCTACTATCAGAATATGTGCCCTTTTCAGTGTGACTTTGCCACTTCACCCATCAAGAGGTAGAATCTATTTCTTCAACCCCTGCAACTGAGCTTGGCTATTTTGTTGGCCAATGGGACATTAACAAGTATGATACAAGCAGAGGCTTGAGAAGTGCCTGCACAATGAGGCTTGCCCACTTTTGCAGCTCTTTGGAATCCTGAACCCATGTGTGGAAAAGCCTGAACTGTGCTGTTGGAAAATGAGAGCGATCACATGGAGCAGTAATGGAGCAAAGACCAGCCATCCCAGTTGAGATACCCTACACCAACCAGATTTTCAACTGCTGGACATATGAATGAAGCTATCCTAGGCATGCAGTCTTGGTCAAGGCAACTTTGGCTGGCAGTCTCTGAGATGACCCTGAATGATCCCCACCTCCTGGTATTCTCACTCTTATATAATCCCCTCCTCTTGAGTTTGGACTGGAATTAGTGACTTGGTTCTAGTGAATAGAATGAGGCAGAGGTAATGGGATGTCATGTTCAAGATTGGTTACAAAAAGACTGTGGCTTCCATTTTGGGTGCTTGCTTACTCTCTCAGATGGCTCATCATAGGGGAAACCTGCTGCTACATCATGAGATAGCCCTGTGGAAAGGTCCACATGAGTGAACTTTGAAGCATATCCTCCCCCAGTTTAGCCTTTAGATGAGGACCACAGCCAAATAGCTTGACTGTAAGCCAGATAGCTTGACTCATGAGGGACCTTCAGCCAGAGGCATCTTTTGAGCCATACGAATTCCTGACCCATAGAAACTGCAAGACAATAAATGTTGTTTTAAGTTGCTAAATTTTAGGGTAATTTGTTACACAGTAATAGGTTAATAATACACTGGCCCAGATTAGGAAGGTTCTGCCATCCATCCCAGCCATCCCAAACAACTACCAGAATAATGGATTAAAACGTTAACTGTTTTAAGTCACTAAGTTTTGGGCAGCATGATAACAACCCAGCAAAAAGCTAACTGATACATTGATTATTTATTGCATTTCTTCCTCCACTATTCTTCTCTAACAGATGACCAATACTAATAAACTACTGTGAACACTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000197779:ENST00000376954:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

Alternative protein isoforms

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.314 A=NA C2=0.100
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0),PF0306610=Nucleoplasmin=FE(68.1=100)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
  • Autistic and control brains