RnoINT0081576 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000057227 | LOC100363372
Description
zinc finger protein 81 (HFZ20)-like [Source:RGD Symbol;Acc:2323171]
Coordinates
chrX:1031035-1062055:-
Coord C1 exon
chrX:1061960-1062055
Coord A exon
chrX:1036526-1061959
Coord C2 exon
chrX:1031035-1036525
Length
25434 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
5' ss Score
10.86
3' ss Seq
TTTTTATATTTTTCTTTTAGGTG
3' ss Score
12.09
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCTTAAAGTTCCCAAACCAGAAGTCATCTTGAAGTTGGAGCAAGGAGAGGAACCCTGGACATTGCAGGAGGTAGCCCCATACCAGAACTTTTCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000057227:ENSRNOT00000090671:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.072
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg19)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]