HsaINT0188478 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000197933 | ZNF823
Description
zinc finger protein 823 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:30936]
Coordinates
chr19:11724194-11738945:-
Coord C1 exon
chr19:11738817-11738945
Coord A exon
chr19:11724255-11738816
Coord C2 exon
chr19:11724194-11724254
Length
14562 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTGAGT
5' ss Score
10.13
3' ss Seq
TTCCTGGGTCTACCTTTTAGAAA
3' ss Score
6.91
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AAATGAAATGGGAGGACCAGAACATTGGAGATCAGTGCCAAAATGCCAAGAGAAATCTAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000197933:ENST00000431998:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.171
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains