HsaINT0188814 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000121903 | ZSCAN20
Description
zinc finger and SCAN domain containing 20 [Source:HGNC Symbol;Acc:13093]
Coordinates
chr1:33944780-33954251:+
Coord C1 exon
chr1:33944780-33945306
Coord A exon
chr1:33945307-33954064
Coord C2 exon
chr1:33954065-33954251
Length
8758 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCGGTGAGA
5' ss Score
8.51
3' ss Seq
TTTTGACTATTTGTGTGTAGGGA
3' ss Score
7.03
Exon sequences
Seq C1 exon
AGCCTTGGGGAGCAGTCCCTTTTCTAGGAGCCTCTTGAAGGACTCACCGTAGATGCAGGAAGACATTGGATGAGGTCAGCATAGCTGAAGTGAGGTGTCTGGGTTAGACAATGGCTATGGCCCTGGAATTGCAAGCCCAGGCATCTCCGCAGCCAGAGCCTGAAGAACTCCTGATTGTGAAACTGGAAGAGGACTCTTGGGGATCAGAATCCAAACTCTGGGAGAAGGACCGTGGCTCTGTCTCTGGCCCAGAGGCCTCCCGCCAGCGCTTCAGGCAATTCCAATACAGGGATGCAGCTGGACCCCACGAGGCCTTCAGCCAGCTCTGGGCTCTCTGCTGTCGTTGGCTGAGGCCGGAGATCCGTCTCAAAGAGCAGATCCTGGAGCTGCTCGTGCTGGAGCAGTTCCTGACTATCTTGCCTAGGGAGGTCCAGACCTGGGTGCAGGCACGCCACCCTGAGAGTGGTGAGGAGGCTGTGGCCTTGGTGGAGGATTGGCACCGAGAGACCAGGACTGCAGGACAGTCG
Seq A exon
GTGAGACAAACAGTCTTCTCCTGCAGAGGAGTGGGTCAGGCAAGGCAGCAGGGTTGTGACTACGTTAATAATTGCCAAATTCACAATAAAAATAACAATAGTTATTGAGAACTGACACTTATTGACCACTACTGTATACCAGGAAGTGTTCTAAGTGCTTTACATGTATTAACCCACTTAGTCCTGTCAACAATTTAATGAGATAGGTGCTATTATCCTAATTTTACCAGTGAGAAAACAGAGACAGAGAAAAGATAGGTAAGTTGCCCAGGGTCTCAACAGCTGCTAGATGGTAGAGTCAGGATTTGAACTCAGGCATTCTAACTCTAAAGCTGGTATGCCTAACCACTACTCCAAACTGCCTCCCACTACCGTATTCACAATATGATTAACTCGTGTTTTATACTTAACAAAATCTTTCTGCATATGTGATGTCTCTGAGTGCTTATAGCAGTAATGTAGGTAGACAGAAATAGTACTGTTGTCCCCATTTTATAGATTAAACTAAGAGCCAAAAAGTTGGCCGGGAGTGGTGGCTCACGCCTGTAATCCTAGCACTTTGGGAGGTTGAGGCAGGTGGATTGCTTGAGCTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGGCAACATGGTGAAACCCTGTCTCTACAAAAAATACAAACGAAACAAAACAAAATGCCAAGTGGCCCACAAAGGTCATCAGTGAATAGACCAGAGCCTAAAGCCAAATCCTTAGGTTCCAAGGTCATTGTTCTTTCTACTGCATGTCAGATGCCTCCTCTGCAAACCATGGGAATTAAAATACCTTTGAGCCATGAGGCTCAAATGAGATATTAGTTGACATTTTGTGAGCACTCACTGTGTGTCAGATACTGGTCTAAGCTTATATATATAGCCCTCATCTAATCAACCCAGCAATCCAATAAGGTAGGTGCTATTATCATTGCCATTTGCCAAATGGGTAAACAGAGATGGAGAGGTAAGTAACTTATCTAACTTTATATAACTACGTGATAGAGCTGAGGTAAGGGAAATGAAAGTATGGATTTAACATTCGCAGTTTCAACAATTTGCAAGTGACCGCTGAAAGCCCATGATATAATGCATAATTTTGCTATGACACACATTTTGAATCCTGCTTCAAAGCTGGTATATGTAGAACAGATCCTTTAGCTGGATCCAGAACCTTCCTCTAAACATGACTTTTTCTCTACTTGTTATAGTTAGTAATTCTTGTGATATTTTACTTACCCCCATTTTGCTGGGGGAAATTACAGGTTTGGGAACATATCCCTTGCAAATGGCAGGGGTTTTCTGTACATTTAAACTGTAAAGTTCTATACAGTGTGAGGTTGGGGGAGCAAAGGTTTTAGACCGGTGACTTTGCTCTTTGGATTCCTTTACAAACTGATTGAAGATACAGGGAGACTAATATATAAAGTTACAGAACTAAGTATGAGAGAGTGTGCCTTATTTTAATGTACCTCCCCACCCCCCTATATTTTTCTTTTAAAGAAACCAGCTGTTTGTCTTAAGTGGCAGTGAAGAAACAAATGGAAGTTTTAGGGCTTCAGAGTTGGGACATAAAGAACTTGAGACCCAGAGATGAAAACGGATTTAAATCAAGGTCTTTATGATTCTTCATCTGTAAAATGAGAGGGTTGGATTAGACCAAAGGTTCTCAAATTATGCCCCTGTGAGCTGACCAAAAGTTGAACTGCTTCTAAAATTGAGAAAAAAATAAGGTAATGGAATCTTGTCTATTATGTATTTTTGTTTTTACTGTGACTTTTTTTATTTTTAAACTTTCCTACCTGCTCCTGAGTGGTCACAAATTTCAAAACAAATGGACAAGTAGCAGAGGAGCTTGTTTTTTTCAGGTGCAAATGTAGCTTGTGATCTTACATTGCAAGATATATAACTTAGTTGCATTCTCTGCAAGTAAAATTTTTCAAGTCTTAATAATGGGATGAAATATAGTTATAATATTCCTCAAAGTGAACCTGAAAAAGGTTGGTGCCTACAGGACTAAATGGCCCCTAAGGTAATTTCCTAAAAGGGATCTTTCAGCTCTGCTATTTTGTGATTGTTACTTGTTTCTTCTGTCATCACCATCTTGTTGAATCCCCCTCTCTGTCAGATGCCCCCTCTCCATCAGGTGCACAGGGATTTTTAAAAAACAGGCTTTATTTTTTAGAGCAATTTTAGGCTCAAACTCACAGCAAAATTGAGCAGAAGGTACAGAGAGTTCCCATCCCTCCCCGACAAGCCTCCCTAACTATCAACATCCCTGCACCAGAGCAATATGTTTATTACCATTGATGAACCTACAGTGATACATCATTATCATCACTCAAAGTAGCAGTTTATGTTAGGGCTCTTAATGTTATTCATTCTGTAATGTATGACATTAAGAGCCCTATTATAAACTGTATCTACCATCATAGTGACATAGTAACATGTATCTACCATTGTAGTGACATACAGAGTAGCTTCACTGCTGTAAAAACCCTCTGTGTTCTACCTGTTTATTCTTCCTTCCCCCCAACCCCTGGCAACACCGATCTTTATACTGTCTCCATAGTTTTGCCTTTTAAAAAATGTTACATAGTTGGAATCATACAGTATATAGCCCTTTCAGATTGGCTTCTTTTACTTAGTAGTATACATTTAAGTTTCCTCCACGTCTTTTCATGGCTTGTTAGCTCATTTCTCTTTAATGCTTAACAATATTCCGTTGTGTGGATGTACCACAGTTTATTTATCTACTCACCTACTGAAGGACATCTTGGTTCCATCAAAGTTTTGGCAGTTATGTATGAAGCTGCTGTAAATATTCATATGCAGGTTTTTGTGTGGACCTAGTTTTCAGTTCATTTGGGTAAATACCAAGGGACATGATTGCTGGATCATATGGTAAGAGTATGTTTACCTTTGTAAGAAATTGCCAAACTGTCATCCAAAGTGGCTGTACCATTTTGCATTTTTACTAGCAATGAATGGGAGTTCTTGTTGCCCCACATCCTTGCCAGCATTTGGTGTTTTGGATTTTGGCCATTCTAATAGGTAGATAGTGGTATTTTATTGTTGTTCGAATTTGCAATTCACCAATAACCTACCATGTTATACATGTTTTCATATGTTTACTTGCCATCTGTATATTTTCTTTGGTGTGGTGACTGTTAAAGTCTTGCCCATTTTTAAATTGGGTTGTTTGTCTTCTTACTCTTGAGTTTTAAGAGTTCTTTGTATGTTCGGGGTAACGGTCCTTTATCAGATATGTGTTTTGCAAATATATTCTCCCAGTCTGTGGCTTGTCTTCTCATTCTCTTGACAGTATCTTTCATAGAGCAGTATTTTTTAATTTTAACGAAGTCCAGCTTATCAATTATTTCTTTCATGGATTATGCCTTTGATTTTGTATCTGAAAAGTCATTGCTATACCTGACATTATCTCAGTTTTCTCCTATATTTTAGGAATTTTATAGTTTTTCATTTTAACGTTAAGGTCTGTGATCCATTTTGAGTTGATTTTTGTGAAGGATAGGATAGAAGCTTTTTTTTTTTTTCATGTGGATGTCCAGTTTTAGTATCATTTGTTGAAAATATATTTGCTTCACTGTATTACCTTTGCTCGTTTATCAAAGTTCAGTCGACTATCTTTATGTGGGACTATTTCTGGGGTCTCTATTCTGTTCCATTGATCGCTTTATTCTTTTGCCAATACCACACTGTCTTGATTACTATAGTTTATAGTAAATCTTGAAGTCAGGTGTGTCATTTCTTTGATTTTTTTCCTTCTCCTTCAATATTGAGTTGGTTATTCCAGGTCTTTGCTTCTTCATATAAACTGCACATGGCCAGGTGCAGTGGCTCACACCTGTAATCGCAGCACTTTGAGAGGACGAAATGGGTGGATTGCTTGAGCCCAGGAGTTTGAGAACAGCCTAGGTAACATGATGAAACCCCATTGCTATTGAAAAAAAAAAAAAGAAAAACAAACGAACAAAAAAAGACTTTACAGTCAGTTTGTTGATATCCACAAGATAAATTTCTGTGATTTTGATTGGGTGTTGAATCTGTAGATCAAATTGGGAAAAGCTGACATCTTGACTACAGTGAGCCTTTCTATCTGTGAACATGGAATATTGTTCCATTTATTTAGTTCTTCTTTGATGCCTTTCTTTGGTAGTTTTCCCCATGTAAATCTTCTACATATTTTCTTAGATTTATGCCTAAATATTTCATTTTTTTTGGATGAGAATGTAAATGTTATTATGCCTTTAATTTCAAATTCTACTTGTTCATTGTTGGTATATAGGAAGGCGATTGACTTTTGCATATTTGCATATTTGTACCCTGCAGCCTTGCTATAACTGCTTATTAGTTCCCAGAAGTTTTTTTTGTTGATTCTTTTAGATTTTCTCCATAGACAATCGTGTCATTTGTGAACAAAGAGTCTTTTTCTTTCTTCCCAATCTACGTACCTTTTGTTTCCTTTCTTATCTTGTATTAGTCTGGACTTCCAGTATGAAAGAATAGTGAGAGAGAACATCCTTGCCTTTTTCCTGATCTTAGTGCAAAAGCACTGTGTTTCTTACCATTAAGTAGGATGTTAGCTGTAGGTTTTTTGTAGATGTCCTTTATCAAGTTGAGGAAGTTCCCCTCTATTCCTAGTTTGCCAAGTTTTTATCATGTGTGTTGGATTTTGTCAAATGCTTTTTCTGCATCTGTTGATATAATATATGATCATGTGATTTTTCTTTTTTTGCCCGTTGATGTGATGGGTTACATTAATTGATTTTCAAATGTTGGACCAGGCTTGCATACCTGGGATAAATACCACTTGGTTGTGGTGTGTAATTTCTTTTTTATACATTGTTGGATTTGATTTGCTAATATTTTATTGAGGATTTTGCATCTTTTTTTTTTTTTTTTTAGCTGGAGTCTTGTTGGTTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGTGAGTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCATCTGCAACCACACCCAGCTGATTTTTGTATTTTTAGTGGAGATGGGGTTTCACCATATTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACTTGGTGATCTGCCTGCCTTGGCCTCTCAAAGTGCTGGTATTACAGGTCTGAGCCACCACACCCAGCTGATTTTTGCATCTTTGTTCATGAGGAATATTGGTTTGTAGCTTTCTTGTCTTGTAAGTAATTTCTTTGGTTTTGGTATTAGGGTAAATGCTGGCTTTATAGACTAAATAAGGAAATATTCCCTCTGCTTCTATCTTCTGGAAGAGATAGTAGAGAATTGTTATAATTTCTTCCTTAAATGTTTGGTAGAATTCACCAGTGGACCCATCTGAGCTTGGTGCTTTGTGTTTTGAAGGTTATTAATTATTCAGTCAATTTCCTTAATAGATATTGGCCTCTTCAGATTGTTTATTTTTGTGTGAGTTTTGGCAGATGGGGTGGGTAAAGGAATTGGTCTTTTTCATCTAGGTTGTCAAGTGTGTGGCCATAGATATTCCTTTATTAACCTTTATGTAGTTCATAATATTCCTTTATTATACTTTCAGTGTCTATGGGATCTGTAGTGATGTCTCTGTTTTCATTTCTGATATTAATAATTTGTCTTCTGTCTTCTTTTCTTTTTTATTTTTGAGACGGGTTCTTTCTCTGTTACTCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGGGACCTTGGCTCACTGCACCCTCTGCCTCCTGGACTTAAGCAACCCTCCTGCCTCAGCCCCCTGTAGCTGGGACTACAGGACCACACCACCATGCCCAGCTAACTTTTGTATATTTTTTTTTTGTTGAGATGGGATTTCACCACGTTTCCCAAGCTGGTCTTGAACTCCTGGCTTCAAATGATCCACCACCTTGGCCTTCCAGAGTGCTGGGGTTACATGTGTGAGCCATCGTGCCTGGACTGTCTTTTTTCTTAGTCTGACTAGAGGCTTATTGATGTTATTAATCTTTTCAAAGAACTAGCTTTTGGTTTTGTTGATTTTCTCTATTGATTTCCCATTTTAAATTTCATTTATTTCTGCTCTAATTTTTACTTCTTTTCTTCTGCTTACTTTGGATTTAATTTGCTCTTCTTTTTTCTAGGTCTTATATTGGTGTACCTGTGTCCCTGGACTCTGACCTTTGCCAGTGCTTCTCAATTTTTTCCCATCTTAGGTGGGACAGGATGCCTAAAGGGGGCTGCACTGGGTATTTCTTATCTTGCATGTGGAAGAGCAGAGGGAGCTGGAATTGCATATTTCTCTTCCGACAGTTAGGTTAGGCTTTGGTAAAATAGTTTCTGCTGAGGACAGGACTTATTAAGAAGAGCAGAGTGCCCTGGCATATTTCAAAATGGTTCTTTTTTCCTGCCATCTGCCATAAGCATGAAGAGATTTTTCTCTGATATTCACTGTGAGGGTCTGGTTGAGCTCCTGGAGATAAAACTTACAAAAATGTGCCCCTGCTCAGTGATTAAGTGCCCTGGAGTTTTTACCTCTCAGAGTTGTCCACACTGACCTTCCAGCAGTTCATCAATTACAGTTTAGGTTTTTCTCCCCTGGAACTGGTTCCCACAGAGGCTTCTGCTCCACTAAGTTGTGATTCTCTGATTCTACCTGTTTGTCTCTCCAATTTTGGGGAGAATGGTTTGCCCTGTGACCTCACTTCTCTGACAGATCTAAGGAGAGTTGTTGATTTTTCAGTTTGTTCAGCTTTTTACTTGTTACTGTAGAGTCTAGAGGGGCAACTTGTAGACTACAGACTTCTTGGAAACTAGAAGTCTGACCTACTAATTTTTTGTCTCCTGGTTGTCACTTGAATCTACTTCTTTCTGTGTCCAAAATTACCATCCATGGAATCAGAATCTTTGCTTAGGGATGGTAATAGTTGGAGGCACTGGGGTTGAGAGTAAAGATTGTTGTTGAATTTAGTCACACAGTTCCTCTGTAGGTTATAATGATAACAAAGTGAATTTTTTTTTAACATGACCATATAAGAAGATTGATAAGCAGATGCTTTCTCCCTGTGAAGTCACACAGGACACTGGTGGATCTTCTTATTTGGAATGGCCCTTGATGCTCATGGCCCATTCCTATATGTCTTCTCAATGGTAAAAATCCTTCTCTGTGAGTGGATCTGAATTTTCAGGCCAGCCAAAAAAGTTTTGGAGCTAAGTTTGGCAAACTCAGTAATTTAATGAAGATAGTTGTTATTATTTTGGTTCAAAAAAATAAGACTCAGAGCAGTATATCTAGTCATAAGTTTTTGTATAAAAAAGAGGGAAGCTAAGAATACACATTTACATTTGCTTGTATGTAGAAAGAAACTCTAAAAGAATGCAGAAGAGCATAGTTACCTGTGATGAGGAGAGGGGAAAAGAACGGGGTCGATGGGATGAAGATGGATGGAGGTGGGGCATTTTCACTGAATATACCCATGTATGTATTTTCTGTTTTTAAACCATGTGAGTCTATTATCTATTGAAAAAAATTGAAATATGTTTTTAAAAGTTAGGTGTTTCTATAAAGTATTGAGATTGTTATATTTTGGAGGTTTTATAGCCTGGGTAACACCTTGACCTCTCTACCTGTGAACTTGGAACCAGCTGAGAAATAGAGATAAGAAATTAGCTGTGTGATTGATGAAGTTGATTGGGTAATGTTATTTTAGTTGATTACTCCCTTTTATTTTAAATATCTATATCTCTGAGTACCTTTTTTTTTTTTGCCTGAAATCCAACATTGAAATGAAAATTGCCACTTCCTTTTTCCTTTTGAGTTAGAGTGCCTTGTCTTTTGCATGTCCTTCTATTGTAAGATTAACAACACGTACTTTTATCTCATTTTAAAATTCCATCTAATTTCTTTTTTTGAGACAAGTTCTCACTCCATTGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCATAGGTCACTGGTACTTCAAACTTCTGGGCTCAAGTGATCCTTCTGCCTCAGCCTCTTGAGTAGCTGGGGGTACAGGCATGTGCCACCATGCCTGGTTAATTTTATTTATTTATTTATTTATTATAGAGGTGAGGGTCTGCTATGTTGCCCAGGCTGGTCTTGAACCCTTGGCATCAAGTGATTCCCTTGCCTCAGCCTCCCAAAATGCTAGAATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTCCATCTGTAATTCTTTGTCCTTTTTAAAAATTTTATTTTAAAAATATCTTTCTCTTTCAGCAGAGATATTTAGAGCAATTGCATTTGGGGTTATAATTTTATATTTTTTTCCTGTTTTTATGCCTCCCTTTGCCTTTTAATATACAACTTGATAACTTTTATCTTTTTTTGATCATTTAAAAAGTAAGCAACCTATTTTTGATGCTTATGGGTTATTTTTTAATGTTACACAAATTTTACATAATTTATCTCTTTATGAATCAAAAATGTTTTGAACAGTGGGACTCTCATTGAAACACTTGGATCGCCACCCTGTGTTCAACAGATGGTACTCATTTGGTGGTATAAATGCTGGTCTACCTACCAAACTCACTCTGATGGCTTTCTCATCCTATTTCAAGCCATTTTGGATCTTAAAAGAGCCTGTTAGCCTCTGGACTGCAGTTGTACTCAAAATACCAAAGTGGGTCTTACTGAATTGTTGATTGGGAATTTTGACTATTTGTGTGTAG
Seq C2 exon
GGACTGGAATTGCATACAGAAGAGACCAGGCCCTTAAAGACAGGGGAAGAAGCTCAGAGCTTCCAGCTGCAGCCAGTGGATCCCTGGCCTGAGGGACAGTCCCAGAAGAAGGGGGTGAAGAATACATGCCCTGACCTTCCCAATCACCTAAATGCCGAGGTGGCACCACAGCCTTTGAAAGAGAGTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000121903-ZSCAN20:NM_145238:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.281 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0202312=SCAN=PU(97.9=67.6)
A:
NA
C2:
PF0202312=SCAN=PD(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)