HsaINT1002657 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000068366 | ACSL4
Description
acyl-CoA synthetase long-chain family member 4 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:3571]
Coordinates
chrX:109683136-109696196:-
Coord C1 exon
chrX:109696144-109696196
Coord A exon
chrX:109683373-109696143
Coord C2 exon
chrX:109683136-109683372
Length
12771 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTTGTAAGT
5' ss Score
7.4
3' ss Seq
TTCTTACCAATGCCAAGAAGAAA
3' ss Score
-4.07
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTGAAATCACAGAAGATATTCGTGTTCTTCTTAAGAGAAAAAGAGGACATTT
Seq A exon
GTAAGTATTTGTCCTTTAGAAATTCTAAATGTGTAATTTTATTAGCTTTTTGAGAAAATTAAGTTCCCACACTAACAGGCATCTTGACCCTTTTTATAGAGGAAAAACTCTACCAATATTTATGATTGTGTTTAAAAAGGCAGTATTTTATAGAGCAAAATAGGAAAACATTTTACCCTGTGCAGCTTCTAAAATTTAAACCATTTGCCACTCATTTGTAAAAGAACAAGTGGTAATTAAAATTCAAACAACGTCTTTCTATTTGAGTCATACCCAAAACTGGAGTCAGGGATTGGAGTTCTGGTTCTGACTACTGAGGCTTATAGAATATGTGTCTTTGGTAAACTACTTAGTCTCTCATTATCTCAGTTTCCTTATCTTTAAAATGGGTTTAACAGTAAGTGCACAATCAGGGGTTCATTATTATTATTATTATTGTTGTTGTTGAGACAGAGTCTCGCTCTGTCTTCCAGGCTTGAGTGTAGTGGCGCCATCTCAGCTCACTGCAACCTCCACCTCCGCCTCCCGCTCCTGAGTAGTTGGGATTACAGGCACGTGCCACCGCGCCCAGCTATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCATCATGTTGCCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGGCCTCAAGTTATTCTCCCGCCTCGGCCTTCCAAAGTGCTGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGTCCTCAGTGGTTCATTATTATTGATGGAGTTAAATCCATAGCAGTTTATGCTTGCCCCGATACGTTGAAGCTTATTCTTTTTTTTTTTTGCCCCAAGATGGAGTCTTGCTCTGTCACCCAGACTGGAGTGCAGTGGTGTGATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCGGGTTTAAGCAATTCTCCTGCCTTAGCCTCCTGAATAGCTGGGATTATAGGTGCCCGCCATGGCGCCTGGCTAACTTTTGTATTTTTACTAGAGAAGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCGTGATTCTCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCATACCAGCCTGAAGCTTATTCTTTGAGAGACAGCCACAATGTATACTTGTGCCGAAGCTTATTGAAGAATAAGCTTCAATGTATCGGGGCAAGTATACATTGAGGCTGTCTCTCAAACTGATTTGCGTGTATTTCTGATCTTCATAAATTTTTAAGTATATATTTCATTGAGGCATCTATTCTAGACTACAATATGGAGTAAAAGAAATACAACAGAGCACCTAAAATTAAAATCATAGTGTTTGAGGCTTGGACTTTGAAATTTACCTAGTCCTATAGTCCCCGATTGTTGATTTTTAGACCAGTGCTGGTTAGTGAAAACGTTTTTACTGGTCCATGGTGAAGTGAGAAAAATAAGGACAGCAGATCATGAGTTTTTAAAAGCTAAACATTTTCAGTTTAAAGGATTGCTTCTTATAGAATATATCTTTCTAATTTAGGGGAATTAAACATGTTATTTATCTCATGAAATTATGGTGATAGTAAATGGTAGGGCTTTAAAAAAATTCATGCCTGGCAAAACAACAACAACAACTTGGTAGCTCTGTGTCATTTCCCCCCACTAATTCTTTCTTTTACATTTTTTGCTGTTTTGTGATATCTTAAAATATGAACCCAACTTTCTCATTTTACAGATGAGGAAACAGACATTGAGAGGTTAATTTGTTCCAGGTCTTACCACTCAGCAGCTTGTGAACCAGGACTAAAACCCTATATCTGATACTGTCTCTCTAGAACTTCTGGTCTTCTGAAAATTGCTTTCATTATAATAGGTTATAAATTTGAAACTGAAGATATAGTAGTTCTTATGTGCTAATAACTATTTTTGATTTCCAAGTATAAAGAAATTCAAAAGGCCATGTTTTTGTATAGCTAAATGCTGAAGTCCACTGATTAGCCTGCATTAGAAGAATCTTAAACATGGCCAAAGATTTGTATCAGCAGATCAGAATTAGCTGTCACCGAATTCAGCTACTTAGGTGTTACACGCTACCCAGTGGCTGACAAAGAAGTTAAAATATCAGCAAAATTATTATTTCCTTTTGGAAGTTGACAGACTATACTGCCACTGTGAAGAGTGGTAGTATTCAAACTTCTATAGTTAATTTAACTACAGAAAGTACTGTTTTCTCTCTCATAGATGCACACCTACACACACACACATACATATTTATAGCAATCAATCTGCAGCCCATCTAGATTTGGAAGGGAAAAAACTACCAAGGTGAAGAGTAGGAGTTACCAGAAGCACTGGCATGAACATATCTGGCCAGTTGTGTTCAGGAGATTGCAGATAGTACTCTGTGACACTTTGGAGGCCCCCCATCAATTGCCTTTGTCTGAACTTTCCCAAAATATGTTTCAAAATGGAAATAATTAGCTCCCTTATCAACCTTGTCTTACTCATCTTACTGAAGCATAAGCCAGATAAACAAATGAATGTGGAGGGAGAGAACAGAATGGAATGTATTCCCAATCCTAATGTGGAAATATTAACTCCAGGGGTACTTTTCCATGGCTTCTTATATTTGGCTTTGTGTGACTTCCTTCTTTAGGTAGGAATTCTTTAATTTCTGAAATGTCAGACATACTCAAAATGAAATGCTAATAAGGATAAAATGCATTTTTGAATTATCTGCTGTCTTTAGAATATGTGGCCTTCTGTTCTTTACTACGGCTAATATGTGAGCATTGACTATATGGCCATAAGATTTCAATATTCAACAGATTTATCAGTCTTTGAGTTATTTAATTAGAATCACTTCTAAGATCTATTTAATACTGAAAAGCAGAATGAGTTTTTTTTTTTTTAAATCACGATACAATTTTGTATTATGGTGGTCAGGCAGCTGAATTATAGTCATTTATTTGGCCATTTTATAAGAAATGGTTTAAGACTGCATTGTTGCATAATTTATTAACAGTCTGACATATTGAAAAGAACATTGACAAACTAACCTATTAAGCTGGTTCCTCCTCTGGCAGATGGGGAGGGCAGATCATGTGGCAAAAAAAGGCATAGTTGTAAAATTCTCCCTGTAACATGAATCTATTCCTATGGGAACTACTACTGCTGCTTAAAGACTTTTTTGGAACCTACACTCATGGTTGAAAGCCCTAAGTTGTATTACTTTATTATAATAAATATGTAAGATGACAGGAGATAGATGTATAACCTATAGATATTTTGTATATTCTTCACTTGAACAAAACACATTTATTATAAAAGTTAACTTTAAAGTTAAATTCTATAACCCAATTATTTTTGGTTAACTTATGTTAAAATCATCTATATATCCCAACAGAGAAAAAGCACCCAGTAAATCGAAGACTTTGTAGATAAAATAAAAGTCTGCACTGTGGTACAATGGGCAGTTTAATTTAGCAGCAAGGTTTTGTGTACAGGGACCTGCAGCAGTTACTCTTTAGCATCAGTTGTACAACATTGACATTGTCATTGTGCTGTCTGCTGCCCTTCTACAGCAATGAACCATTTGTATTGCTCTCTAAACACATATCACCCAGAACTTAGTTTTTCTCCCTTTTTCATTATGTTTAATAAAGTTTGATTATAGCATCATGCTTAGCCAGTAGGTGCCACTTCTAGCCTGATTTATCCTCAAGATTCCTTAAATGTAAGCTTTGGATTATTTACAACCAATTATTGGATTAAATTATATACAACCAATTCCCAGCTTTAGAAAGCTACATTTTTAAAAATCAAGTGTATCTTGATCACTTAAAATGAGGAATAGATGTATAATTATACACAGTGTATGTGAAGTGTGTAGGCATCAACATTGACTCCTAGAGCTCCTCATTTTAACATACATAGATAGGATACTGATTATAACATCCTATGACCTAGCAACAACATTATCTGATGCATGCTGGGGATCTTCTTAAGGCATGATGGGAGGGAATTCACTCTAGAGCATTAAAAGTGTCTTCAACATGGCAGCTGAGGTGCTTTCTTTGCTGGGAAAAGCTGCAAAGAGACTGGCAGAATGGCGACTTCAGGAGTTAATACCTCTCCAGGTGATGAAGTAAACAGGTTCAGTTTATCTTGTGAGAGACGCACCCAAAGATCAGTCATAATTGTGAAAAGCTTTCAGTCATACTAGCCAGGCACAGGTGTAATGTGTTGGTATATGGCATCTCTATAGTCATCTTAGGTTTTGTTTTGCTTTTCTTGGTTTTAAAATGTATTTATTATAATTACTGTATATTTGAGCTTAAGGTTTGATTGCACAAGTTATTTGATATTGAATAGACTGCTTGTTATTTGCAATATAACAATTTGAATCAGATGAGACAAGTGCCGTAATGATACATATATTTTACATGATTATTTCGTCTTGCAGACTGATGAAAGATCTTGTTAGAACTCTTAATGCTTTTATTTTCTTAATGTATTGGCATTCTCTAAGTTTTAATGTTAAAGTATAAAGTTAATTGTAATGTCTCTTGTAAAGTTTGATTTCATTTACAAAGTGAAACCATTCTGACTCAACCTAGTTGAGCTTTCTCTGGTATGTTTTACAATCATTTGGAAGTTTTTAATAGTGTATGAAAGAAAATAAGATTTTAAGGAAGCACTCCACCCCTTTACAAAAGTCCTTGTGATGCAACATGTATTTAGAAATATGATCTTTTAAAGTACAGCAGGTATTCTTATCGGTTTAATCTCTTGGAACTTTTATAATTGTTTTCTGATTTAATGTTTACTAGTTACAACTAATCTTTTTCAGAAGGCAAATTGTCTCTTTATTTGGTGCTTAAATTACTCTTAAATAATGTGTAACTTGAAAATGAGACTTCTAAAAAAGTAGCACTTATATAGTTAATTGTTGATTTTCAAATTGATTTAAAAACTATTTTTGTAAGATCTTATGTCAAGGACAAAGTTAATTTGTCACTACTGTATGTT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Seq C2 exon
AAAAACGCTATGGCAAAGAGAATAAAAGCTAAGCCCACTTCAGACAAACCTGGAAGTCCATATCGCTCTGTCACACACTTCGACTCACTAGCTGTAATAGACATCCCTGGAGCAGATACTCTGGATAAATTATTTGACCATGCTGTATCCAAGTTTGGGAAGAAGGACAGCCTTGGGACCAGGGAAATCCTAAGTGAAGAAAATGAAATGCAGCCAAATGGAAAAGTTTTTAAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000068366:ENST00000348502:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.152
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0050123=AMP-binding=PU(16.0=19.7)
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
Associated events
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains