DreINT0025517 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000004078 | acsl4a
Description
acyl-CoA synthetase long-chain family member 4a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-1565]
Coordinates
chr14:28132989-28137346:+
Coord C1 exon
chr14:28132989-28133053
Coord A exon
chr14:28133054-28136862
Coord C2 exon
chr14:28136863-28137346
Length
3809 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTAAGA
5' ss Score
10.1
3' ss Seq
GTTATTGTCATTCTCATCAGGTT
3' ss Score
7.85
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTGCGCTTGGCAAGCAGAGACACGAATGCCCGATCCGGCTGAGGAGGAAAGAGACTAAAAGCCG
Seq A exon
GTAAGATTTAACAAGCATCACTTTCTAGCCAGCTCCACAACACTACTATAATCGTTAGAGCTCGGTTATGCTTGACGAAAGGACTGTTTTCTTCTTTTTTCTCTGTTTACTGCGATAACTTTTTAATAACGATAGATGGCTGAACGATAAAGGAAACGCTAGCTTTGCTAACCACTGGGTCTATCAGATATGAAAACCATACGTCATTCCAATGTTTGAATGGCGATTGAACTGTGTAAATTGAGTTTTGGTTCAGAATTGTTTGAAATGAGGCTATGTGATGGGAAAATCTTGTCTTGGCATCCTCCATGCTCTCATGGTGATGATGATGATGCTGCGTTTGACGTTTGGCATCCCACGAAGAGAGCCGTCGTCATCATATTCACATTCAATGATCAGACCAGGCGGAATAAAAGAGCTTTAACGTTACCGGATTTCGTTATTTATAGAGATGTGGTTGAAATGGAACGTGTTTCATTTATCAAACTGAACCGTTTCCACGGTGATGGACGGAACACGTGCATCTGCGTAGAACTGACGGCAGTTTGAACATAATGAGGTCGCGCCCAAAATAAATGCAAATGAATCATAACTTTACGTAGCTTTATAGGCACAGCTTTTATGATTAAAATATGTAACGGTATTTTCGGTTATTAGGTAAATCCCTATTTGTTGATGGTGTTACTTGAACATTTGTAAATATAAATATCAAAGGGATTGTTTACCCATAAATAGAAAATTATAATAATAAATGTTATTCATAATGTATATTCATAATGTATATTTAAAATATATAAACACACACTACCGGTCAATAGAATGGGGTCAGTTTTATTTTATTGTTTTCATGTTTTGTTTAGTTTTTTTATATAAAAGTATTGTTCATCAAGCTAATTATTAAATGTAAAAAAAAAAAGGTTAAATTATTATTTTTTTACAGTAAATAACTGCTTTTCTTATTGAAGATATTTTCAAATGAAGTTATTACTCCAGTCATTAATGCTTTTATTACTGTTACCATTAATAATAATGCTAATAATAACAATAATAATAATTAATATTAGAGTGATTTCTGAAGAATCATGTGTCCCTGAAGACTTAAGTAATGAAGCTGAAAATTAATCTTTAAATCACTGTAATAAATTAAATTATAAACAACTTTTGAACAGTTATTTTTTAGTGCAATAACATTTCACTGTTTTTAATTTTTTACTGTATTTTTGATGAAGTAAATGCAGCCTTGGTGAGCAGGATAAGCTTTTTTTAAACATTTAAAAATCATCATACTGACCCCAAACTTTTGAGTGTGTGCATGTATATATTTTACATTACATTAAGGTCTTATTATGCAAGTAAAATATTTGATCTATGAAAAAAAGAAAGTTATTTAAGCTACAACATTATTACATTTTATCTACTGCCTTGGCAAACAATCCCCATTATGTTTATAACAATCTGGACTGTGAGCTTCCTGTCATATAATGATGTCTATCTAACATTAGGAATCTGAACAGTTCATCTTCCAGACTGTGATTGTGTATGTGAAGTAAGCATACTTCATTTTTGAATGCTCTCAAACTTTAGTAGACATGCTCAGAAATGAGTTTGTGGTTTCAAAATTTATATTTTAAATAATGTAAAGTTTATTGCACATACCTGTCATTTCCTTTCATAAGACCTCAGCAATTCTTGCTAGTGTATTATTTAGTTTAGATATTATATATAAACATACCTGTATATGTTCTGCTGAAGAACAAAAGTCACTTAAATCTGAATGGTTTGAGCGTGATTTTTTTTTTTTTTTGGTTGAACTATCTTTTTACAACTACACGTCATTGTATGTTATGTTTACAGAAAGATAGACTTGACATGACCGCGTCACCAATGGGTTATGCTAATATTTGTGAAAGGACTGTAATCACAGCCACTCAAAGCACAATTGATGTGTACTTTGAAAGTGTACATTCAGGTCAGCTTGTCAGAATGTGTCCTTTTATTTAACGGAGGTCACTTGGTAAAGGCCAGGCATGATAGCAAGTGTTGCACAGATAATGGGATCAGATCCAGCATCCAGTCTTCTATTCCAGTCCGCTGTATGTCCACCTGCTGAGGATCTGGTCCGTGAGTGGGGTGAGCTGAAGGGAATGATATCATTGGCTGTCTCCGCTCGCTGACCACTCTCACCAGGATTTAAGGGTTCTCATTGAGTATAACCTTTGTACTGGCTTTAGGTCGTCCGGGCAGATTAAGAAATTGCATCAGTCAGCATTAACACAGTTGGTTTCTTTAGAAGTTAATTTGTTGATGGTTAATGTAATTAACTTTGAATTAGAAACACAGAGCATTCATTAATTTCGGGTGTGATATTTCTTTCATGTATGTGAAGATTTTAAATATTGGGGCGTTTAATTGTAGATAACGTTTTTAGTGTTAAATGTAAGATTTTCTGTCATCTAATGGTCACTTGTAACTAAAATTTAAATGAATTTAATTTGAATTAATTTTTAACATTTATAAAATTAATGTCCTTCACATTATAATTGCACATTGTCAGTAATTGTCTTCGTTTACTGACTTAAAAAGGGTTAATTTTTAACTTGGAGTATTATGTAAACAAAACAACGTTTCAGAATTAAAGATTTACATTTAGAATTAAAGACCAATTCTGAATTTAAAGTACATAATAACATAACAATTATTTAATTTGTTTCTTCAAAACATTTAATATCTGTATATCATACCAAATTTGTTGTTGTTGTTTTTGTTTTTTCATTGAAGCAGCAGATATTATTTTGCCCCTAGCCAATATAGGCTTAGGGTTGTGTCAACATCACATGCCGGTTTACCAGGATTGATAATATCGTGACTTGGTCTCTGTTCACCAAAATGTTGTCAGCCTAAAAACAAACAGACTGATTGCTTAATTGTTGAAGTAAGAAGGGTTTGGTTATCTGAGTCAGTGGACTATGTCCTATCATAACCTTTTGCCTTTTGCTTATGCCACTGCAACAGCTCTACAGCTGGTCACACCATCAGAGAGGGTCTTATTTCATGGACAGTACTGAGCACAGTGTCAGGGTGATGCAAATCTATGTAAATGTTACAAGGTCTTTGTTTACAGGTTGTAAAAGTGGTGTTCATTTGAATTTGTTTCTGTTGAATCCGTCTTTAGAGCTTATTATTGTTTCTTCCTTAATCTGACAGCAGTCGTGTGATCAGGAGTTGACCTTATCTCCCTGAGTTGAAATGATTATAAGCCAGAGTTCACCTACGTGGCTAATGAGGGAGATAACTCAAGGAAAAAGATTAGCTGTTACAATATTATAAAGTGCTTCCTTGAAATCTAGACTAACCAGTGGCCTTGGCATTTCTGCCATGCTGTACCAGGAACTAGAACACATAATAGAAGTGTATCAAATGTGCCTACAATAATAAGCAAAAGCTAGTGTTACAACCTTGTGCTTTAATATCATGTCGTTGGTTTGTTCGTCATTCTACCCTGTTTTTAGACTAAAGCAGGCACCGCAGAATATTTGTGAGGAAATTGTGACTTCATACTAGTGTCCCTAAATTACTATGAGAGACGCACTATTCACTGGCCTGGAATGTGTCTTTTTCGTGGCACATGTGACTGGCCTCAAATTAGCCTCACTTGTCTCATTAAAGTATCTGAATAGTATCTGAAGCTGTTCTGCTTGAAGCATCTTACTTGCTCTTTCTTGTAGTAATTTCTCATAATGTGTTATTTTGTTGTTGCGCGCATCTAATGGAAATTTATTTCCTCTTTTTGTTATTGTCATTCTCATCAG
Seq C2 exon
GTTGCACATTTTGGAGTCGCATATTAGACACTTCTAGAATCTTTTTGAACTTTGACCCAAGGCAACAATCTTAGTGTATCTCAGGCTCTGCCTGACCCTTCATCCTTCAGTCCCCTCCAGCTTCTCAGCAGACGTGCGTCTGAACATGGACCTCAGTGCCGTTCTCTTGTTTCCAGTACATGCAGTAGTGTGGCTCTACTCCCTCTTGAGCTTTCTGCCATGGTACTTTCTGACAGGAGCCCAGGAAAAGAAAGCCTTGGCAAAGAGGCTCAAATCCAAGTCAACCAGCGATCAACCGGATGGACCATATCGCTCCACGGATCGCTTCGAGTCCCTGGTCACAGTGGACTTCCCCGGAAAAGACACCCTTGATAAGCTGTTTGACTATGCAGTAGAGCGTTTTGGTAAATTAGACTGCCTTGGAACCCGAGAAGTTCTGAGTGAAGACAATGAGACTCAGCCAAATGGAAAAGTCTTCAAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000004078:ENSDART00000006489:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.071
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0050123=AMP-binding=PU(3.2=13.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]