MmuINT0010184 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000031278 | Acsl4
Description
acyl-CoA synthetase long-chain family member 4 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1354713]
Coordinates
chrX:138785922-138794979:-
Coord C1 exon
chrX:138794930-138794979
Coord A exon
chrX:138786452-138794929
Coord C2 exon
chrX:138785922-138786451
Length
8478 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCTGTAAGT
5' ss Score
7.96
3' ss Seq
TTCATTATCTTTATCTACAGGTG
3' ss Score
10.82
Exon sequences
Seq C1 exon
ACTCAGATCACAGGAGATACACCTGTTCTTAAAAGTGAAAGAAGAAATCT
Seq A exon
GTAAGTATGTGTCCTTTGGGACTTAAAATGTATAATTGTATCCATATTTTGAAGCTATTAAGGGAAGAGCTACCAATATCTATAATGTTAAAAAGGCAATAATGGGGAAAGTAAAGTGGGAAAATATACTTACTTTATGTAATTTCTAGAGTTTTACCCATATGGCACTCAAGTAGAAAGGGGCCAGGTAGAAAGCACACAGTTGCTGATTGATTGTAACCCTTTATGCACATCTTAGACATTGAAGCTTATTGTACCTTAGTGGTTATTTGTCAAATGGATGTGAATATTTATCTGATGTGTATGCATTTAAATATCGGCATTGTCTTTCACTAAGGTGCATATTTCTGGACCAGGATGCAGAGAGTCAGATGCAACAGAACACTTGAAGTCATACTATTTGAGACTTAGAACTTGAAAATTACTTAGTTCAGTGGTTCCCAAATGTAGATTTTTAGGCCAGTGTTACCCAGTGGACTTGGATGCAAGGCAAAAAGAAACAGTAGGTGTGAATTCTCTATTTAATGCTAGCTATCTTCAATGTAAAGGCTATAAGTTTCAATTCGAAGAGGTGAGCATTTGTCATAGTAAGTGGTAGGGCTATATTTTTAACACCCACCCCTGTCAACAAAAGAGCTCTCTGTCATTCATTACTCTTATCTTTAAAAACAAAACTAGATGTTGATGTGTTGAAATCTGAATCCAACTTTCTAATTTTATAGGTGAGAAATGACAGGCTCATTTGTTTCTGACTTGACAGCTCAGCAGCTCTGACGTTGCCTGTCTAGTATTTCTGGTCTTTTGAGAATTGGTTTCATTGTTCATAAGTTAAGAAGATGAAGTAGTTCTTCCATGCTAATGACTGATTTCCAAGTCTGAAGAAATTCAGAAGATTGAATGTTCTTACATGTCTAAATCAATGGCCACTCGTTCGTTTGCATTAGAAGAATCTTAAACATGGCCACAGAGGAGGCCAGAATGACCTTTCTGTTTCTTAAGGTTCTGTGCTACTGTTTGGTTGACAGAGTAGGTAGCATATCAGTAAGCTTAGCATTTCATTTGGAAAAGAGATTGCTGCCATTGGTGGCGGGATCGGGGCGGAGGGTGTCAGTATGTCAAGCCTCTGTAGTTATCTCTCCAGAGAGGACTACCTTCTTTTTCACGTTGCACCCCTATCTAAGCGCACAGGTACACATTTGTAGCAACTGACAGACACACAGCATTTGATCTAGGCTTGGGCAGAAATCCTCTCAAGGTTGTCAGCAAGTTGGCAGTTGTGTTCAGACGTTTTTCAGGCAGACACTGCCCTGTAGCACTTTTGGAGGCCGTCCATTATTTGTCATAACTTTGCTCCAGCTATCTCAGAATAGGTTTCAAAATAAAAATAATTTCCTTATAGCCTTTGCCTTACTCACCTTGGTGAGATACGGGCCAGGTAAGCAACATGAACATAAGAAGCAAGAACCGAGTGGAATCCATTCCTGACCTTAGTGTGGACATGCTAACTTTAAGAGTAGTTTTCCATGTTTTTTTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTGTTTTTTTTGGGTTTTTTTGTATGTGACTTTCTTTCAGTCAAGAATTCAGTATTTTTTTAAATGTTCAAATCACTTGTAATGAATTGTGAAAGTAAAAGTGGCATTTGGGGATTATCTCGTGTACCCTGTTCTTTTCTCCTTTACTCTACTTGACTGGCCATGATGTTTTCCTGGTTAATGAGCTTGGATTGTAATATCATGCTTTGCCAGTAGGTGCCACCTTCTAGTATATTTCTCCTCTGCGTCCCTTAATTATGACTTAAATTACAACTGAAGAGATATTACATATTTAAAAGTCAATTATGTCTCATCCCTTAAAACGAGTACGAGACATATAGATATGAGTGTGTAGGCAGTAACATTGGCTCCTAAATCTCCACGTTTCAACATACAGAGATAGGATCCCAATTATACCAACCTATGACCTAGATGAAACATCTGATGCCTGCTGGGGATCTTTTTAAGGCATCATGGGAGGGAGGGAGCTCACACTAGAGCATGCACGAGCATCTTCGCCATGGCTGCTGGGGTGCTTTCTTTCCTGGGAAAAGCTGGGAAGAGACTGGCAGGATGGCGACTTCAGGAGTTAACGCCTCTCCAGGTGATGAAGTGAATAGGTTTGGGTGATCTTGTGAGGAATACACTCAAAGAGCAGTTGTTATTGTAGAGTACTTTAAAGCAAAACAATAACTAGTTATCTGTAGATGTTGGTTAAAGGGCAGTGTGTGTGCTTGTCCAAGGTTTTAATTTGTTGTGTTTTCTTCTGTTTTAATAACAGAATTTTAAATTTGATAAAAATGATTTTGTATTGCTTAACATGATTATTGTTTTCAATTTGAGTTTGAGGAGACTAACCAGGGAGTCTGAAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATACATACACATATACATAGATAGATAATTTTTTTTCGTGGAATGATTTGGTGCTGCAGATTATATGATAGCAAGAGATCTTGCTAGCTAATCTCAATTCATTTATTGTCTTAAAATATTAACATTTTCTAAGTTTTAATGTTAAGCTGTAAAGCAACTTAGATTGTAATGCATCCCCTTAAAATCTCATGTTATTTGCCAAATATGGGTGGGTTTTCATTCTGTAATGTAGTATGTGAATATTCTCATGTTTCAAAGTCAGAATGTAGTAGTGTGTGAAATGTTGTTTTATAAAGCACTCCACCCTTTTATAAAAATCTTGGTGATGCAACATCTATGTAGAAATATAATCTTTTAAAGTCTAGCAGGTACTCTTATCTGTTTAATCTGTTTAGTGGTAAGTCTGTTTAACCTGATTTAGTGTTTGATAGATGCAACTGTGGGCAAAGTTTCTTTAGTTGATGTTTAATTTACCCATAAATAATATGTGACTTGAAAATGTGAGGAAAATACTACTTGTACAGTTGACTGTTGATTTTCAGATCGACTTATTGAACGATTTTATAAAACCTTAGTGCAGTGGTTTTCAACCTTCTTAATGCTATGACCCTTTGCTACAGCTCCTCATGCTGGGGTGACCCCCAAACTGTAAAATTGTTTTTGTTGCTACATCATAACTGTAATTTTGCTACTGTTATGAATCAAAATATAAACATCTATGTTTTCTGATGGCCTTAGGCAACCCCTATGAAAAGGGTTTTCAACCCCCAGGTTGAGAACTGCTGCTTTAGCGTAAAAGATCCACAATGCTGGTTGTTTAATATGGTGGCAGATGCACTGATCCTTGCTTGGTTTGGTTCATTTTTCTAAACTTTTTTTTTAAGTGTCAACATTAATCATCATAAATTAGTATTGTGTGACATGCTTCTGGTGGAGAAATTTCTTCTTTTAAATACAGACTTTAATCAGTATGGAGTGTTTACTTTGGGCCTTGGAGCTGAATGTATGGCTAATGCTTTTTGCGTTTAACCTGTCTCGGGGTTTTTGAAGTAACTGGAATGAAATAACTAAATTTGACATCAGAACAAAAGTAAATAAAAGTGTATTTGATTCTTTCCTAAACCTTCTGGGATTTGCTAGATATCTAAAGGTTTTTCTTTTTTTCTCCTCATACAATGCCTTTGGATAAAGGACAAAATCAGTGTTCAAAATTGTTGCTAGTATTTCTTCCTATATAAGGTTTGTCACTCTTACCAGTATGAGCAGATAACAGAGATACAGCGTATAGACTTGCATGTTAATAAACCTAGAGTCCAATGATGGCTCAGCTGTGCTTTGGCAAACTTTGTACTTACAGTCTCTGAGTTTCTTATATCTCTAAAGTAAAGATAGCACCTTAAAGGCTTTCTCAATAACTATTTATGAAGGGGAATCCCACCTCAAATAGCAAACCTCTGAAAGCACAGTTAACTGTCCCACAGTGGGTGCTATCTTGAAGCAGAAGTCCATTCATCACCTGACTTCAAGGAAACACAATTCAGTTTGCACCCTAATAATACGGGGGTGCAGTATACTTTTTCATAAAGGAAAGTGCAGCATACTTCTCTAAGAGTCATTTTAGTTACCAAGGCTTTTAAGAGCACTGTGTGTCCTAGAACTTTGACACAATATTTTTTTTTCTTAAAAGTTAAGTACGTTCAGATTATTTTGTTTGTGCATACTTTCAGTTTATAATTCAGACCATTTCTGCATATGTTCTTTAATACATTTATTAGATAGCCGACACATAGAGGTGGTGTTCTGGTTGGTGAGGTTTCAGCAACAATCCCCCTCACAAAGCTTCTATTCTAATGGAGACACAGACAATAAACATGAAAAAAGTATGATCCAATAGTATATTAGTAAAAGGTGGTAAAGAGAAACTGGAGTTTTAAAATAGCTGGCTAGAGATGGTCTGGTTGGAAAGTTGTTACTTGTTTAAAGATGGAAAATAGTCAAAGACGTAACATATAGGGAGAATAATTCAGGCAGAAAGATTAAGTGTGAAAGCCCTGAGTCACAATATGGTATGTCCCAGAGACAGTAATGAACATGTGAGAGTACTACAGTGTGCCAGAGGAGGGCAGAGCAGGGTGGGAAATCAGAAATTCAAGGAGCAGGGCATATACCCAGAGATGCAAGGCTGGGTAAGCTATGGTGGCAGAAGGATCAGTGGCTCTGCTTTGACCACGCTAAAATTTAGATATTTAATGGGCTGCTACATATAACCATCGAGGAAGCAATGGGTGATGCAAATCTGAAGTTTCCGGTAGACTTTCCAGCTTACTTGGGAGTCATCACTGTATGGGATATTTCAATCTGTGAGACGAAATGAGATCAGCGCAAGTGTGAGTGGAACTAGGGGAGCACTTGGAGGATTGGATACTGTAGGATTGAGGGATCAGGGAAATGAGGACCAAGAAGAAAGACTGAAAATGCCAGAGAATAGGAAGATAGTTTCAGTCTGGTGTCTTAGCAGTGACGTGA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Seq C2 exon
GTGTACTTTATTGCTGGCTTCCAAAGATTACTAACTTTTATCTGTATCACTAAAATTGAATTCCCTTGGCTATACTGCTACTCTTACTGCTGCTTCCATTATTGCCTTCTCCAAAAACCTAAGGCTTTAAGAAGCCAAAGAATAACAGCAAATAAACGCCATATTAGAAGCCTTCCACTATGAACCTTAAGCTAAATGTGCTCACCATTATATTGCTGCCTGTCCACTTGTTAATAACAATATACAGTGCCCTTATATTTATTCCATGGTATTTTCTTACCAATGCCAAGAAGAAAAACGCTATGGCAAAGAGAATAAAAGCTAAGCCCACTTCAGACAAACCTGGAAGTCCATATCGCTCTGTCACACACTTCGACTCACTAGCTGTCATAGACATCCCTGGAGCAGATACTCTGGATAAATTATTTGACCATGCTGTAGCCAAATTTGGGAAGAAGGACAGCCTTGGAACCCGGGAGATCCTGAGTGAAGAAAATGAAATGCAGCCAAATGGAAAGGTTTTTAAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000031278-Acsl4:NM_207625:2
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.103
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0050123=AMP-binding=PU(3.1=12.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs: