HsaINT1011345 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000105877 | DNAH11
Description
dynein axonemal heavy chain 11 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2942]
Coordinates
chr7:21750222-21765589:+
Coord C1 exon
chr7:21750222-21750364
Coord A exon
chr7:21750365-21765427
Coord C2 exon
chr7:21765428-21765589
Length
15063 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTAAGA
5' ss Score
6.91
3' ss Seq
TTGCCCCCATGTCTCCACAGATC
3' ss Score
12.05
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGAAATCCCAGATCTGTTCAGCGATGAAGATGTGGACAAGATAATTTCTGGAATTCATAATGAAGTTCATGCTCTGGGCATGGTAGACTCCAGGGAAAACTGTTGGAAATTCTTTATGGCCAGGGTGCGACTACAGCTCAAA
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATCATTTTGTGTTTCTCTCCAGTTGGTCGCACGCTGAGAGTTAGAGCTCGGAAGTTCCCAGCCATAGTTAACTGCACGGCTATTGACTGGTTTCATGCGTGGCCGCAGGAGGCTCTGGTCTCCGTCAGCAGGAGGTTCATTGAGGAAACCAAGGGAATTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000105877:ENST00000409508:54
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127802=AAA_8=FE(17.5=100)
A:
NA
C2:
PF127802=AAA_8=FE(19.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains