HsaINT1016885 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000115221 | ITGB6
Description
integrin subunit beta 6 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:6161]
Coordinates
chr2:160141982-160169307:-
Coord C1 exon
chr2:160169212-160169307
Coord A exon
chr2:160142072-160169211
Coord C2 exon
chr2:160141982-160142071
Length
27140 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGC
5' ss Score
9.85
3' ss Seq
TACTCTTTTTCTGTTTACAGAAT
3' ss Score
9.43
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
PF0036213=Integrin_beta=FE(6.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains