RnoINT0076431 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000008346 | Itgb6
Description
integrin beta 6 [Source:RGD Symbol;Acc:1303119]
Coordinates
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Coord C1 exon
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Coord C2 exon
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Length
16726 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGC
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Exon sequences
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Seq C2 exon
AATTATGCGAAACTCATCCCTGGAGCGACTGTGGGACTGCTTCAGAAGGATTCTGGGAACATTCTTCAGCTGATCATCTCCGCTTACGAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000008346:ENSRNOT00000011030:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0036213=Integrin_beta=FE(7.3=100)
A:
NA
C2:
PF0036213=Integrin_beta=FE(6.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]