HsaINT1027497 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000143442 | POGZ
Description
pogo transposable element with ZNF domain [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:18801]
Coordinates
chr1:151430666-151441086:-
Coord C1 exon
chr1:151440928-151441086
Coord A exon
chr1:151430842-151440927
Coord C2 exon
chr1:151430666-151430841
Length
10086 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAGT
5' ss Score
11.01
3' ss Seq
TTTCTTCCTTTACCCTTTAGCTG
3' ss Score
9.2
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000143442:ENST00000271715:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.746 A=NA C2=0.606
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains