HsaINT1044655 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000153802 | TMPRSS11D
Description
transmembrane protease, serine 11D [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:24059]
Coordinates
chr4:67827261-67833381:-
Coord C1 exon
chr4:67833204-67833381
Coord A exon
chr4:67827521-67833203
Coord C2 exon
chr4:67827261-67827520
Length
5683 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGG
5' ss Score
9.16
3' ss Seq
ATGTTTTCATAATGTTTTAGCAA
3' ss Score
7.55
Exon sequences
Seq C1 exon
AATGTGGGGCCGGTCCAGACCTAATAACATTGTCTGAGCAGAGAATCCTTGGAGGCACTGAGGCTGAGGAGGGAAGCTGGCCGTGGCAAGTCAGTCTGCGGCTCAATAATGCCCACCACTGTGGAGGCAGCCTGATCAATAACATGTGGATCCTGACAGCAGCTCACTGCTTCAGAAG
Seq A exon
GTGAGGCCACCACTACCTACCCATCTGGGAACAATTAGAATAGACAGGTCATGAAGACTGCACCCTCTACCCTAGGATTGAATTGAGCCAGAAATAATTCAATGCAAAAAAATCAGTAAGAATTTTCTTCCTATTCATGAAAGGAAAAGGATTTTTCCCCTTTAGCATGCTAATTTAGTGCTATTTCTCTGTTTCAGGTAATAATATATTAGCACAGTAAAGAACAAAGATTTATATGTCAGAATGTTTTTTAAATCCTAGCTATAAAAGCTTAAGAAATTTACTAAATCTCCATAAGCTTTATTTTTTTTCCAAATTAAGGGACAACACTGTTATCTGTGACTTAGTGTTACTGGTAGCATTGAGTACACTAATGTAAACATACGTTAAATGTTAGCGAAACGAATTGCTGTGGAAGATTTGCACATTATATCATGGGAGCTGATGGCTAACCTAGAGACTGCCCCATGCCATTAATTTATTCATTCATAAAGATTATTGAGTATCTAGTATGAGCACAGTGTTATATATTGTAGAAGCTACTAGTATAAACAAAGTATTGCCTCTGCCTTCAAAGAGCTTACACTCGAATGTTGGAATCAGAATGCACAAAAATAATGATCAATTACAATGAGTAGCATAAATAAAATTAATGTAGGCAACTTACAAGAATTCTTAATTGAGGTGACTAAACTATTGCCAACACTAGGGTGATATGCTACCAGTGGCGAGTAGGTTGCATAAACTTACCTTATTGGTAAAAAGAAAAGTTCACATTGCTCATAAAAGAAGGATTTTAGATTTCAGCATAACTAAAATCTGTTTCAAACCTGCCTTGTTACTGGGGCATCGCAGACCACAACAGTTGTTGGGAACTTAACTCAAAAAGTTCACCCAGAAAAATAATGGAGATTTGAACTCGTGTGCCCCTGACCATATCAATTTTCTTCTCAGACTCTTACTCTAAACTGGACCTCCTTATCACACACACAAAGCCTTCCATAGGCAGATCAATCCAGTCTTATTTCTCAAAGCATGTACCTTGAGCTTCAGATAAACAGCATTGTTCTCTTCCCCTGGACTCTTCCTACATTTCCCTACCTATGAGTATCTGATCAATCTGCTTATCCTTGAAATGTTAATATATTTACCACATCTCTATTTGAATTTTATGAAATTTTTGATAATTTCTAAGTAGTTTTTTCAGATTTATAGGCACTACTTCATGGTACAGTGACTGTTACAAACGTATTTGTTAAATTTAGAAGGAATAAAGATTTAAAAGACTAGGGTAGTTACTGAACTAAAGTTTTAGGAAATCCCAAATTATTTCAAATTTTTCTTATGGTAATTTTATGACTTAATATTTTTATATGCAGTGAACAAATTTGAAACTTTAAAAGATACTCCCAGAATTATCAGTTTTCTGATGTAGATTGGCAAATTTATTACTATATCCCAAATAACCCAAGAGACAAAATTCACAAAAACATTTCAATTTTCATTGCCACTTGAAAGGCCAAAAAGCAGAAATGGCACGCATTGATTTCAATCGTACTCTTGAGTGTGGGAACCAGGAATTAAAATACCTGGACTTATCAGGCACTTAGCATAACCAAGAACGGAATAGAAACCTCCCTGGATTCTAAGCCCTATTCAGTCCCAATCACCAAAAACCAAGTAAACGATATCACTATAATGAAAGCCACAGTTATAAATATCGACAACGATTACCAAAGGAATCCATGGAACTTTGAATTTTGCCACCCCACATCCTTCTATTCATTACCATGATTGATCCACTAAAGCTAACAGACTCTGTGAACCTTGTATTGGACCCCTCCCTAAAGACCTGATTGTCACTGAGAACCATCAGTGAGGATTTGTTTGGGGCATGACCAGCCTTACATCAAAGTACATAGAAGTGATGAGGTCTTATCAAAGAGGATTATTGAATTATCACCTCTTCTATGTAGCTTTCCCTGATACTCTCTTTCCTCTCCATTGAGTTCCACAGAAATTTTTTTATCTGCCTTTAACAGTTGTCCTCATGATTTGTGATATTTGACTTACCTCTTGTCAGTTTCCTTCACTAGTGTAGAGTTCCTCAAAGAAAGAGACCATAATTACTTATATTTTTATTCCTGGAGACTCATACTATTCCTTATACAAAGTAGACACTTAACAATGGCTTGTTGAACTATAATTAATGAAAATAATAGCTACCTTCATGAAAGTTCACTTTGTGCCAAACACTATAGTTGACATAATACATTTGTCTCATTAATACTTAACAATTGTGTGAGAAGGTATCACCAATCACATTTTATATGTAAATAAACCCCAGAGCTATTAATTAACTTGTCATAAATAACACTTTTCATATGTGGCATAGCCAAGATTTAAATATAAATGTTACTGGTTCCAAAATGATGCTCTAATTCACTTGCTGGAAAGAAGGAAAGGAAGAAAATAAACGAGTGGAAGGAAGAGAGGGAGGGAAGAGAGAAAAGGAAGGAAAGAAAAAAGAGTCTCTTCAGAACCTTCACTGTAAAGACTCCGAGCAAAAGAAGTTGAATATAAAAACAACATAGGTTTGTTTGTTTTCTAATATTTTTTCTTCAAAATTTTTAACTCAGGTTCACTCTTACACAAACTACTGTGTCTTATAAAAGTATTTCCGGTCATAGAATTTTTATTTTCTGTATTAACTCCACTATCTAATCTCCATAAAACTCCTAAATTGGTATTATCGGTAACATTTTGTTTTTACTCAACCCTTAGGAACAATGTTAAGTTAATCAGCCCTCCACATCACAGATCCTTATTTTCATCAGTCTGTACAAGGCATTTCTCTCATTTTAATTTTTTTTCCTCCTGTCATCCCTGGATTTCACTTTCACTGCCCTCCTTCCACCCATATGCCTCATACTAATATATTCGAAATATACATGTCTTAAAGGTACATGCACGCACCTACAAAACCTATAGTGTTTTTTTGTATGTATATGTCTTTAATTTAAATAAGTAGCATTGTGTAAAAGTCTAATATTGTTTCTTACTGTTTTCACTCAATTCTTGGAATTTTCATCTGATGCACTGCTGCATAGCACCCCATGGTATGCAGCCACCATATTTCCTTCATCCAATTAGGTTGCATGACCTACCTTCCCATTGCCACAAAGAGTACACACAAAATATTTGTACTTATCTTTCTGTAAACCTTCAGGAATTTCAGAAGCACACATGCAGGCTGCTAAATATACCAGAATACTTTCCAGCCACTTAAATCTTTACCAGTATTGCAAAAGAGGCCCCATTTCCCTCCACATCAACATTTAGTATTATTCTTTTGTTTAAGTTTTATCAATCTTTTAAATGTACACAAGATGCTCATTTTTATAATTTTAATTTCTCAGATTACTAGTTTGAGTATCTTTTCATATATCTAAGAGCTGTTTTGATCTCCCCTACCATGAACTGCCACTAATATTCTTTGCCTATTTTACAATGGTTTTTCTGCTTATTTATTACTGGTTTACAGACTTTTAAAATATATTCTACAAAAATTTTAGACATTAAACATTACCAATATTTTCCCATGGTTCCTCATCCATCTGGTAAACTTGTCTATGGTATATCTAATTTTGATTTAATAGAATTCATTCTATTTTTACCTTTTAGTTTGTGTTTTTGTTGTTTAGCCAAAAAGTCCCCATTCCTAGGTCATAAAGGTAATGTCCTTTTTTTTTTTTTAACGCTACTGTTCTCTCTCTGTCTCCCCCTATGTATATAGGTGCACATATACTTGTACACACATACATATACCTATATATGAGGGGAGTTCGATAAGTTTATGGAAAATAAAATTAAAAGATAAAATAAAAAATTATAAACTTTATTTCTCAACATAAGCTCCTTCAAGTTCAAGACACTTTTGTAAGCAATAATACCAGCCATATCGTCCATCCCTAAAGAACTGAGGGTCCTGAGAATTTAACTATGTCAATGCAGTCTTTTTTACATTACTTTTTTACAGTACTTATTGATGAAAAATGGGTGCCTTTTAAAGATTGTTTTAAGATTAGGGAACAAAAATAAGTCAGAGGAAGTCAAATCAGGACTGAAAGGTGGATGCCTAGTGATTTATTGCTGAAACTTTCATAAAACTAACCTTATTTGATGAGAGGAATGAGCATGAGCATGGTTGTGATGGAGAAGAACTCTGGTGGAGCTTTCCTGGACACTTTTTCTACTAAAGCTTTGGCTAACTTTCTTACTCTCATAAGAAGAAGATGTTATTTTTCACTGACCCTTTAGAAGGTCAACAAGCAAAATGCCTTCAGCATCCCAAATGTCTGTTGTCATGACTTTTGTTCTTGACTAGTCTGGTTTTGCTTTGACTGGACCACTTCTACCTCTTTATAGCCATTGCTTTGATGGTGCTTTGTCTTCAAGATTGTATTAGTAAAGCCATATTTCATCTTCTGTTACAATTCTTCAAAGAAATACTTCAGAATCTTGATCTGACATGTTTAAAATTTCTATTGGAAGCTCTGACCTTGGGTGCAGCTGATCTGGGCGAAACAGTTTTGGCATCCATCAAGTAGAAAGTTTGCTCAACTTTAGTTTTTCAGTCAGAATTGTATAAGCTGAACCAGTTGAGATGTCTATGGTGTTGTCTATTGTTTCTCACAGTTAATTGTTGGTCCTCTTTGAGACATGAACAAGATGAAATTTTTCCTAGCAAACTGATGTGGATGATCTGTTGCTGCGGGCTTCACCCTCAACAACATCTCTTTCTTTCTTGAAACAAATTATCCATTAGTAAACTGATGATTGGGGGAGATGCTGTCCCCATAAACTTTTTGTAAGGCATAAATAATTTCACCATTCTTCCAGTTTCACCATAAATTTGACGTTTTTTTGCTTCAATTTTAGCAGCATTCATGTTGCTTTGATAAGAGCTCTTTTCAAATTCATGTCTTATTCCTCTTAGTGCCTCAAACTAGATCTTGTTCAGTATGACAAGTTAGTATGAGTTTATCTGCATGCAAAAATCTTTGAAATCCATGCATAGTTTGTTTATAATATACATTTTCAATGAACTTTTGAAGACCCCATACATACATATGTATATATATGCACACACACACACACACACACACCAAAATCTTCAACCATTATCAGACTTAGTGCAGAAAAATTATTCATCCATTAACAAGATAAGAATGCCCCTTATCATCACTACTATTTAAATGGAGCTCCTGGCTAAAGGAAAAGACAGGGATTGAAAAAAATTAGTTAAATCTAAAATGTTTATTATTTCAGGTTTCTTAGTTGCTTAAATGGGAAGGGAGGTATGGACAAAAGAGAAATCAAAGATATTTGTGTTATGCTACTTATCATTAAAGTATCAGAATAACTTCATTGGAATAGAAAAACACCAAGATCACCCCACGATATGTTTTCTAAAATCTTCTCCATTTCTTTAGACAAGTGACCATGTATTCGGCCAGTGAAGAATTAAACTCACTTGCCAGCTTATAATGCAGGAAAATATAGCAAAGAGATGTGGATCCAATAGTTTCTAGATAGTGGTACAGGATGGCTAAGATGAATTTATATATCTGAAATGTTCACAAATTCCCTACTCATATAGCATGTTTTCATAATGTTTTAG
Seq C2 exon
CAACTCTAATCCTCGTGACTGGATTGCCACGTCTGGTATTTCCACAACATTTCCTAAACTAAGAATGAGAGTAAGAAATATTTTAATTCATAACAATTATAAATCTGCAACTCATGAAAATGACATTGCACTTGTGAGACTTGAGAACAGTGTCACCTTTACCAAAGATATCCATAGTGTGTGTCTCCCAGCTGCTACCCAGAATATTCCACCTGGCTCTACTGCTTATGTAACAGGATGGGGCGCTCAAGAATATGCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000153802:ENST00000283916:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0008921=Trypsin=PU(19.5=73.3)
A:
NA
C2:
PF0008921=Trypsin=FE(38.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains