MmuINT0162637 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000061259 | Tmprss11d
Description
transmembrane protease, serine 11d [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2385221]
Coordinates
chr5:86309264-86326585:-
Coord C1 exon
chr5:86326408-86326585
Coord A exon
chr5:86309524-86326407
Coord C2 exon
chr5:86309264-86309523
Length
16884 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGG
5' ss Score
9.16
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3' ss Score
7.29
Exon sequences
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Seq C2 exon
CTATCCTAATCCTCAATATTGGACAGCCACCTTTGGGGTTTCTACAATGAGCCCTAGGCTGAGAGTGAGAGTAAGGGCTATTTTAGCCCACGACGGGTACAGCTCCGTAACTCGTGACAATGACATCGCAGTTGTACAACTTGACAGATCTGTCGCCTTTTCCAGAAATATCCATAGGGTATGTCTCCCAGCAGCAACCCAAAATATCATCCCTGGTTCTGTCGCATATGTTACAGGATGGGGATCTCTCACATATGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000061259:ENSMUST00000031175:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0008921=Trypsin=PU(19.5=73.3)
A:
NA
C2:
PF0008921=Trypsin=FE(38.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types