HsaINT1044673 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000198092 | TMPRSS11F
Description
transmembrane protease, serine 11F [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:29994]
Coordinates
chr4:68053198-68059468:-
Coord C1 exon
chr4:68059326-68059468
Coord A exon
chr4:68054068-68059325
Coord C2 exon
chr4:68053198-68054067
Length
5258 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGT
5' ss Score
11
3' ss Seq
AAAATATGTTTTTATTTCAGGGA
3' ss Score
9.01
Exon sequences
Seq C1 exon
GACCTATACAAAATACACTTCGGCAAGCCAGAGTGGAAACCATAAGCACTGATGTGTGTAACAGAAAGGATGTGTATGATGGCCTGATAACTCCAGGAATGTTATGTGCTGGATTCATGGAAGGAAAAATAGATGCATGTAAG
Seq A exon
GTAAGTTTAAAGTCAAGGCCAAAAGTTTATGAGGAAAGTTTCCATTAGCTATTTCTGAGTTTGGCATATATTTTACCTAGGAGAAAAAAAAATGGCATCTCTTACACCGAGAACTGACTTTATTTAATAATCATAACAATAACAATAATTGTATTGAGTGTTTAATATACGCTAAGCCAAAAATTAAGCACTTTTTATACATTATTTCATTTAATGTAATGAGATAAAAGCAATATTATAATTACCATATTCATCCCCCAGCCTCCCAGTCATTTCCCTTCGCCCCTCACATTTTTTAATGACAGCGACAGCTGAAACAAGTTTTCTTTCCATTCCAAGCCCTGCATTAGCAACACTGACCTGTTTAAATGCTGGACTTTTAGTTCCTAGACCTCCTCTTCTCCAGTGATCTTCTATACTCTTCAGCCACCTCAGACCCTCCTCTTAGAGTCACACTATGGGCCTTGTTATCAAAAACTACTCCACTCCAAAAGTGCTCATTTGCATCTTCCTTTTTGACTACTATCCCCCAGTGTTTCCCCCTTGCTTTTTAACTACTGCTTCCCTATATACACTTACTATGTTATACCCTAGTCTACCAACTCTCATTCCCAACATGCACAACCTACATGTACATTCCTTGTGTCCTTTCTTTGTTCTATTTTTCTCCTCAGCCTTTGTCACCATCCAGTATGCAGTATGTTTATTTATCTAGCTTATTTCCTGTTTCTCCACTAACTAAAATGTAAGCTTCATGAAGGAAGACATATTTTAATCTATTTTATTTACTGCACCTGAAATAGACTGGTGAAAATATGTGATGACTGATTGAATGAAAAAGTCTTTTTTCAACTTCATAGACACCTATTGTCCATTGATTCCTCTGTTTTCTCACAGTTCATTAATCATTTCCTTTCTTCCAGCTTCTACTTTTCCAGCTTAGATTTCACTGTCCATTATTTTTTATTGATAAATCATAATTGTATTACATCTATGGAGTACAATGTGACATTTGATACATGTATACAATGTGGAATGGTTAAGTAAAGCTAATTAACATATCCATCACCTCACTTAACATTTTCTCTGTGATAGACATCTAAAATTTACTCTCTTAGCTATTTTGAAATCTATAATACAGTATTATTGATTATAGTCACCCTGCTTTGCAGTAGATCTCAAAACTTATTCCTTCTCACTGAAACTTTGCACCCTCTGACTAGCAACTCCCCTTTCCCTCACTCTCCACCCGCCTAGGCTCACCCAGACTCTGGTAATCATCAGTCTACTCTCTACTTCTATGAATCCAACTTTTTTAGATTGCACATATAGGTAAAATGATGTAGTATATGTCTTTCTGTGCCTGGCTTATTTCACTTAGCATAATGTCCTCTAGATTCATGTATGTTGTCCCAAATGGACAGAATTTATTCTTTTTATGGCTGCATAATATTTATTTTGTAGATATACCATATTATCTTTATCTCTTCACACATTGATGAACACTGAGGTTGATTCCACTTAGGTGGTTTAAATTCATTTCCCTAATGATTTGTAATACTGAGCATTTTTTTCATGAATGTGATGGTCATTTGTATGTCTTCTTTTGAGAGGTATCTAAGTCCTTTGCCAATTTTTTAAAATCAGGTTTTGTTTGTTTTGTTTTTTGCTATTGTGTTAACTTCTTTATATATTTTGGATATAAGCCCTTATCAAATATATGGTTTGCAAACATGTTTTCCCATTCTGTGAGTTGTCTCTTCACTTTATTAATTGTTGTTTTGTTTTGTTTGCCGTGCAAGCTTTTCAGTTTGATACAATCTGATTTGCCTATTTTTGCTTTTGTTGCCTGAGTTTTTGAGGTAATATTCAAAAATCCTTGCCCAAACCAATGTCATGGAGTTTTTGTCTGTTTTCTTCTAGTAGTTTATAGTTTCAAGTCTTAAGTTTAGGTTTTTAATCCATTTTGAGTTTCTTTTTGTGCATGGTGTAAGGGTAAGGGTCTAATTTCATTCTTCTTCTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGTCTCGCTTTGTCACTCAGGCTGGAGTGCAGTGGTACGATCTAGAATCACTGCAACCTCTGCCTTCCAGGTTCAAGTTATTCTCCTGTCTCAGCTTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCATGTGCCACCATGCCTGGCTAGTTTTTATATTTTCAGTAAAGATGAGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTTAAGTGATCCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCACGCCCAGCCTAATTTTATCCTTCTGATATAGATAACCAATTTTCCCAGCACCATTTATTGAATAGACTATCTTTTCCTCAGTGTGTATTCTTGGCATCTTTGTCAACAAATCAATTGACCATAAATATATGTGTTTTTTTCTGGCTTTCTATTCTATTCCATTAGTTGATGAATCTGTTATTATGCCAGGACCACACTATGTTGATTACAATTGCTTTATAAGACATTTTGAAACCAGGTAGTATAAGGCCTGTAGCTCTGTTCTTTTTGCTCAAAATTATTTTGACTATTCAAGGTTTTTTTTTGCTTCTATATGGATTTAAGGATTGTTTTCTTTCTTTGTGAAAGAAATGGCATTGGAATTTTGGTAGGGATTGCATTTTAACAATGATAATTTTAACATTTTAATGAACATTTTAACAATGATAATTCTTTCAATCCATAAACATGGAGTATCTTTTCATTTTTGTGTTTTCTTCAGCTTCTTTCTTCTATATTTTACAGTTTTCAGTATACAAAGCGTTCACCTCTTCAGTTAAATTTACTCCCAAGTGTTTTTTTTTTTTTGCTATTTTTTTTTTGTTGCTATTGTAAATGGATTGTTTTCTTAATTTCCTTTTCAGACAGCTCACTATTAGTATATGGAAACACTACTGAGTTTTGTATATTGATTTTGTATTCTGCAAACTTACTGAATTTGTTTATCTCTTCTAACAGCTTTTTGTTGGTTTTAGGGTTTTCTATCTATAAGATCATGTTGTCAACACACAAAGACAATTTCATGTCTTCCTTTTCTATTAGAATGTCTTCTATTTCTTTCTCTTGCCTAATTTCTCTAGCGACAACTTCCAGAACTGCATTGAAAAGAAATCAGAGTAGATATCCTTTTGATGTCCCTGGTCTTACAGGAAACACTTTAGATTTTTCACTATGGCTTTAATAATAAAAGCCAATATATGGCTTTTATTGTGTTTGACATACACCTATTATGTTGAAAGTTTTTCTTACAAAAGTGTGTTGAATTTTTTCAAAAGCTTTTCCTGCATCTGTTGAATGGATCATAGTTTTTAGCCTTCGTTTTGTTAATGTAATGAATCACACTTATTGATTTGAATATATTGAACCATTCTTGCATCTGAGGGATAAATCCCACTTGATAATGATGAATGATTCCTTTAATCTATTTGAATTTGGTTCATGAGTATTTTGTTAAGGATTTTTACATCCTATGTTTATCAGGAATATTGAAGTGTCCTTATCTGGCTTTAGTATCAAGGTAATCCTCACCTTGTCAAATGAGTTTGGGAGTATTCCTTCTTAAGTTTTCTGGAAGAGTTTAAGAAAGATTGGTATTATTTCTTCTTTAGATGCTTGGTAGAATTGAATTGTGAAGCCATCTGGTCCTAGACTTGACTTTGGTGGGAGACTTTTTAATTACTGATTCAGTATTCTTACTTATTATTGATCTGTTCAGGTTTTCCATTTCTTCAGGTTTTCCACTTCTTCATGATTCAGTCTTAATAGGTTGTTTTACCTTCTTAAATATTTCTGCATCACCATTTCTCCTTTCTTTGCCTCTCTTTCACACTCCTTTCCTTCCTCCCTTGACCAGACAACTACACTAGCTGTCTTGCTAATTTCCTCATTTTTACTCTTATGCTCCTCTCATGCGTTAGTCAAATAAGAGCCAGAACCATTTCCAAAAAAAGGCTAATCATGTCAGATCTCTCTCTGAAACACTTCAGTGGCTTACCTTTAGTCTTAAGATACAAACAAAAACTTCTAAACAAGACCTATGAGGCTCTACATGGACTTGTCTTTCCTTACCTTCCAGACTCATCACACACTATTTGCCCCTCTTACACTCCTCTCTACATCCACCTCCTTTTTTAGGCCCTTGCATTTGCCAGGCTCCTTCGCGCCACAGAGCATTTGCAATACTGTTCCCTCTGCCTATAACACACCTAACCCCCACTTCCCTTGTGCTCTGCTCTTCTTCCTTCAGATATCAGCTCAATTATACTCATCAGGGGAAACTTTCCTGTTTTTCCTTATCAGTCAAACTTCCCTGTTGTGTGTTACCATAGCACGTATCATGATGGTAATTTTGCATTTGTTTTTGGGCTTATTTAATATTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTAACCTAAACTTCAAACTCTATGAGCACAGGGGCCTGTCATTTATGTTCATCATTTTATCCCTAACAGACATCAGATTGCCTCAGACATAGAATAGGAACTCAATAAATAGTTAATTAAAGAAACAGATAAATAAATAAGTGAGGAAGTGACACAGAAAGCTTAAGTATCTCACCTAGGGTCATACAGCCAGTAATTAATAGAGCTGGACCTGAAACCGGCATTTCAGCTGCTGAGACCACACTTTTAACGACCACATGTTTATTTGTTTATTTACTTAATCTTCTTTGTTCTTATTTTTGTTTTCCAAATGAGATTTAAAGGAGTTTATAAAAATTTAGCAAGAAAACTAATTAGAAATAGGTGAGTAACAGAAAAGGAGACCAAAAATAGGTCCATAAAATACAATCAAGGTGACAGCATTTGGAAGAGATCCTTGAAATTGTATACCTAGGCTTACAAATGCTAATCTCACATTTAACATTTTATATACATAGTTACTAAACCATGCTAAACAGGCCTGTTCAAACTAGAAAAAAAAAACCTAAGGATACTGATACAGAATTAATGTAACCATTTCCTGTGAATGAATGTTAGCCTTCCTATGAAAAACAATGCCCTTTAAAGTTTAGCAAAAATTTTAATTCAGTTGAGAGACCCATTATATAGTCTGTAGTCTGGCTGTGGTCTGTGTACCAATTTCCTTTTTTCTCTGTGAACGTCAGATTACAATACCTTCCCACTGAATTAAAGTAGAGTTAACAATTTAAAATATGTTTTTATTTCAG
Seq C2 exon
GGAGATTCTGGTGGACCTCTGGTTTATGATAATCATGACATCTGGTACATTGTAGGTATAGTAAGTTGGGGACAATCATGTGCACTTCCCAAAAAACCTGGAGTCTACACCAGAGTAACTAAGTATCGAGATTGGATTGCCTCAAAGACTGGTATGTAGTGTGGATTGCCCATGAGTTATACACATGGCACACAGAGCTGATACTCCTGCGTATTTTGTATTGTTTAAATTCATTTACTTTGGATTAGTGCTTTTGCTAGATGTCAAGAAGCCCTTCAGACCCAGACAAATCTAATATCCTGAGGTGGCCTTTACATACGTAGGACCAAACCCTCTCTACCATGAGGGAAGAAGACACAGCAAATGACAGACAGCACCTATTCCTTACTCACAAGGGAAACTGCTTGTGATACTTCCTAATAAGATAAATAAGTGGTTTCCCTCAATTGAAGACAGGAACATCATTTTCCACAGGATATGAAGAGCTGCCAGTAATGCCAAAATCTTACCTCATATAATACCTGGAGCATGTGAGATTCTTCTAGTGAAAAAGAACAGTCTTCCCTGAAGACTCAGGGCTTCAACATTCTAGAACTGATAAGTGGACCTTCAGTGTGCAAGAATGGAGAAGCATGGGATTTGCATTATGACTTGAACTGGGCTTATATCTAATAATACAGAGCACTATCTCTAACCTCAACAGTTGACATTTTAAAAGTTTTTAAATGTATCTGAACTTGCTGTTAACACAGTGTTATAACTCAAGCACTAGCTTCAGGAAGCATGTTGTGTTGTTAAGAAGCTTTTCTGATTTATTCTTTAACAGCATCTTGCCATCTATATGTTAGTAGCAGTTGGCCCAGAAAGGAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000198092:ENST00000356291:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0008921=Trypsin=FE(20.7=100)
A:
NA
C2:
PF0008921=Trypsin=PD(19.8=84.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains