Special

HsaINT1047216 @ hg38

Intron Retention

Gene
Description
zinc finger protein, Y-linked [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:12870]
Coordinates
chrY:2935281-2953997:+
Coord C1 exon
chrY:2935281-2935446
Coord A exon
chrY:2935447-2953908
Coord C2 exon
chrY:2953909-2953997
Length
18462 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTGAGT
5' ss Score
9.89
3' ss Seq
TACTTTATTCCCTGGTTTAGGAG
3' ss Score
7.53
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Mappability confidence:
NA
Protein Impact

5' UTR

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=NA A=NA C2=0.905
Domain overlap (PFAM):

C1:
NA
A:
NA
C2:
PF047048=Zfx_Zfy_act=PU(2.5=23.8)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:
NA


Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains