HsaINT1047420 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000269235 | ZNF350-AS1
Description
ZNF350 antisense RNA 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:48598]
Coordinates
chr19:51949162-51976573:+
Coord C1 exon
chr19:51949162-51949235
Coord A exon
chr19:51949236-51976390
Coord C2 exon
chr19:51976391-51976573
Length
27155 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GATGTAAGT
5' ss Score
9.11
3' ss Seq
GTTCACCCCACTTTGTTTAGTCC
3' ss Score
3.93
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCTGGGAACGGCTGGTTTCGCGGTCAGACGCCGAGGGCCCTCGAAGTCCCTAGCAACGGCTGCGGAGGGAGAT
Seq A exon
GTAAGTCGTTTTGGACGCAGGCTCAGTGTTTGGTCCCAGCGTTCGGTGGAGTCCGGAGAGACTCAGGATCAGATGAGTCGGGGTCTGGATGTGGCTCCAAGTGAAAGGCCTGTGGGGGTCAGTGAAGGGGAGCCCCCTGTTCTGAGACCGTGTGGGACCCCGCGTCCTGGGGTTCTTTCTGGGTTTACTCAATGGAGAAGCCTGGCTTTGGTGATAGGGCGCCTGGCGGTCAGTAATTAAGAGACTGGAAGATATTAACGACCGACTGTCAAGGTTTATGGTCGTTGAGGGAATGCCGTGGGAATCAGTGGTTGAGAAACGGGGTAGGAAAGTGTGTATCAGTGAATGAACTTGGTGTCCATTCCGGGTTTGCAATTTAATGTGATAGAGAAGCTTGGGGCTGGAGAATGTTTTAGTGAAAGAGGTTTTAGTTTGCGGTTTCAGATTTAATTTGGAGTCAATGTTTGAGGAGGCCTGTACATGTCTGTGGTTTAGGGGCCTGAAGAGGCTGGAGCTTTGGAGGCCCAAGGGCCCTGGAGAGTGGATGGGTTGAGGCTTAATAATTGACTGCTGGTTACAGTTGTGATTAAACTACATTTACCTAGTGGATCTACATGCAGTTCAGTTCTTCAAGTCCAAGTCCGTCTTAAAAATAACAATGAAAAACATTTCCCTTCCTATATTCATATCATTGTCTACAAATTTCTGGACGAGGAAATTACGAGTTTGCTACTAAAGTCGAGCTTTTTTCCTCTCTAGTTCCCAACTTTACCATGTCGTTTTCATAAATATTTTCTTTCAGATTTATTCCAACACAAGAAAATAATCTCTGTTACCCACACTTCTGATTTTTATTTAGGAGCATTTTTTTTTTCGTTTCATCCTCACAGTTTTCACAATTGCAATACTTTGGGTAAATATTTGATTTCATCACTTAAATTCTCATCACAAACATACATACATGTATGTATATATAGTATATATATCTATATTTCTGTCTCTATATACATCTGTCTATGTATGTATGTATGTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTTTCTATACAGAGAGAGTCAGTCTTGCCCTGTCTCCCAGGCTGGAGTACAATGGTGCCATCAGCTCACTCTAACCTTGAACTCCTGGGTTTAAGGGATCCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGACTACATATAAAATTTTTCAATGGCAGTATCACATCAGAAGGTTGTACCAGTGGCTTAGTAAATGGAGTCACATTAAATGTTTGCCTTAATTAGGATGGAATTGACATGTATAAAATATTCAATTCTATTTCTATATTTTCTATCTATATATAACATTCTGATACTCCAATTACTCAAGTTCTTCTGTTCCCACCCCAAGATTTGTGATTCACTTTTTTATGTCCTAGATCTTATGGTTACATTTATTCTTAAGTGGCTTATACTGTTTTTTTTGATAATTCCTCTAGAAGAGGAAGTCATTTTTTAAAAATTGAGACAGAGTCTCACACCGTTGCCCAGGCTAGAGTGCAGTAGTATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCAGACTCAAGGGATTCTCCCACTTCAGTAGCTGGGACTACAGGCACTCGCCACCATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTTGTAGAAATGAGGTTTCACCATGTTGCCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGAGCCCAAGTGATCCACCTGATGCATTACCTGCCTCGGACTCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGAGCGACTGCTCCTAGCCAAGCGTTTCTTAAATCCAAATATTTGCTGGAGTATGCGTACCTAATGCATGTATGAAGGCCTATCCCTCTGAGAGTCTGGGTTGATAGATTTGGAGTACAATCCCTGCAGAGTGTTGATAAAATTCTCTATGGAATGCTGTTGTGACATACTTGGTAACTCACAGCCCTAATATATGCTAAAATGGATGGAATTTTGTGAGAAACAAGAAAATATCTTCTAGTAGTGATGATTTTTTGTAACAAATATATGAAATATCTGTATGTAATACAGGATTTAAACACAAGGTATTGTTAGAATTCTAGGTTGTGTGAAGTTACATGTCAAGATGTTACTGAAATGCCAAGGGTTCAGTCTAGGTCCCGTTGCTTGCCACACAGAAAGACAATCACTGAGACAATGAGTATTGCGAGAGAAGAAAGGCTTTTTTGGGTAACATCAGGTGGGAGAGGAAAATAAATATCAAATCTGTCTCCCCACAACCGACTAAAATTGGTGGCTTATATAACAGGCAAGGAATATAAAACAGGAATTAGGGAAGGGTAAGGAAGAGGAGTTGGCCAACAGGAATCAGGTGGTCGGTTAGGCAATCATGATGGATGAGGGGTCCACCATCGCATTGTCTAGATGCAGTGATCTGGTAAGTTTCAGTTCCTTGAACTATCTGGGAGGCCTGAATGGTTTCATGAGAAACGAACTCAGATAAAATGAATATAAGTTTCAAGCTTTAAGACTAGGAGAGTCAATTTCTATATTTATTCAAAAAGACTGTTAACATCATTTCTGTGGGGAAATCCAGCCAGTTTAAAAAATGATCAGCAAAGATAGGGAATATGGTAGAAATGTAAAGGAAATAGAGGTTAAAGTGATATATAGAGCATAGGGAATGATGGCATGATATGTAAAAGGCATGTCTAAATTTTGAATAAACATAATGAAGGGCAGAGAATGAAGGGATTAAATGGAAAATTTGTCAGGCCATGAGGGAGAATGCCAAAAGATTTGGTCCGAAGCCAACCATATGAAAGCCAATGTTAGAAGGTGTCTGTAGGGGAAGTAGTAGAATAGAAATGTGGATAAGTGGGGTAATCATAGCAACATTAACTTTTATTGCCAGGCCGAGTGGATTTTGTGTTAGTAATTGAGGTAGCATGGTAGAGGGTAGGTTTCTTTTGTATTTTTCTAGCCTATGGGTAGTCTTATCTTTCACCCAGTGACAGCAATGATGCAATAATAAGGAACAGCCAGAGTTTCATATATAAATAAATATATAAATTATATATATATATCTTTTGAGATGGAATCTTGCTCTTTCACCCAGGCTAGAGTGCAATGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAACCTCCACCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCCACCCCAGCCTCCCTAGTAGCTGGGATTACAGGCGCCCACCACCATGCCCAGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGCTTCACCATGTTGGCCAGGTTGGTCTCGAACTCCAGACCTCAGGTGATCCACCCGCCTCAGCCTCCTAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAACCACCACCTTACATTCTGGCTGGGGAAAACAAAATAAAAACACAAGGAAACTAAAAAATGAGGTAGCTGCAAATTATGAGAGAAAACACACACTGCCTATATCCAATCAGGGAAATAAGCAGACACACTTGTTTTAAACAAATATCTTGGGAGAGGCAAGTCAGAATGTCAGATTTCGACTTCAACGTATCTGTGACACTCTTAGATGGTCATCCTGTTTTTAAAATGCATCCCTTAGGGAGGTGGGGGGGTCAGCCCCCCGCCCGGCCAGCCGCCCCGTCCGGGAGATGAGGGGCGCCTCTGCCCAGCCGCCCCTACTGGGAAGTGAGGAGCCCCTCTGCCCGGCCAGCCGCCCCATCCGGGAGGGAGGTGGGGGGGTCAGCCCCCCGCCCGGCCAGCCGCCCCGTCCGGGAGGGAGGTGGGGGGGTCAGCCCCCCGCCCGGCCAGCCGCCCCGTCCGGGAGGTGAGGGGCGCCTCTGCCTGGCCGCCCCTACTGGGAAGTGAGGAGCCCCTCTGCCCGGCCACCACCCCGTCTGGGAGGTGTACCTAACAGCTCATTGAGAACGGGCCATGATGACAATGGCGGTTTTGTGGAATAGAAAGGGGGGAAAGGTGGGGAAAAGATTGAGAAATCGGATGGTTGCGGTGTCTGTGTAGAAAGAGGTAGACATGGGAGACTTTTCATTTTGCTCTGTACTAAGAAAAATTCTTATCCTGTTGATCTGTGACCTTACCCCCAACCCTGTGCTCTCTGAAACATGTGCTGTGTCCACTCAGGGTTAAATGGATTAAGGGCGGTGCAAGATGTGCTTTGTTGAACAGATGCTTGAAGGCAGCATGCTCGTTAAGAGTCATCACCACTCCCTAATCTCAAGTACCCAGGGACACAAACACTGCAGAAGGCCGCAGGGTCCTCTGCCTAGGAAAACCAGAGACCTTTGTTCACTTGTTTATCTGCTGACCTTCCCTCCACTATTGTCCTATGACCCTGCCAAATCCCCCTCTGCGAGAAACACCCAAGAATGAACAATAAAAAAAAATAAAAATAAAAATAAAATGCATCCCTTTTCTTCATTCTGTATCATCAAACTAATTTTCCCAAAGCACCAATCTCACATTTAGAGAGAAACTTATTCTCAGTGTCCAACCTTTAGCCTCACTGTGGGCACATTCTCCTGTGCTTCTAAAGAAAGAGGGAAAGATGAGAAACAATGATCATTTGGAAAGTTTGCAACAGGCCAATGAACCATGTAGACCTCTCCAGAAGCAGATGTGCTTCTGAATAGGATAAGATGTGTTACTGAATGGGTGCTACTGCTGGTGCCCACATGTGTTGTCTGTCACCTTCAGTCACATTTGGCATGTAGTACCTACACAGATGTCAGATCTGAATTTTTCCCATTTCATTGTCCCTAATACACTGATCCCTTGTCATGTAACTAATAGCATCTTCTATAATTCTACAATTATGTCTTGGTTGGCATCACAAAAGGGGCCTAAGGGACCACCTTATTCCTTTTAAACCAAGACTCATGCCACCTTTACATATTTCTTAGAAAGGAGGATATATAATGGAGGAAGACAAGGCTCACCGATGAGTTCAAAACAAGGGGACGAAGAAAGTGAGGAATT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Seq C2 exon
TCCACCTAGGTCCGTGCAGGTTACAAATGGCAACCAGAACAGGGACTCCAAGCACGCCCAACTAGCAGCATCCAAACATGGGACTTCAAGGACGTGAATGAAGAAGGTCTGCTGGAGCAGAGGAACTGAAATTGACAAGGCGAAAGGGGACCCTGGGAAGAGTCTGCCGGCAGCAGATATAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000269235:ENST00000595010:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NonCoding
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains