HsaINT1047462 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000197647 | ZNF433
Description
zinc finger protein 433 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:20811]
Coordinates
chr19:12018166-12034874:-
Coord C1 exon
chr19:12034828-12034874
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr19:12018166-12018292
Length
16535 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGTGTAAGT
5' ss Score
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GATTCAGTGGCCTTTGAGGATGTGGCTGTGACCTTCACCCAAGAGGAGTGGGCTTTGCTGGATCCTTCCCAGAAAAATCTCTGTAGAGATGTGATGCAAGAAACCTTCAGGAACCTGGCCTCTATAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000197647:ENST00000419886:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.002
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=WD(100=89.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains